코고로와 소노코가 참석한 핼러윈 파티가 한창 무르익어 가던 도중, 갑자기 파티의 주최자가 석궁에 맞아 살해되는 사건이 발생하고 만다.흉기에 악마 카드가 꽂혀 있혀서 악마 카드를 지닌 코고로네 팀 사람들이 유력한 용의자로 떠오른다.한편 하이바라는 아라이데와 함께 병원에 가기로 하고 그를 기다리고 있었다.하지만 그녀를 데리러 온 사람은 아리이데가 아니라 조디였는데...
코고로는 'Vermouth'라는 사람이 보낸 핼러윈 파티 초대장을 받는다.그는 괴물을 무서워하는 란 대신 소노코와 유령선 파티에 참석하기로 한다.신이치 앞으로도 같은 편지가 왔고, 내용을 확인한 코난은 검은 조직의 '베르무트'가 보냈다는 사실과자신들의 정체가 들켰다는 사실을 깨닫는다.하이바라는 파티에 가려는 코난을 말렸지만, 그는 하이바라를 잠재우면서까지 파티에 참석하려 한다.
아야를 위해 사건을 해결하기로 한 란과 소노코.란이 추리에 애먹는 와중에 신이치에게 전화가 온다.란이 신이치에게 사건을 설명하고 자신이 나름대로 생각한 추리를 들려준다.신이치에게 약간의 도움을 받아 당당히 범인을 잡고 아야카를 위기에서 구한 란.그 길로 조디의 집에서 송별회 파티를 즐긴다.취한 조디를 두고 잠시 화장실에 간 란은 거울 뒤 수납장에서 수많은 도촬 사진을 발견하는데...
그때 코난은 소란 속에서 이상한 말을 한 사람을 의심하는데...다음 날 유언을 발표하기 위해 변호사가 찾아와서 모두가 한자리에 모인다.그런데 유언이 담긴 테이프를 들으려는 순간 어딘가에서 화살이 날아온다.코난 덕분에 요시후사는 가까스로 화살을 피했지만 누군가가 그를 노리고 미리 석궁을 설치해 뒀다는 것이 밝혀진다.
유키코는 코난을 데리고 어린 시절 소꿉친구인 히로미의 집을 방문한다.그런데 그날 밤 마당에 있던 우물에서 히로미의 새어머니가 누군가에게 살해된 채 발견되는데...그녀는 지난달에 돌아가신 아버지의 유언 발표를 들으러 브라질에서 온 작은아버지가 본인이 맞는지 조사해 달라고 부탁한다.
그런데 그의 다잉 메시지는 의미를 알 수 없는 숫자와 기호로 되어 있었는데...그러던 중 코난은 모토야스의 카드를 통해 그가 남겨 둔 다잉 메시지를 발견한다.지하실을 살펴보던 코고로는 역시 모토야스가 자살했다고 생각하지만 코난은 수상한 정황을 발견하고 제자 중 범인이 있으리라 추측한다.
코고로 일행은 그녀의 집에 방문해 모토야스의 세 제자를 만나고 그가 독을 먹고 사망한 채 발견된 지하실로 향한다.한편 우연히 어릴 때 신이치와 찍었던 사진을 찾은 란은 코난의 정체를 의심하는데...세계적인 마술사인 남편 모토야스의 자살을 믿을 수 없었던 그의 부인이 코고로에게 찾아와 진상을 조사해 달라고 의뢰한다.
코고로는 술을 마시고 집에 가던 길에 우연히 사치코를 만나 드라이브를 간다.경찰은 금품을 노린 강도의 범행으로 추정했지만, 코난은 어쩐지 무언가가 마음에 걸렸다.결국 코난은 코고로가 사치코와 만나기 전에 탄 열차를 타 보기로 하는데...그런데 그 뒤 그녀를 집까지 바래다주다가 칼에 찔린 채 죽은 그녀의 룸메이트를 발견한다.
코고로와 코난이 밖으로 뛰쳐나간 타카나시를 찾아 오두막으로 돌아가고 있을 때 란의 비명을 울려 퍼진다.황급히 그곳으로 달려간 그들은 누군가의 칼에 찔려 사망한 여자 등산객의 시신을 발견한다.그런데 사건을 조사하던 중 유력한 용의자가 사라지고 폭스의 표적인 우시오와 오두막 관리인마저 사라진다.코고로 일행이 서둘러 그들을 찾아 나선 그때 갑자기 산사태가 일어나는데...
평범한 등산객으로 위장한 코고로 일행은 폭스를 붙잡기 위해 산을 오른다.그런데 오두막을 향해 가던 중 대학생이 누군가에게 살해당한다.모리 탐정 사무소에 우시오라는 남자가 찾아와 킬러 폭스의 살인을 말아 달라고 의뢰한다.그들은 오두막으로 가 경찰에 신고하려 하지만 전화선이 끊겨서 고립되고 마는데...그는 자신이 암에 걸린 줄 알고 그자에게 트래버스를 하는 중에 살해해 달라고 의뢰했다고 한다.
