Nach langer Zeit stehen Naruto und Sakura nun endlich wieder Sasuke gegenüber, doch der scheint sich sehr verändert zu haben. Naruto will Antworten von ihm und hat diverse Erinnerungen an die gemeinsame Zeit mit Sasuke…
Yamato und sein Team finden heraus, dass Sai von Danzo nicht nur den Auftrag hatte, einen Kontakt zu Orochimaru herzustellen, sondern auch gegen Sasuke zu kämpfen. Als Sai ihn findet bekämpft er Sasuke jedoch nicht, sondern fesselt ihn, um ihn nach Konoha mitzunehmen. Doch Sasuke kann sich aus Sais Fesseln befreien…
Naruto und Sasuke sind die Widergeburten von Hagoromos Söhnen, Ashra und Indra. Ihre Aufgabe ist nun klar, Madara aufhalten. Bevor sie eingreifen können, gibt Guy alles was er hat. Sogar sein letzter Angriff, der seinen sicheren Tod bedeutet, ist nicht stark genug, um Madara zu besiegen. Doch da erscheint endlich Naruto auf dem Schlachtfeld und kann Guy vor Madara retten.
Nachdem Guy das letzte der acht inneren Tore geöffnet und damit sein Leben aufs Spiel gesetzt hat, startet er eine Angriffskombination, die er Abendelefant (Sekizu) nennt. Leider übersteht Madara diesen Angriff. In der Zwischenzeit erwacht Naruto in einer Art Zwischenwelt und trifft dort auf den Rikudo Sennin. Nachdem dieser ihm davon erzählt hat, wie seine Mutter Kaguya die Chakra-Frucht vom Gottesbaum stahl und wie es dazu kam, dass seine Söhne Indra und Ashra zu Feinden wurden, eröffnet er Naruto, dass Ashra in ihm wiedergeboren wurde
Bevor Guy zum Angriff auf Madara übergeht erinnert er sich an seine Kindheit und so erfahren wir, wie es seinem Vater Dai gelungen ist ihn zu dem Shinobi zu machen, der er heute ist: durch harte Arbeit und einen Rivalen fürs Leben namens Kakashi. Schließlich lernt er von ihm auch die Technik der Acht inneren Tore. Wieder in der Gegenwart öffnet Guy das letzte der Tore, das Tor des Todes und der Kampf gegen Madara beginnt.
Orochimaru, Karin, Suigetsu und Juugo erreichen Sasuke, der zu bereits von Kabuto behandelt wird. Auf dem anderen Ende des Schlachtfeldes steht Gai Madara gegenüber. Da nur Senjutsu und Taijutsu gegen Madara wirken und Minato wegen seines verlorenen Arms keine Fingerzechen formen kann, ist Guy die letzte Hoffnung. Guy öffnet das siebte Tor und entschließt sich kurz darauf, das letzte Tor, das Tor des Todes zu öffnen. In einer Rückblende wird der 5-jährige Guy von seinem Vater Dai motiviert, stets hart an sich zu arbeiten.
Die Falle schnappt zu. Kakashi kann kann die Verräter zwar vertreiben, doch damit ist die Mission noch nicht beendet. Obito macht sich auf, den gefallenen Shinobi und damit die geheime Schriftrolle zu retten. Dabei lernen beide, Kakashi und er, viel über Teamarbeit. Etwas, was ihnen nun in der Gegenwart gegen Madara helfen wird.
Asaji und ihr Team können Komugi und die anderen besiegen. Die Shinobi aus Amegakure ziehen weiter. Als Lee Tenten wieder als nützlich bezeichnet, wird diese sauer. Sie erinnert sich an ihr Training mit Sensei Guy. Sie will nicht länger nur als „nützlich“ gelten. Doch die zweite Runde der Chunin-Prüfung geht weiter. Neji, Tenten und Lee treffen auf Asajis Team. Während des Kampfes stürzen Tenten und ihre Gegnerin in den Abgrund einer zerfallenden Ruine.
Burami und sein Team werden von Hinata, Kiba und Shino verfolgt. Doch sie können ihren Geruch verbergen und lauern den Ninjas aus Konoha auf. Während des Kampfes kommt Kiba auf eine Idee. Er erinnert sich an Naruto und an sein Training. Er und die anderen können Burami und sein Team täuschen und letztendlich überraschen. Endlich haben sie beide Schriftrollen in der Hand.
Auf der Suche nach einer passenden Schriftrolle, um die zweite Runde der Prüfung zu bestehen, beschließen Kiba und sein Team den Gegner in einen Hinterhalt zu locken. Wer darauf reagiert muss zwangsläufig die richtige Rolle haben. Es dauert nicht lange, bis sie an Kazami, Burami und Muyami geraten. Nach einem kurzen Kampf entdeckt Burami die Schriftrolle bei Kiba und sorgt dafür, dass diese seinem Team in die Hände fällt. Daraufhin beschwört Muyami einen Riesenmaulwurf und die Drei suchen das Weite. Kibas Team nimmt die Verfolgung auf, gerät dabei aber in eine Falle aus Treibsand. Mit Akamarus Hilfe können sie sich letztlich befreien und die Verfolgung wiederaufnehmen.
