Hiashis Geburtstag steht an und seine Familie möchte eine große Feier für ihn veranstalten. Doch Boruto ist sich unsicher, was er seinem Großvater zu diesem Ehrentag schenken soll. Hilfesuchend wendet er sich an seine Freunde … (
Sumire wird in ein Forschungsteam versetzt, worüber ihre Teamkollegen untröstlich sind. Doch es gibt bereits Ersatz für das Mädchen – eine Samurai aus dem Eisenreich. Ihr Zusammentreffen mit den Shinobi verläuft jedoch nicht gerade rund und es kommt schon bald zu Konflikten.
Nach dem Kampf gegen Urashiki können Boruto und Sasuke endlich wieder in ihre eigene Zeit zurückreisen. Doch zuvor muss die Erinnerung an die beiden erst aus den Gedächtnissen der Dorfbewohner gelöscht werden.
Boruto, Naruto und Jiraiya kämpfen weiterhin gegen Urashiki und stehen kurz vor dem Sieg. Doch dann greift der Otsutsuki plötzlich zu einem unerwarteten Mittel und verwandelt sich in ein noch viel stärkeres Wesen. Zusammen müssen die Ninjas nun all ihre Kräfte aufbringen, um den Feind endgültig zu stoppen.
Boruto, Naruto, Jiraiya und Sasuke stehen Urashiki ein weiteres Mal im Kampf gegenüber. Und sie scheinen dem Otsutsuki weit unterlegen zu sein, denn dieser behauptet, in die Zukunft blicken und so jeden ihrer Schritte vorhersehen zu können. Um dem Bösewicht vorerst zu entkommen, opfert sich Sasuke für sein Team.
Das Vater-Sohn-Training geht weiter und Boruto möchte noch mehr über die Bewohner Konohas erfahren – vor allem darüber, was mit dem Vergangenheits-Sasuke passiert ist. Währenddessen beginnt Jiraiya an der Geschichte von Boruto und Sasuke aus der Zukunft zu zweifeln und stellt den älteren Ninja zur Rede. Gemeinsam überlegen sie sich schließlich einen Schlachtplan für den nächsten Angriff von Urashiki.
Nach Urashikis Angriff beschließt Jiraiya, Boruto und Naruto gemeinsam zu trainieren. Die beiden sollen lernen, ihre Chakras miteinander zu synchronisieren. Doch Boruto hat Angst vor der Macht des Neunschwänzigen.
Die schlechte Ernte und die damit einhergehenden hohen Preise der Azuki-Bohnen rufen Diebe auf den Plan, die sich von der wertvollen Ware einen hohen Gewinn versprechen. Dieses unlautere Vorgehen hat aber zur Folge, dass die Bestellungen der Ladenbesitzer nicht mehr bei ihnen eintreffen. Da Anko und Chouchou nur ungern auf ihre süße Bohnensuppe verzichten, bleibt ihnen nichts anderes übrig, als den Verbrechern das Handwerk zu legen.
Durch das Kätzchen Mikazuki wird Mitsuki auf einen schwer verletzten Mann aufmerksam. Er zögert keine Sekunde, dem Unbekannten in seiner Not zu helfen. Als es diesem wieder besser geht, trennen sich die Wege der beiden und Mitsuki wendet sich einem Auftrag um einen mysteriösen Serienmörder zu. Noch ahnt der Shinobi nicht, dass Samidare bei der Lösung dieses Falles eine bedeutende Rolle spielt …
Ein Schnupperkurs an der Akademie soll Himawari für die Kunst der Shinobi begeistern. Während Eho und Yuina darum wetteifern, die anderen Teilnehmer in den Herausforderungen zu übertrumpfen, ist Narutos Tochter noch nicht vollkommen von diesem Beruf überzeugt. Erst Direktor Iruka kann das Mädchen dazu überreden, dem Ganzen eine Chance zu geben.
Weil die Stärke von Team 15 in den letzten Monaten zu wünschen übriglässt, schlägt Tsubaki einen Konkurrenzkampf vor: Die Mädchen sollen sich miteinander darum messen, wer die Beste ist. Die junge Kriegerin hofft, dass die Teamleistung dadurch gesteigert wird. Als das Ganze allerdings einen gegenteiligen Effekt hat, muss die Samurai lernen, dass Zusammenarbeit manchmal eben doch das Wichtigste ist.
Weil mindestens ein Shinobi aus jeder Gruppe Genin medizinische Ninjutsu beherrschen muss, besucht Sarada ein Seminar dazu. Sie weiß auf dem Papier zwar sehr viel über das Thema, beherrscht die Praxis allerdings weniger sicher. Da tut es der jungen Ninja nicht gerade gut, dass ausgerechnet ihre Mutter den Unterricht leitet und dabei ein wachsames Auge auf sie wirft.
