Los corredores que van en cabeza son asesinados y el único superviviente, Richard, regresa con un mensaje de los asaltantes: “Todos los participantes de esta carrera morirán”. Además, asegura que el líder del grupo es el auténtico Gil.
Haruhi Suzumiya parece haber sido borrada de la existencia y el único que la recuerda, Kyon, debe resolver el misterio de su desaparición. Desde que comenzó el curso, Kyon y sus compañeros de la Brigada SOS se han visto arrastrados a toda clase de locuras por su líder Haruhi Suzumiya. Ahora, con la Navidad a la vuelta de la esquina, Kyon se dirige al instituto solo para descubrir que Haruhi está inusualmente ausente del asiento de detrás de él en clase. Y lo que es aún más sorprendente, la persona que lo ocupa es Asakura, a quien se suponía que Nagato destruyó cuando intentó matar a Kyon. El mundo parece haber cambiado, nadie recuerda la existencia de Haruhi y Nagato es la única miembro del club de literatura. Sin la ayuda de la Brigada SOS, Kyon se enfrenta solo al dilema de resolver el misterio de la desaparición de Haruhi… si es que que quiera que el mundo vuelva a ser como era antes.
Okabe, al recibir el mensaje de John Titor en el que le pide que se convierta en su salvador, informa a Daru y a Kurisu que van a poner en marcha la operación Urd, y les revela que tiene una habilidad especial que le permite conservar sus recuerdos a través de las distintas líneas de universo, Reading Steiner. Para comprobar si tiene ese poder, hacen otro experimento. Le envían un D-mail a Moeka diciendo que no se cambie de móvil. Como consecuencia, cambian de línea de universo y las acciones de Moeka son diferentes: ni está en el laboratorio, ni los miembros del laboratorio la recuerdan. Luka, al oírles hablar sobre los D-mails, les pide que lo conviertan en una mujer, por lo que le envían a su madre cuando estaba embaraza un mensaje al busca recomendándole que coma muchas verduras, siguiendo el dicho popular de que si comes muchas verduras tendrás una niña. Okabe vuelve a sentir inmediatamente esa extraña sensación y se activa su Reading Steiner, aunque en apariencia Luka no ha cambiado. El experimento ha sido un fracaso, pero han cambiado de línea de universo, ¿qué habrá cambiado?
Tras completar el teléfono microondas segunda edición 1.03, lo usa para hacer un experimento. Okabe quiere probar a cambiar el pasado enviando un D-mail. Kurisu teme crear una paradoja temporal, pero al final deciden enviarle un mensaje con los números ganadores del tercer premio de la Loto 6 al Okabe de hace una semana. Nada más enviar el mensaje, Okabe siente algo extraño, como si el universo se estuviese distorsionando. Mientras Okabe aún sigue confuso por las sutiles diferencias en su entorno llega Luka, diciendo que hace una semana Okabe le dio los números ganadores de la Loto 6, pero que se había equivocado al escribir los números. Además, encima de la mesa ve una botella de Doktor Pepper que antes no estaba. Sorprendentemente, al enviar el D-mail cambió el pasado y cambió de línea de universo. A pesar de estar en el mismo sitio, ningún miembro del laboratorio aparte de Okabe se acuerda del experimento, ni recuerda nada de antes del cambio. Okabe le pregunta a John Titor sobre este incomprensible fenómeno, a lo que este le responde que si conserva sus recuerdos a través de las distintas líneas de universo tiene una habilidad extraordinaria. Además, le dice que es posible que sea capaz de guiar a la humanidad, y sobrepasar la divergencia del 1%.
Ruka, una estudiante de secundaria a la que le cuesta expresar sus sentimientos, visita el acuario donde trabaja su padre y ve a dos jóvenes misteriosos nadando entre las ballenas. Se trata de Umi (Mar) y su hermano Sora (Cielo), que fueron criados por dugongos y parecen escuchar la misma extraña llamada del océano que ella. Este encuentro parece activar una serie de fenómenos sobrenaturales en el mar. Pero los hay que saben que estos sucesos están relacionados con Umi y Sora y tratarán de utilizarlos en su propio beneficio.
Los Akudama logran abrir la caja fuerte y allí descubren que había una joven pareja de hermanos. Misión cumplida. Dispuestos a volver a sus respectivas vidas... descubren que la misión aún no ha terminado y que el objetivo es llevar sanos y salvos al niño y la niña al lugar acordado, en Kansai. Sin embargo, no pueden cambiar el rumbo del tren y se acercan peligrosamente a la zona de aislamiento total. En ese instante, aparece cierta persona...
El Shinkansen sale de la estación de Kansai y, a pesar del poco tiempo que les queda, si consiguen entregarle la caja fuerte al Gato Negro, la misión será un éxito. Sin embargo, tan solo disponen de 10 minutos más. Si superan ese tiempo, entrarán en la devastada zona de aislamiento total, donde lo único que reina es la muerte... y para terminar de complicar la situación, el dúo de ejecutores viaja en el mismo convoy.
