코난과 어린이 탐정단은 유령으로 나타난 '오토자와 마미'에 대해 조사하다가 민박집의 주인장, 나가쿠라 이와오가 칼에 찔리는 모습을 목격한다. 나가쿠라를 해치려고 한 중요 참고인으로 품행이 불량한 카와지가 경찰에 연행된다. 한편, 진범이 따로 있다고 생각한 코난은 열흘 전에 나가쿠라의 집과 오토자와의 집을 통째로 바꿔 옮겼다는 얘기를 듣는다. 이에 코난은 현재는 폐가가 된 오토자와의 집으로 향하는데...
코난과 어린이 탐정단은 코고로와 란과 함께 어느 작은 마을에 관광하러 간다. 이 마을은 반년 전부터 어린아이의 유령이 나온다는 소문이 자자한 곳이었다. 코난 일행이 묵는 민박집의 주인 부부와 인사를 나누고 저녁 식사를 한다. 식사 후에 코난은 겐타, 미츠히코, 아유미와 함께 유령의 존재를 확인하기 위해 산책을 나서고, 아유미는 길을 걷다가 또래로 보이는 소녀가 우는 모습을 보고 쫓아가는데...
숫자 ‘5'와 비슷한 마크는 이내 자동차의 엠블럼이라는 것을 알게 된 어린이 탐정단과 사토, 타카기 형사.괴한이 떨어뜨린 소지품은 혈흔이 묻은 자동차 열쇠였다. 곧이어 경찰이 수배를 내려, 알리바이가 없고 자동차 열쇠를 잃어버린 세 명의 용의자가 베이카 경찰서 앞으로 모였다. 아유미는 진하게 선팅된 차 안에서 용의자를 가려 보려 하지만 마음처럼 잘 안 되는데...
비가 오는 하굣길. 아유미는 집에 가는 길에 우비를 모자를 눌러쓰고 우비를 입은 남자와 부딪친다. 그 남자는 아유미와 부딪쳤을 때 떨어뜨린 무언가를 황급히 집어 들고 도망쳤다. 도망친 남자는 놀랍게도 묻지 마 테러를 일으키는 괴한이었다. 아유미는 괴한의 얼굴은 못 봤으나 아유미의 손에 숫자 ‘5'와 비슷한 마크가 찍혀 있었다. 그리고 그 마크는 겐타의 엉덩이에도 찍혀 있었는데...
유령선에서는 신이치로 분장한 이가 정체를 드러내며 사건의 전말이 밝혀지고 항구에서는 코난을 구하기 위해 하이바라가 나타나며 상황은 또다시 새로운 국면을 맞이하게 된다. 베르무트는 하이바라의 정체가 자신이 찾던 셰리임을 알고 총을 겨누고, 하이바라는 자신을 죽이는 대신 모두를 살려 달라고 베르무트에게 청한다. 그때 조디의 자동차에 숨어 있던 누군가가 달려 나와 하이바라를 구하기 위해 몸을 던지는데...
사실 그의 정체는 아라이데로 변장한 베르무트였다.조디는 아버지를 죽인 원수인 베르무트가 남긴 말을 되뇌며 줄곧 그녀를 쫓았다고 한다.조디가 베르무트와 대화를 나누던 도중, 그녀는 베르무트의 동료가 쏜 총에 맞아 쓰러진다.조디는 FBI 동료들을 잠복시킨 항구로 그녀를 유인했다고 생각했지만,계획을 미리 알았던 베르무트가 이미 돌려보낸 뒤였다.결국 조디가 위험에 처하자 하이바라로 변장했던 코난이 정체를 드러내며 상황을 역전시킨다.
돛대에 올라선 투명 인간의 정체는 바로 신이치였다.코고로는 신이치에게 미라로 분장한 스태프가 후쿠우라를 살해한 범인이라고 주장하지만,신이치는 스태프가 죄를 뒤집어썼을 뿐이고 진짜 범인은 따로 있다고 하며 증거를 보여 준다.처음에는 부정하던 범인도 명백한 증거 앞에서 더는 부인하지 못하고 죄를 인정한다.한편 조디를 뒤쫓던 아라이데는 항구에 도착한 뒤 드디어 대화를 나눌 기회를 잡는다.하지만 조디는 상대가 진짜 아라이데가 아니라는 사실을 간파하는데...
이 와서 수사를 진행했고 정원에서 흉기로 사용된 권총, 탄피, 그을린 흔적이 있는 수건이 발견된다.에리와 유키코는 적극적으로 수사에 참여하면서 진상을 파헤친다. 한편 사정 청취를 해도 유력한 용의자가 나오지 않은 상황에서코난은 피해자의 어떤 행동이 마음에 걸리는데...
코고로는 부잣집 사모님에게 거액의 보수를 받기로 하고 의뢰를 받는다.하지만 손쉽게 해결할 거라고 생각한 사건은 어려움에 빠졌고,생각 없이 돈을 흥청망청 써 버려서 코고로는 큰 빚을 질 위기에 처하고 만다.키사키는 남편 대신 사건을 해결하기 위해 의뢰인의 집을 찾아가서 조사한다. 그러던 와중에 코난의 엄마인 유키코가 갑자기 그 집에 나타났는데...
