Obito sieht endlich ein, dass er falsch gehandelt hat. Um seine Taten zu büßen, will er das Gedo Rinne Tensei no Jutsu nutzen, um alle gefallenen Ninja wieder zu beleben. Doch Kuro Zetsu hält ihn auf und benutzt ihn, um Madara Uchiha wieder aus Fleisch und Blut zu machen. Wieder lebendig, will Madara endlich seine Pläne in die Tat umsetzen.
Während Hanabi hart trainiert, um ihrer neuen Stellung gerecht zu werden, wird Hinata bei der Chunin-Prüfung schwer verletzt. Hinatas Worte über Naruto, Nejis Niederlage und seine Versöhnung mit ihrer Schwester bringen Hanabis Haltung zum Schicksal langsam ins Wanken. Die Zeit vergeht und während Hanabis Fortschritte stagnieren, wird Hinata immer stärker. Als Hanabi noch etwas später erfährt, dass Naruto mit Hinatas Hilfe das Dorf gerettet hat, erkennt sie endlich, dass auch sie ihren eigenen Weg gehen muss.
Die Falle schnappt zu. Kakashi kann kann die Verräter zwar vertreiben, doch damit ist die Mission noch nicht beendet. Obito macht sich auf, den gefallenen Shinobi und damit die geheime Schriftrolle zu retten. Dabei lernen beide, Kakashi und er, viel über Teamarbeit. Etwas, was ihnen nun in der Gegenwart gegen Madara helfen wird.
Nachdem Kakashis Vater starb, stieg er schnell auf und schloss in sehr jungen Jahren die Ninja-Akademie ab. Er wurde ein richtiger Ninja, war jedoch nicht sehr beliebt bei den Anderen, wie es Obito zu Ohren kam. Kakashi wurde immer gleichgültiger und Rin sah, wie Obito ihn heimlich zu seinem Rivalen auserkor. Der Sandaime Hokage sah in Kakashi großes Potenzial, war jedoch nicht zufrieden mit Kakashis Sozialverhalten - Abhilfe sollte dort Minato Namikaze schaffen. Doch um ein Team zu bilden, bedarf es anderer Teammitglieder: Obito verspätete sich zur Abschlussfeier der Akademie, aber Rin war so lieb und brachte ihn auf die Bühne des leeren Saals und verlas dort sein Zertifikat. Obito war zu Tränen gerührt und freute sich schon auf seine Zukunft als Genin und wurde Teil des Team Yondaime. Anfangs erledigten sie einfache Missionen, um ihr Teamwork zu stärken, waren jedoch so erfolgreich, dass sie schnell eine C-Rank-Mission bekamen. Dort hatten sie den Auftrag, Minato lediglich zu begleiten und sich von einem Kampf fernzuhalten, was Obito jedoch nicht recht war. Als er dann noch den Gegnern gegenüber stand, stürzte er sich direkt in den Kampf, entgegen Minatos Anweisungen. Minato musste Obito retten, aber als die Gegner auch noch Kakashi und Rin verfolgten, änderte sich die Lage...
Naruto trifft den Geist seines Vaters und macht ihm Vorwürfe, dass dieser den Fuchsgeist in seinem eigenen Körper versiegelt hat. Aber Minato kann seinem Sohn erklären, dass er gute Gründe dafür hatte, es zu tun. Vor allem kann er Narutos Verdacht zerstreuen, dass die sechs Gestalten des Pain Konoha aus eigenem Antrieb angegriffen haben. Vielmehr werden sie von einer geheimnisvollen Gestalt aus dem Hintergrund manipuliert und gesteuert. Doch wie soll Naruto den echten Pain finden? Zuerst muss er den Fuchsgeist wieder unter Kontrolle bringen und Tendo besiegen. Ein Vorhaben, das Naruto alles abverlangt…
Um Hinata im Kampf gegen Tendo zu helfen, übernimmt der Fuchsgeist die Kontrolle über Naruto.