Boruto erreicht Tento gerade noch rechtzeitig und stellt sich dem Kampf gegen Shojoji. Den Anführer der Mujina-Bande zu besiegen ist allerdings eine Herausforderung für den Sohn des siebten Hokage, denn sein Gegner schafft es mit Leichtigkeit, alle Angriffe auf ihn einfach zu kontern. Als dann auch noch das Mal auf Borutos Hand verrücktspielt, sieht es für den Shinobi und seinen Freund nicht gut aus …
Boruto freut sich darüber, dass seinem Team ein wichtiger Auftrag zugeteilt wurde. Kurz vor Missionsbeginn erfährt er jedoch, dass die Mujina-Bande Tento verschleppt hat, um den Daimyou zu erpressen. Schweren Herzens lässt der Shinobi daraufhin seine Freunde allein losziehen, während er sich daran macht, seinem Schützling zu helfen. Die Befreiungsaktion ist jedoch alles andere als ungefährlich …
Boruto muss weiterhin als Leibwächter für Tento arbeiten. Der Junge geht dem Ninja allerdings schon bald gewaltig auf den Geist und bittet ihn darum, ihm Shinobi-Kampftechniken beizubringen. Entnervt willigt Boruto ein und beginnt, Tento zu trainieren. Dabei entdeckt er, dass in seinem Schützling mehr steckt als zunächst gedacht.
In Konoha wird hoher Besuch erwartet: Der Daimyou des Feuerreichs hat sich für ein Treffen mit Naruto angekündigt. Der Feudalherr kommt allerdings nicht allein, sondern in Begleitung seines Sohnes Tento. Nachdem der verwöhnte Junge sich im Dorf bereits mit Iwabee angelegt hat, wird Boruto die Aufgabe zugeteilt, dem arroganten Kind als Leibwächter zu dienen. Der Ninja ist davon alles andere als begeistert …
Boruto, Mitsuki und Sarada gelingt es, zusammen mit Kokuri aus dem Gefängnis auszubrechen. Sie werden jedoch von Tsukiyo eingeholt, der das Team angreift. Um das Leben ihres Freundes zu retten, müssen die Shinobi all ihre Kräfte aufbringen, denn obwohl sie in der Überzahl sind, ist Tsukiyo ein gefährlicher Gegner – mit seinem mächtigen Mondschatten-Jutsu macht er den Ninjas schwer zu schaffen.
Während Boruto, Mitsuki und Kokuri ihren Ausbruchsplan in die Tat umsetzen, werden sie in den Tunneln unter dem Gefängnis von einem gigantischen Monster attackiert. Das ist allerdings nicht das einzige Problem, mit dem die Shinobi zu kämpfen haben, da Oberaufseher Benga ihre Pläne durchschaut hat und ihnen nachsetzt. Sarada kämpft währenddessen in einem überfluteten Teil der Burg um ihr Überleben – und bekommt dabei Hilfe von unerwarteter Seite.
Die Ninjas hecken einen Plan aus, um zusammen mit Kokuri aus dem Gefängnis auszubrechen, bevor ihr Freund in den anderen Zellenblock verlegt wird. Dafür müssen sie jedoch zunächst das Jutsu brechen, das ihr Freund bei seiner Einlieferung ins Schloss erhalten hat – und das stellt sich als gar nicht so einfach heraus. Als dann auch noch Kedama die Ausbruchspläne der Shinobi mitbekommt, wird die Sache noch komplizierter.
Wenn Kiba eine besondere Macke hat, dann die, dass er nicht ertragen kann, wie sich alles um Naruto dreht, den Helden des Dorfes. Dabei war der doch früher immer ein Loser. Und jetzt sagen sogar Kameraden, wie Shino, dass Naruto an allen vorbeigezogen sei. Das Schlimmste für ihn ist, dass er bei Wettrennen schon einige Male besser war, als Naruto, der dann wiederum wie ein Besessener trainierte, um Kibas jeweilige Bestzeit noch zu verbessern, was ihm tatsächlich auch gelang. Deshalb setzt Kiba alle Hebel in Bewegung, um mit hartem Training Narutos „Vorsprung“ auszugleichen. Kakashi soll ihm dabei helfen. Der wiederum steckt in einer Zwickmühle, denn Naruto gehört zu seinem Team. Deshalb stellt er Kiba vor eine besondere Herausforderung. Er soll mit einer Meute Hunde trainieren, deren Anführer Pakkun ist, mit dem Naruto schon einige Male auf Mission war. Nachdem die erste Übung misslingt, will Kiba aufgeben. Aber ein zufälliges Zusammentreffen mit Hinata, die wieder einmal von Naruto schwärmt, überzeugt ihn davon, dass er mit den Hunden weiter trainieren sollte. Nun wird zwar mit allen Techniken gekämpft, aber Kiba siegt letztendlich. Er ist wieder besser, als Naruto!