아가사 박사와 함께 캠핑장을 찾은 코난과 란, 그리고 어린이 탐정단. 텐트를 치며 준비하던 중에 텐트 안에서 자던 란을 어떤 남자가 납치한다. 얼마 안 있어, 납치범이 근처에서 추락 사고를 당하며 발견되지만, 란은 행방이 묘연했다. 남자가 사고당하기 전에 누군가에게 보내려다 만 문자를 경찰이 발견해 코난 일행에게 보여 주는데...
코난과 하이바라, 어린이 탐정단은 어느 폐가의 마당에서 야스다 미와를 비롯해 수상한 세 사람을 발견한다. 그들은 생물 잡지에 실을 '독거미 특집'을 위해 모여서 독거미를 촬영하는 중이었다. 잠시 후, 다음으로 취재할 대학교수인 니이노 유타카를 만나기 위해 거미 애호가인 우라사키가 전화를 걸었더니 니이노는 비명을 지르며 검은과부거미에 물렸다고 소리치는데...
TV 기획 방송 출연 차 오키나와에서 프로 야구 선수 노세 토시조가 살해당한 채 발견됐다. 코난은 함께 차를 타고 온 선수 출신 방송인인 모토야마를 의심하지만, 그에게는 확실한 알리바이가 있었다. 그런데 어째선지 란의 가방에 있는 테니스공을 훔치려 하는 모토야마. 한편, 코난은 란이 갖고 있던 시각표를 보고 마침내 모토야마의 알리바이 트릭을 간파하는데...
프로 야구팀 재규어스의 수호신, 노세 토시조와 선수 출신 방송인 모토야마 마사하루와 대담을 하게 된 코고로는 코난과 란을 데리고 오키나와로 간다. 공항에서 모토야마를 기다렸다가 방송국 관계자의 차를 타고 함께 움직이는 코난 일행. 노세 선수의 호텔로 가는 도중 길에 쓰러진 사람을 보게 된다. 코난이 가까이 가서 확인해 보니 놀랍게도 노세 선수가 죽어 있었는데...
인기 게임 '가드린 2'의 출시가 임박하였다. 게임 제작사인 샤이닝의 사장 미치바 노부카즈가 최종 점검을 위해 가드린 2 CD를 재생하자, 미츠바의 동창인 코바야시가 가드린은 자신의 시나리오를 훔친 표절작이라는 사실을 세간에 공표하겠다는 내용과 함께 코바야시가 미츠바의 사장실에서 살해당하는 모습이 찍혀 있었는데...
상점가의 경품 추첨에서 3등 디지털카메라에 당첨된 남자가 있다. 바로 베이카 중앙 병원의 의사, 오오와다 마코토. 그러나 이내 코난은 오오와다의 당첨은 짜고 치는 사기였다는 걸 알게 된다. 그 후, 오오와다의 집 마당에서 금화가 나왔다느니 1억 엔을 주워 사례금으로 500만 엔을 받았다느니 하는 등의 소문이 동네에 퍼진다. 코난과 어린이 탐정단은 소문을 흘리고 다니는 어떤 여성을 찾아내는데...
코난과 란은 소노코에게 이끌려 과자집 박람회에 간다. 박람회 안에서도 소노코가 주목한 건 '디저트 철인 3인조'의 마에다 츠요시, 후지노 야스오, 모리모토 유미가 있는 '에크리튀르'였다. 코난은 우연히 모리모토와 점장 하시가키 사치코가 언쟁을 벌이는 걸 목격한다. 그리고 오후 영업이 시작되고 주방에서 뒤통수를 가격당해 숨진 하시가키가 발견되는데...
소노코의 초대로 배스 낚시 대회에 참가하게 된 란과 코난, 그리고 어린이 탐정단은 그곳에서 우승 후보인 아유카와 사오리와 마스부치 타쿠야와 알게 된다. 대회 첫날 밤, 코난은 우연히 자유 기고가인 후나키 토시히코와 마스부치가 큰 소리로 언쟁을 벌이는 모습을 지켜보다 자리를 뜬다. 대회 둘째 날, 란과 소노코는 전날에 한 마리도 못 잡은 코난과 어린이 탐정단을 보러 가는 도중에 쓰러져 죽어 있는 후나키를 발견하게 되는데...
