Konohamaru trainiert angestrengt weiter, um Naruto aufzuholen. Dieser bleibt zwar stärker, ist aber beeindruckt von Konohamarus Fortschritt. So unterrichtet Naruto ihn weiter. Zwischendurch muss Naruto auf Trainingsreise und als das Dorf von Pain angegriffen wird, kommt Konohamarus große Stunde
Nach drei Jahren Training mit Jiraiya, kehrt Naruto endlich nach Konohagakure zurück. Dort wird er auch gleich von Sakura, Moegi, Udon und Konohamaru empfangen. Letzterer war so frei Narutos Bude rechtzeitig auf Vordermann zu bringen und hofft im Gegenzug darauf, dass Naruto ihm ein neues Jutsu beibringt. Naruto zeigt ihm dann auch das Rasengan. Da er aber einige wichtige Missionen zu bestreiten hat, muss Konohamaru zu sehen wie er ohne ihn klarkommt. Mit Hilfe seiner Freunde und des einen oder anderen Sexy Jutsu macht er aber große Fortschritte.
Ein Rückblick in Narutos Kindheit: Die Chu-Nin-Auswahlprüfungen stehen vor der Finalrunde und kein Mensch begreift, wie Naruto es bis hierher geschafft hat. Selbst Naruto ist nicht besonders zuversichtlich, dass er auch die letzte Prüfung bestehen wird. Doch dann erfährt er plötzlich vom „Vermächtnis des vierten Hokage“, das dem, der es findet große Kraft verleihen soll. Das Vermächtnis soll sich in der „Gegend der Knochengötter“ befinden und sofort macht er sich, zusammen mit Sakura und Team 10, auf den Weg dorthin, um das geheimnisvollen Relikt zu finden. Welche Abenteuer werden die jungen Ninja-Anwärter auf ihrer Suche erleben?
Naruto ist es endlich gelungen, Tendo, die sechste Gestalt von Pain, zu besiegen und er hat sogar eine Ahnung, wo er den wahren Pain findet. Er macht sich auf den Weg dorthin, wird jedoch von Inoichi und Shukaku aufgehalten. Inoichi will Naruto auf gar keinen Fall allein gehen lassen, doch in Shukaku findet Naruto erstaunlicherweise Unterstützung. Während Sakura sich um die verletzte Hinata kümmert, erreicht Naruto das Versteck des wahren Pain und er ist sehr gespannt, wer dieser Mensch ist, der Narutos Dorf und Freunden so viel Leid gebracht hat…
Die Nachricht, dass Naruto, Bee, Kakashi und Guy Madara in Schach halten, ist bisher nicht mehr als ein Gerücht. Die meisten Kämpfe sind beendet und die Einheiten machen sich auf den Weg an die vorderste Front, um Naruto und die anderen zu unterstützen. Sie wissen nicht, was sie dort erwartet, aber Kakashi weiß es.
Naruto hat es immer noch mit den fünf von Madara gesteuerten Bijuus zu tun. Seine einzige Möglichkeit, ihnen etwas zu entgegnen, ist, sich selbst in einen Bijuu zu verwandeln. Guy und Kakashi trauen ihren Augen nicht, als Naruto tatsächlich die Gestalt des Kyuubi annimmt. Gemeinsam mit dem Hachibi versucht er, die Pfähle aus den Bijuus zu ziehen, um sie endgültig zu besiegen...
Lee ist wild entschlossen, den Kampf gegen Kimimaro zu Ende zu bringen, doch Gaara schaltet sich ein, weil Lee gar nicht mehr die Kraft dazu hat. Es gelingt Gaara, Kimimaro in eine Art Sanddüne zu sperren, doch nicht für lang. Eine Weile bleibt er dort drinnen und erinnert sich an seine Kindheit und den Tag, an dem er Orochimaru das erste Mal begegnet ist – und dann mutiert er und verlässt die Sanddüne. Naruto verfolgt indessen weiterhin Sasuke, der in einer Art Höhle verschwunden ist. Dort erscheint Naruto Neji, der ihn darin bestärkt, die Verfolgung nicht aufzugeben.
Für Lee, Shikamaru und Kiba ist endlich wieder Land in Sicht bei ihren Kämpfen, die sie bisher mehr schlecht als Recht bewältigt haben, denn die drei Suna-Nins leisten ganze Arbeit und unterstützen sie, da Suna-Gakure offenbar einen neuen Kooperationsvertrag mit Konoha geschlossen hat. Und so gelingt es Temari auch, Shikamaru zu helfen, indem sie Tayuya erst einmal schachmatt setzt. Und auch Kiba ist froh, dass Kankuro mit seiner ‚Schwarzen Ameise‘ angreift und ihm Sakon und Ukon vom Hals hält. Gaara ist als Rückendeckung für Lee angetreten und hat es ab sofort mit Kimimaro zu tun…
Nach langer Zeit stehen Naruto und Sakura nun endlich wieder Sasuke gegenüber, doch der scheint sich sehr verändert zu haben. Naruto will Antworten von ihm und hat diverse Erinnerungen an die gemeinsame Zeit mit Sasuke…
Yamato und sein Team finden heraus, dass Sai von Danzo nicht nur den Auftrag hatte, einen Kontakt zu Orochimaru herzustellen, sondern auch gegen Sasuke zu kämpfen. Als Sai ihn findet bekämpft er Sasuke jedoch nicht, sondern fesselt ihn, um ihn nach Konoha mitzunehmen. Doch Sasuke kann sich aus Sais Fesseln befreien…
Naruto und Sasuke sind die Widergeburten von Hagoromos Söhnen, Ashra und Indra. Ihre Aufgabe ist nun klar, Madara aufhalten. Bevor sie eingreifen können, gibt Guy alles was er hat. Sogar sein letzter Angriff, der seinen sicheren Tod bedeutet, ist nicht stark genug, um Madara zu besiegen. Doch da erscheint endlich Naruto auf dem Schlachtfeld und kann Guy vor Madara retten.
