Un beau matin, Mikey se réveille avec des boutons sur tout le corps, ou presque. Pris de panique, il va voir ses frères qui tentent de le rassurer. En retour, il avoue avoir saupoudré un dérivé de mutagène sur sa peau pour devenir plus cool...
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Raph trouve que son partenaire Casey n'est pas à la hauteur. De mystérieux justiciers éliminent les Krangs : il s'agit de Slash, l'ex-tortue Spike de Raph et du Tritonateur.
Shredder met sa menace à exécution et fait exploser le collier de mutagène de Baxter Stockman, toujours incapable de lui fournir une armée de mutants digne de ce nom. Stockman mute en mouche et devient Stockman la mouche.
Les quatre frères se passionnent pour un jeu de rôles, et décident de se déguiser pour faire une partie « grandeur nature » dans les égoûts.
Tandis que les tortues combattent Karaï et les Foot, Leonardo tente de révéler à Karaï la vraie identité de son père, mais en vain. La terre tremble, et elle en profite pour s'éclipser.
Tandis que les tortues combattent Karaï et les Foot, Leonardo tente de révéler à Karaï la vraie identité de son père, mais en vain. La terre tremble, et elle en profite pour s'éclipser.
Le Roi des Rats a créé un sérum de croissance au mutagène qu'il a injecté à ses rats. Ceux-ci enlèvent des humains, destinés à devenir une armée d'hommes-rats. Casey et Irma, une amie d'April, sont kidnappés et enfermés dans des cages dans les égoûts
Donatello pense avoir réparé et amélioré Tête d'Acier, mais le robot continue d'avoir des bugs.
Les tortues ninja découvrent d'étranges champignons dans les égoûts de New York. Ce sont des champignons mutants, qui ont avalé du mutagène.
Après s'être disputé avec ses frères, Raphael va prendre l'air pour évacuer sa colère.
Pendant leur entraînement quotidien, les tortues et April se sentent observées. Elles poursuivent l'espion jusqu'à sa cachette, afin de le démasquer. Il s'agit d'un dénommé Kurtzman, journaliste de son métier, qui enquête sur la conspiration des Krangs.
Raphael s'agace. Il n'en peut plus d'avoir des frères qui passent leur temps à plaisanter et à jouer, ou à faire des gaffes. Cette fois, l'une des expériences de Donnie tourne mal, et Spike manque d'y laisser sa carapace...
Shredder a eu vent du comportement de Karaï durant son absence et lui ordonne de ne plus s'allier aux Krangs. Mais ces derniers ont fabriqué le successeur des Foot-bots, et Karaï veut absolument se le procurer afin d'éliminer April...
Un beau matin, Mikey se réveille avec des boutons sur tout le corps, ou presque. Pris de panique, il va voir ses frères qui tentent de le rassurer. En retour, il avoue avoir saupoudré un dérivé de mutagène sur sa peau pour devenir plus cool...
Pendant que ses frères regardent un dessin animé débile sur une vieille cassette vidéo, Donatello se confie à Timothy, transformé en mutant et conservé dans un tube dans son labo.
Tandis qu'elles parcourent la ville à la recherche de tubes de mutagène, les tortues tombent sur un sans-abri au comportement étrange. Il est aux prises avec un écureuil très agressif, qui finit par se faufiler dans son estomac...
Les tortues parcourent la ville à la recherche des tubes de mutagène grâce au détecteur de fluides de Donnie. Karai repère leur manège et décide de leur tendre un piège...
Las d'entendre les critiques de Raph, Léo laisse son frère diriger l'équipe. Pendant ce temps, Léo rencontre une belle et dangereuse kunoïchi.
Michelangelo devient ami avec un alligator mutant déséquilibré qui est en possession d'un étrange outil de technologie appartenant aux Krangs. Mais est-il digne de confiance ?
Des menaces multiples forcent les tortues à se séparer en deux groupes. Donnie et Mikey doivent prouver que leur équipe de remplaçants a autant de valeur que l'équipe des champions composée par Léo et Raph.
Les tortues sont obligées de défendre leur repaire dans les égoûts que Bradford veut détruire à l'aide d'un dangereux produit chimique.
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