코난과 어린이 탐정단은 유령으로 나타난 '오토자와 마미'에 대해 조사하다가 민박집의 주인장, 나가쿠라 이와오가 칼에 찔리는 모습을 목격한다. 나가쿠라를 해치려고 한 중요 참고인으로 품행이 불량한 카와지가 경찰에 연행된다. 한편, 진범이 따로 있다고 생각한 코난은 열흘 전에 나가쿠라의 집과 오토자와의 집을 통째로 바꿔 옮겼다는 얘기를 듣는다. 이에 코난은 현재는 폐가가 된 오토자와의 집으로 향하는데...
코난과 어린이 탐정단은 코고로와 란과 함께 어느 작은 마을에 관광하러 간다. 이 마을은 반년 전부터 어린아이의 유령이 나온다는 소문이 자자한 곳이었다. 코난 일행이 묵는 민박집의 주인 부부와 인사를 나누고 저녁 식사를 한다. 식사 후에 코난은 겐타, 미츠히코, 아유미와 함께 유령의 존재를 확인하기 위해 산책을 나서고, 아유미는 길을 걷다가 또래로 보이는 소녀가 우는 모습을 보고 쫓아가는데...
숫자 ‘5'와 비슷한 마크는 이내 자동차의 엠블럼이라는 것을 알게 된 어린이 탐정단과 사토, 타카기 형사.괴한이 떨어뜨린 소지품은 혈흔이 묻은 자동차 열쇠였다. 곧이어 경찰이 수배를 내려, 알리바이가 없고 자동차 열쇠를 잃어버린 세 명의 용의자가 베이카 경찰서 앞으로 모였다. 아유미는 진하게 선팅된 차 안에서 용의자를 가려 보려 하지만 마음처럼 잘 안 되는데...
비가 오는 하굣길. 아유미는 집에 가는 길에 우비를 모자를 눌러쓰고 우비를 입은 남자와 부딪친다. 그 남자는 아유미와 부딪쳤을 때 떨어뜨린 무언가를 황급히 집어 들고 도망쳤다. 도망친 남자는 놀랍게도 묻지 마 테러를 일으키는 괴한이었다. 아유미는 괴한의 얼굴은 못 봤으나 아유미의 손에 숫자 ‘5'와 비슷한 마크가 찍혀 있었다. 그리고 그 마크는 겐타의 엉덩이에도 찍혀 있었는데...
유령선에서는 신이치로 분장한 이가 정체를 드러내며 사건의 전말이 밝혀지고 항구에서는 코난을 구하기 위해 하이바라가 나타나며 상황은 또다시 새로운 국면을 맞이하게 된다. 베르무트는 하이바라의 정체가 자신이 찾던 셰리임을 알고 총을 겨누고, 하이바라는 자신을 죽이는 대신 모두를 살려 달라고 베르무트에게 청한다. 그때 조디의 자동차에 숨어 있던 누군가가 달려 나와 하이바라를 구하기 위해 몸을 던지는데...
사실 그의 정체는 아라이데로 변장한 베르무트였다.조디는 아버지를 죽인 원수인 베르무트가 남긴 말을 되뇌며 줄곧 그녀를 쫓았다고 한다.조디가 베르무트와 대화를 나누던 도중, 그녀는 베르무트의 동료가 쏜 총에 맞아 쓰러진다.조디는 FBI 동료들을 잠복시킨 항구로 그녀를 유인했다고 생각했지만,계획을 미리 알았던 베르무트가 이미 돌려보낸 뒤였다.결국 조디가 위험에 처하자 하이바라로 변장했던 코난이 정체를 드러내며 상황을 역전시킨다.
