코난과 헤이지는 젊었을 적의 한다, 호시카와, 히메미야의 사진을 보고 무언가를 눈치채고 란과 카즈하는 정전되기 전과 후로 꽃병의 그림자가 미묘하게 달랐다는 걸 떠올린다. 외부에서 침입한 범인의 범행이라고 잠정 결론이 난 뒤 창문을 닫으려 한 그때, 코난과 헤이지는 창문에 비친 자신들의 모습을 보고 범인과 범인이 쓴 트릭을 알아차리는데...
호시카와, 란, 카즈하가 2층 복도 끝에서 히메미야의 시신을 본다. 마사카게의 방에서 경찰에 신고하는 호시카와를 뒤따라간 코난은 창문이 열려 있는 걸 발견한다. 시신 옆에 있는 자료 창고는 누군가에 의해 어질러져 있었다. 자료 창고에는 미스터 마사카게의 오리지널 마술이 적힌 노트가 있다고 한다. 헤이지는 범인이 노트를 훔친 후에 자신의 모습을 본 히메미야를 죽이고 달아났다고 추리하는데...
코난, 란, 헤이지, 카즈하는 함께 호시카와 도고의 마술 쇼를 보러 간다. 수조 탈출 마술 때 오해하고 무대로 난입한 란과 카즈하가 호시카와에게 사과하기 위해 대기실에 들른다. 그때 그와 한다, 히메미야가 10년 전 갑자기 자취를 감춘 미스터 마사카게의 제자라는 걸 알게 된다. 이에 한다가 코난 일행을 마사카게의 집으로 초대한다. 저녁 준비를 끝내고 히메미야를 데리러 간 호시카와, 란, 카즈하. 갑작스레 정전됐다가 불이 켜진 그곳에 히메미야가 숨진 채 발견되는데...
새벽 5시, 조깅 중인 히로마츠 히로시가 길 위에서 머리에 피를 흘리며 쓰러져 있는 사람을 발견하고 119에 신고한다. 그런데 구급차가 오지를 않자 직접 소방서로 찾아간다. 그로부터 얼마 후, 사건 현장에서 사쿠라다 형사가 최초 발견자를 찾는 와중에 히로마츠가 구급차를 타고 나타난다. 사쿠라다는 굳이 소방서까지 가서 구급차를 끌고 온 히로마츠를 범인으로 의심하는데...
비서 겸 유언 집행자인 시계에게 들은 힌트를 바탕으로 수수께끼를 풀던 코난은 북쪽 천사의 탑에서 흑수정을 발견한다. 그때, 시계가 유리코를 억지로 끌고 나가고 코난들은 지하로 떨어진다. 북쪽 천사의 탑에서 동관으로 향하기로 한 코난과 아이들은 미노타우로스의 미궁처럼 실타래를 풀어 길을 찾아 나가며 결국 밖으로 나오게 되는데...
마츠나카 유리코라는 학생이 어린이 탐정단에 의뢰하러 왔다. 듣자 하니, 증조부이자 성난 황소라 불렸던 투자가, 이세가와 고조가 죽기 전 비서인 '시계'에게 유언을 남겼다는데 그 유언에 담긴 수수께끼를 푼 자만 재산을 상속받을 수 있다고 한다. 수수께끼를 푸는 제한 시간은 24시간. 상속 순위가 높은 사람부터 도전하는 방식으로 유리코가 17번째 도전자라고 하는데...
코고로는 의뢰 내용을 들으러 코난과 란을 데리고 음악가 집안으로 유명한 시타라 가문의 저택을 방문한다. 마침 그날은 당주 쵸이치로의 생일이었다. 당주의 손녀이자, 의뢰인인 시타라 하스키는 최근 2년간 연속으로 쵸이치로의 생일에 사람이 죽었다고 얘기한다. 아무래도 시타라 가문 삼 형제의 차남인 단지로가 30년 전에 장남 쵸이치로에게 선물한 바이올린과 연관이 있는 듯한데...
어느 날 밤, 술에 취한 코고로는 귀가하는 도중에 머리 위로 쇠파이프 더미가 떨어져서 맞을 뻔한다. 간발의 차로 피한 코고로에게 문자로 '다음엔 반드시 죽이겠다'라는 문자가 온다. 휴대폰을 들고 짐작 가는 데가 없다고 하는 코고로를 보던 란은 그가 들고 있는 휴대폰과 입고 온 겉옷이 코고로 것이 아님을 알아챈다. 그 겉옷에는 '키무라'라는 이름이 쓰여 있었는데...
란은 행방이 묘연했다. 남자가 사고당하기 전에 누군가에게 보내려다 만 문자를 경찰이 발견해 코난 일행에게 보여 주는데...아가사 박사와 함께 캠핑장을 찾은 코난과 란, 그리고 어린이 탐정단. 텐트를 치며 준비하던 중에 텐트 안에서 자던 란을 어떤 남자가 납치한다. 얼마 안 있어, 납치범이 근처에서 추락 사고를 당하며 발견되지만,
코난과 하이바라, 어린이 탐정단은 어느 폐가의 마당에서 야스다 미와를 비롯해 수상한 세 사람을 발견한다. 그들은 생물 잡지에 실을 '독거미 특집'을 위해 모여서 독거미를 촬영하는 중이었다. 잠시 후, 다음으로 취재할 대학교수인 니이노 유타카를 만나기 위해 거미 애호가인 우라사키가 전화를 걸었더니 니이노는 비명을 지르며 검은과부거미에 물렸다고 소리치는데...
