Bei Delta macht sich die Ungeduld breit, als Koji mit dem Gefäß auf sich warten lässt. So nimmt sie die Bergung des wertvollen Objekts selbst in die Hand und reist mit Jigens Einverständnis zum verunglückten Luftschiff. Am Ort des Geschehens erkennt sie den Grund für die Verzögerung: Boruto und seine Kameraden haben sich den Inhalt des bedeutsamen Behältnisses bereits zu eigen gemacht
Ohne mit der Wimper zu zucken, versetzt Koji seinem Kameraden Ao den letzten Todesstoß. Nach diesem ersten kaltblütigen Mord sollen nun auch Boruto und seine Kameraden dran glauben. Mutig stellt sich Konohamaru dem Mitglied von Kara in den Weg, um seine Freunde zu beschützen, doch Koji hat einige Tricks auf Lager. In dieser brenzligen Situation beginnt jedoch auch Boruto ungeahnte Kräfte zu entwickeln
Konan und Madara treffen aufeinander, nachdem sie sich länger nicht gesehen haben. Madara möchte unbedingt das Rinnegan wieder haben, das er einst Nagata übergeben hatte. Aber Konan will das um jeden Preis verhindern. Sie versucht, ihren Gegner mit Briefbomben auszuschalten, aber es gelingt ihr nicht, obwohl sie es vorher zig Mal mit Erfolg trainiert hatte. Madara ist nicht entgangen, dass sie mit dieser Niederlage schwer zu kämpfen hat und er erklärt ihr, warum das so ist. Sein „Izanagi“ verschafft ihm nämlich besondere Möglichkeiten. In einer Rückblende sehen wir, wie Jiraya seinen Schülern Konan, Nagato und Yahiko beibringt, wie sie sich in ihrem geheimen Versteck verhalten sollen, um dem Gegner nicht in die Hände zu fallen. Denn das kann schneller gehen, als man denkt.
Madara möchte sich das Rinnegan zurückholen, das er einst Nagato übergeben hatte, aber Konan versucht es mit allen Mitteln zu verhindern, und verrät das Versteck nicht, wo Nagatos Leichnam ist. Sie würde Madara sogar am liebsten ein für alle Male ausschalten. Madara möchte gerne wissen, warum er von ihr, sowie Nagato und Yahiko hintergangen wurde. Vor allem auch, warum Nagato Naruto sein Vertrauen schenkte. Der Grund war, dass Nagato kurz vor seinem Ende noch einmal Naruto gegenüber von seinem Traum sprach, der Welt Frieden zu bringen. Naruto wiederum hatte ja von Jiraya den Auftrag bekommen, ebenfalls dieses Ziel zu erreichen. Der Wunsch Jirayas, dass die Menschen sich eines Tages verstehen, ist in einem Buch manifestiert, zu dem er von Nagato inspiriert wurde, und in dem Naruto der Held ist. Und diese Tatsache schaffte das Vertrauen zwischen den beiden. Konan weiß fortan, dass sie sich auf Naruto verlassen kann.
Hinatas Geburtstag steht an, weswegen Boruto loszieht, um seiner Mutter ein besonderes Geschenk zu besorgen. So weit soll es jedoch nicht kommen, denn Mugino macht ihm einen Strich durch die Rechnung, als er den kleinen Shinobi zu sich nach Hause einlädt. Dort angekommen beginnt Mugino in der Vergangenheit zu schwelgen und über sein Attentäter-Dasein zu erzählen, welches ihn auch heute noch beschäftigt.
All die Kämpfe sind nicht spurlos an Victor vorübergegangen. Aufgrund seiner schwachen Regenerationsfähigkeit ist es ihm auch nicht möglich, seinen katastrophalen gesundheitlichen Zustand zu verbessern. Dennoch lässt der Firmenchef keine Gelegenheit aus, jede noch so prekäre Situation zu seinem Vorteil zu nutzen, auch wenn er sich dafür sogar gegen seine eigene Organisation wenden muss.
Der Gedenktag an alle gefallenen Krieger des Vierten Ninja-Krieges lässt Shikamaru und Ino an ihre verstorbenen Väter zurückdenken. Der Wunsch ist groß, auch ihren Kindern als gutes Beispiel voranzugehen, und Shikamaru wird sich seiner wichtigen Rolle Shikadais gegenüber bewusst. In der Zwischenzeit lernt Mugina Ao kennen, welcher zu diesem besonderen Anlass mit seiner Vergangenheit als Shinobi abschließen möchte.
Das hochmoderne Sensorsystem rund um Konoha scheint nach einigen Testläufen reibungslos zu funktionieren. Während der Übungen gelingt es keinem Eindringling heimlich in den Ort einzureisen. Dennoch bemerkt Inojin im Verlauf einer Probe einige Unregelmäßigkeiten im Chakra eines Arbeiters und überredet Kohan und Boruto dieser Anomalie nachzugehen.
Eine besondere Zeichenkombination aus Victors Forschungseinrichtung beweist dessen Mitgliedschaft bei Kara. Die Bedrohung durch die Organisation wird nun allen auf einen Schlag bewusst. Konohas Sicherheit steht auf dem Spiel, weswegen Naruto schwere Entscheidungen zu treffen hat, um Karas Spione in der Stadt zu stoppen.
