Nach dem Kampf um Leben und Tod zwischen Kinoe und Kakashi und der anschließenden Diskussion, ob es eine Mission ist, einen Kameraden zu töten, ist zwischen den beiden ein Augenblick der Besinnung eingetreten. Kinoe ist nachdenklicher geworden. Was hat das Leben bei den Ne, ohne Namen, ohne Gefühle und ohne Vergangenheit, noch für einen Sinn?
Danzo erklärt seinen Ne-Untergebenen, was es mit dem Sharingan auf sich hat. Es vermittelt nicht nur Vorteile. Nachteil ist, dass man es nur eine Zeitlang nutzen kann, bis es sich gänzlich auflöst. Er selbst verfügte mal über mehrere Sharingan, und jetzt schickt er seine Untergebenen los, ihm ein Ersatzauge zu beschaffen.
In Konoha tauchen drei völlig erschöpfte Männer auf, die Tsunade um Hilfe bitten. Sie arbeiten in der Katabami Goldmine, die seit einiger Zeit vom Kurosuki-Clan terrorisiert wird. Tsunade schickt Neji mit einem Team los, um die drei Männer nach Hause zu begleiten und den Clan zu besiegen. Das Team besteht aus TenTen, Naruto und Lee, fast alle Schüler von Guy und dem schwant nichts Gutes. Der Kursosuki Clan und besonders deren Anführer Raiga, ist berüchtigt, denn er soll Kontakte zu den sieben Schwert-Ninjas aus dem Nebel unterhalten, zu denen auch Itachi gehört. Und da Sasuke seinen Bruder sucht, hofft Naruto, Itachi zu finden, denn dann kann Sasuke auch nicht mehr weit sein…
Shino und seinem Team gelingt es, ihre Widersacher zu besiegen und sich aus den Kokons zu befreien. Es wird auch höchste Zeit, denn der Spur-Käfer ist im Begriff zu schlüpfen und wenn ihr Plan aufgehen soll, dann ist das Erste, was der Käfer in seinem Leben schnüffeln muss, der Geruch von Sasuke, um ihn zu finden. Doch leider geht dabei so einiges schief, was zur Folge hat, dass der Käfer fortan Naruto auf Schritt und Tritt folgt…
Hidan ist es gelungen, einen Fluch auszusprechen, so dass Asuma nicht weiterkämpfen kann. Shikamaru versucht Zeit zu gewinnen, indem er sein Jutsu der Schattenlähmung anwendet, um Hidan an weiterem Vorgehen zu hindern. Währenddessen denkt er fieberhaft darüber nach, wie er Hidans Jutsu analysieren und es somit außer Kraft setzen kann und dabei fallen ihm viele Situationen in der Vergangenheit ein, in denen er von Asuma nützliche Tipps bekommen hat…
Asuma, Shikamaru, Izumo und Kotetsu haben die beiden Akatsuki-Leute aufspühren können. Kakuzu hält sich aus dem Kampf heraus und schickt Hidan vor, denn der gilt immerhin als unsterblich – was Asuma und Shikamaru vor nicht unerhebliche Probleme stellt. Sie haben sich zwar eine Strategie ausgedacht – aber ob das gegen einen Unsterblichen viel nützt? Sie sind jedenfalls wild entschlossen…
In letzter Zeit spürt Chocho immer wieder den unangenehmen Blick eines verborgenen Feindes auf sich. Halb aus Angst, halb aus Zorn, schwört sie den Übeltäter dingfest zu machen.
Klassenlehrer Shino ruft Boruto, Shikadai und Mitsuki zu sich. Shino scheint irgendwie anders zu sein als sonst und so zweifeln die Jungs an ihm. Doch plötzlich werden sie von ihm unvermittelt angegriffen. Shino, der vom Aburame-Klan stammt, welcher Jutsus mit Käfern benutzt, greift sie unerbittlich an. Mitsuki ist der einzige, der weiterhin ruhig bleibt und Shino ins Visier nimmt.
In Borutos Klasse kommt ein neuer Schüler namens Mitsuki. Im Kampfunterricht überwältigt er Iwabee, löst im Unterricht die schwierigsten Aufgaben mühelos und zeigt damit seine herausragende Intelligenz. Nebenbei verursacht ein Bauarbeiter bei Renovierungsarbeiten am Schulgebäude einen Tumult. Boruto und die anderen sind fassungslos. Mitsuki, zeigt sich plötzlich von einer anderen Seite.