한편 정신을 차린 란과 소노코가 잠깐 자리를 비운 사이에 잠들어 있었던 아사미가 자취를 감추고 마는데...그동안 코난은 화재 현장을 살펴보며 범인의 정체를 알아내려 하지만 모든 용의자의 알리바이가 완벽해서 어려움을 겪는다.불길을 헤치고 아사미를 구한 란은 정신을 잃고 병원에 실려 간다.
그날 밤 아사미가 일찍 잠드는 바람에 그녀의 대학 선배들과 란 일행만 노래방에 갔는데 몇 시간 뒤 아사미 혼자 남은 별장에서 불길이 피어오르는데...신이치네 집에 청소를 하러 간 란과 소노코는 우연히 신이치의 첫사랑이라는 아사미 선배를 만나게 된다.그러다 그녀의 생일 파티에 초대된 란 일행은 주말에 별장을 방문한다.
그 뒤 코난은 우연히 이치카와의 장녀를 발견하고 뒤따라갔다가 그녀가 와인에 약물을 주입하는 모습을 목격한다.그런데 그 모습을 지켜보던 그때 누군가가 코난을 기절시키고 지하실에 가두는데...그는 오늘 친족 모임에서 자신의 딸들이 무슨 짓을 꾸미나 감시해 달라고 한다.코고로 일행은 이치카와 회장의 의뢰를 받고 그의 집을 방문한다.
그런데 유언이 담긴 테이프를 들으려는 순간 어딘가에서 화살이 날아온다.다음 날 유언을 발표하기 위해 변호사가 찾아와서 모두가 한자리에 모인다.코난 덕분에 요시후사는 가까스로 화살을 피했지만 누군가가 그를 노리고 미리 석궁을 설치해 뒀다는 것이 밝혀진다.그때 코난은 소란 속에서 이상한 말을 한 사람을 의심하는데...
유키코는 코난을 데리고 어린 시절 소꿉친구인 히로미의 집을 방문한다.그녀는 지난달에 돌아가신 아버지의 유언 발표를 들으러 브라질에서 온 작은아버지가 본인이 맞는지 조사해 달라고 부탁한다.그런데 그날 밤 마당에 있던 우물에서 히로미의 새어머니가 누군가에게 살해된 채 발견되는데...
지하실을 살펴보던 코고로는 역시 모토야스가 자살했다고 생각하지만 코난은 수상한 정황을 발견하고 제자 중 범인이 있으리라 추측한다.그런데 그의 다잉 메시지는 의미를 알 수 없는 숫자와 기호로 되어 있었는데...그러던 중 코난은 모토야스의 카드를 통해 그가 남겨 둔 다잉 메시지를 발견한다.
한편 우연히 어릴 때 신이치와 찍었던 사진을 찾은 란은 코난의 정체를 의심하는데...세계적인 마술사인 남편 모토야스의 자살을 믿을 수 없었던 그의 부인이 코고로에게 찾아와 진상을 조사해 달라고 의뢰한다.코고로 일행은 그녀의 집에 방문해 모토야스의 세 제자를 만나고 그가 독을 먹고 사망한 채 발견된 지하실로 향한다.
코고로는 술을 마시고 집에 가던 길에 우연히 사치코를 만나 드라이브를 간다.경찰은 금품을 노린 강도의 범행으로 추정했지만, 코난은 어쩐지 무언가가 마음에 걸렸다.결국 코난은 코고로가 사치코와 만나기 전에 탄 열차를 타 보기로 하는데...그런데 그 뒤 그녀를 집까지 바래다주다가 칼에 찔린 채 죽은 그녀의 룸메이트를 발견한다.
코고로와 코난이 밖으로 뛰쳐나간 타카나시를 찾아 오두막으로 돌아가고 있을 때 란의 비명을 울려 퍼진다.황급히 그곳으로 달려간 그들은 누군가의 칼에 찔려 사망한 여자 등산객의 시신을 발견한다.그런데 사건을 조사하던 중 유력한 용의자가 사라지고 폭스의 표적인 우시오와 오두막 관리인마저 사라진다.코고로 일행이 서둘러 그들을 찾아 나선 그때 갑자기 산사태가 일어나는데...
그런데 오두막을 향해 가던 중 대학생이 누군가에게 살해당한다.평범한 등산객으로 위장한 코고로 일행은 폭스를 붙잡기 위해 산을 오른다.그들은 오두막으로 가 경찰에 신고하려 하지만 전화선이 끊겨서 고립되고 마는데...모리 탐정 사무소에 우시오라는 남자가 찾아와 킬러 폭스의 살인을 말아 달라고 의뢰한다.그는 자신이 암에 걸린 줄 알고 그자에게 트래버스를 하는 중에 살해해 달라고 의뢰했다고 한다.
한편 아버지의 병문안을 왔다가 볼일이 있다면서 금방 떠난 요시오가 어째서인지 심각한 얼굴로 병원에 남아 있는데...어린이 탐정단은 코고로에게 병문안을 갔다가 옆 침대 환자의 아들 요시오가 얼마 전 강도가 든 은행의 직원이라는 사실을 알게 된다.급하게 집을 나서던 코고로는 계단에서 굴러 다리가 부러지는 바람에 병원에 입원한다.