Haruhi llega con una hoja de bambú para recordarles a todos que se celebra el Tanabata. Mikuru le pide a Kyon que viaje con ella en el tiempo tres años atrás para participar en un suceso en el que él jamás pensó que estaba involucrado.
La Brigada SOS es invitada a participar en un torneo de béisbol y se enfrenta a un oponente formidable armada únicamente con su optimismo. Pero, de repente, el bate de Nagato comienza a obrar un milagro que tienen muy poco de humano.
Haruhi va de mal en peor. Kyon se acuesta como de costumbre, pero cuando se despierta, ¡se encuentra en un espacio sellado a solas con Haruhi! ¿Serán capaces de regresar a la realidad o se quedarán atrapados ahí para siempre?
Haruhi Suzumiya parece haber sido borrada de la existencia y el único que la recuerda, Kyon, debe resolver el misterio de su desaparición. Desde que comenzó el curso, Kyon y sus compañeros de la Brigada SOS se han visto arrastrados a toda clase de locuras por su líder Haruhi Suzumiya. Ahora, con la Navidad a la vuelta de la esquina, Kyon se dirige al instituto solo para descubrir que Haruhi está inusualmente ausente del asiento de detrás de él en clase. Y lo que es aún más sorprendente, la persona que lo ocupa es Asakura, a quien se suponía que Nagato destruyó cuando intentó matar a Kyon. El mundo parece haber cambiado, nadie recuerda la existencia de Haruhi y Nagato es la única miembro del club de literatura. Sin la ayuda de la Brigada SOS, Kyon se enfrenta solo al dilema de resolver el misterio de la desaparición de Haruhi… si es que que quiera que el mundo vuelva a ser como era antes.
Sora y Shiro caen derrotados frente al abrumador poder de Izuna, pero los hermanos aún se guardan un as en la manga en la forma de Steph.
Tras recuperar la compostura, Shiro y Sora, con la ayuda de Jibril, se enfrentan a Izuna en un juego de polis y ladrones en el que parece imposible ganar.
Cuando comienza el juego contra los Hombres Bestia, los hermanos se quedan paralizados al descubrir que el campo de batalla se asemeja mucho a Tokyo.
Al comprender que es la única que recuerda a su hermano, Shiro descubre que Sora ha sido prácticamente borrado de la existencia tras jugarse su identidad.
A las puertas de entrada en la universidad, Kyosuke rememora lo acontecido en el último verano vivido junto a Madoka y Hikaru, cuando aún mantenían un delicado equilibrio en su triángulo amoroso adolescente. En aquella época, Kyosuke y Madoka se preparan a conciencia para aprobar los exámenes de acceso a la universidad mientras que Hikaru ensaya duramente para la obra de teatro musical que representará a final de curso. Sin embargo, en una relación a varias bandas, suele suceder que alguien salga perdiendo. ¿Cómo acabó todo entre ellos tres? ¿Por quién se decidió finalmente Kyosuke y cómo afrontó su derrota el angustiado corazón de la persona que no fue elegida?
Después de escapar del ataque del departamento de ejecuciones, los Akudama llegan por fin a la guarida del Gato Negro, donde repasan los detalles del plan de ataque al Shinkansen. Para ello tendrán que superar la vigilancia extrema de la estación de Kansai y cumplir el objetivo antes de que se termine el tiempo del que disponen.
La chica normal acaba formando parte de un grupo mortífero de Akudama y no puede escapar al llevar un collar bomba. Obligados a colaborar con el que lo ha ideado todo, escuchan el plan de su nueva misión: un golpe al único enlace que existe entre Kansai y Kantō, el Shinkansen, comparable a una deidad para la gente de la ciudad.
Haruhi Suzumiya parece haber sido borrada de la existencia y el único que la recuerda, Kyon, debe resolver el misterio de su desaparición. Desde que comenzó el curso, Kyon y sus compañeros de la Brigada SOS se han visto arrastrados a toda clase de locuras por su líder Haruhi Suzumiya. Ahora, con la Navidad a la vuelta de la esquina, Kyon se dirige al instituto solo para descubrir que Haruhi está inusualmente ausente del asiento de detrás de él en clase. Y lo que es aún más sorprendente, la persona que lo ocupa es Asakura, a quien se suponía que Nagato destruyó cuando intentó matar a Kyon. El mundo parece haber cambiado, nadie recuerda la existencia de Haruhi y Nagato es la única miembro del club de literatura. Sin la ayuda de la Brigada SOS, Kyon se enfrenta solo al dilema de resolver el misterio de la desaparición de Haruhi… si es que que quiera que el mundo vuelva a ser como era antes.
Haruhi ordena a Kyon que vaya a buscar una estufa a la tienda de electrónica que hizo de patrocinadora para la película. El frío hace que Kyon obedezca sin rechistar, pero no puede evitar pensar en qué hará ella mientras está fuera.