TV 기획 방송 출연 차 오키나와에서 프로 야구 선수 노세 토시조가 살해당한 채 발견됐다. 코난은 함께 차를 타고 온 선수 출신 방송인인 모토야마를 의심하지만, 그에게는 확실한 알리바이가 있었다. 그런데 어째선지 란의 가방에 있는 테니스공을 훔치려 하는 모토야마. 한편, 코난은 란이 갖고 있던 시각표를 보고 마침내 모토야마의 알리바이 트릭을 간파하는데...
프로 야구팀 재규어스의 수호신, 노세 토시조와 선수 출신 방송인 모토야마 마사하루와 대담을 하게 된 코고로는 코난과 란을 데리고 오키나와로 간다. 공항에서 모토야마를 기다렸다가 방송국 관계자의 차를 타고 함께 움직이는 코난 일행. 노세 선수의 호텔로 가는 도중 길에 쓰러진 사람을 보게 된다. 코난이 가까이 가서 확인해 보니 놀랍게도 노세 선수가 죽어 있었는데...
인기 게임 '가드린 2'의 출시가 임박하였다. 게임 제작사인 샤이닝의 사장 미치바 노부카즈가 최종 점검을 위해 가드린 2 CD를 재생하자, 미츠바의 동창인 코바야시가 가드린은 자신의 시나리오를 훔친 표절작이라는 사실을 세간에 공표하겠다는 내용과 함께 코바야시가 미츠바의 사장실에서 살해당하는 모습이 찍혀 있었는데...
상점가의 경품 추첨에서 3등 디지털카메라에 당첨된 남자가 있다. 바로 베이카 중앙 병원의 의사, 오오와다 마코토. 그러나 이내 코난은 오오와다의 당첨은 짜고 치는 사기였다는 걸 알게 된다. 그 후, 오오와다의 집 마당에서 금화가 나왔다느니 1억 엔을 주워 사례금으로 500만 엔을 받았다느니 하는 등의 소문이 동네에 퍼진다. 코난과 어린이 탐정단은 소문을 흘리고 다니는 어떤 여성을 찾아내는데...
코난과 란은 소노코에게 이끌려 과자집 박람회에 간다. 박람회 안에서도 소노코가 주목한 건 '디저트 철인 3인조'의 마에다 츠요시, 후지노 야스오, 모리모토 유미가 있는 '에크리튀르'였다. 코난은 우연히 모리모토와 점장 하시가키 사치코가 언쟁을 벌이는 걸 목격한다. 그리고 오후 영업이 시작되고 주방에서 뒤통수를 가격당해 숨진 하시가키가 발견되는데...
방파제 낚시를 하러 간 코난과 어린이 탐정단. 흩어져서 낚시를 하다가 돌아갈 때쯤, 에지리 후토시가 독 중독으로 쓰러져 아가사 박사와 이다가 병원으로 옮긴다. 아가사 박사가 전화로 피해자의 왼쪽 손목에 무언가가 걸렸던 상처가 있고 소맷부리에는 풀이 묻어 있다는 소식을 전한다. 이에 코난은 살해 방법을 간파하여 부둣가에 남아 있던 시라네와 카네타니 두 사람 중에 있는 범인을 밝혀내는데...
방파제 낚시를 하러 간 코난과 어린이 탐정단은 배에서 시라네 키리코, 카네타니 미네토, 에지리 후토시와 만난다. 방파제에 도착한 후, 선장 이다 이와오는 세 시간 뒤에 데리러 오겠다고 하고는 다시 돌아갔다. 세 시간이 지나고 배가 다시 온 그때, 낚싯대에 입질이 왔는데도 미동조차 하지 않는 에지리. 결국 낚싯대는 바다에 빠지고 이를 이상하게 여긴 이다가 달려가 보지만 이미 사망한 상태였는데...
코고로가 의뢰를 받고 미행하던 히토미 쇼이치로가 베이카 호텔에서 추락사한다. 그와 같은 시각, 쇼이치로의 쌍둥이 동생인 타케히코도 자택에서 누군가에게 살해당한 채 발견된다. 우연이라고 볼 수밖에 없는 사건에 코난은 작위적인 느낌을 받는다. 한편, 타니자키라는 또 다른 남성이 사건과 관련이 있다는 것을 안 코난은 사건 경위를 곱씹다가 마침내 진상을 알아내는데...
의뢰인의 요청으로 히토미 쇼이치로를 미행 중이던 모리 코고로. 히토미가 미나미자토 카오루라는 여성을 덮치려다 실패하고 도주하던 도중에 베이카 호텔에서 떨어져 추락사한다. 그와 같은 시간, 쇼이치로의 쌍둥이 동생인 타케히코도 자택에서 숨진 채 발견된다. 경찰은 타케히코의 죽음을 강도에 의한 살인이며 두 사건은 관련 없는 우연한 사건으로 보지만, 코난은 동시에 발생한 사건이 작위적이라 느끼는데...
아파트 단지 내의 화단에서 노파가 시신으로 발견된다. '대형 폐기물' 스티커가 붙어 있는 냉장고 아래로 한쪽 손을 넣은 채로 사망하였다. 주변에는 산산조각이 난 한 화분이 있고 하늘에는 까마귀들이 날고 있다. 사건을 조사하러 출동한 경찰은 정황상 베란다에 매달려 있던 화분이 까마귀들이 장난치다가 떨어져서 사망했다고 하지만, 코난은 어딘가 미심쩍은데...