급하게 집을 나서던 코고로는 계단에서 굴러 다리가 부러지는 바람에 병원에 입원한다.한편 아버지의 병문안을 왔다가 볼일이 있다면서 금방 떠난 요시오가 어째서인지 심각한 얼굴로 병원에 남아 있는데...어린이 탐정단은 코고로에게 병문안을 갔다가 옆 침대 환자의 아들 요시오가 얼마 전 강도가 든 은행의 직원이라는 사실을 알게 된다.
코고로는 수집실의 말뚝을 훔칠 수 있었던 하무라를 범인으로 지목한다.가만히 생각을 정리하던 코난은 무언가를 알아차리는데...하지만 유일하게 사람들 눈을 피해 이동할 수 있었던 연결 복도의 지붕에 발자국이 없어서 그는 혼란에 빠진다.한편 코난은 범인이 흉기로 사용한 말뚝과 시신을 비춘 영사기에 의문을 품는다.
현장을 조사하던 코고로는 내부인의 범행이라 확신하고 저택에 있었던 용의자들을 조사하는데...그런데 그날 밤 토라쿠라는 밀실이었던 서재에서 십자가에 매달린 상태로 가슴에 말뚝이 박힌 채 발견된다.코고로 일행은 호러 소설 작가로 유명한 토라쿠라의 의뢰를 받고 드라큘라 성이라 불리는 그의 저택을 방문한다.
두루미를 보기 위해 홋카이도에 간 코난 일행은 두루미를 돌보던 마츠다와 친해져서 그의 집에 묵게 된다.그때 유산 상속에 불만을 품은 마츠다의 아들딸이 찾아와 소란을 피웠는데 그러고 나서 마츠다는 화살에 맞아 사망한 채 발견된다.마츠다의 아들은 자신이 죽였다고 자백하지만 현장을 살펴보던 코난은 수상한 흔적을 발견하는데...
그때 열차를 본 코난이 좋은 생각을 떠올리는데...아이들은 작은 단서를 토대로 피해자의 위치를 추적하지만 아무리 범위를 좁혀도 수색 범위가 너무 넓었다.어린이 탐정단은 미츠히코가 가져온 와이드 밴드 리시버를 조작하다가 우연히 누군가의 딸을 납치한 유괴범의 협박 전화를 듣게 된다.
그런데 모든 용의자와 2층을 확인해 봤지만, 범행에 사용한 흉기가 나오지 않았다.그 모습을 본 시모다 선생은 2층 방에 틀어박혔는데, 얼마 뒤 그마저 방에서 살해된 채 발견된다.다시 현장을 살펴보다가 결정적인 증거를 확보한 코난은 란에게 탐정 역할을 맡기려 하는데...아무리 기다려도 나타나지 않았던 스기야마 선생이 현관에서 사망한 채 발견된다.
스키장에 놀러 간 란 일행은 우연히 동료 교사들과 여행을 온 예전 담임 요네하라와 재회한다.정신을 잃은 두 사람의 손등에는 립스틱으로 쓴 글자가 있었는데...그녀는 눈보라가 심하니 란 일행에게 별장에 묵고 가라고 한다.그런데 저녁을 준비하던 도중 소노코의 비명이 울려 퍼지고 2층에서 요네하라와 소노코가 쓰러진 채 발견된다.
범인을 체포하다가 다리를 다친 코고로는 한동안 병원에 입원하게 된다.그런데 어느 날 밤부터 그는 맞은편 병실에서 살인이 벌어지는 장면을 목격한다.하지만 그곳으로 가 보면 아무것도 없었기 때문에 의사와 주위 사람들은 그가 환각을 본다고 의심한다.그 뒤 코난이 함께 병실에 남은 날 또 같은 현상이 발생해 맞은편 병실로 가니 그곳에는 누군가에서 살해된 시신이 있었는데...
테라오카는 상대와 실랑이를 벌이다가 총이 잘못 발사됐다고 했지만 코난은 사고가 아니라고 생각하는데...코난 일행은 코고로의 지인 테라오카의 집을 방문하는데 한창 대화를 나누고 있을 때 한 조직폭력배가 테라오카에게 전화해 살인을 고백한다.테라오카와 모리가 그자를 만나러 떠난 뒤 두 사람이 걱정된 코난과 란도 그들을 뒤쫓아 간다.그런데 코난과 란이 도착했을 때 총소리가 울려 퍼지고 전화했던 자가 총에 맞아 사망한다.
그 뒤 그자는 세트장에서 프로듀서를 살해한 뒤 도주한다.그런데 아이들이 소품을 구경하고 있을 때 마츠이라는 배우가 고메라의 인형 탈을 입은 자에게 공격당한다.어린이 탐정단은 아가사 박사와 함께 고메라의 영화 촬영장을 방문한다.아이들은 그자가 남긴 발자국을 따라 옥상으로 갔지만 그곳에서는 아무도 없었는데...