코난과 코고로는 산책하다가 경관 키노시타와 화과자 집 '유즈키'의 사장 아이카와 에츠코가 다투는 걸 우연히 보게 된다. 사정을 들어 보니, 2시간 전인 오전 9시에 에츠코가 한 건물에서 도망가듯 뛰쳐나온 수상한 남자를 봤다고 했다. 신고를 받은 키노시타가 집 안을 살피니 여성의 시신이 발견되고 키노시타는 그녀를 두고 자살이라 주장하고 아이카와는 타살이라고 주장하는데...
엎친 데 덮친 격으로 몸값을 들고 가던 범인이 사고로 사망을 한다.쇼자부로가 마지막으로 주사를 맞은 건 오전 9시.8시간이 되기까지 앞으로 1시간 반밖에 남지 않았는데...바로 위급 상황이 오는 건 아니지만, 8시간이 넘어가면 목숨이 위험하다.금속 가공 회사의 사장, 도모토 쇼자부로가 납치당했다.그는 신장 질환을 앓고 있어서 6시간마다 약을 투여하지 않으면 목숨이 위태로워진다고 한다.
즉, 피해자보다 20cm나 큰 미나미다의 범행으로 볼 수 없는 것이었는데...피의자로 지목된 사람은 미나미다 유이치. 그도 이미 체포된 상황이었지만, 문제가 하나 있었다.코난은 란과 장을 보러 가는 길에 한 공장 앞에서 수사 중인 타카기 형사와 만난다.타카기는 살인 사건을 조사 중이었는데 공장의 사장, 키타무라 카츠고로가 그 피해자였다.키타무라의 가슴께를 찌른 칼의 각도가 대각선 아래였던 것이다.
고층 주택 23층에서 회사원 나카모토 히로토시가 살해당했다. 코난과 어린이 탐정단이 목격한 수상한 남자는 피해자의 동료인 카토 아키라로 판명 났다. 그러나 카토는 치바 형사의 집에서 얹혀살고 있었고 범행 시각 당시 치바와 함께 TV를 봤다고 진술한다. 하지만 침실, 부엌, 그리고 현관에 걸린 시계를 살펴본 코난은 범인이 카토라고 확신하는데...
마츠모토 관리관은 메구레에게 돗토리현경의 요청으로 경시청 형사를 파견해야 한다고 알린다. 누가 적임자일지 고민하던 중 마츠모토 관리관은 타카기를 추천해야겠다고 말한다. 소식을 전해 들은 타카기는 사토 형사와 헤어지고 싶지 않은 마음에 착잡하다. 그때 살해 사건 신고를 받고 출동한 사토, 타카기, 쵸. 셋은 친구 집에 얹혀살고 있다는 살인 용의자의 집으로 향했다. 하지만 문을 열고 나온 사람은 용의자란 남성과 치바 형사였는데...
행방불명됐던 타츠무라 전무의 시신이 이틀 후 발견된다. 코난은 첫째, 범인이 피해자를 살해한 후에 왜 굳이 밖에다 시신을 유기했는지, 둘째, 왜 이틀 후에서야 시신을 발견하게 했는지의 두 가지 수수께끼를 풀면 범인을 알 수 있다고 말한다. 코난은 술도가 직원 중 한 명인 오리타와 얘기를 나누다가 시라이시 후미코가 타츠무라에게 건강 검진을 적극적으로 권한 사실을 알게 되는데...
코고로, 란, 코난은 기획 방송 촬영차 가고시마를 방문했다가 환상의 소주라 불리는 '타카쿠마'를 만드는 타카쿠마 술도가를 들르게 된다. 잠깐 들른 사이에 술도가의 전무 타츠무라와 사장인 시라이시 사토시와 술도가 직원들의 갈등을 목격한 코고로 일행. 사장의 아내 후미코가 다음날 가고시마 관광을 같이 다니며 타츠무라 전무와 있었던 일을 얘기해 준다. 그리고 그날 저녁, 타츠무라 전무의 집을 방문한 코고로 일행은 피가 흥건한 현장과 맞닥뜨리는데...
시타라 가문에서 일어난 연속 사망 사건. 언뜻 사고로 보이지만, 코난은 교묘하게 계획된 살인 사건으로 여긴다. 게다가 2년 전 사망한 에미와 작년에 사망한 후루토로 이어지는 연쇄 살인 사건이라고 추리한다. 이번 아야네의 시신 근처에 떨어져 있던 단서를 토대로 추리를 완성하는 코난. 용의자들을 한자리에 모아 코고로를 앞세워 추리 쇼를 펼치고자 하는데...
음악가 집안의 당주, 시타라 쵸이치로의 손녀인 하스키의 의뢰를 받아 코고로와 코난, 란은 시타라 가문의 저택을 방문한다. 그런데 저택 별관에서 발생한 화재로 쵸이치로의 막냇동생이자 지휘자인 겐자부로가 사망한다. 코난은 30년 전에 사망한 차남 단지로, 2년 연속으로 사망한 겐자부로의 아내 에미와 쵸이치로의 아들 후루토, 마지막으로 사망한 겐자부로의 이니셜이 D, E, F, G의 알파벳순이라는 걸 알아차리고 살인 사건임을 의심하는데...
코고로는 의뢰 내용을 들으러 코난과 란을 데리고 음악가 집안으로 유명한 시타라 가문의 저택을 방문한다. 마침 그날은 당주 쵸이치로의 생일이었다. 당주의 손녀이자, 의뢰인인 시타라 하스키는 최근 2년간 연속으로 쵸이치로의 생일에 사람이 죽었다고 얘기한다. 아무래도 시타라 가문 삼 형제의 차남인 단지로가 30년 전에 장남 쵸이치로에게 선물한 바이올린과 연관이 있는 듯한데...
