신이치네 집에 청소를 하러 간 란과 소노코는 우연히 신이치의 첫사랑이라는 아사미 선배를 만나게 된다.그날 밤 아사미가 일찍 잠드는 바람에 그녀의 대학 선배들과 란 일행만 노래방에 갔는데 몇 시간 뒤 아사미 혼자 남은 별장에서 불길이 피어오르는데...그러다 그녀의 생일 파티에 초대된 란 일행은 주말에 별장을 방문한다.
그런데 그 모습을 지켜보던 그때 누군가가 코난을 기절시키고 지하실에 가두는데...그 뒤 코난은 우연히 이치카와의 장녀를 발견하고 뒤따라갔다가 그녀가 와인에 약물을 주입하는 모습을 목격한다.코고로 일행은 이치카와 회장의 의뢰를 받고 그의 집을 방문한다.그는 오늘 친족 모임에서 자신의 딸들이 무슨 짓을 꾸미나 감시해 달라고 한다.
그때 코난은 소란 속에서 이상한 말을 한 사람을 의심하는데...다음 날 유언을 발표하기 위해 변호사가 찾아와서 모두가 한자리에 모인다.코난 덕분에 요시후사는 가까스로 화살을 피했지만 누군가가 그를 노리고 미리 석궁을 설치해 뒀다는 것이 밝혀진다.그런데 유언이 담긴 테이프를 들으려는 순간 어딘가에서 화살이 날아온다.
그런데 그날 밤 마당에 있던 우물에서 히로미의 새어머니가 누군가에게 살해된 채 발견되는데...그녀는 지난달에 돌아가신 아버지의 유언 발표를 들으러 브라질에서 온 작은아버지가 본인이 맞는지 조사해 달라고 부탁한다.유키코는 코난을 데리고 어린 시절 소꿉친구인 히로미의 집을 방문한다.
지하실을 살펴보던 코고로는 역시 모토야스가 자살했다고 생각하지만 코난은 수상한 정황을 발견하고 제자 중 범인이 있으리라 추측한다.그러던 중 코난은 모토야스의 카드를 통해 그가 남겨 둔 다잉 메시지를 발견한다.그런데 그의 다잉 메시지는 의미를 알 수 없는 숫자와 기호로 되어 있었는데...
출동한 경찰은 단순한 강도 사건이라 생각하지만, 코난은 뭔가 이상한 점을 발견하는데...강도가 방심한 틈을 타서 한 은행원이 강도의 뒤로 다가가 공격을 시도하지만 휴대폰이 울려 들키는 바람에 총에 맞고 만다.코난 일행이 잠깐 들른 은행에 총을 든 강도가 침입한다.그때 또 다른 은행원이 강도에게 달려들었는데 실랑이를 벌이다가 총이 잘못 발사되어 강도가 사망한다.
그 이후 두 사람은 범인과 사건의 진상은 알아내지만, 증거를 확보하지 못하는데...연못에서 나가토 회장의 아들 히데오미가 자살한 채 발견되는데 그의 주머니에서 자신이 저지른 죗값을 치르기 위해 죽음을 선택했다는 유서가 나온다.경찰은 그를 범인으로 확신하고 수사를 마무리하려 했지만 코난과 핫토리는 유서에서 이상한 점을 눈치채고 저택을 조사한다.
코고로 일행은 나가토 그룹 회장의 의뢰로 저택을 방문했다가 그의 생일 파티에 참가한다.그 뒤 코고로 일행과 경찰이 저택을 샅샅이 뒤졌지만, 범인을 찾을 수 없었는데...파티가 끝나 갈 즈음 잠시 자리를 비웠던 미츠아키에게 전화가 왔는데 그는 누군가가 자신을 칼로 공격했다고 소리쳤다.코고로 일행은 급히 그가 있는 방으로 달려가지만, 이미 울타리 위로 떨어져 사망한 뒤였다.
그런데 한창 파티가 무르익었을 때 사람들이 달고 있던 진주가 폭발하여 혼란에 빠지는데..괴도 키드가 예고한 당일 소노코의 모친 토모코는 괴도 키드에게 맞서기 위해 선상 파티에 참석한 모든 손님에게 모조 진주를 달게 한다.
한편 예고장의 의미를 알아낸 코난은 늦은 밤 혼자 그 장소로 향한다.코고로는 소노코의 부탁으로 스즈키 가문의 가보 블랙 스타를 괴도 1412호의 손에서 지키기 위해 박물관을 방문한다.하지만 그는 괴도 1412호가 보낸 예고장의 의미를 알아내지 못하고 엉뚱한 해석만 내놓았다.예고한 장소에 나타난 괴도 키드는 일부러 경찰을 모두 불러 모은 뒤 퀸 세리자베스호에서 진짜 블랙 스타를 가져가겠다는 예고장을 남긴 채 사라지는데...
