Boruto und Konohamaru sind nach dem heimtückischen Mord an Lady Sakuya und dem Diebstahl der Hashirama Zellen auf der Flucht. Da sie nun vom gesamten Dorf verfolgt werden, müssen sie mit Sarada und Mugino einen neuen Plan aushecken. In der Hoffnung, die eigentliche Diebesbande aufzuspüren, trennen sich die Wege der Vier erneut, doch die Gefahr ist groß, selbst entdeckt zu werden.
Konohamaru und Boruto können den Butler von ihrer Glaubwürdigkeit überzeugen, woraufhin dieser sie in das Schloss seiner Herrin führt. Mithilfe einer List verschafft sich Boruto Zugang zu Lady Sakuya, trifft dort aber nur noch auf ihren leblosen Körper. Als der Butler seine tote Gebieterin auffindet, liegt der Verdacht nahe, dass der Shinobi für diese Misere verantwortlich ist.
Da sie mehr über die gefährlichen Hashirama Zellen in Erfahrung bringen wollen, müssen Mugino, Sarada, Konohamaru und Boruto in das Stillreich reisen, doch die dortigen Bewohner sind nicht sehr gesprächig. Die Vier müssen tief in die Trickkiste greifen, um dennoch an ein paar Informationen zu gelangen, nur scheint nicht jeder der Einwohner der Gruppe gegenüber wohlgesonnen zu sein.
Seine Mutation verleiht Anato im Kampf außergewöhnliche Kräfte, gegen die jeder Gegenangriff wirkungslos ist. Erst Victors Eingreifen kann den Forscher ruhigstellen. Im Nachhinein wird Boruto und den anderen jedoch klar, dass diese Unterstützung nicht so selbstlos ist, wie sie auf den ersten Blick wirken mag. Schließlich scheint es auch der Firmenchef auf die Hashirama Zellen abgesehen zu haben.
Boruto und seine Freunde werden in das Talreich geschickt, um einen verschollenen Wissenschaftler wiederzufinden. Je länger sie sich mit dem Fall beschäftigen, desto mehr Fragen werden aufgeworfen. So scheint sich der Medizinkonzern, für den der Mann gearbeitet hat, besonders bedeckt zu halten, was das Verschwinden seines Mitarbeiters angeht. Gleichzeitig liegt dem Firmenchef des Unternehmens aber viel daran, sich an der Suche zu beteiligen.
Auf ihrer Reise in das zerstörte Amegakure treffen Sai und Sasuke den einzigen Überlebenden eines grausamen Giftgasanschlags. Sie verbünden sich mit Garashi und hoffen, durch ihn das ehemalige Versteck von Kara zu entdecken. Das blinde Vertrauen erweist sich allerdings schon bald als Fehler, da der Mann den beiden Shinobi eine fürchterliche Falle stellt …
Die schlechte Ernte und die damit einhergehenden hohen Preise der Azuki-Bohnen rufen Diebe auf den Plan, die sich von der wertvollen Ware einen hohen Gewinn versprechen. Dieses unlautere Vorgehen hat aber zur Folge, dass die Bestellungen der Ladenbesitzer nicht mehr bei ihnen eintreffen. Da Anko und Chouchou nur ungern auf ihre süße Bohnensuppe verzichten, bleibt ihnen nichts anderes übrig, als den Verbrechern das Handwerk zu legen.
Durch das Kätzchen Mikazuki wird Mitsuki auf einen schwer verletzten Mann aufmerksam. Er zögert keine Sekunde, dem Unbekannten in seiner Not zu helfen. Als es diesem wieder besser geht, trennen sich die Wege der beiden und Mitsuki wendet sich einem Auftrag um einen mysteriösen Serienmörder zu. Noch ahnt der Shinobi nicht, dass Samidare bei der Lösung dieses Falles eine bedeutende Rolle spielt …
Ein Schnupperkurs an der Akademie soll Himawari für die Kunst der Shinobi begeistern. Während Eho und Yuina darum wetteifern, die anderen Teilnehmer in den Herausforderungen zu übertrumpfen, ist Narutos Tochter noch nicht vollkommen von diesem Beruf überzeugt. Erst Direktor Iruka kann das Mädchen dazu überreden, dem Ganzen eine Chance zu geben.
Weil die Stärke von Team 15 in den letzten Monaten zu wünschen übriglässt, schlägt Tsubaki einen Konkurrenzkampf vor: Die Mädchen sollen sich miteinander darum messen, wer die Beste ist. Die junge Kriegerin hofft, dass die Teamleistung dadurch gesteigert wird. Als das Ganze allerdings einen gegenteiligen Effekt hat, muss die Samurai lernen, dass Zusammenarbeit manchmal eben doch das Wichtigste ist.
Weil mindestens ein Shinobi aus jeder Gruppe Genin medizinische Ninjutsu beherrschen muss, besucht Sarada ein Seminar dazu. Sie weiß auf dem Papier zwar sehr viel über das Thema, beherrscht die Praxis allerdings weniger sicher. Da tut es der jungen Ninja nicht gerade gut, dass ausgerechnet ihre Mutter den Unterricht leitet und dabei ein wachsames Auge auf sie wirft.
