TV 기획 방송 출연 차 오키나와에서 프로 야구 선수 노세 토시조가 살해당한 채 발견됐다. 코난은 함께 차를 타고 온 선수 출신 방송인인 모토야마를 의심하지만, 그에게는 확실한 알리바이가 있었다. 그런데 어째선지 란의 가방에 있는 테니스공을 훔치려 하는 모토야마. 한편, 코난은 란이 갖고 있던 시각표를 보고 마침내 모토야마의 알리바이 트릭을 간파하는데...
프로 야구팀 재규어스의 수호신, 노세 토시조와 선수 출신 방송인 모토야마 마사하루와 대담을 하게 된 코고로는 코난과 란을 데리고 오키나와로 간다. 공항에서 모토야마를 기다렸다가 방송국 관계자의 차를 타고 함께 움직이는 코난 일행. 노세 선수의 호텔로 가는 도중 길에 쓰러진 사람을 보게 된다. 코난이 가까이 가서 확인해 보니 놀랍게도 노세 선수가 죽어 있었는데...
란과 코난은 상점가에서 장을 보다가 우연히 귀가하던 니시무라 사치코와 만난다. 니시무라는 일전에 란이 학생 수첩을 잃어버렸을 때 수첩을 주워서 가져다준 사람이다. 반가움도 잠시, 다음날 니시무라가 싸늘한 주검으로 발견된다. 탐문 수사로 니시무라가 살해당하기 전날 남자 친구로 추정되는 인물과 같이 있었다는 게 밝혀지고 경찰들도 정황상 남자 친구가 범인이라고 확신하고 있는데...
괴도 키드가 많은 사람들 앞에서 공중을 걷는 모습을 선보이자, 코난과 나카모리 경부는 서둘러 주변을 살폈지만 아무런 속임수도 발견하지 못한다. 다음 날 코난 일행은 옥상에서 키드가 나타나길 기다리다가 그가 남긴 듯한 흔적을 발견한다. 그 뒤에 코난은 나카모리 경부에게 또 다른 단서까지 얻으며 점점 진실과 가까워지는데...
코난 일행은 우연히 귀국한 지로키치와 마주쳤는데, 그는 괴도 키드가 관심을 보일 만한 보석을 구하기 위해 전 세계를 돌고 왔다고 한다. 지로키치는 구해 온 대양의 기적 ‘블루 원더'를 걸고 괴도 키드에게 도전장을 던지고, 괴도 키드도 그 도전을 받아들인다. 키드가 미리 살펴보러 오겠다고 한 날이 되자 코난은 걸어서 오겠다는 예고를 떠올리며 그를 기다린다. 그런데 괴도 키드는 놀랍게도 땅이 아니라 공중에 나타났고, 심지어 공중을 걷기도 하는데...
사건을 수사하던 경찰은 어젯밤 후나키와 언쟁을 벌였다는 마스부치를 찾아가 사정을 물었다. 한편, 코난은 후나키의 시신이 있던 장소를 조사하다가 미츠히코와 겐타가 배낚시를 하다가 주워 올린 것을 보고 범인과 살해 방법을 알아차린다. 배스 낚시 대회에서 우승한 마스부치, 준우승한 아유카와. 코난은 소노코를 잠재워 박수갈채를 받으며 퇴장하려는 두 사람을 불러 세우고 추리 쇼를 시작하는데...
소노코의 초대로 배스 낚시 대회에 참가하게 된 란과 코난, 그리고 어린이 탐정단은 그곳에서 우승 후보인 아유카와 사오리와 마스부치 타쿠야와 알게 된다. 대회 첫날 밤, 코난은 우연히 자유 기고가인 후나키 토시히코와 마스부치가 큰 소리로 언쟁을 벌이는 모습을 지켜보다 자리를 뜬다. 대회 둘째 날, 란과 소노코는 전날에 한 마리도 못 잡은 코난과 어린이 탐정단을 보러 가는 도중에 쓰러져 죽어 있는 후나키를 발견하게 되는데...
코난과 어린이 탐정단은 유령으로 나타난 '오토자와 마미'에 대해 조사하다가 민박집의 주인장, 나가쿠라 이와오가 칼에 찔리는 모습을 목격한다. 나가쿠라를 해치려고 한 중요 참고인으로 품행이 불량한 카와지가 경찰에 연행된다. 한편, 진범이 따로 있다고 생각한 코난은 열흘 전에 나가쿠라의 집과 오토자와의 집을 통째로 바꿔 옮겼다는 얘기를 듣는다. 이에 코난은 현재는 폐가가 된 오토자와의 집으로 향하는데...
코난과 어린이 탐정단은 코고로와 란과 함께 어느 작은 마을에 관광하러 간다. 이 마을은 반년 전부터 어린아이의 유령이 나온다는 소문이 자자한 곳이었다. 코난 일행이 묵는 민박집의 주인 부부와 인사를 나누고 저녁 식사를 한다. 식사 후에 코난은 겐타, 미츠히코, 아유미와 함께 유령의 존재를 확인하기 위해 산책을 나서고, 아유미는 길을 걷다가 또래로 보이는 소녀가 우는 모습을 보고 쫓아가는데...
숫자 ‘5'와 비슷한 마크는 이내 자동차의 엠블럼이라는 것을 알게 된 어린이 탐정단과 사토, 타카기 형사.괴한이 떨어뜨린 소지품은 혈흔이 묻은 자동차 열쇠였다. 곧이어 경찰이 수배를 내려, 알리바이가 없고 자동차 열쇠를 잃어버린 세 명의 용의자가 베이카 경찰서 앞으로 모였다. 아유미는 진하게 선팅된 차 안에서 용의자를 가려 보려 하지만 마음처럼 잘 안 되는데...