돛대에 올라선 투명 인간의 정체는 바로 신이치였다.코고로는 신이치에게 미라로 분장한 스태프가 후쿠우라를 살해한 범인이라고 주장하지만,신이치는 스태프가 죄를 뒤집어썼을 뿐이고 진짜 범인은 따로 있다고 하며 증거를 보여 준다.처음에는 부정하던 범인도 명백한 증거 앞에서 더는 부인하지 못하고 죄를 인정한다.한편 조디를 뒤쫓던 아라이데는 항구에 도착한 뒤 드디어 대화를 나눌 기회를 잡는다.하지만 조디는 상대가 진짜 아라이데가 아니라는 사실을 간파하는데...
코고로와 소노코가 참석한 핼러윈 파티가 한창 무르익어 가던 도중, 갑자기 파티의 주최자가 석궁에 맞아 살해되는 사건이 발생하고 만다.흉기에 악마 카드가 꽂혀 있혀서 악마 카드를 지닌 코고로네 팀 사람들이 유력한 용의자로 떠오른다.한편 하이바라는 아라이데와 함께 병원에 가기로 하고 그를 기다리고 있었다.하지만 그녀를 데리러 온 사람은 아리이데가 아니라 조디였는데...
코고로는 'Vermouth'라는 사람이 보낸 핼러윈 파티 초대장을 받는다.그는 괴물을 무서워하는 란 대신 소노코와 유령선 파티에 참석하기로 한다.신이치 앞으로도 같은 편지가 왔고, 내용을 확인한 코난은 검은 조직의 '베르무트'가 보냈다는 사실과자신들의 정체가 들켰다는 사실을 깨닫는다.하이바라는 파티에 가려는 코난을 말렸지만, 그는 하이바라를 잠재우면서까지 파티에 참석하려 한다.
아야를 위해 사건을 해결하기로 한 란과 소노코.란이 추리에 애먹는 와중에 신이치에게 전화가 온다.란이 신이치에게 사건을 설명하고 자신이 나름대로 생각한 추리를 들려준다.신이치에게 약간의 도움을 받아 당당히 범인을 잡고 아야카를 위기에서 구한 란.그 길로 조디의 집에서 송별회 파티를 즐긴다.취한 조디를 두고 잠시 화장실에 간 란은 거울 뒤 수납장에서 수많은 도촬 사진을 발견하는데...
조디의 퇴직 소식을 들은 란과 소노코는 조디의 집에서 송별회를 열기로 한다.송별회 때 먹을 음식을 사기 위해 란과 소노코의 친구인 아야가 일하는 편의점으로 향한다.편의점에 도착해서 본 것은 점장님에게 호되게 혼이 나고 있는 아야였다.아야가 일할 때만 편의점 상품이 없어진다는 이유에서였다.이에 란과 소노코는 아야를 위해 자신들이 사건을 해결해 보기로 하는데...
디자인 회사 사장이 독살된 이 사건이 검은 조직의 음모라고 생각하는 장미와 코난, 경찰은 피해자가 혹시 외부에서 독을 몸에 묻혀서 들어오지 않았을까 의심하는데... 코난은 화장실 물을 아껴 쓰라는 사장의 잔소리가 심했다는 얘기를 듣고, 화장실 변기 물탱크 안에 무언가 숨겨져 있을 거라 생각한다. 사건을 해결하고 숨겨진 물건을 찾기로 한 코난은 박사님의 목소리를 빌어 추리를 시작한다. 범인은 사무실의 직원인 이 동희. 20년 전 독립했던 자신을 방해한 사장에게 오랫동안 앙심을 품어 왔지만, 우연히 만난 장미 언니의 순수한 얼굴을 보는 순간 나쁜 마음이 사라졌었다. 20년이 지난 다음 다시 독립하겠다고 사장에게 말하자 사장은 다시 이 동희의 기를 꺾었고 화가 난 이 동희는 결국 계획했던 대로 사장을 해치고만 것이다. 사건 해결 후 장미의 언니가 숨긴 물건을 찾아가지고 돌아오는 코난 일행. 그것은 검은 조직에 대한 정보가 아닌 장미의 엄마가 죽기 전에 장미에게 남긴 사랑의 메시지였다.