Trotz ihrer langen Trainingseinheiten ist es für Sarada und Boruto eine große Herausforderung, Deepa im Kampf die Stirn zu bieten. Ähnlich geht es derweil auch Konohamaru, der weiterhin ohne Hoffnung auf Erfolg versucht, Victor zum Umdenken zu bewegen. Als sich der Firmenchef schlussendlich dem Götterbaum nähert, um an dessen wertvolle Frucht zu gelangen, zeigen sich ihm die Lücken in seinem ausgeklügelten Plan.
Konohamaru und Mugino offenbart sich das gesamte Ausmaß von Victors teuflischem Plan. So steht der Firmenchef dank seines angezüchteten Götterbaumes kurz davor, unsterblich zu werden. Dies hat jedoch einen hohen Preis, den die Stadtbewohner mit ihrem Chakra zahlen müssen. Den Shinobi ist klar, diesem Treiben ein Ende bereiten zu müssen, doch die Pflanze hat den beiden einiges entgegenzusetzen.v
Schweren Herzens müssen Sarada und Boruto Mia gegenübertreten und sie über die schrecklichen Ereignisse rund um Anato informieren. Diese zeigt sich von all den Nachrichten gar nicht begeistert und beschließt, dem Peiniger ihres Mannes eine Lektion zu erteilen. Indes ist auch Victor nicht untätig und gewährt dem Daimyo eine Besichtigung seiner Firma, welche allerdings eine unerwartete Wendung nimmt.
Während eines Krankenhausbesuches lernen Metal, Denki und Iwabee Natto kennen. Anfangs stempeln ihn die drei als Nervensäge mit schlechten Manieren ab, bis sie von seiner Krankheit erfahren. Die Gruppe ist sich einig, dem Jungen eine Freude machen zu wollen. Das ist jedoch leichter gesagt als getan, denn Natto hat einen ganz speziellen Wunsch: ein Autogramm des berüchtigten Orochimaru.
Um sich zu beweisen, nimmt es Boruto mit Shojoji auf. Voller Siegessicherheit tritt dieser Narutos Sohn gegenüber, unterschätzt dabei aber, wie viel sich Boruto im Training weiterentwickelt hat. Auch Sarada möchte ihre Fortschritte unter Beweis stellen, indem sie ihre Fähigkeiten mit denen ihrer Mutter misst. Trotz ihrer anfänglichen Bedenken nimmt Sakura die Herausforderung ihrer Tochter an.
Während des erbarmungslosen Trainings gehen Boruto und Sarada bis an ihre Grenzen. Der Wille ist groß, Deepa im Kampf die Stirn bieten zu können, was auch Shikadai nicht entgeht. Er versucht, Boruto zur Vernunft zu bringen und weist ihn auf den tieferen Sinn der Übungseinheiten hin. Derweil gelingt es Sakura nicht zu ihrer Tochter durchzudringen, welche trotz aller Ratschläge an ihrem Ehrgeiz festhält.
Ein neuer Auftrag führt Chocho, Inojin und Shikadai direkt in das Windreich. Dort ist es ihre Aufgabe, die verschollene Otsutsuki-Puppe aufzuspüren, bevor diese in die falschen Hände gerät. Auf ihrer Reise treffen die Drei unerwarteterweise auf Deepa, welcher denselben Plan verfolgt. So ist er direkt zur Stelle, als das Team die Marionette mit der Hilfe einer Gruppe von Shinobi aus Sunagakure entdeckt.
Da Boruto und Sarada keine Niederlage mehr einstecken möchten, beginnen sie ein hartes Training. Während Narutos Sohn sein Rasengan für den nächsten Kampf zu verbessern versucht, ist Sarada unter der Anweisung von Sasuke fleißig dabei, die Technik des Chidori zu erlernen. Derweil versuchen Konohamaru und Mugino in Victors Forschungseinrichtung mehr über dessen Beweggründe herauszufinden.
Um wieder zu Kräften zu kommen, wird Kawaki in ein Krankenhaus eingewiesen, wo er von seiner Kindheit als Halbwaise zu träumen beginnt. Während sein Vater immer abhängiger vom Alkohol wurde, musste der kleine Junge das Geld für das Suchtmittel durch Schwerstarbeit verdienen. Auf der Suche nach einem neuen Opfer für Kara kam Jigen die missliche Lage der Familie wie gerufen.
Der stark geschwächte Kawaki befindet sich mit einem schwer verletzten Arm auf der Flucht. Völlig alleingelassen freundet er sich mit einem streunenden Hund an, welcher für den Jungen ein paar Würste stiehlt. Als der beraubte Ladenbesitzer wutentbrannt auf den Streuner losgeht, mischt sich Sumire in das Geschehen ein. Die kleine Gruppe bleibt allerdings nicht lange unentdeckt, denn eine Armee an Wachleuten ist auf der Suche nach dem Flüchtigen.
Die Wissenschaftler im Forschungslabor befürchten, dass Kawakis aggressives Verhalten eine Gefahr für die Außenwelt darstellt. So wird der Junge unter höchster Sicherheitsstufe festgehalten, bis die Untersuchungen weitere Erkenntnisse über seine rätselhaften Fähigkeiten liefern. Für Kawaki selbst ist die Gefangenschaft jedoch reine Tortur. In seiner Wut startet er einen Fluchtversuch …