비가 오는 하굣길. 아유미는 집에 가는 길에 우비를 모자를 눌러쓰고 우비를 입은 남자와 부딪친다. 그 남자는 아유미와 부딪쳤을 때 떨어뜨린 무언가를 황급히 집어 들고 도망쳤다. 도망친 남자는 놀랍게도 묻지 마 테러를 일으키는 괴한이었다. 아유미는 괴한의 얼굴은 못 봤으나 아유미의 손에 숫자 ‘5'와 비슷한 마크가 찍혀 있었다. 그리고 그 마크는 겐타의 엉덩이에도 찍혀 있었는데...
유령선에서는 신이치로 분장한 이가 정체를 드러내며 사건의 전말이 밝혀지고 항구에서는 코난을 구하기 위해 하이바라가 나타나며 상황은 또다시 새로운 국면을 맞이하게 된다. 베르무트는 하이바라의 정체가 자신이 찾던 셰리임을 알고 총을 겨누고, 하이바라는 자신을 죽이는 대신 모두를 살려 달라고 베르무트에게 청한다. 그때 조디의 자동차에 숨어 있던 누군가가 달려 나와 하이바라를 구하기 위해 몸을 던지는데...
사실 그의 정체는 아라이데로 변장한 베르무트였다.조디는 아버지를 죽인 원수인 베르무트가 남긴 말을 되뇌며 줄곧 그녀를 쫓았다고 한다.조디가 베르무트와 대화를 나누던 도중, 그녀는 베르무트의 동료가 쏜 총에 맞아 쓰러진다.조디는 FBI 동료들을 잠복시킨 항구로 그녀를 유인했다고 생각했지만,계획을 미리 알았던 베르무트가 이미 돌려보낸 뒤였다.결국 조디가 위험에 처하자 하이바라로 변장했던 코난이 정체를 드러내며 상황을 역전시킨다.
돛대에 올라선 투명 인간의 정체는 바로 신이치였다.코고로는 신이치에게 미라로 분장한 스태프가 후쿠우라를 살해한 범인이라고 주장하지만,신이치는 스태프가 죄를 뒤집어썼을 뿐이고 진짜 범인은 따로 있다고 하며 증거를 보여 준다.처음에는 부정하던 범인도 명백한 증거 앞에서 더는 부인하지 못하고 죄를 인정한다.한편 조디를 뒤쫓던 아라이데는 항구에 도착한 뒤 드디어 대화를 나눌 기회를 잡는다.하지만 조디는 상대가 진짜 아라이데가 아니라는 사실을 간파하는데...
코고로와 소노코가 참석한 핼러윈 파티가 한창 무르익어 가던 도중, 갑자기 파티의 주최자가 석궁에 맞아 살해되는 사건이 발생하고 만다.흉기에 악마 카드가 꽂혀 있혀서 악마 카드를 지닌 코고로네 팀 사람들이 유력한 용의자로 떠오른다.한편 하이바라는 아라이데와 함께 병원에 가기로 하고 그를 기다리고 있었다.하지만 그녀를 데리러 온 사람은 아리이데가 아니라 조디였는데...
코고로는 'Vermouth'라는 사람이 보낸 핼러윈 파티 초대장을 받는다.그는 괴물을 무서워하는 란 대신 소노코와 유령선 파티에 참석하기로 한다.신이치 앞으로도 같은 편지가 왔고, 내용을 확인한 코난은 검은 조직의 '베르무트'가 보냈다는 사실과자신들의 정체가 들켰다는 사실을 깨닫는다.하이바라는 파티에 가려는 코난을 말렸지만, 그는 하이바라를 잠재우면서까지 파티에 참석하려 한다.
아야를 위해 사건을 해결하기로 한 란과 소노코.란이 추리에 애먹는 와중에 신이치에게 전화가 온다.란이 신이치에게 사건을 설명하고 자신이 나름대로 생각한 추리를 들려준다.신이치에게 약간의 도움을 받아 당당히 범인을 잡고 아야카를 위기에서 구한 란.그 길로 조디의 집에서 송별회 파티를 즐긴다.취한 조디를 두고 잠시 화장실에 간 란은 거울 뒤 수납장에서 수많은 도촬 사진을 발견하는데...
지하실을 살펴보던 코고로는 역시 모토야스가 자살했다고 생각하지만 코난은 수상한 정황을 발견하고 제자 중 범인이 있으리라 추측한다.그런데 그의 다잉 메시지는 의미를 알 수 없는 숫자와 기호로 되어 있었는데...그러던 중 코난은 모토야스의 카드를 통해 그가 남겨 둔 다잉 메시지를 발견한다.
세계적인 마술사인 남편 모토야스의 자살을 믿을 수 없었던 그의 부인이 코고로에게 찾아와 진상을 조사해 달라고 의뢰한다.코고로 일행은 그녀의 집에 방문해 모토야스의 세 제자를 만나고 그가 독을 먹고 사망한 채 발견된 지하실로 향한다.한편 우연히 어릴 때 신이치와 찍었던 사진을 찾은 란은 코난의 정체를 의심하는데...
그런데 그 뒤 그녀를 집까지 바래다주다가 칼에 찔린 채 죽은 그녀의 룸메이트를 발견한다.경찰은 금품을 노린 강도의 범행으로 추정했지만, 코난은 어쩐지 무언가가 마음에 걸렸다.코고로는 술을 마시고 집에 가던 길에 우연히 사치코를 만나 드라이브를 간다.결국 코난은 코고로가 사치코와 만나기 전에 탄 열차를 타 보기로 하는데...