그런데 그때 코난은 시신에서 이상한 점을 발견하는데...가운 차림에 얼굴에 팩을 붙인 여성이 자택에서 살해된 채 발견된다. 이즈미는 알리바이가 확실했기 때문에 경찰은 나머지 두 사람 중 한 명이 범인이라고 의심한다.장의 CCTV를 확인한 결과, 집에 드나든 사람은 증권 회사 직원 이즈미 피해자의 딸 치히로, 최초 발견자 요시오카까지 세 사람이었다.
차가 고장 나 난처해하는 홋타 회장을 발견한 코고로 일행은 그를 별장으로 데려다줬다가 생일 파티에 초대받는다.그런데 그날 저녁 홋타 회장의 방에서 큰 폭발음이 들리고 홋타 회장이 사망한 채 발견된다.사람들은 폭발이 발생한 이후에 자취를 감춘 둘째 아들을 의심하지만 코난은 뭔가 마음에 걸리는데...
코난은 검은 조직의 사내들과 한패인 듯한 그녀의 손에서 도망쳤다가 다시 붙잡혀 정신을 잃고 만다.어느 날 갑자기 코난의 엄마라고 주장하는 사람이 탐정 사무소에 찾아와 코난을 데려간다.내일 거래 상대를 죽일 거라는 그들의 대화를 들은 코난은 살인을 막기 위해 거래 장소를 알아낼 단서를 모으는데...그가 정신을 차린 곳은 낡은 집의 2층이었데, 그곳에는 코난을 납치한 여자뿐만 아니라 가면을 쓴 남자도 함께 있었다.
그때 슈코 학원의 투수 카지와 그의 어머니가 서로 자신이 우승기를 찢었다고 주장하는데...코난 일행은 슈코 학원과 베이카 고등학교의 야구 경기를 응원하러 갔는데 경기 도중에 누군가가 이사장실에 있는 우승기를 난도질하는 사건이 발생한다.얼핏 보기에는 외부인의 범행처럼 보였지만, 현장을 살펴보던 코난은 내부인의 범행이란 증거를 찾아낸다.
코고로는 한 남자를 3일 동안 미행하고 거액의 의뢰비를 받아 기뻐했는데 때 뉴스에서 그 남자가 축제의 장작더미에서 시신으로 발견됐다는 소식을 듣는다.한편 코고로가 피해자를 미행하며 찍은 사진을 보던 코난은 무언가 이상한 점을 발견하는데...코고로는 자신에게 미행을 의뢰한 아베를 의심하지만, 그에게는 완벽한 알리바이가 있었다.
탐정 사무소에 노리코라는 여성이 찾아와 어떤 남자를 찾아 달라고 의뢰한다.노리코를 뒤쫓아가던 코난은 그녀의 지인을 만나 자세한 사정을 듣게 되는데...그런데 일주일 뒤 우연히 상복을 입고 어딘가로 가는 노리코를 발견한다.수상한 태도가 마음에 걸렸던 코난은 그녀의 집에 찾아가 이야기를 나눠 보지만, 별다른 수확은 얻지 못한다.
코난과 코고로는 사카구치가 전화로 존에게 공격 명령을 내렸을 거라고 의심하지만 증거를 찾지 못하는데...코난 일행은 사카구치 변호사의 집을 지나가다가 비명을 듣고 황급히 그쪽으로 달려간다.그들은 그곳에서 사망한 타케시를 발견하는데 함께 있었던 친구의 말을 따르면 사카구치 씨의 반려견 존이 갑자기 그를 공격했다고 한다.
한편 코난은 현장 근처를 조사하다가 수상한 보트를 발견하는데...란과 같은 반 친구 나오코가 누군가에게 납치된다.나오코가 아직 살아 있다고 믿은 부친은 코고로에게 딸을 찾아 달라고 의뢰한다.납치범은 도주 중에 브레이크도 밟지 않은 채 강으로 돌진했는데 강에서 끌어올린 차에서는 범인과 나오코의 시신이 발견되지 않는다.납치범은 몸값을 받기 위해 그녀를 거래 현장에 데리고 나왔다가 경찰의 존재를 눈치채고 차를 몰고 도주한다.
다행히도 코난이 중요한 단서를 알아차린 덕분에 그들은 그녀가 잡은 호텔을 알아낸다.그들은 급히 그 여성을 병원으로 데려갔는데 그녀는 기억을 잃어 자신의 이름만 아는 상태였다.코고로는 그녀의 기억을 되찾아 주려 하지만, 신원을 파악할 수 있는 소지품이 없어서 어려움을 겪는다.그런데 그 호텔 앞에서 정체불명의 남자가 그들을 향해 차를 몰고 돌진하는데...코난 일행이 육교를 올라가고 있을 때 한 여성이 정신을 잃으며 그들 위로 쓰러진다.
게다가 코난이 미츠히코를 찾으러 간 사이 겐타마저 모습을 감추고 말았다.그렇게 홀로 남겨진 아유미를 향해 누군가가 다가오는데...어린이 탐정단은 악령이 나온다는 소문이 있는 유령 저택을 탐험하러 간다.그런데 저택을 돌아다니던 도중 화장실에 다녀오겠다던 미츠히코가 비명과 함께 사라진다.
