Yamato und sein Team haben Sai aus Orochimarus Versteck geholt und ihn gefangen genommen, da kommt ihnen Kabuto in die Quere. Der jedoch hat allein gegen die Drei keine Chance und so befreit er Sai von dessen Fesseln, in der Hoffnung, dass er sich auf seine Seite schlägt…
Da er laut dem Kyubi die letzte Hoffnung ist Narutos Leben zu retten, eilen Sakura und Gaara zum vierten Hokage. In der Zwischenzeit setzt Karin mit Orochimaru und den anderen alles daran zu Sasuke vorzudringen, allerdings muss sie feststellen, dass sie nicht die einzige ist, die sich für Sasuke interessiert. Bei Kakashi und Minato (dem vierten Hokage) dauert derweil immer noch der Kampf gegen Kuro Zetsu an, der Obito in seiner Gewalt hat. Als Sakura und Gaara bei ihnen ankommen, versucht Minato seinen Teil des Kyubi in Narutos Körper zu versiegeln. Dabei gelingt es Kuro Zetsu allerdings den Kyubi an sich zu reißen. Kurz darauf taucht auch Madara am Ort des Geschehens auf.
Matsuri und ihr Team erkennen, dass sie die zweite Prüfung nicht schaffen werden – ihnen fehlt die zweite Schriftrolle. Ein Kampf mit Shira könnte das Problem lösen und Matsuri zeigen wo sie steht. In der Zwischenzeit unterhält sich Gaara mit Fugi, dem Anstifter der Unruhen. Er macht ihm deutlich, dass er sich verändert hat und für das Dorf nur das Beste will für das Dorf. Fugi erkennt seinen Fehler und entscheidet sich, die Zukunft der nächsten Generation anzuvertrauen. Aufgrund der Ereignisse, lässt Gaara die dritte Runde ausfallen und schickt alle Teilnehmer in ihre Dörfer zurück. Dort sollen die Kage entscheiden, wer aufsteigt und wer nicht.
Nachdem Matsuri Neji und seinem Team erzählt hat, in welcher Gefahr sich Gaara befindet, eilen sie ihm zur Hilfe. Am Ort des Geschehens angekommen, müssen sie feststellen, dass Hoichi nicht nur versucht an Gaaras Biju zu kommen, sondern dass er das gleiche auch bei Fu versucht. Zusammen mit Kegon und Yoro, die inzwischen auch am Ort des Geschehens angekommen sind, starten Matsuri, Lee und Tenten einen Angriff auf Hoichi, um ihn abzulenken, während Neji und Tenten versuchen Gaara und Fu zu befreien. Der Plan gelingt und Hoichi fällt seinem eigenen Jutsu zum Opfer.
Kaum ist der Sandsturm vorbeigezogen, werden Gaara und Matsuris Team von Hoichi angegriffen, der es auf Gaaras Biju abgesehen hat. Matsuri kann aber mit ihrem Team fliehen und versucht Hilfe zu holen. In der Zwischenzeit wird Fu auf den Angriff aufmerksam und versucht Gaara aus Hoichis Fängen zu befreien. Dabei gerät sie allerdings selbst in Hoichis Versiegelungsjutsu, was diesem die Chance gibt gleich beide Biju zu versiegeln. Matsuri, die inzwischen erschöpft in der Wüste zusammengebrochen ist, wird von Neji und seinem Team gefunden und erzählt ihnen was vorgefallen ist.
Während der zweiten Runde der Chunin-Prüfung bringt ein gewaltiger Sandsturm die Teilnehmer in Gefahr. Sofort wird die Prüfung unterbrochen und alles daran gesetzt die Teilnehmer in Sicherheit zu bringen. Auch Gaara eilt in die Wüste, um zu helfen. Da der Sandsturm allerdings Teil eines Plans der Verschwörer ist, spielt er ihnen damit ungewollt in die Karten.
Es steht der schriftliche Teil der ersten Runde für die Chunin-Prüfung an. Neiji kommt auf eine geniale Lösung, wie alle Teilnehmer bestehen können. Selbst als Sajin dazwischenfunkt, funktioniert sie noch. Die nächste Aufgabe ist nicht so leicht und Sajin und sein Team fallen durch Egoismus durch. Nun steht der Weg zur zweiten Runde an. Die letzten 30 Teilnehmer, die in Sunagakure ankommen, fallen durch.
Nach zwei Jahren findet in Konoha wieder eine Chunin-Auswahlprüfung statt. Wie bei der letzten Chunin-Prüfung handelt es sich bei der ersten Runde um einen schriftlichen Test. Dazu werden die Teams getrennt und in verschiedene Klassenzimmer eingeteilt. Der Test besteht aus drei Fragen, die unterschiedlich hohe Punkte geben: 30, 40 und 50 Punkte. Jedes Teammitglied darf jeweils nur eine Frage beantworten. Fällt die Gesamtpunktzahl des Teams höher als 100 aus, scheidet es aus. Es besteht das Team, dessen Punktzahl über dem Durchschnitt liegt.
Aus den meisten Regionen melden sich Shinobi zur Chunin-Prüfung an. Auch in Amegakure redet man darüber, einige Leute zu entsenden, um so an mehr Information zu den Jinchuriki zu gelangen. In Konoha wollen Ino und Choji an der Prüfung teilnehmen, aber da Shikamaru bereits Chunin ist, brauchen sie eine dritte Person, um sich überhaupt zu qualifizieren. Ino wendet sich an ihre beste Freundin Sakura, doch diese hat Bedenken.