Nachdem Guy das letzte der acht inneren Tore geöffnet und damit sein Leben aufs Spiel gesetzt hat, startet er eine Angriffskombination, die er Abendelefant (Sekizu) nennt. Leider übersteht Madara diesen Angriff. In der Zwischenzeit erwacht Naruto in einer Art Zwischenwelt und trifft dort auf den Rikudo Sennin. Nachdem dieser ihm davon erzählt hat, wie seine Mutter Kaguya die Chakra-Frucht vom Gottesbaum stahl und wie es dazu kam, dass seine Söhne Indra und Ashra zu Feinden wurden, eröffnet er Naruto, dass Ashra in ihm wiedergeboren wurde
Bevor Guy zum Angriff auf Madara übergeht erinnert er sich an seine Kindheit und so erfahren wir, wie es seinem Vater Dai gelungen ist ihn zu dem Shinobi zu machen, der er heute ist: durch harte Arbeit und einen Rivalen fürs Leben namens Kakashi. Schließlich lernt er von ihm auch die Technik der Acht inneren Tore. Wieder in der Gegenwart öffnet Guy das letzte der Tore, das Tor des Todes und der Kampf gegen Madara beginnt.
Orochimaru, Karin, Suigetsu und Juugo erreichen Sasuke, der zu bereits von Kabuto behandelt wird. Auf dem anderen Ende des Schlachtfeldes steht Gai Madara gegenüber. Da nur Senjutsu und Taijutsu gegen Madara wirken und Minato wegen seines verlorenen Arms keine Fingerzechen formen kann, ist Guy die letzte Hoffnung. Guy öffnet das siebte Tor und entschließt sich kurz darauf, das letzte Tor, das Tor des Todes zu öffnen. In einer Rückblende wird der 5-jährige Guy von seinem Vater Dai motiviert, stets hart an sich zu arbeiten.
Die Falle schnappt zu. Kakashi kann kann die Verräter zwar vertreiben, doch damit ist die Mission noch nicht beendet. Obito macht sich auf, den gefallenen Shinobi und damit die geheime Schriftrolle zu retten. Dabei lernen beide, Kakashi und er, viel über Teamarbeit. Etwas, was ihnen nun in der Gegenwart gegen Madara helfen wird.
Asaji und ihr Team können Komugi und die anderen besiegen. Die Shinobi aus Amegakure ziehen weiter. Als Lee Tenten wieder als nützlich bezeichnet, wird diese sauer. Sie erinnert sich an ihr Training mit Sensei Guy. Sie will nicht länger nur als „nützlich“ gelten. Doch die zweite Runde der Chunin-Prüfung geht weiter. Neji, Tenten und Lee treffen auf Asajis Team. Während des Kampfes stürzen Tenten und ihre Gegnerin in den Abgrund einer zerfallenden Ruine.
Burami und sein Team werden von Hinata, Kiba und Shino verfolgt. Doch sie können ihren Geruch verbergen und lauern den Ninjas aus Konoha auf. Während des Kampfes kommt Kiba auf eine Idee. Er erinnert sich an Naruto und an sein Training. Er und die anderen können Burami und sein Team täuschen und letztendlich überraschen. Endlich haben sie beide Schriftrollen in der Hand.
Auf der Suche nach einer passenden Schriftrolle, um die zweite Runde der Prüfung zu bestehen, beschließen Kiba und sein Team den Gegner in einen Hinterhalt zu locken. Wer darauf reagiert muss zwangsläufig die richtige Rolle haben. Es dauert nicht lange, bis sie an Kazami, Burami und Muyami geraten. Nach einem kurzen Kampf entdeckt Burami die Schriftrolle bei Kiba und sorgt dafür, dass diese seinem Team in die Hände fällt. Daraufhin beschwört Muyami einen Riesenmaulwurf und die Drei suchen das Weite. Kibas Team nimmt die Verfolgung auf, gerät dabei aber in eine Falle aus Treibsand. Mit Akamarus Hilfe können sie sich letztlich befreien und die Verfolgung wiederaufnehmen.
Shira und Lee treten in einem Freundschaftskampf gegeneinander an. Beide geben ihr Bestes und sind sich ebenbürtig. Letztlich gelingt es Lee die Angriffe seines Gegners auszurechnen und ihn zu schlagen. Da seine Wunde wieder aufgeplatzt ist, gibt Shira den Kampf verloren. Daraufhin erzählt er, dass das sein letzter Kampf war und dass er beschlossen hat sich nach Prüfung der Grenzwache anzuschließen. Neji, Lee und Tenten haben also zwei Schriftrollen in ihrem Besitz. Zuletzt erfährt Gaar, dass es sich bei den vermeintlichen Genin aus Takigakure mit Kegon und Yoro in Wirklichkeit um Jonin handelt und dass Fu ein Jinchuriki ist.