Wider Erwarten ist Narutos Auftrag mit der Abgabe seiner Prothese nicht erledigt. So müssen sich Mitsuki, Sarada und Boruto nun auch aktiv an den Forschungen zur Ninja-Werkzeugtechnik beteiligen, womit sich Boruto nur bedingt anfreunden kann. Unterdessen werden Karas Mitglieder von der Nachricht eines weiteren Verräters in Aufregung versetzt.
Sarada, Mitsuki und Boruto werden beauftragt, den Transport einer wertvollen Ware nach Ryutan zu begleiten. Bei Boruto hält sich die Begeisterung über diese Anordnung in Grenzen – schließlich ist auch sein verhasster Professor Katasuke mit von der Partie. Auf ihrer Reise treffen sie auf den ehemaligen Shinobi Ao, welcher den vieren gegenüber jedoch nicht mit offenen Karten spielt.
Nach dem Absturz des Luftschiffes inklusive des wertvollen Gefäßes herrscht bei Kara Krisenstimmung. Während immer mehr Mitglieder Victor für die Misere beschuldigen, lacht sich dieser ins Fäustchen. Schließlich ist es ihm dank seines Diebstahls der Schiffdaten möglich, die Unfallstelle zu lokalisieren. Andernorts möchte Boruto seine neu erlernten Fähigkeiten im Kampf gegen seinen Vater zur Schau stellen.
Hinatas Geburtstag steht an, weswegen Boruto loszieht, um seiner Mutter ein besonderes Geschenk zu besorgen. So weit soll es jedoch nicht kommen, denn Mugino macht ihm einen Strich durch die Rechnung, als er den kleinen Shinobi zu sich nach Hause einlädt. Dort angekommen beginnt Mugino in der Vergangenheit zu schwelgen und über sein Attentäter-Dasein zu erzählen, welches ihn auch heute noch beschäftigt.
All die Kämpfe sind nicht spurlos an Victor vorübergegangen. Aufgrund seiner schwachen Regenerationsfähigkeit ist es ihm auch nicht möglich, seinen katastrophalen gesundheitlichen Zustand zu verbessern. Dennoch lässt der Firmenchef keine Gelegenheit aus, jede noch so prekäre Situation zu seinem Vorteil zu nutzen, auch wenn er sich dafür sogar gegen seine eigene Organisation wenden muss.
Der Gedenktag an alle gefallenen Krieger des Vierten Ninja-Krieges lässt Shikamaru und Ino an ihre verstorbenen Väter zurückdenken. Der Wunsch ist groß, auch ihren Kindern als gutes Beispiel voranzugehen, und Shikamaru wird sich seiner wichtigen Rolle Shikadais gegenüber bewusst. In der Zwischenzeit lernt Mugina Ao kennen, welcher zu diesem besonderen Anlass mit seiner Vergangenheit als Shinobi abschließen möchte.
Das hochmoderne Sensorsystem rund um Konoha scheint nach einigen Testläufen reibungslos zu funktionieren. Während der Übungen gelingt es keinem Eindringling heimlich in den Ort einzureisen. Dennoch bemerkt Inojin im Verlauf einer Probe einige Unregelmäßigkeiten im Chakra eines Arbeiters und überredet Kohan und Boruto dieser Anomalie nachzugehen.
Eine besondere Zeichenkombination aus Victors Forschungseinrichtung beweist dessen Mitgliedschaft bei Kara. Die Bedrohung durch die Organisation wird nun allen auf einen Schlag bewusst. Konohas Sicherheit steht auf dem Spiel, weswegen Naruto schwere Entscheidungen zu treffen hat, um Karas Spione in der Stadt zu stoppen.
Trotz ihrer langen Trainingseinheiten ist es für Sarada und Boruto eine große Herausforderung, Deepa im Kampf die Stirn zu bieten. Ähnlich geht es derweil auch Konohamaru, der weiterhin ohne Hoffnung auf Erfolg versucht, Victor zum Umdenken zu bewegen. Als sich der Firmenchef schlussendlich dem Götterbaum nähert, um an dessen wertvolle Frucht zu gelangen, zeigen sich ihm die Lücken in seinem ausgeklügelten Plan.
Konohamaru und Mugino offenbart sich das gesamte Ausmaß von Victors teuflischem Plan. So steht der Firmenchef dank seines angezüchteten Götterbaumes kurz davor, unsterblich zu werden. Dies hat jedoch einen hohen Preis, den die Stadtbewohner mit ihrem Chakra zahlen müssen. Den Shinobi ist klar, diesem Treiben ein Ende bereiten zu müssen, doch die Pflanze hat den beiden einiges entgegenzusetzen.v
Mit Deltas Ankunft ist die Zeit des friedlichen Trainierens vorbei. Nun muss Naruto eingreifen, um seine Familie, aber auch seinen Gast zu beschützen. Allerdings hat seine Gegnerin ein besonderes Ass im Ärmel, denn durch die Ninja-Werkzeugtechnik in ihrem Körper können ihr Narutos Attacken nur wenig anhaben. Als sich Delta dennoch in die Enge getrieben fühlt, kennt sie keine Skrupel mehr und riskiert Himawaris Leben.