어느 날 밤, 술에 취한 코고로는 귀가하는 도중에 머리 위로 쇠파이프 더미가 떨어져서 맞을 뻔한다. 간발의 차로 피한 코고로에게 문자로 '다음엔 반드시 죽이겠다'라는 문자가 온다. 휴대폰을 들고 짐작 가는 데가 없다고 하는 코고로를 보던 란은 그가 들고 있는 휴대폰과 입고 온 겉옷이 코고로 것이 아님을 알아챈다. 그 겉옷에는 '키무라'라는 이름이 쓰여 있었는데...
아가사 박사와 함께 캠핑장을 찾은 코난과 란, 그리고 어린이 탐정단. 텐트를 치며 준비하던 중에 텐트 안에서 자던 란을 어떤 남자가 납치한다. 얼마 안 있어, 납치범이 근처에서 추락 사고를 당하며 발견되지만, 란은 행방이 묘연했다. 남자가 사고당하기 전에 누군가에게 보내려다 만 문자를 경찰이 발견해 코난 일행에게 보여 주는데...
코난과 하이바라, 어린이 탐정단은 어느 폐가의 마당에서 야스다 미와를 비롯해 수상한 세 사람을 발견한다. 그들은 생물 잡지에 실을 '독거미 특집'을 위해 모여서 독거미를 촬영하는 중이었다. 잠시 후, 다음으로 취재할 대학교수인 니이노 유타카를 만나기 위해 거미 애호가인 우라사키가 전화를 걸었더니 니이노는 비명을 지르며 검은과부거미에 물렸다고 소리치는데...
란과 코난은 상점가에서 장을 보다가 우연히 귀가하던 니시무라 사치코와 만난다. 니시무라는 일전에 란이 학생 수첩을 잃어버렸을 때 수첩을 주워서 가져다준 사람이다. 반가움도 잠시, 다음날 니시무라가 싸늘한 주검으로 발견된다. 탐문 수사로 니시무라가 살해당하기 전날 남자 친구로 추정되는 인물과 같이 있었다는 게 밝혀지고 경찰들도 정황상 남자 친구가 범인이라고 확신하고 있는데...
괴도 키드가 많은 사람들 앞에서 공중을 걷는 모습을 선보이자, 코난과 나카모리 경부는 서둘러 주변을 살폈지만 아무런 속임수도 발견하지 못한다. 다음 날 코난 일행은 옥상에서 키드가 나타나길 기다리다가 그가 남긴 듯한 흔적을 발견한다. 그 뒤에 코난은 나카모리 경부에게 또 다른 단서까지 얻으며 점점 진실과 가까워지는데...
코난 일행은 우연히 귀국한 지로키치와 마주쳤는데, 그는 괴도 키드가 관심을 보일 만한 보석을 구하기 위해 전 세계를 돌고 왔다고 한다. 지로키치는 구해 온 대양의 기적 ‘블루 원더'를 걸고 괴도 키드에게 도전장을 던지고, 괴도 키드도 그 도전을 받아들인다. 키드가 미리 살펴보러 오겠다고 한 날이 되자 코난은 걸어서 오겠다는 예고를 떠올리며 그를 기다린다. 그런데 괴도 키드는 놀랍게도 땅이 아니라 공중에 나타났고, 심지어 공중을 걷기도 하는데...
사건을 수사하던 경찰은 어젯밤 후나키와 언쟁을 벌였다는 마스부치를 찾아가 사정을 물었다. 한편, 코난은 후나키의 시신이 있던 장소를 조사하다가 미츠히코와 겐타가 배낚시를 하다가 주워 올린 것을 보고 범인과 살해 방법을 알아차린다. 배스 낚시 대회에서 우승한 마스부치, 준우승한 아유카와. 코난은 소노코를 잠재워 박수갈채를 받으며 퇴장하려는 두 사람을 불러 세우고 추리 쇼를 시작하는데...
소노코의 초대로 배스 낚시 대회에 참가하게 된 란과 코난, 그리고 어린이 탐정단은 그곳에서 우승 후보인 아유카와 사오리와 마스부치 타쿠야와 알게 된다. 대회 첫날 밤, 코난은 우연히 자유 기고가인 후나키 토시히코와 마스부치가 큰 소리로 언쟁을 벌이는 모습을 지켜보다 자리를 뜬다. 대회 둘째 날, 란과 소노코는 전날에 한 마리도 못 잡은 코난과 어린이 탐정단을 보러 가는 도중에 쓰러져 죽어 있는 후나키를 발견하게 되는데...
코난과 어린이 탐정단은 유령으로 나타난 '오토자와 마미'에 대해 조사하다가 민박집의 주인장, 나가쿠라 이와오가 칼에 찔리는 모습을 목격한다. 나가쿠라를 해치려고 한 중요 참고인으로 품행이 불량한 카와지가 경찰에 연행된다. 한편, 진범이 따로 있다고 생각한 코난은 열흘 전에 나가쿠라의 집과 오토자와의 집을 통째로 바꿔 옮겼다는 얘기를 듣는다. 이에 코난은 현재는 폐가가 된 오토자와의 집으로 향하는데...
코난과 어린이 탐정단은 코고로와 란과 함께 어느 작은 마을에 관광하러 간다. 이 마을은 반년 전부터 어린아이의 유령이 나온다는 소문이 자자한 곳이었다. 코난 일행이 묵는 민박집의 주인 부부와 인사를 나누고 저녁 식사를 한다. 식사 후에 코난은 겐타, 미츠히코, 아유미와 함께 유령의 존재를 확인하기 위해 산책을 나서고, 아유미는 길을 걷다가 또래로 보이는 소녀가 우는 모습을 보고 쫓아가는데...