시타라 가문에서 일어난 연속 사망 사건. 언뜻 사고로 보이지만, 코난은 교묘하게 계획된 살인 사건으로 여긴다. 게다가 2년 전 사망한 에미와 작년에 사망한 후루토로 이어지는 연쇄 살인 사건이라고 추리한다. 이번 아야네의 시신 근처에 떨어져 있던 단서를 토대로 추리를 완성하는 코난. 용의자들을 한자리에 모아 코고로를 앞세워 추리 쇼를 펼치고자 하는데...
음악가 집안의 당주, 시타라 쵸이치로의 손녀인 하스키의 의뢰를 받아 코고로와 코난, 란은 시타라 가문의 저택을 방문한다. 그런데 저택 별관에서 발생한 화재로 쵸이치로의 막냇동생이자 지휘자인 겐자부로가 사망한다. 코난은 30년 전에 사망한 차남 단지로, 2년 연속으로 사망한 겐자부로의 아내 에미와 쵸이치로의 아들 후루토, 마지막으로 사망한 겐자부로의 이니셜이 D, E, F, G의 알파벳순이라는 걸 알아차리고 살인 사건임을 의심하는데...
코고로는 의뢰 내용을 들으러 코난과 란을 데리고 음악가 집안으로 유명한 시타라 가문의 저택을 방문한다. 마침 그날은 당주 쵸이치로의 생일이었다. 당주의 손녀이자, 의뢰인인 시타라 하스키는 최근 2년간 연속으로 쵸이치로의 생일에 사람이 죽었다고 얘기한다. 아무래도 시타라 가문 삼 형제의 차남인 단지로가 30년 전에 장남 쵸이치로에게 선물한 바이올린과 연관이 있는 듯한데...
어느 날 밤, 술에 취한 코고로는 귀가하는 도중에 머리 위로 쇠파이프 더미가 떨어져서 맞을 뻔한다. 간발의 차로 피한 코고로에게 문자로 '다음엔 반드시 죽이겠다'라는 문자가 온다. 휴대폰을 들고 짐작 가는 데가 없다고 하는 코고로를 보던 란은 그가 들고 있는 휴대폰과 입고 온 겉옷이 코고로 것이 아님을 알아챈다. 그 겉옷에는 '키무라'라는 이름이 쓰여 있었는데...
란의 부탁으로 테이탄 고등학교의 유령 소동을 조사하러 온 코난. 호사카와 관련한 괴담을 조사하던 중, 운동장에 난데없이 2년 전에 사망한 호사카 히데유키의 책상이 나타난다. 거기다 책상 위에는 원한의 글귀가 적혀 있고 비가 내려 질척거리는 땅에는 책상을 옮긴 사람의 발자국이 없다. 그때 갑자기 코난 일행의 이야기를 엿듣던 미술부 부원의 모노베 마사오가 호사카의 저주라고 소리치며 공포에 떠는데...
겐타가 코난, 미츠히코, 아유미에게 보여 주고 싶은 게 있다며 함께 펫 숍으로 향했으나 가게가 닫혀 있었다. 그런데 셔터는 잠겨 있지 않았다. 그때 ‘니노미야'라는 청년이 나타나 셔터를 열고 같이 안으로 들어가게 된다. 가게를 둘러보던 중 장수풍뎅이 한 마리가 기어 나온다. 이를 의심스럽게 여겨 방으로 들어간 코난이 거기서 남자의 시신을 발견하는데...
트로피컬 마린 랜드에서의 연인다운 시간을 보내야 할 데이트가 마약 거래 수사로 바뀌고 만 타카기 형사와 사토 형사. 놀이공원 폐장을 앞둔 5시 반, 마침내 코난 일행은 운반책을 발견한다. 운반책과 마약상이 접촉하는 순간을 노리던 사토와 타카기. 사토는 타카기에게 코난과 어린이 탐정단을 맡기고 마약 밀매상 야쿠라 아사키치를 체포하기 위해 접근하지만, 야쿠라는 잽싸게 사토에게 권총을 겨누고 한 발의 총성이 들리는데...