Boruto und Kawaki sehen ein, dass sie zusammenarbeiten müssen, um dem Geheimnis des „Karma“-Mals auf den Grund zu gehen. In einem Trainingskampf bündeln sie all ihre Kräfte, doch Kawaki hat seine Fähigkeiten besser im Griff. Unter Narutos strengem Blick geben sich die beiden das Zeichen der Versöhnung, welches auf Boruto ungewöhnliche Auswirkungen hat. Lange bleibt ihm nicht, sich darüber Gedanken zu machen, denn Delta ist bereits auf dem Weg …
Trotz der hochmodernen Chakra-Sensoreinheit Konohas gelingt es Koji problemlos, in das Dorf einzudringen. Delta hat hierbei ihre Schwierigkeiten, weswegen sie von außen zusehen muss, wie sich ihr Freund auf die Suche nach Kawaki macht. Derweil sind Boruto und Naruto mit einer Trainingseinheit des Shinobi-Handgemenges beschäftigt. Auch Kawaki ist mit von der Partie und hat für Boruto einen hilfreichen Tipp.
Auf einem Spaziergang durch Konoha begegnen Kawaki und Naruto Sarada und Chocho. Nach einer schnellen Stärkung macht sich die Gruppe auf den Weg zum Blumenladen, um den eigentlichen Grund für den Ausflug zu erledigen: den Kauf einer neuen Vase für Himawari. Doch der harmonische Ausflug scheint nur die Ruhe vor dem Sturm zu sein, denn Karas Anhänger sind weiterhin auf der Suche nach dem Wunderjungen …
Kawakis Zusammenleben mit dem Uzumaki-Clan gestaltet sich schwierig, denn Boruto und der Neuankömmling geraten sich ständig in die Haare. Es braucht viel Zeit, bis der sonderbare Junge aufzutauen beginnt und über seine Erlebnisse bei Kara erzählt. Der Gedanke an die Menschenexperimente lässt Boruto erschaudern, doch sie scheinen der Schlüssel zum „Karma“-Zeichen zu sein.
Naruto, der sich den Pflichten als Hokage bewusst ist, einigt sich mit den anderen Kage während eines Gipfeltreffens darauf, den noch geschwächten Kawaki bei sich aufzunehmen. Nur Boruto zeigt sich von dem neuen Mitbewohner alles andere als begeistert. Beide Jungs sind auf Krawall gebürstet und drohen einander zu attackieren. Werden sie es einrichten können, miteinander zu leben?
Um wieder zu Kräften zu kommen, wird Kawaki in ein Krankenhaus eingewiesen, wo er von seiner Kindheit als Halbwaise zu träumen beginnt. Während sein Vater immer abhängiger vom Alkohol wurde, musste der kleine Junge das Geld für das Suchtmittel durch Schwerstarbeit verdienen. Auf der Suche nach einem neuen Opfer für Kara kam Jigen die missliche Lage der Familie wie gerufen.
Der stark geschwächte Kawaki befindet sich mit einem schwer verletzten Arm auf der Flucht. Völlig alleingelassen freundet er sich mit einem streunenden Hund an, welcher für den Jungen ein paar Würste stiehlt. Als der beraubte Ladenbesitzer wutentbrannt auf den Streuner losgeht, mischt sich Sumire in das Geschehen ein. Die kleine Gruppe bleibt allerdings nicht lange unentdeckt, denn eine Armee an Wachleuten ist auf der Suche nach dem Flüchtigen.
Die Wissenschaftler im Forschungslabor befürchten, dass Kawakis aggressives Verhalten eine Gefahr für die Außenwelt darstellt. So wird der Junge unter höchster Sicherheitsstufe festgehalten, bis die Untersuchungen weitere Erkenntnisse über seine rätselhaften Fähigkeiten liefern. Für Kawaki selbst ist die Gefangenschaft jedoch reine Tortur. In seiner Wut startet er einen Fluchtversuch …
Trotz des unermesslichen Werts, den Kawaki für die Organisation Kara hat, verwickelt Garo ihn in einen erbarmungslosen Kampf. Als der Junge mit dem besonderen „Karma“-Zeichen besiegt zu Boden geht, scheint er durch eine mysteriöse Verbindung zu Boruto wieder an Kraft zu gewinnen. Diese besondere Fähigkeit wirkt auf die Shinobi aus Konoha so beeindruckend, dass sie den geschwächten Kawaki zur Untersuchung mitnehmen.