Boruto erreicht Tento gerade noch rechtzeitig und stellt sich dem Kampf gegen Shojoji. Den Anführer der Mujina-Bande zu besiegen ist allerdings eine Herausforderung für den Sohn des siebten Hokage, denn sein Gegner schafft es mit Leichtigkeit, alle Angriffe auf ihn einfach zu kontern. Als dann auch noch das Mal auf Borutos Hand verrücktspielt, sieht es für den Shinobi und seinen Freund nicht gut aus …
Ganryu, ein Shinobi aus Kiri-Gakure, hegt unglaublichen Hass gegen Iwa-Gakure, weil deren Shinobi vor vielen Jahren eine gemeinsame Mission sabotierten und deshalb zwei von seinen besten Kameraden am Yosuga Pass ums Leben kamen. Nun will es der Zufall, dass zwei Boten aus Iwa-Gakure kommen, um Informationen zu sammeln, damit das Bündnis zwischen beiden Ländern wieder stabilisiert werden kann. Aber gerade das will Ganryu verhindern, und er greift die Boten an. Es sind Kurotsuchi und Akatsuchi , der bei dem Angriff verletzt wird. Seine Partnerin will Ganryu dafür zur Verantwortung ziehen, und nun droht die Sache zu eskalieren. Doch plötzlich wirft sich Naruto dazwischen, der mit Yamatos Team im letzten Moment Schlimmeres verhindern kann. Ganruy erkennt sehr schnell, dass Naruto ihm nicht feindlich gesonnen ist, und beschließt, ihm zu vertrauen. So scheint der Frieden in greifbarer Nähe.
Während Kakashi von Tsunade darüber informiert wird, dass er vom Kazekage als Anführer der alli-ierten Ninja- Truppen vorgeschlagen wurde, kommt per Vogel eine kleine Schildkröte „angeflogen.“ Sie gehört Guy, und gilt als Zeichen für einen dringenden Notfall. Nun kann man bei Guy auf hoher See sehr schnell von einem Notfall sprechen, denn seit er auf dem Schiff ist, wird er in regelmäßigen Abständen seekrank. Und das kann er auch nicht überspielen. Yamato weist bei einer Lagebesprechung noch einmal daraufhin, wie die Reise weiter verläuft und warnt vor allem davor, Fremden gegenüber unvorsichtig zu sein. Vor allem könne es solche geben, die vortäuschen, zum Beispiel Tsunade, oder Kakashi zu sein. Vor allem der Name Kakashi ruft bei Guy Erinnerungen wach. Der ist nämlich sein ewiger Rivale. Unzählige Kämpfe wurden schon bestritten um zu testen, wer von Beiden der Bessere ist. Als Guy während einer „Seekrank-Pause“ Wache schiebt, taucht plötzlich mitten im Meer ein Mann auf, der genau wie Kakashi aussieht. Sofort erinnert sich Guy an Yamatos Warnung und stellt dem Fremden ein paar Fragen. Er ahnt natürlich nicht, dass dieser Kakashi der echte ist, der wegen der kleinen Schildkröte zu Hilfe gekommen ist.
Boruto und Mitsuki versuchen in Erfahrung zu bringen, wo Kokuri das Geld von der Mujina-Bande verstaut hat. Da dieser sich weigert seinen Mithäftlingen zu verraten, wo sich das Diebesgut befindet, greifen die Ninjas mit Saradas Hilfe zu einer List. Währenddessen will auch Oberaufseher Benga mehr über Kokuris Geheimnis herausfinden – und schreckt dabei vor Gewalt nicht zurück.
Oberaufseher Benga ordnet einen Lockdown des gesamten Gefängnisses an, bis der Dieb der hölzernen Karte – und damit auch Kokuris Angreifer – gefunden wurde. Boruto und Mitsuki kombinieren, dass sich der Täter mit ihnen in einer Zelle befinden muss und machen sich daran, alles zu durchsuchen. Allerdings ist nicht jeder ihrer Mithäftlinge von dem Plan begeistert und so mancher verhält sich äußert verdächtig …
Nachdem Kokuri von einem mysteriösen Mann angegriffen wurde, wollen Boruto und Mitsuki besser für seine Sicherheit sorgen. Mit Saradas Hilfe versuchen sie, ihren Schützling in die eigene Zelle verlegen zu lassen, doch Oberaufseher Benga stellt sich quer. Boruto möchte deshalb in Erfahrung bringen, wie er gegen ihn vorgehen kann – für diese Information muss er jedoch erst einmal einen gefährlichen Test der Willensstärke bestehen.
Boruto und Mitsuki werden mit einer neuen Mission betraut: Sie sollen im Shinobi-Gefängnis Hozuki einen Gefangenen beschützen, der wichtige Informationen über eine kriminelle Bande besitzt. Die beiden Ninjas geben sich deshalb als Verbrecher aus und werden ebenfalls hinter Gitter gesteckt. Dort müssen sie nicht nur ihre Aufgabe ausführen, sondern bekommen es auch mit ihren Mitgefangenen und fiesen Aufsehern zu tun.
Inojin möchte lernen, sein Jutsu der Geistesübertragung besser einzusetzen, nachdem es ihm in einer gefährlichen Situation misslungen ist. Chocho und seine Eltern Ino und Sai bieten ihm dafür ihre Hilfe an. Als Inojin es während des Übens allerdings wieder nicht schafft, das Jutsu korrekt auszuführen, endet das Training in einer dramatischen Situation …
Enko von Team 40 gelingt es nicht, ihre Wut zu kontrollieren. Immer wieder rastet sie aus und bringt dabei nicht nur sich selbst, sondern auch ihre Freunde Doshu und Tsuru in Gefahr. Die beiden wollen ihr beistehen, müssen aber erst einmal lernen, mit der eigenen Angst vor ihrer Teamkollegin umzugehen. Boruto und seine Freunde wollen sie dabei unterstützen, allerdings wird Enko währenddessen eine neue Aufsichtsperson zugeteilt – und diese ist ein berüchtigter Folterer.