Shira und Lee treten in einem Freundschaftskampf gegeneinander an. Beide geben ihr Bestes und sind sich ebenbürtig. Letztlich gelingt es Lee die Angriffe seines Gegners auszurechnen und ihn zu schlagen. Da seine Wunde wieder aufgeplatzt ist, gibt Shira den Kampf verloren. Daraufhin erzählt er, dass das sein letzter Kampf war und dass er beschlossen hat sich nach Prüfung der Grenzwache anzuschließen. Neji, Lee und Tenten haben also zwei Schriftrollen in ihrem Besitz. Zuletzt erfährt Gaar, dass es sich bei den vermeintlichen Genin aus Takigakure mit Kegon und Yoro in Wirklichkeit um Jonin handelt und dass Fu ein Jinchuriki ist.
Als Lee erfährt wie schwer es für Shira war Shinobi zu werden, erkennt er wie ähnlich er ihm ist und beschließt den Angreifern zu folgen. Doch bevor es zu einem richtigen Kampf kommen kann, geht Shira dazwischen. Um die Situation friedlich zu lösen, will er den Angreifern seine Schriftrolle überlassen. Zu seiner Überraschung lehnen sie ab, geben stattdessen ihm ihre Schriftrollen und ziehen sich zurück. Daraufhin fordert Lee Shira zu einem freundschaftlichen Kampf heraus.
Die zweite Runde der Chunin-Prüfung beginnt. Es gilt in der Dämonenwüste zu überleben und Schriftrollen von einem anderen Team zu bekommen. Neji, Lee und Tenten tappen in ein Illusions-Jutsu von Shiras Team und werden daraufhin in ein Sandbecken gestürzt. Shira will, dass alle aus Sunagakure durchkommen, doch seine Kameraden aus dem Dorf stellen sich gegen ihn. Neji und die anderen können sich befreien und Shira und sein Team in letzter Sekunde retten.
Die Teilnehmer die bestanden haben, erreichen die Grenze zur Dämonenwüste. In dieser wird die zweite Runde stattfinden. Doch vorerst können sie sich eine Nacht ausruhen. Beim Abendessen kommt es zu einem Vorfall, so dass das Essen ungenießbar wird. Choji eilt, trotz Verbot, nach draußen. Ino und Sakura folgen ihm und alle drei werden von Riesenskorpionen angegriffen. Die verrückte Fu kann sie jedoch retten und Aufmerksamkeit auf sich ziehen. Am Morgen geht es los.
Es steht der schriftliche Teil der ersten Runde für die Chunin-Prüfung an. Neiji kommt auf eine geniale Lösung, wie alle Teilnehmer bestehen können. Selbst als Sajin dazwischenfunkt, funktioniert sie noch. Die nächste Aufgabe ist nicht so leicht und Sajin und sein Team fallen durch Egoismus durch. Nun steht der Weg zur zweiten Runde an. Die letzten 30 Teilnehmer, die in Sunagakure ankommen, fallen durch.
Nach zwei Jahren findet in Konoha wieder eine Chunin-Auswahlprüfung statt. Wie bei der letzten Chunin-Prüfung handelt es sich bei der ersten Runde um einen schriftlichen Test. Dazu werden die Teams getrennt und in verschiedene Klassenzimmer eingeteilt. Der Test besteht aus drei Fragen, die unterschiedlich hohe Punkte geben: 30, 40 und 50 Punkte. Jedes Teammitglied darf jeweils nur eine Frage beantworten. Fällt die Gesamtpunktzahl des Teams höher als 100 aus, scheidet es aus. Es besteht das Team, dessen Punktzahl über dem Durchschnitt liegt.
Aus den meisten Regionen melden sich Shinobi zur Chunin-Prüfung an. Auch in Amegakure redet man darüber, einige Leute zu entsenden, um so an mehr Information zu den Jinchuriki zu gelangen. In Konoha wollen Ino und Choji an der Prüfung teilnehmen, aber da Shikamaru bereits Chunin ist, brauchen sie eine dritte Person, um sich überhaupt zu qualifizieren. Ino wendet sich an ihre beste Freundin Sakura, doch diese hat Bedenken.
Um zu sehen, wie die anderen Dörfer zu Konoha stehen und Akatsuki aus der Reserve zu locken, plant Tsunade die Ausrichtung einer neuen Chunin-Prüfung. Da Gaara allerdings herausfinden will, wer seine Feinde im eigenen Dorf sind, einigt man sich letztlich auf eine gemeinsame Ausrichtung der Prüfung. Runde eins soll in Konohagakure und Runde zwei in Sunagakure stattfinden. Jetzt gilt es nur noch die anderen Dörfer von einer Teilnahme zu überzeugen.
Nachdem der Kyubi aus seinem Körper entfernt wurde, schwebt Naruto in Lebensgefahr. Gaara arbeitet gemeinsam mit Sakura an seiner Rettung, denn noch ist nichts verloren. Madara beschreibt derweil den jetzigen Zustand der Welt als Widerspruch, den er auflösen will. Sasuke versucht ihn aufzuhalten, doch auch er scheitert an der Übermacht Madaras.
Der erneut zum Leben erwachte Madara Uchiha steht den freigelassenen Biju gegenüber und will nun Jagd auf diese machen. Schnell wird klar, dass Madara im Besitz eines echten Rinnegan ist. Derweil wehrt sich Otabi, der unter der Kontrolle vom schwarzen Zetsu steht, dagegen das linke Auge rauszurücken. Madara beschwört die Dämonenstatue Gedo Mazo, mit der er die Biju in Ketten legt und sie sich einen nach dem anderen einverleiben will. Gaaras Entschlossenheit veranlasst Shukaku sich an seinen alten Jinchuriki zu erinnern.