그런데 사무소에 가 보니 사신 진나이는 없고 총에 맞아 살해된 난죠만 남아 있었다.코고로 일행은 우연히 ‘사신 진나이'란 영화의 주연 배우 난죠의 아내를 만났다가 사신 진나이가 난죠의 목숨을 가지러 가겠다는 예고장을 보냈다는 이야기를 듣는다.그날 밤 예고대로 사신 진나이가 나타나자 코고로 일행은 난죠의 사무소로 향하는 그자의 뒤를 쫓는다.한편 사건 현장을 살펴보던 코난은 뭔가 위화감을 느끼는데...
아이들은 주변을 살펴보다가 만조 때 바닷속으로 사라진다는 동굴 안에 쓰러져 있는 그녀를 발견한다.하지만 그들은 그녀를 구하러 동굴에 들어갔다가 고무보트에 구멍이 나 그곳에 갇히고 마는데...거기엔 시노부라는 여성이 구조를 요청하는 내용이 적혀 있었다.바다에 놀러 간 어린이 탐정단은 모래사장에서 한 쪽지를 발견한다.
용의자가 늘어나자 경찰은 세 사람의 알리바이를 조사하지만 세 사람 다 확실한 알리바이가 없었는데...다음 날 목격 증언을 들은 경찰이 그를 체포하려던 그때 그와 얼굴이 똑같이 생긴 쌍둥이 형제 두 사람이 별장에 나타난다.소노코네 별장에 놀러 간 코난과 란은 소노코의 언니 아야코의 약혼자를 만난다.그런데 그날 밤 코난 일행은 아야코의 약혼자가 그의 친아버지를 살해하는 장면을 목격한다.
코고로는 불특정 상대를 노린 무차별 살인이라 생각하지만 코난은 피해자에게 스토킹을 당했던 여성을 의심한다.코고로 일행은 등산을 가다가 음료를 먹고 쓰러진 사람을 발견한다.결국 그는 사망했는데, 경찰의 조사 결과 그가 마신 음료에 독이 들어 있었다고 한다.하지만 뚜껑을 딴 음료를 피해자에게 먹일 방법을 찾지 못해 난관에 부딪히는데...
코난과 란은 그가 코고로를 찾자 협박문을 조사해 달라고 의뢰한 극장으로 안내한다.코고로의 스승이자 전설의 명탐정이라 불리는 헤이하치로가 탐정 사무소에 찾아온다.경찰의 조사 결과 사망 원인은 청산가리였다.그런데 극장에서 한창 연습이 진행되던 도중 갑자기 주연 배우가 사망한다.그 이후 범인을 밝혀내기 위해 용의자를 조사하던 코고로는 떨어지는 무대막을 피하다가 다쳐서 병원에 실려 가는데...
우연히 길에서 친구를 만난 코고로는 밤마다 집에서 이상한 소리가 난다는 이야기를 듣고 원인을 조사하러 간다.경찰은 그와 함께 술을 마셨던 같은 대학의 친구들을 용의자로 의심한다.한편 코난은 살해 현장의 벽에서 수상한 혈흔을 발견하고 무언가를 눈치채는데...그런데 그날 밤 그가 사는 아파트 앞에서 한 남성이 누군가에게 살해된 채 발견된다.
다음 날 남성은 아이와 잠깐 통화할 수 있었는데 그때 아이가 게가 잔뜩 있고 고래가 물을 내뿜는다는 말을 했다고 한다.범인에게 의심받지 않도록 몰래 남성에게 접근한 코난는 일행은 그를 돕기로 한다.코난은 우연히 아이가 유괴되어 협박을 받는 듯한 한 남성을 발견한다.코고로 일행은 게와 고래가 있는 곳을 찾아다니지만 아무리 찾아도 그런 곳은 보이지 않았는데...
그런데 코난과 란이 도착했을 때 총소리가 울려 퍼지고 전화했던 자가 총에 맞아 사망한다.테라오카와 모리가 그자를 만나러 떠난 뒤 두 사람이 걱정된 코난과 란도 그들을 뒤쫓아 간다.코난 일행은 코고로의 지인 테라오카의 집을 방문하는데 한창 대화를 나누고 있을 때 한 조직폭력배가 테라오카에게 전화해 살인을 고백한다.테라오카는 상대와 실랑이를 벌이다가 총이 잘못 발사됐다고 했지만 코난은 사고가 아니라고 생각하는데...
그런데 아이들이 소품을 구경하고 있을 때 마츠이라는 배우가 고메라의 인형 탈을 입은 자에게 공격당한다.어린이 탐정단은 아가사 박사와 함께 고메라의 영화 촬영장을 방문한다.아이들은 그자가 남긴 발자국을 따라 옥상으로 갔지만 그곳에서는 아무도 없었는데...그 뒤 그자는 세트장에서 프로듀서를 살해한 뒤 도주한다.
어린이 탐정단은 첫 심부름 대회에 참가하는 아이들의 기록 담당을 맡는다.그중에서 히로시라는 아이를 맡게 되었는데, 뒤따라가던 도중에 히로시를 놓치고 만다.그런데 그 이후 히로시의 주변에서 알 수 없는 사고들이 벌어진다.그리고 잠깐 놓친 사이에 히로시가 장난감만 남긴 채 사라져 버리는데...흔적을 쫓아간 그들은 폐건물에서 나오는 히로시를 발견한다.