코난은 생방송을 진행하던 사회자를 의심하지만 그에게는 스튜디오에서 범행 현장까지 왕복할 시간이 없었다.코난은 미로 같은 방송국을 돌아다니며 범행이 가능한 경로를 조사하는데...코고로는 한 생방송에 출연하는데, 생방송이 진행되던 시각에 방송국에서 살인 사건이 발생한다.방송국의 프로듀서가 회의실에서 총을 맞아 사망한 채 발견된 것이다.
그 뒤 코고로 일행은 그 호텔에서 식사를 하고 귀가했는데 그 사이에 타츠미의 아내가 자택에서 누군가에게 살해된 채 발견된다.코고로는 5성 호텔에 사무실을 둔 유명 변호사 타츠미에게 아내의 불륜 조사 의뢰를 받고 그의 사무실을 방문한다.경찰은 불륜 상대를 의심하지만, 타츠미 변호사가 수상했던 코난은 그의 사무실이 있는 호텔을 조사하는데...
한창 그를 기다리고 있을 때, 피아노 방에서 월광이 울려 퍼지더니 촌장 선거 후보자 한 명이 살해된 채 발견된다.아소 케이지란 자에게 의뢰를 받은 코고로는 츠키카게섬으로 향한다.그리고 피해자가 쓰러져 있었던 피아노에서 수상한 악보가 나오는데...그런데 의뢰인은 12년 전 가족을 살해하고 분신자살한 피아니스트라고 한다.일단 코고로는 촌장에게 이야기를 들어 보기 위해 마을 회관에 간다.
일단 란과 코난은 그녀의 집에 가 보았는데, 그곳에는 몇 가지 미심쩍은 점을 발견한다.무언가 심상치 않은 일이 생겼다는 것을 알아차린 코난은 음성 변조기를 이용해 신이치의 목소리로 그녀에게 전화한다.모리 탐정 사무소에 신이치의 여자 친구라 주장하는 여학생이 와서 신이치를 찾아 달라고 의뢰한다.그런데 그때 란이 신이치가 집 안에 있다는 사실을 눈치채는데...
코난 일행은 밤에 갑옷이 혼자 움직인다는 소문이 도는 미술관을 방문한다.CCTV를 확인해 보니 전시되어 있던 갑옷이 움직여 오너를 살해하는 장면과 오너가 죽기 전에 무언가를 종이에 적는 모습이 찍혔다.그런데 그곳에서 작품을 관람하던 도중 지옥의 관에서 잔혹하게 살해된 미술관의 오너를 발견한다.그 종이에는 미술관 직원의 이름이 적혀 있었는데...
한편 코난이 아이답지 않게 행동하는 모습을 본 란은 그가 신이치라고 의심하는데...코고로 일행은 자세한 상황을 파악하기 위해 그가 일하는 병원으로 가서 담당했던 환자의 진료 기록을 확인하기로 한다.오가와 의사는 매달 장난감과 돈을 보내는 사람의 정체를 밝혀 달라고 코고로에게 의뢰한다.
코고로의 친구 결혼식에 가기 위해 기차를 탄 코난 일행.그런데 코난은 그곳에서 우연히 검은 조직의 사내들을 발견하고 그들의 뒤를 쫓는다.하지만 다른 사람이라는 것을 확인한 그때,코난은 그들이 누군가에게 폭탄이 든 가방을 넘겼다는 사실을 알아낸다.코난은 폭탄이 든 가방을 가지고 있는 사람을 찾기 위해 열차 안을 분주히 뛰어다니는데...
한편 수상한 남자들이 보물을 찾는 어린이 탐정단의 뒤를 은밀히 쫓는데...그 종이가 암호로 된 보물 지도라 믿은 아이들은 보물을 찾으러 나선다.하지만 좀처럼 암호가 풀리지 않아 어려움을 겪는다.미술관에 간 어린이 탐정단은 우연히 수상한 그림이 그려져 있는 종이를 줍는다.그러던 그때 암호를 바라보던 코난이 무언가를 알아차린다.
인기 최고의 아이돌 오키노 요코가 탐정 사무소에 방문한다.경찰은 집주인인 요코와 며칠 전까지 여벌 열쇠를 가지고 있었던 매니저를 의심한다.코고로 일행은 요코와 함께 그녀의 집으로 향하는데,그들은 요코의 집에서 칼에 찔려 죽은 남자의 시신을 발견한다.한편 코난은 현장에서 누군가의 귀걸이를 발견하는데...그녀는 최근 누군가에게 감시당하고 있다며 그 일의 조사를 의뢰한다.
신이치는 아가사 박사를 찾아가 자초지종을 설명하는데,그때 갑작스럽게 란과 맞닥트리자 그는 자신을 에도가와 코난이라 소개한다.그런데 범인을 목격한 집사의 증언이 어딘가 좀 수상한데...검은 옷을 입은 남자가 먹인 약 때문에 정신을 잃었다가 깨어난 신이치는 어째서인지 어린아이가 되어 있었다.그 뒤 정보를 얻기 위해 모리 탐정 사무소에 간 코난은 코고로를 따라 딸이 유괴됐다는 집으로 간다.
고등학생 탐정으로 이름을 날리는 신이치는 소꿉친구 란과 함께 트로피컬 랜드에 간다.신이치는 이번 일은 사고가 아니라 살인 사건이라고 하는데...그곳에서 두 사람은 대학 친구끼리 온 일행과 검은 옷을 입은 수상한 자들과 제트 코스터를 타게 된다.그런데 달리는 제트 코스터에서 한 남자가 목이 절단되어 사망한다.