Um zu sehen, wie die anderen Dörfer zu Konoha stehen und Akatsuki aus der Reserve zu locken, plant Tsunade die Ausrichtung einer neuen Chunin-Prüfung. Da Gaara allerdings herausfinden will, wer seine Feinde im eigenen Dorf sind, einigt man sich letztlich auf eine gemeinsame Ausrichtung der Prüfung. Runde eins soll in Konohagakure und Runde zwei in Sunagakure stattfinden. Jetzt gilt es nur noch die anderen Dörfer von einer Teilnahme zu überzeugen.
Nachdem der Kyubi aus seinem Körper entfernt wurde, schwebt Naruto in Lebensgefahr. Gaara arbeitet gemeinsam mit Sakura an seiner Rettung, denn noch ist nichts verloren. Madara beschreibt derweil den jetzigen Zustand der Welt als Widerspruch, den er auflösen will. Sasuke versucht ihn aufzuhalten, doch auch er scheitert an der Übermacht Madaras.
Der erneut zum Leben erwachte Madara Uchiha steht den freigelassenen Biju gegenüber und will nun Jagd auf diese machen. Schnell wird klar, dass Madara im Besitz eines echten Rinnegan ist. Derweil wehrt sich Otabi, der unter der Kontrolle vom schwarzen Zetsu steht, dagegen das linke Auge rauszurücken. Madara beschwört die Dämonenstatue Gedo Mazo, mit der er die Biju in Ketten legt und sie sich einen nach dem anderen einverleiben will. Gaaras Entschlossenheit veranlasst Shukaku sich an seinen alten Jinchuriki zu erinnern.
Obito sieht endlich ein, dass er falsch gehandelt hat. Um seine Taten zu büßen, will er das Gedo Rinne Tensei no Jutsu nutzen, um alle gefallenen Ninja wieder zu beleben. Doch Kuro Zetsu hält ihn auf und benutzt ihn, um Madara Uchiha wieder aus Fleisch und Blut zu machen. Wieder lebendig, will Madara endlich seine Pläne in die Tat umsetzen.
Während Hanabi hart trainiert, um ihrer neuen Stellung gerecht zu werden, wird Hinata bei der Chunin-Prüfung schwer verletzt. Hinatas Worte über Naruto, Nejis Niederlage und seine Versöhnung mit ihrer Schwester bringen Hanabis Haltung zum Schicksal langsam ins Wanken. Die Zeit vergeht und während Hanabis Fortschritte stagnieren, wird Hinata immer stärker. Als Hanabi noch etwas später erfährt, dass Naruto mit Hinatas Hilfe das Dorf gerettet hat, erkennt sie endlich, dass auch sie ihren eigenen Weg gehen muss.
Hanabi ist ganz vernarrt in ihre große Schwester Hinata und möchte unbedingt so werden wie sie. Mit der Zeit macht sie selbst beim Training allerdings so große Fortschritte, dass man sich im Hyuga-Clan fragt, ob sie nicht vielleicht besser für die Nachfolge als Anführer geeignet ist als ihre Schwester. Daher lässt ihr Vater die Beiden im Kampf gegen einander antreten. Da Hanibi diesen Kampf gewinnt, wird sie zur neuen Erbin ernannt. Hinata hingegen verliert dieses Recht und muss von nun an ihren Dienst als Genin antreten
Auch Gaara und die Biju wollen gegen Madara helfen. Son Goku fragt Gaara, ob er ebenfalls ein Freund Narutos ist. So erzählt Gaara, was Naruto für ihn bedeutet. Wie sie sich getroffen haben, wie Naruto ihn besiegt hat und wie sich Gaara veränderte. Naruto wurde zu Gaaras Freund. Zu seinem ersten Freund.
Naruto schafft es, dass sich Obito an die Vergangenheit erinnert und an die Freunde die er hatte. Es gelingt ihm, Obito von seinem Vorhaben abzubringen und so kann die Allianz das böse Chakaa aus ihm herausziehen.Sasuke eilt zu dem geschwächten Obito, um ihn zu töten, doch Kakashi kommt ihm zuvor. Aber auch dieser wird aufgehalten, von Minato. Er erklärt, was an Obitos und Narutos Wegen so unterschiedlich ist. Währenddessen kommt Naruto dem ersten Hokage zu Hilfe, der noch immer gegen Madara kämpft
Obito erinnert sich daran, wie er, Rin und Kakashi die Chunin-Prüfungen absolviert haben. Obwohl er Rückschläge erleiden musste, hat Rin fest an ihn geglaubt und so hat Obito damals nie aufgegeben und schließlich die Prüfung bestanden.Naruto hatte recht und Obito hat diese Erinnerungen nie vergessen. Er hat sich dagegen gewehrt, als er der Junchiriki von Jubi wurde. Nun bietet Naruto ihm an, zurück auf den richtigen Weg der Shinobi zu kommen
Naruto versucht Obito durch ein Gespräch an seine Vergangenheit zu erinnern. An den Obito Uchiha, der er mal war. Er erinnert sich an seine Zeit als Ninja-Schüler. An Rin und an Kakashi. Die beiden konnten sich nicht leiden, doch der junge Obito strengt sich umso mehr an, als Kakashi die Prüfung zum Genin besteht. Er schafft die Prüfung ebenfalls und kommt in ein Team mit Kakashi und Rin, das von Minato geleitet wird.
Obito kann nicht begreifen, wie Naruto für diese Welt kämpfen kann. Doch er gibt nicht auf und bereitet sich mit Sasuke auf den entscheidenen Angriff vor. Auch Narutos Freunde machen sich fertig. Sie erhalten von Naruto je ein Rasengan um Obitos Schild zu durchbrechen. Während Kakashi Obitos Gefühle und Gedanken nachfühlt, versucht die Allianz rund um Naruto die Biju-Energie aus Obito herauszuziehen. Zuletzt kann auch Naruto Obitos Gefühle spüren.