Shino Aburame, der Klassenlehrer, hat die Schüler angewiesen, sich in Teams nach Mädchen und Jungen aufzuteilen und um die auf dem Dach platzierte Flagge zu kämpfen. Boruto, der um jeden Preis früher als die Mädchen an der Flagge ankommen will, versucht sich an einem hochrangigen Jutsu, dem Jutsu des vertrauten Geistes, doch es läuft anders als geplant.
Metal Lee, ein ambitionierter Taijutsu-Nutzer aus Borutos Klasse leidet an Lampenfieber. Sobald er im Mittelpunkt steht, kann er seine Kräfte nicht mehr kontrolliert nutzen. Shikadai Nara konfrontiert ihn etwas unbedacht damit und beide geraten in einen Kampf, in dem sich auch Boruto wiederfindet. Dieser muss feststellen, dass auch Metall Lees Chakra einer seltsamen Verzerrung unterliegt
Nachdem Boruto am Tag der Einschulung einen Tumult verursacht hat und zu Hausarrest verdonnert wurde, steht endlich sein erster Schultag an der Akademie bevor. Jedoch scheint Boruto durch seine Untaten bei seinen Klassenkameraden in Ungnade gefallen zu sein. So bricht er einen Streit mit Iwabee Yuino vom Zaun. Als sich Denki einmischt, um zu schlichten, eskaliert die Lage.
Im Mittelpunkt der Geschichte steht Boruto Uzumaki, der Sohn des siebten Hokage und Held des Dorfes Konohagakure, Naruto Uzumaki. Eines Tages rettet Boruto Denki Kaminarimon, der Sohn eines wohlhabenden Geschäftsmanns, als er von Schlägern bedrängt wird. Die beiden Jungen stellen fest, dass sie beide eine problematische Beziehung zu ihren Vätern haben und freunden sich an.
Chino will Rache. Und diese trifft Sasuke. Es ist ein Duell um Leben und Tod, bei dem sich beide Parteien sicher sind, zu gewinnen, doch es kommt anders als gedacht.
Sasuke muss das Tal der Hölle aufsuchen, um endlich an seine Informationen zu gelangen. Dort trifft er auf Chino, ein Mädchen, das ihn mit ihrer Geschichte schwer beeindruckt.
Die explosive Stimmung im Publikum unterbricht den Kampf, wodurch Orochimarus Treffen mit En Oyashiro anders verläuft als geplant, doch die Informationen über Fushin, auf die er es abgesehen hatte, wird er dennoch bekommen, oder nicht?
Sasuke erweist den verstorbenen Dorfbewohnern die letzte Ehre, bevor er sich mit den anderen Shinobi auf den Rückweg zu Orochimaru begibt. Auf dem Weg treffen sie auf eine kleine Gruppe, deren Ziel eine kleine Insel mit einem Kolosseum ist, in dem Kämpfe ausgetragen werden. Wer wird im Ring landen?
Herr Tadaichi trifft auf seinem Weg, zu seinem Unglück, auf einen fremden Jungen. Kurz darauf explodiert er, und er ist nicht der Einzige: Im ganzen Dorf werden Menschen in die Luft gesprengt. Naruto und die anderen müssen eingreifen, aber vorsichtig.
Jiraiyas und Kakashis Vergangenheit wird ebenfalls beleuchtet: Jiraiya stand Orochimaru schon immer nahe – sie waren Freunde und haben sich gegenseitig unterstützt. Kakashi hatte gleich in seiner Kindheit die Chance auf die Akademie zu wechseln und seine Kräfte von Anfang an perfekt zu nutzen, doch dadurch entstehen auch Gegner.
Gaara hat schon immer gerne mit Sand gespielt und der Sand hat ihn schon immer beschützt. Als seine Geschwister keine Zeit mehr mit ihm verbringen dürfen, hat er nur noch eine Person, die ihm zeigt, wie stark er wirklich ist. Auch Shikamaru hat ungeahnte Kräfte in sich, doch durch seine Trägheit werden sie in der Kindheit zurückgehalten, bis er auf Naruto trifft.