란과 같은 반 친구 나오코가 누군가에게 납치된다.납치범은 몸값을 받기 위해 그녀를 거래 현장에 데리고 나왔다가 경찰의 존재를 눈치채고 차를 몰고 도주한다.나오코가 아직 살아 있다고 믿은 부친은 코고로에게 딸을 찾아 달라고 의뢰한다.납치범은 도주 중에 브레이크도 밟지 않은 채 강으로 돌진했는데 강에서 끌어올린 차에서는 범인과 나오코의 시신이 발견되지 않는다.한편 코난은 현장 근처를 조사하다가 수상한 보트를 발견하는데...
그런데 그 호텔 앞에서 정체불명의 남자가 그들을 향해 차를 몰고 돌진하는데...다행히도 코난이 중요한 단서를 알아차린 덕분에 그들은 그녀가 잡은 호텔을 알아낸다.그들은 급히 그 여성을 병원으로 데려갔는데 그녀는 기억을 잃어 자신의 이름만 아는 상태였다.코난 일행이 육교를 올라가고 있을 때 한 여성이 정신을 잃으며 그들 위로 쓰러진다.코고로는 그녀의 기억을 되찾아 주려 하지만, 신원을 파악할 수 있는 소지품이 없어서 어려움을 겪는다.
게다가 코난이 미츠히코를 찾으러 간 사이 겐타마저 모습을 감추고 말았다.그렇게 홀로 남겨진 아유미를 향해 누군가가 다가오는데...어린이 탐정단은 악령이 나온다는 소문이 있는 유령 저택을 탐험하러 간다.그런데 저택을 돌아다니던 도중 화장실에 다녀오겠다던 미츠히코가 비명과 함께 사라진다.
유명 디자이너 아시야 에이코에게 모델 제안을 받은 란은 그녀의 회사를 방문한다.코난은 진상을 밝히기 위해 사장실이 있는 15층을 살펴보다가 수상한 흔적을 발견하는데...현장을 본 코난은 뭔가 위화감을 느끼지만, 코고로는 빌딩 털이범의 소행이라 생각한다.그런데 그 건물의 8층에서 연락이 되지 않던 아시야의 비서가 칼에 질려 살해된 채 발견된다.
그런데 신부 대기실에서 따뜻한 레몬티를 마시던 사유리가 갑자기 피를 토하며 쓰러진다.경찰의 조사 결과 누군가가 레몬티에 독을 탔다고 하는데...란 일행은 중학교 때 담임 선생님이었던 사유리의 결혼식에 참가한다.그들은 신부 대기실에서 비디오 촬영을 하며 사유리의 지인들을 함께 만난다.
다시 돌아가서 사인을 찾긴 했지만, 보안 시스템이 작동하는 바람에 백화점에 갇히고 만다.강도단의 눈을 피해 숨었던 아이들은 결국 그들에게 들키고 마는데...어린이 탐정단은 백화점에 갔다가 돌아가는 길에 야이바의 사인을 두고 왔다는 사실을 알아차린다.문을 열어 달라고 하기 위해 경비실로 간 아이들은 그곳을 장악한 강도단을 목격한다.
집을 나간 고양이를 찾아 달라는 의뢰를 받은 어린이 탐정단은 한 집에서 피투성이가 되어 나오는 고양이를 발견한다.고양이가 나온 욕실을 들여다보니 그곳에는 한 남자가 피투성이가 된 채 쓰러져 있었다.거짓말쟁이로 몰린 어린이 탐정단은 진실을 밝히기 위해 다시 그 집을 찾아가는데...바로 경찰에 신고해 그 집을 조사했는데, 욕실에 있었던 시체가 감쪽같이 사라져 버렸다.
강에서 놀던 어린이 탐정단은 어떤 남자가 건너편 건물에서 억지로 라이플을 쏘는 모습을 목격한다.그들이 그곳으로 갔을 때는 이미 아무도 없었고 숫자가 적힌 계산기만 남아 있었다.그래도 고생 끝에 겨우 저격 장소로 추정되는 곳을 찾아 범인이 나타나기를 기다리는데...코난은 자신에게 남긴 메시지라 생각하고 암호를 해독하려 하지만 어려움을 겪는다.
모리 탐정 사무소에 한 여고생이 찾아와 행방이 묘연한 아버지를 찾아 달라고 의뢰한다.한편 집에 돌아온 란은 사무소를 주시하는 수상한 남자를 발견하는데..경찰은 그가 자살한 것이 아니라 거구의 남자에게 살해됐을 것이라고 한다.우연히 경마장에서 그녀의 아버지를 찾아 의뢰가 잘 해결된 것처럼 보였는데 다음 날 그녀의 아버지가 목을 맨 채 발견된다.
어린이 탐정단은 여아 연쇄 유괴 살인범으로 추정되는 일당의 차에 탄 아유미를 구하러 가는데...그런데 그 차의 트렁크에서 거금의 돈과 톱, 그리고 여자아이의 머리가 발견된다.아유미는 공원 앞에 있었던 차 트렁크에 숨었다가 잠들었다고 한다.탐정 놀이를 하던 어린이 탐정단은 아무리 찾아도 아유미가 보이지 않자 탐정 배지로 그녀에게 연락한다.