코난과, 아가사 박사, 하이바라, 어린이 탐정단은 영화 ‘스타 블레이드 6'의 시사회를 보러 간다. 입장 전, 프리랜서 사진사인 타테이 분고와 알게 되고 영화 얘길 하면서 친해진다. 그러던 중, 그의 친구 나루카와가 불러내서 잠깐 다녀올 테니 자리를 맡아 달라며 가방을 놓고 간 타테이. 코난이 타테이의 가방을 살펴보니 3년 전에 한 스타 블레이드 5의 시사회 표가 두 장이 발견한다. 심지어 표 한 장은 피로 얼룩져 있는데...
연쇄 살인강도에게 목숨을 위협당하는 신랑 신부를 대신해 그들과 생김새가 닮은 타카기와 유미가 대역을 서며 식장 상황과 하객을 살피고 있다. 그때 대역을 선 타카기와 유미에게 접근한 세 사람. 신부 마스도 레이가 말하길, 생긴 것만으로는 자신이 아는 그 사람이 맞는지 확신하기가 어렵다고 하는데. 그들은 한 가지 공통점이 있었는데, 바로 한쪽 손의 손가락을 다치거나 한 손을 내내 주머니에 꽂는 등 왼손을 가리고 있다는 점이었다. 연쇄 살인강도의 증거로 지문밖에 없었던 터라 경찰은 이 세 사람을 용의자로 지목하는데.
코고로와 란, 코난은 결혼식에 참석했다가 예식장 복도에서 턱시도를 입은 타카기와 마주친다. 그런 타카기 뒤로는 웨딩드레스를 입은 유미가 서 있다. 어떻게 된 사정인지 알 수 없었던 코고로 일행은 크게 당황한다. 그때 메구레 경부가 나타나 자초지종을 설명한다. 연쇄 살인강도에게 목숨을 위협당하는 신랑 신부를 대신해 그들과 생김새가 닮은 타카기와 유미가 대역을 서며 식장 상황과 하객을 살피고 있다고 한다. 대역을 선 타카기와 유미에게 접근해 인사한 세 사람. 그들이 수상해 신부 마스에게 얼굴을 확인해 보자고 하는데
밴드 돌쿠스의 멤버 호나미 린코가 밀실에서 사망한 채 발견된다. 야마무라 형사는 자살을 위장한 밀실 살인으로 보고 수사를 시작 나머지 멤버를 신문한다. 코난은 뒤뜰의 새집을 다시 확인하며 저택을 보고 나뭇가지에 가려 2층 창문 밖에 안 보인다는 걸 알고는 범인을 간파한다. 한편 그날 저녁, 누군가 비밀 통로로 린코의 방 책장에 접근하는데...
코난과 란, 소노코, 에이스케는 소노코네 별장을 가려고 했지만, 다리가 무너져 갈 수가 없어진다. 고민하던 코난 일행은 근처 별장에 부탁해 전화를 빌릴 수 있게 된다. 잠시 머물면서 별장에 관한 얘기를 듣는다. 별장을 매입한 밴드 돌쿠스 멤버가 자신들이 헐값에 별장을 샀는데 이 별장엔 마물이 씌었고 그로 인해 흉흉한 사건까지 있었다고 하는데...
우시고메의 사인은 청산가리에 의한 독사였다. 감식 결과를 들은 산고의 동생 요코미조 주고 형사는 자살로 단정 짓는다. 그러나 코난은 수사 결과에 의문을 가진다. 같은 동아리 부원 중 한 명이 한 말이 계속 마음에 걸린다. 바로 그때, 무언가 번뜩인 코난이 동아리 부원들에게 쓰레기를 받아 와 펼친다. 그리고 이내 의미심장한 웃음을 짓는데...
코난과 아가사 박사, 하이바라, 어린이 탐정단이 함께 조개잡이를 하러 갔다. 그곳에서 조개를 못 캐서 한숨을 쉰다고 생각한 한 청년, 우시고메에게 말을 걸었다가 조개 애호가 모임 사람들과 알게 된다. 인사를 나누고 각자 일행끼리 움직이다가 갯벌에서 누군가 놓고 간 갈고리 하나를 발견한다. 그 갈고리가 우시고메의 것이란 걸 알고 전해 주러 간 어린이 탐정단은 시신으로 발견된 우시고메를 보고 매우 놀라는데.
쇼코가 행방이 묘연해지기 전 들른 편의점에서 산 물건은 페트병에 든 과일 주스, 팩 우유, 휴대용 커터 칼이었다. 코난은 쇼코가 주방 용품 코너에 기웃거렸다는 편의점 점장의 말로 쇼코가 왜 가족과 떨어져 집에 남기로 했는지 간파한다. 곧장 현장으로 간 코난 일행은 거기서 혈흔과 교통사고가 벌어진 흔적을 발견하는데...
미츠히코가 어릴 때부터 알고 지낸 4학년 아메미야 쇼코가 등교하던 도중 사라졌다. 원래는 할아버지 장례식으로 결석할 예정이었지만, 쇼코 본인이 등교하겠다고 한 날이었다. 이와 비슷하게 교통사고로 휴직하게 된 사람 대신에 히라야마 선생님이 새로 부임하게 된다. 코난과 하이바라는 교통사고란 말에 히라야마가 검은 조직과 한패가 아닐까 하고 의심한다. 한편, 쇼코의 행방을 쫓던 도중 등굣길에 편의점에 들렀다는 걸 알게 되는데...