트로피컬 마린 랜드에서 데이트 중인 사토 형사와 타카기 형사. 타카기 형사는 몰래 반지를 가방에 넣어 와서 사토 형사한테 고백하려 한다. 한편, 시라토리 경부를 비롯한 본청 형사들은 트로피컬 마린 랜드에 마약 거래 잠복근무 차 데이트하는 사토와 타카기를 방해한다. 사토와 타카기는 데이트하다가 우연히 코난 일행을 만나 같이 다닌다. 놀이공원을 만끽하던 타카기는 어느새 자기 가방이 다른 사람의 것과 바뀌었다는 걸 알게 되는데...
란과 코난은 상점가에서 장을 보다가 우연히 귀가하던 니시무라 사치코와 만난다. 니시무라는 일전에 란이 학생 수첩을 잃어버렸을 때 수첩을 주워서 가져다준 사람이다. 반가움도 잠시, 다음날 니시무라가 싸늘한 주검으로 발견된다. 탐문 수사로 니시무라가 살해당하기 전날 남자 친구로 추정되는 인물과 같이 있었다는 게 밝혀지고 경찰들도 정황상 남자 친구가 범인이라고 확신하고 있는데...
괴도 키드가 많은 사람들 앞에서 공중을 걷는 모습을 선보이자, 코난과 나카모리 경부는 서둘러 주변을 살폈지만 아무런 속임수도 발견하지 못한다. 다음 날 코난 일행은 옥상에서 키드가 나타나길 기다리다가 그가 남긴 듯한 흔적을 발견한다. 그 뒤에 코난은 나카모리 경부에게 또 다른 단서까지 얻으며 점점 진실과 가까워지는데...
코난 일행은 우연히 귀국한 지로키치와 마주쳤는데, 그는 괴도 키드가 관심을 보일 만한 보석을 구하기 위해 전 세계를 돌고 왔다고 한다. 지로키치는 구해 온 대양의 기적 ‘블루 원더'를 걸고 괴도 키드에게 도전장을 던지고, 괴도 키드도 그 도전을 받아들인다. 키드가 미리 살펴보러 오겠다고 한 날이 되자 코난은 걸어서 오겠다는 예고를 떠올리며 그를 기다린다. 그런데 괴도 키드는 놀랍게도 땅이 아니라 공중에 나타났고, 심지어 공중을 걷기도 하는데...
사건을 수사하던 경찰은 어젯밤 후나키와 언쟁을 벌였다는 마스부치를 찾아가 사정을 물었다. 한편, 코난은 후나키의 시신이 있던 장소를 조사하다가 미츠히코와 겐타가 배낚시를 하다가 주워 올린 것을 보고 범인과 살해 방법을 알아차린다. 배스 낚시 대회에서 우승한 마스부치, 준우승한 아유카와. 코난은 소노코를 잠재워 박수갈채를 받으며 퇴장하려는 두 사람을 불러 세우고 추리 쇼를 시작하는데...
소노코의 초대로 배스 낚시 대회에 참가하게 된 란과 코난, 그리고 어린이 탐정단은 그곳에서 우승 후보인 아유카와 사오리와 마스부치 타쿠야와 알게 된다. 대회 첫날 밤, 코난은 우연히 자유 기고가인 후나키 토시히코와 마스부치가 큰 소리로 언쟁을 벌이는 모습을 지켜보다 자리를 뜬다. 대회 둘째 날, 란과 소노코는 전날에 한 마리도 못 잡은 코난과 어린이 탐정단을 보러 가는 도중에 쓰러져 죽어 있는 후나키를 발견하게 되는데...
코난과 어린이 탐정단은 유령으로 나타난 '오토자와 마미'에 대해 조사하다가 민박집의 주인장, 나가쿠라 이와오가 칼에 찔리는 모습을 목격한다. 나가쿠라를 해치려고 한 중요 참고인으로 품행이 불량한 카와지가 경찰에 연행된다. 한편, 진범이 따로 있다고 생각한 코난은 열흘 전에 나가쿠라의 집과 오토자와의 집을 통째로 바꿔 옮겼다는 얘기를 듣는다. 이에 코난은 현재는 폐가가 된 오토자와의 집으로 향하는데...