현장을 본 코난은 뭔가 위화감을 느끼지만, 코고로는 빌딩 털이범의 소행이라 생각한다.그런데 그 건물의 8층에서 연락이 되지 않던 아시야의 비서가 칼에 질려 살해된 채 발견된다.유명 디자이너 아시야 에이코에게 모델 제안을 받은 란은 그녀의 회사를 방문한다.코난은 진상을 밝히기 위해 사장실이 있는 15층을 살펴보다가 수상한 흔적을 발견하는데...
란 일행은 중학교 때 담임 선생님이었던 사유리의 결혼식에 참가한다.그들은 신부 대기실에서 비디오 촬영을 하며 사유리의 지인들을 함께 만난다.경찰의 조사 결과 누군가가 레몬티에 독을 탔다고 하는데...그런데 신부 대기실에서 따뜻한 레몬티를 마시던 사유리가 갑자기 피를 토하며 쓰러진다.
강도단의 눈을 피해 숨었던 아이들은 결국 그들에게 들키고 마는데...어린이 탐정단은 백화점에 갔다가 돌아가는 길에 야이바의 사인을 두고 왔다는 사실을 알아차린다.문을 열어 달라고 하기 위해 경비실로 간 아이들은 그곳을 장악한 강도단을 목격한다.다시 돌아가서 사인을 찾긴 했지만, 보안 시스템이 작동하는 바람에 백화점에 갇히고 만다.
거짓말쟁이로 몰린 어린이 탐정단은 진실을 밝히기 위해 다시 그 집을 찾아가는데...고양이가 나온 욕실을 들여다보니 그곳에는 한 남자가 피투성이가 된 채 쓰러져 있었다.집을 나간 고양이를 찾아 달라는 의뢰를 받은 어린이 탐정단은 한 집에서 피투성이가 되어 나오는 고양이를 발견한다.바로 경찰에 신고해 그 집을 조사했는데, 욕실에 있었던 시체가 감쪽같이 사라져 버렸다.
코난은 자신에게 남긴 메시지라 생각하고 암호를 해독하려 하지만 어려움을 겪는다.강에서 놀던 어린이 탐정단은 어떤 남자가 건너편 건물에서 억지로 라이플을 쏘는 모습을 목격한다.그들이 그곳으로 갔을 때는 이미 아무도 없었고 숫자가 적힌 계산기만 남아 있었다.그래도 고생 끝에 겨우 저격 장소로 추정되는 곳을 찾아 범인이 나타나기를 기다리는데...
우연히 경마장에서 그녀의 아버지를 찾아 의뢰가 잘 해결된 것처럼 보였는데 다음 날 그녀의 아버지가 목을 맨 채 발견된다.한편 집에 돌아온 란은 사무소를 주시하는 수상한 남자를 발견하는데..모리 탐정 사무소에 한 여고생이 찾아와 행방이 묘연한 아버지를 찾아 달라고 의뢰한다.경찰은 그가 자살한 것이 아니라 거구의 남자에게 살해됐을 것이라고 한다.
탐정 놀이를 하던 어린이 탐정단은 아무리 찾아도 아유미가 보이지 않자 탐정 배지로 그녀에게 연락한다.그런데 그 차의 트렁크에서 거금의 돈과 톱, 그리고 여자아이의 머리가 발견된다.어린이 탐정단은 여아 연쇄 유괴 살인범으로 추정되는 일당의 차에 탄 아유미를 구하러 가는데...아유미는 공원 앞에 있었던 차 트렁크에 숨었다가 잠들었다고 한다.
다음 날 경찰이 참고인을 조사하고 있을 때 또다시 월광이 울려 퍼지고 방송실에서 촌장이 살해된 채 발견된다.한편 아소 케이지가 남긴 악보를 찾기 위해 창고에 간 코난 일행은 그곳에서 목을 매 자살한 시신을 발견하는데...촌장이 죽은 자리에는 피로 쓴 악보가 있었는데, 코난은 범인이 남긴 암호라 생각하고 의미를 알아내려 애쓴다.
그런데 의뢰인은 12년 전 가족을 살해하고 분신자살한 피아니스트라고 한다.그리고 피해자가 쓰러져 있었던 피아노에서 수상한 악보가 나오는데...일단 코고로는 촌장에게 이야기를 들어 보기 위해 마을 회관에 간다.한창 그를 기다리고 있을 때, 피아노 방에서 월광이 울려 퍼지더니 촌장 선거 후보자 한 명이 살해된 채 발견된다.아소 케이지란 자에게 의뢰를 받은 코고로는 츠키카게섬으로 향한다.
모리 탐정 사무소에 신이치의 여자 친구라 주장하는 여학생이 와서 신이치를 찾아 달라고 의뢰한다.일단 란과 코난은 그녀의 집에 가 보았는데, 그곳에는 몇 가지 미심쩍은 점을 발견한다.그런데 그때 란이 신이치가 집 안에 있다는 사실을 눈치채는데...무언가 심상치 않은 일이 생겼다는 것을 알아차린 코난은 음성 변조기를 이용해 신이치의 목소리로 그녀에게 전화한다.