촌장이 죽은 자리에는 피로 쓴 악보가 있었는데, 코난은 범인이 남긴 암호라 생각하고 의미를 알아내려 애쓴다.다음 날 경찰이 참고인을 조사하고 있을 때 또다시 월광이 울려 퍼지고 방송실에서 촌장이 살해된 채 발견된다.한편 아소 케이지가 남긴 악보를 찾기 위해 창고에 간 코난 일행은 그곳에서 목을 매 자살한 시신을 발견하는데...
그리고 피해자가 쓰러져 있었던 피아노에서 수상한 악보가 나오는데...한창 그를 기다리고 있을 때, 피아노 방에서 월광이 울려 퍼지더니 촌장 선거 후보자 한 명이 살해된 채 발견된다.일단 코고로는 촌장에게 이야기를 들어 보기 위해 마을 회관에 간다.아소 케이지란 자에게 의뢰를 받은 코고로는 츠키카게섬으로 향한다.그런데 의뢰인은 12년 전 가족을 살해하고 분신자살한 피아니스트라고 한다.
우시고메의 사인은 청산가리에 의한 독사였다. 감식 결과를 들은 산고의 동생 요코미조 주고 형사는 자살로 단정 짓는다. 그러나 코난은 수사 결과에 의문을 가진다. 같은 동아리 부원 중 한 명이 한 말이 계속 마음에 걸린다. 바로 그때, 무언가 번뜩인 코난이 동아리 부원들에게 쓰레기를 받아 와 펼친다. 그리고 이내 의미심장한 웃음을 짓는데...
코난과 아가사 박사, 하이바라, 어린이 탐정단이 함께 조개잡이를 하러 갔다. 그곳에서 조개를 못 캐서 한숨을 쉰다고 생각한 한 청년, 우시고메에게 말을 걸었다가 조개 애호가 모임 사람들과 알게 된다. 인사를 나누고 각자 일행끼리 움직이다가 갯벌에서 누군가 놓고 간 갈고리 하나를 발견한다. 그 갈고리가 우시고메의 것이란 걸 알고 전해 주러 간 어린이 탐정단은 시신으로 발견된 우시고메를 보고 매우 놀라는데.
코난과 어린이 탐정단이 있던 근처 공사 현장에서 철골이 낙하하는 사고가 발생한다. 마침 바로 아래로 지나가던 한 남성이 가까스로 철골을 피했으나 정신을 잃고 만다. 코난들은 타카기 형사를 불러 남성의 신원 확인차 가방을 살펴보니 그가 마나카 다이지로라는 걸 알았다. 그러나 의식이 돌아온 마나카는 자신의 이름조차 기억하지 못했다. 그때 코난은 마나카가 기억을 잃은 척 거짓말하는 것 같다며 의심하는데.
코난과 어린이 탐정단은 ‘가면 야이바' 촬영 현장에 구경하러 간 곳에서 스턴트맨 리키이시 켄고와 감독 후카마치 신지가 의견 차이로 말다툼하는 것을 본다. 그러다 돌연 리키이시가 끌고 올라간 차가 옥상 난간에서 추락해 즉사한다. 후카마치는 리키이시가 스턴트 연기를 보여 주겠다며 멋대로 행동한 거라고 하지만 코난은 사건 현장과 카메라 녹화 영상을 보고 교묘하게 계획된 살인이라고 판단하는데.
사사모토 야스타로의 눈앞으로 큰 벽돌이 떨어진다. 두 동강이 난 벽돌에는 새빨간 글씨로 ‘카게'라고 적혀 있었다. 글자를 본 사사모토는 파랗게 질려 카미오 토시유키에게 얘기하고 둘은 모리 탐정 사무소로 향해 코고로에게 자기들을 지켜 달라고 한다. 코고로가 자초지종을 묻자 ‘히카게 테이이치'라는 옛 동창이 보내온 살인을 예고하는 소설대로 죽을지도 모른다고 하는데.
코난, 코고로, 란은 ‘포와로'에서 식사하다가 고민이 있어 보이는 포와로의 직원 에노모토 아즈사를 상담해 준다. 아즈사의 고민은 최근 문자를 주고받게 된 오사베 미츠루라는 5살 아이가 오늘 보낸 4통의 문자가 어딘가 의미심장하다는 것. 그중에서도 ‘저도 물고기처럼 그물에 걸려 죽는 걸까요?'라는 네 번째 문자로 일동은 미츠루가 지금 있는 곳을 추리하기 시작하는데.
코난과 란, 소노코가 신이치네 집을 청소하는데 젊은 여자가 쿠도 신이치를 찾는다. 여성의 정체는 바로 우에토 아야. 4년 전, 쿠도 유사쿠의 작품이 드라마로 만들어지면서 첫 주연을 맡아 신이치네 가족에게 인사하러 온 적이 있다고 한다. 아야는 자신과 친한 할머니를 찾으러 베이카가에 왔다가 신이치가 생각났고 그에게 할머니를 찾아 달라는 의뢰를 하러 왔다고 하는데.
코난과 어린이 탐정단, 그리고 코바야시 선생님은 취재를 위해 스기모리 마사토의 집을 방문했다가 숨진 스기모리를 발견한다. 집 안을 살펴보니 전화기로 튄 핏자국이 끊겨 있는 것을 보고 경찰이 음성 사서함에 남겨진 메시지 4건을 확인한다. 그리고 메시지를 남긴 용의자 세 명과 통화하게 된다. 통화 내용으로 코난이 알리바이를 조작한 사람을 간파하는데.