코난과 어린이 탐정단은 코고로와 란과 함께 어느 작은 마을에 관광하러 간다. 이 마을은 반년 전부터 어린아이의 유령이 나온다는 소문이 자자한 곳이었다. 코난 일행이 묵는 민박집의 주인 부부와 인사를 나누고 저녁 식사를 한다. 식사 후에 코난은 겐타, 미츠히코, 아유미와 함께 유령의 존재를 확인하기 위해 산책을 나서고, 아유미는 길을 걷다가 또래로 보이는 소녀가 우는 모습을 보고 쫓아가는데...
숫자 ‘5'와 비슷한 마크는 이내 자동차의 엠블럼이라는 것을 알게 된 어린이 탐정단과 사토, 타카기 형사.괴한이 떨어뜨린 소지품은 혈흔이 묻은 자동차 열쇠였다. 곧이어 경찰이 수배를 내려, 알리바이가 없고 자동차 열쇠를 잃어버린 세 명의 용의자가 베이카 경찰서 앞으로 모였다. 아유미는 진하게 선팅된 차 안에서 용의자를 가려 보려 하지만 마음처럼 잘 안 되는데...
비가 오는 하굣길. 아유미는 집에 가는 길에 우비를 모자를 눌러쓰고 우비를 입은 남자와 부딪친다. 그 남자는 아유미와 부딪쳤을 때 떨어뜨린 무언가를 황급히 집어 들고 도망쳤다. 도망친 남자는 놀랍게도 묻지 마 테러를 일으키는 괴한이었다. 아유미는 괴한의 얼굴은 못 봤으나 아유미의 손에 숫자 ‘5'와 비슷한 마크가 찍혀 있었다. 그리고 그 마크는 겐타의 엉덩이에도 찍혀 있었는데...
유령선에서는 신이치로 분장한 이가 정체를 드러내며 사건의 전말이 밝혀지고 항구에서는 코난을 구하기 위해 하이바라가 나타나며 상황은 또다시 새로운 국면을 맞이하게 된다. 베르무트는 하이바라의 정체가 자신이 찾던 셰리임을 알고 총을 겨누고, 하이바라는 자신을 죽이는 대신 모두를 살려 달라고 베르무트에게 청한다. 그때 조디의 자동차에 숨어 있던 누군가가 달려 나와 하이바라를 구하기 위해 몸을 던지는데...
사실 그의 정체는 아라이데로 변장한 베르무트였다.조디는 아버지를 죽인 원수인 베르무트가 남긴 말을 되뇌며 줄곧 그녀를 쫓았다고 한다.조디가 베르무트와 대화를 나누던 도중, 그녀는 베르무트의 동료가 쏜 총에 맞아 쓰러진다.조디는 FBI 동료들을 잠복시킨 항구로 그녀를 유인했다고 생각했지만,계획을 미리 알았던 베르무트가 이미 돌려보낸 뒤였다.결국 조디가 위험에 처하자 하이바라로 변장했던 코난이 정체를 드러내며 상황을 역전시킨다.
돛대에 올라선 투명 인간의 정체는 바로 신이치였다.코고로는 신이치에게 미라로 분장한 스태프가 후쿠우라를 살해한 범인이라고 주장하지만,신이치는 스태프가 죄를 뒤집어썼을 뿐이고 진짜 범인은 따로 있다고 하며 증거를 보여 준다.처음에는 부정하던 범인도 명백한 증거 앞에서 더는 부인하지 못하고 죄를 인정한다.한편 조디를 뒤쫓던 아라이데는 항구에 도착한 뒤 드디어 대화를 나눌 기회를 잡는다.하지만 조디는 상대가 진짜 아라이데가 아니라는 사실을 간파하는데...