En lugar de viajar al 7 de julio, Rintaro despierta en el año 2036 en el que el mundo ha sido devastado por la Tercera Guerra Mundial y sus amigos forman Valquiria, un grupo de resistencia que trata de construir una máquina del tiempo.
Después de que la máquina del tiempo haya sido destruida con Mayuri y Suzuha dentro, Rintaro toma la decisión de confiar en sus amigos y proporcionar a Daru y a Maho la información que necesitan para reparar el teléfono microondas.
Mientras el caos se desata alrededor de la máquina del tiempo, Leskinen revela que es un miembro de StratFor que supo acerca del futuro por Kagari y construyó a Amadeus para preservar la teoría del viaje en el tiempo de Kurisu.
Mayuri toma la decisión de viajar al pasado con Suzuha para convencer a Rintaro de que no renuncie a salvar a Kurisu. Pero justo entonces aparece un grupo de armado que se apodera de la máquina del tiempo y tiene lugar una tragedia.
Rintaro enfurece al descubrir que Daru y Maho están tratando de reparar el teléfono microondas, pero Maho trata de convencerle de que pueden encontrar Steins Gate, una línea de universo donde no mueren ni Kurisu ni Mayumi.
Tras hacerse amiga de Chise, Stella visita la Mansión Ainsworth. Su honestidad infantil hace feliz Chise, pero esta amistad hace que la relación entre la joven y el hechicero se tuerza. Nada más llegar Stella, Elias comienza a irritarse hasta el punto de que su apariencia se transforma en la de un monstruo y sale huyendo. En su interior, brota algo nuevo, una emoción irrefrenable parecida al dolor. Cuando Chise lo encuentra ocultándose en la sombra, este la inmoviliza y amenaza con engullirla…
“¡A un hermano tan caprichoso como tú no lo quiero!”. Estas palabras pronunciadas sin pensar por una niña llamada Stella conducen a unos acontecimientos terribles. Ahora, su hermano Ethan ha desaparecido y tanto su padre como su madre han olvidado por completo su existencia. Al ser la única que lo recuerda, Stella inicia la búsqueda de su hermano pequeño. Chise decide echarle una mano a cambio de dulces sin saber que todo esto forma parte de uno de los maquiavélicos juegos de Ojos de ceniza.
Se aproxima la noche de Yule en la que la diosa negra y el ciervo infernal recorren los prados. Estas son las primeras Navidades que Chise pasa con el hechicero. Y así es como la aprendiz de un hechicero y la aprendiz de un mago se reúnen en la bulliciosa ciudad de Londres. Su propósito es comprar regalos de Navidad para aquellos que más les importan, pero no tienen ni idea de qué podría ser lo más adecuado para ellos. Al pasar el día juntas, Alice le abre su corazón a Chise y comienza a explicarle cómo conoció a Renfred.
Chise paga un altísimo precio por violar la prohibición y comienza a ser consumida por la sombra de la muerte. Las hadas intentan curarla, pero Titania le explica a Elias que si de verdad le importa Chise deberían quedarse a vivir en el reino de las hadas y no regresar jamás al mundo de los humanos que envenena sus almas. ¿Por qué el Hechicero de Espinas insiste en seguir viviendo como un hombre? Mientras tanto, Shannon pone a prueba la voluntad de vivir de Chise…
Las criaturas conocidas como leannán sí son vampiras que absorben las vidas de los hombres a cambio de proporcionarles talento. Pero, ¿qué ocurre cuando una de ellas ama a su víctima hasta el punto de no querer renunciar a su preciosa existencia? Mientras su vida se agota, Joel tiene una visión momentánea de una hermosa leannán sí con ojos rojos como grosellas en el jardín de rosas. Deseosa de que ambos puedan llegar a verse antes de que todo termine, Chise decide echarles una mano a pesar de las advertencias de Elias.
Chise y Elias se dedican a esquilar insectos de algodón, unas curiosas criaturas que se alimentan del aire frío. Al regresar desde el país de los dragones, Chise estaba decidida a expresar sus sentimientos a Elias, pero ahora no sabe cuál es el momento ideal para hablar con él ni de qué debería hablarle. Mientras tanto, Elias también se encuentra perplejo por los incomprensibles sentimientos que han brotado en su interior. Y justo entonces, Chise sufre el ataque de un insecto de nieve, que le roba todo su calor corporal… ¿Qué le traerá a la joven el visitante de la luna?
En el momento en que Chise toca el bastón finalizado tiene una visión. Una bandada de grandes árboles envueltos en niebla que se extiende más allá de innumerables destellos de luz. Allí se reúne con el viejo dragón al que conoció en el pasado. Su madre, que perdió la vida, su padre, que se marchó. A pesar de que sus sentimientos son confusos, Chise tiene algo que decirle a Elias y una idea inconsciente la conduce hasta un hogar al que regresar.
La peculiar conducta de Elias hizo que fracasara a la hora de hacerse pasar por humano. Finalmente, dejó de hablar de sí mismo, o bien porque siguió los consejos de su maestro o bien porque le sucedió algo doloroso. El otro nombre de Lindel es Echos, Canción de las Flores Blancas. Su canción se asemeja al sonido del agua de la nieve derretida y hace brotar las flores y el baile de las hadas. Chise fabrica accidentalmente un aquaespejo a través del que ve a Elias.
En un mundo en el que Okabe jamás ha existido, Kurisu se pregunta cuál es el significado de la bata blanca que abraza y de las lágrimas que derrama. Tras viajar incontables veces en el tiempo, Rintaro Okabe consiguió alcanzar la línea de universo Steins Gate en la que todos sus amigos conservan la vida y las máquinas del tiempo jamás se han inventado. Pero los recuerdos de otras líneas de universo siguen persiguiendo a Okabe… Tras tener una especie de encuentro romántico con Kurisu, quien ha regresado de Estados Unidos, Okabe desaparece de los recuerdos de todos como si nunca hubiera existido. Kurisu se pregunta cuál es el significado de la bata blanca que abraza contra su pecho y de las lágrimas que derrama que le provocan una sensación de déjà vu. Incapaz de dejar ir a aquel que jamás ha existido, recuerda un mensaje que le llegó de la nada con tres palabras: móvil, microondas y SERN...
Riko, Reg, Nanachi y el resto de supervivientes evacuan una Villa de las Sombras que se derrumba. Por su lado, Faputa, imbuida con nuevos recuerdos, desafía a los seres primordiales que atacan la villa para cumplir con su destino.
Jason, uno de los miembros del Árbol Aogiri, tortura a Kaneki mientras sus amigos acuden a su rescate y los investigadores de ghouls asaltan el lugar.
Los miembros del Árbol Aogiri, una facción de ghouls subterránea, secuestra a Kaneki con la intención de averiguar cuál es su conexión con Rize.
Mientras Hinami, Tōka y Kanemi se rehacen de la última batalla, Amon es trasladado al Distrito 11, donde la policía está teniendo serios problemas.
Kagari, que aún no ha recuperado la memoria, se desmaya al escuchar a Mayuri cantando cierta canción. Rintaro, a quien la canción le resulta familiar, trata de averiguar su origen con la esperanza de devolver los recuerdos a Kagari.
Mientras Daru analiza el contenido del portátil de Kurisu, Rintaro le cuenta a Maho la verdad sobre los viajes en el tiempo. Justo entonces, aparece un grupo armado que toma como rehén a Maho y exige el portátil a cambio de su vida.