Die letzte der Trinity Seven erscheint in der Ewigen Bibliothek. Liese trägt ein Siegel des Dämonenlords. Sie versucht Arata dazu zu bringen, sich der bösen Magierseite anzuschließen. Dadurch versucht sie Hijiri zu retten. Kurz darauf, werden Arata seine Magierkräfte gestohlen und Liese beschließt, die Schule anzugreifen.
Die Mädchen laufen in ihren Trainingsoutfits, die Brüste schwanken hin und her. Arata's Herz rast. Alle haben viel Spaß. Doch plötzlich taucht ein Geist in der Bibliothek auf. Arata und seine Freunde gehen los, um den Spuk ein Ende zu setzen. Die Schüler werden gewaltsam in die "Ewige Bibliothek" transportiert.
Ein unerklärliches Phänomen tritt in der Schule in Erscheinung. Um die Schule zu retten, müssen sich Arata und seine Freunde in ein Labyrinth begeben.
Es ist Sommer. Das Team ist auf einer Südinsel, auf welcher sich viele süße Mädchen in Badeanzügen befinden. Währenddessen repariert der Quartiermeister die Schule, die Arata bei seinem Zusammenbruch zerstört hat.
Nachdem Mila wieder genesen ist, reist sie ihrer Mannschaft ins Trainingslager nach. Dort trifft sie Yushima wieder, dem sie in einem Brief ihre Gefühle gestehen will. Doch der ist daran gar nicht interessiert und möchte den Kontakt abbrechen. Als Mila entdeckt, das Yushima auch noch ein gegnerisches Team trainiert, ist sie zu Tode enttäuscht.
Durch Mayas selbstmörderischen Einsatz konnte Mila vor einer Beinamputation bewahrt werden. Auf einem ihrer Erholungsspaziergänge lernt sie den jungen Studenten Yushima kennen, der einmal im Jahr die Stelle in den Bergen besucht, an der seine Schwester tödlich verunglückte. Mila verliebt sich in den jungen Mann.
Nach dem Volleyballspiel gegen die Mighty Six steht eine Bergtour auf dem Programm der Fujimis. Während dieser Aktion bekommt Mila durch die Wunde, die sie seit dem Spiel gegen die Mighty Six hat, einen Wundstarrkrampf. Ihre Freundinnen schaffen es gerade noch, sie in ein Kurhaus in den Bergen zu bringen.
Das Spiel zwischen den Mighty Six und den Fujimis findet auf einem Motorradtestgelände statt. Während des Matches verletzt sich Mila. Und Gegnerin Maya, die bisher eher ihre harte Seite gezeigt hat, kümmert sich rührend um sie.
Maya und ihre Gang, die Mighty Six, wollen gegen Mila und ihr Team Volleyball spielen. Aber Mila hat keine Lust und weigert sich, die Herausforderung anzunehmen. Doch als Maya sie mit einer ‚Todesfahrt‘ auf dem Motorrad beeindruckt, überlegt es sich Mila doch noch mal anders.
Trainer Hongo hat seiner Mannschaft eine Art Zwangsurlaub verordnet. Während dieses Trips durch Japan bekommen es die Mädels plötzlich mit einer aggressiven Motorradbande zu tun. Maya, die Anführerin der Gang, fordert die Fujimis zum Kampf in Form eines Volleyballspiels heraus.
Columbus kann eine bevorstehende Revolte seiner Matrosen verhindern. Nach anstrengenden Tagen auf hoher See stoßen sie endlich auf eine Insel.
Die Flotte von Columbus kann endlich in See stechen, doch während ihrer Fahrt zu den Kanarischen Inseln bricht das Ruder der „Pinta“.
Endlich kann Columbus die Schiffe „Pinta“ und „Ninja“, die ihm zur Verfügung gestellt wurden, besichtigen.
Nachdem Columbus' Projekt nun doch bewilligt worden ist, setzt dieser mit der königlichen Familie Spaniens einen Vertrag auf.
Nachdem der Krieg mit den Mauren 1492 in Granada beendet ist und endlich wieder Frieden im Land herrscht, kann Columbus sein Projekt genau vortragen.
1490 ist der Krieg mit den Mauren in Spanien immer noch in vollem Gange, wodurch Columbus' Chancen auf finanzielle Unterstützung sinken.
Das Schiff verlässt auf Befehl des Kapitäns den Hafen von Chios, obwohl der erfahrene Giovanni einen herannahenden Sturm prophezeit hat.
Nachdem Sanzo und die anderen den Wald hinter sich lassen konnten, erreichen sie die nächste Stadt auf ihrer gefährlichen Reise. Doch auch dort wartet bereits eine neue Gefahr auf sie. Zunächst treffen sie erneut auf die gelbäugigen Menschen, die Hazel zuvor wiederbelebt hatte. Etwas geht hier nicht mit rechten Dingen zu, da sind sich alle sicher.
Ed und seine Leute stoßen auf das unsterbliche Armeekorps. Es kommt zu einer heftigen Schlacht, denn es muss unbedingt verhindert werden, dass diese „Puppen“ an die Oberfläche gelangen. In Central City tobt ebenfalls der Krieg. Selim schafft es unterdessen, sich aus dem Gefängnis zu befreien und Envy gelingt es mit der Hilfe der „Puppen“ wieder seine normale Form zurückzuerlangen.
Endlich heißt es wieder Panzer vor: Erlebt Teil 3 des sechsteiligen Finales und begleitet Mihō sowie ihre Schulkameradinnen abermals auf ihrem eigenen Pfad des traditionsreichen Sensha-dō.