Naruto möchte unbedingt den Kyuubi von seinem Hass befreien, der ist aber nicht davon überzeugt, dass es funktioniert. Und Madara setzt alles daran, seine Gegner schachmatt zu setzen. Dabei geht es ihm zuerst um die Schweifbestien, durch die er Naruto außer Gefecht setzen will. Den Vierschwänzigen kann er mittels eines Pfahls mit einer Kette fesseln.
Der versiegelte Kyuubi bemerkt, dass der Vierte Hokage die Absicht hat, seine Macht dem jungen Naruto zu übertragen, und das gefällt ihm gar nicht. Allerdings erkennt er, dass er sich dies zu Nutze machen kann, um die Versiegelung zu lösen und freizukommen, denn wenn Naruto besonders viel von seiner Kraft benutzt, wird die Versiegelung schwächer.
Shikamaru versucht, eine neue Strategie gegen Tayuya anzuwenden. Kiba ist mit Akamaru weiterhin auf der Flucht, doch als er gerade denkt, er hätte seine Verfolger abgeschüttelt, wird er von Ukon gestellt, der sich mit einem Trick an ihn herangeschlichen hat. Auch Lee scheint keine Chance im Kampf gegen Kimimaro zu haben. Doch plötzlich, buchstäblich in letzter Sekunde, tauchen alte Feinde aus Suna-Gakure auf – das jetzt jedoch mit Konoha verbündet ist. Und so kommt Unterstützung durch Temari, Kankuro und Gaara…
Shikamaru versucht nach wie vor nicht sehr erfolgreich, Tayuya zu besiegen – das Mädchen hat mehr drauf, als er angenommen hatte. Und auch Naruto kommt gegen Kimimaro keinen Schritt weiter und ist kurz davor, zu verzweifeln, als ihm plötzlich Lee zu Hilfe kommt. Was jedoch nicht verhindernt, dass Kimimaro das Gefäß öffnet, in dem Sasuke seit einiger Zeit transportiert wird. Sasuke wacht auf und verschwindet sofort. Lee tritt gegen Kimimaro an, um Naruto die Möglichkeit zu geben, Sasuke zu verfolgen… Derweil ist in Konoha das Verschwinden von Lee bemerkt worden – genauso wie das Verschwinden einer Flasche Alkohol. Und Guy kann sich noch gut daran erinnern, was das letzte Mal passierte, als Lee versehentlich Alkohol getrunken hatte…
Yamato und sein Team suchen im geheimen Berg von Orochimaru nach Sasuke, doch es gibt so viele verwinkelte Wege und Zimmer, dass es fast aussichtslos scheint, ihn zu finden. Naruto macht das Chakra des Fuchsgeistes immer noch zu schaffen und so bietet Sai an, allein weiter nach Sasuke zu suchen…
Yamato und sein Team haben Sai aus Orochimarus Versteck geholt und ihn gefangen genommen, da kommt ihnen Kabuto in die Quere. Der jedoch hat allein gegen die Drei keine Chance und so befreit er Sai von dessen Fesseln, in der Hoffnung, dass er sich auf seine Seite schlägt…
Da er laut dem Kyubi die letzte Hoffnung ist Narutos Leben zu retten, eilen Sakura und Gaara zum vierten Hokage. In der Zwischenzeit setzt Karin mit Orochimaru und den anderen alles daran zu Sasuke vorzudringen, allerdings muss sie feststellen, dass sie nicht die einzige ist, die sich für Sasuke interessiert. Bei Kakashi und Minato (dem vierten Hokage) dauert derweil immer noch der Kampf gegen Kuro Zetsu an, der Obito in seiner Gewalt hat. Als Sakura und Gaara bei ihnen ankommen, versucht Minato seinen Teil des Kyubi in Narutos Körper zu versiegeln. Dabei gelingt es Kuro Zetsu allerdings den Kyubi an sich zu reißen. Kurz darauf taucht auch Madara am Ort des Geschehens auf.
Matsuri und ihr Team erkennen, dass sie die zweite Prüfung nicht schaffen werden – ihnen fehlt die zweite Schriftrolle. Ein Kampf mit Shira könnte das Problem lösen und Matsuri zeigen wo sie steht. In der Zwischenzeit unterhält sich Gaara mit Fugi, dem Anstifter der Unruhen. Er macht ihm deutlich, dass er sich verändert hat und für das Dorf nur das Beste will für das Dorf. Fugi erkennt seinen Fehler und entscheidet sich, die Zukunft der nächsten Generation anzuvertrauen. Aufgrund der Ereignisse, lässt Gaara die dritte Runde ausfallen und schickt alle Teilnehmer in ihre Dörfer zurück. Dort sollen die Kage entscheiden, wer aufsteigt und wer nicht.
Nachdem Matsuri Neji und seinem Team erzählt hat, in welcher Gefahr sich Gaara befindet, eilen sie ihm zur Hilfe. Am Ort des Geschehens angekommen, müssen sie feststellen, dass Hoichi nicht nur versucht an Gaaras Biju zu kommen, sondern dass er das gleiche auch bei Fu versucht. Zusammen mit Kegon und Yoro, die inzwischen auch am Ort des Geschehens angekommen sind, starten Matsuri, Lee und Tenten einen Angriff auf Hoichi, um ihn abzulenken, während Neji und Tenten versuchen Gaara und Fu zu befreien. Der Plan gelingt und Hoichi fällt seinem eigenen Jutsu zum Opfer.
Kaum ist der Sandsturm vorbeigezogen, werden Gaara und Matsuris Team von Hoichi angegriffen, der es auf Gaaras Biju abgesehen hat. Matsuri kann aber mit ihrem Team fliehen und versucht Hilfe zu holen. In der Zwischenzeit wird Fu auf den Angriff aufmerksam und versucht Gaara aus Hoichis Fängen zu befreien. Dabei gerät sie allerdings selbst in Hoichis Versiegelungsjutsu, was diesem die Chance gibt gleich beide Biju zu versiegeln. Matsuri, die inzwischen erschöpft in der Wüste zusammengebrochen ist, wird von Neji und seinem Team gefunden und erzählt ihnen was vorgefallen ist.
Während der zweiten Runde der Chunin-Prüfung bringt ein gewaltiger Sandsturm die Teilnehmer in Gefahr. Sofort wird die Prüfung unterbrochen und alles daran gesetzt die Teilnehmer in Sicherheit zu bringen. Auch Gaara eilt in die Wüste, um zu helfen. Da der Sandsturm allerdings Teil eines Plans der Verschwörer ist, spielt er ihnen damit ungewollt in die Karten.
Es steht der schriftliche Teil der ersten Runde für die Chunin-Prüfung an. Neiji kommt auf eine geniale Lösung, wie alle Teilnehmer bestehen können. Selbst als Sajin dazwischenfunkt, funktioniert sie noch. Die nächste Aufgabe ist nicht so leicht und Sajin und sein Team fallen durch Egoismus durch. Nun steht der Weg zur zweiten Runde an. Die letzten 30 Teilnehmer, die in Sunagakure ankommen, fallen durch.
Nach zwei Jahren findet in Konoha wieder eine Chunin-Auswahlprüfung statt. Wie bei der letzten Chunin-Prüfung handelt es sich bei der ersten Runde um einen schriftlichen Test. Dazu werden die Teams getrennt und in verschiedene Klassenzimmer eingeteilt. Der Test besteht aus drei Fragen, die unterschiedlich hohe Punkte geben: 30, 40 und 50 Punkte. Jedes Teammitglied darf jeweils nur eine Frage beantworten. Fällt die Gesamtpunktzahl des Teams höher als 100 aus, scheidet es aus. Es besteht das Team, dessen Punktzahl über dem Durchschnitt liegt.
Aus den meisten Regionen melden sich Shinobi zur Chunin-Prüfung an. Auch in Amegakure redet man darüber, einige Leute zu entsenden, um so an mehr Information zu den Jinchuriki zu gelangen. In Konoha wollen Ino und Choji an der Prüfung teilnehmen, aber da Shikamaru bereits Chunin ist, brauchen sie eine dritte Person, um sich überhaupt zu qualifizieren. Ino wendet sich an ihre beste Freundin Sakura, doch diese hat Bedenken.