Kanata gelingt es, Misora und Lecty entsprechend ihrer Stärken und Schwächen zu trainieren. Nur Rico nimmt weiterhin nicht am Training teil. Es kommt heraus, dass sie die Scharfsichtigkeit hat, die höchste Auffassungsgabe und damit unerlässlich für das Team ist. Kanata fragt sie erneut, ob sie mit Sturmtrupp E601 zusammen arbeiten will und diesmal sagt sie zu.
Kanata möchte, dass Misora ihr magisches Kanonenschwert zu Gunsten einer anderen Waffe aufgibt. Als sie sich vehement weigert, besucht er sie zu Hause und erfährt vom tragischen Tod von Misoras Mutter. Sie war eine Meisterin im Umgang mit dem Kanonenschwert und Misora möchte auf diese Weise ihr Andenken bewahren. Daraufhin lässt Kanata es sie benutzen.
Ausgestattet mit allerlei Informationen über seine Schülerinnen, gibt Kanata ihnen separate Übungsaufgaben, um sich zu verbessern. Nur Rico weigert sich. Lecty soll in einem Maid-Café als Aushilfe arbeiten, um ihre Schüchternheit zu überwinden. Währenddessen soll Misora Rico beschatten, um ihre Schwäche herauszufinden.
Die erste Trainingseinheit von Sturmtrupp E601 macht Kanata sehr schnell deutlich, worin die individuellen Stärken seiner Schülerinnen liegen. Aber ihre enormen Schwächen sind nicht zu übersehen und auch als Team funktionieren die drei überhaupt nicht. Kanata muss sich etwas einfallen lassen.
Kanata Age, bekannt als „Chronos, der schwarze Schwertkämpfer“ und Verräter, wird Leiter des Sturmtrupps E601. Seine Schülerinnen Misora, Lecty und Rico sind alles andere als begeistert, dabei sind sie selbst die schlechtesten Schülerinnen der Akademie-Stadt und brauchen jede Hilfe, die sie kriegen können.
Rosa, Professor Laytons Assistentin, hat einen letzten Wunsch. Sie möchte noch einmal im Leben Professor Layton, Katrielles Vater, wiedersehen. Deshalb bittet sie Katrielle, die Umstände von Laytons Verschwinden aufzuklären. Die Ermittlungen führen Katrielle in die Vergangenheit, zu Professor Laytons Partner Luke Triton und zu dem seit Jahrzenten ungelösten Rätsel der uralten Reliktsteine.
Frau Berta von Doppelpfund befehligt Katrielle und die anderen ihr verschollenes Haustier, Kater Rex, bis zur anstehenden Dinner-Party zu finden. Jedoch gestaltet sich die Suche nach dem Haustier als äußerst schwierig. Während die Zeit bis zur Dinner-Party langsam aber sicher abläuft, stößt Katrielle auf einen überraschenden Tipp und begibt sich auf die Suche nach Rex‘ Aufenthaltsort.
Im Haus von Dante (Izumis alter Lehrmeisterin) wird Al von Greeds Chimärentruppe angegriffen und verschleppt. Sie bringen ihn in ihre Operationsbasis, die Kneipe „Devil's Nest“ außerhalb der Stadt, wo Greed den gefangenen Al nach dem Geheimnis des ewigen Lebens ausfragt.
Wrath heißt der Junge, der nun Eds verlorene Gliedmaßen – den rechten Arm und das linke Bein – sein Eigen nennt. Er ist ein Homunkulus, der bei Izumis vor längerer Zeit missglückten menschlichen Transmutation geboren wurde. Weil Wrath ein Mensch werden möchte, greift er Ed an, um ihn auch noch die restlichen Teile seines Körpers abzunehmen.
Der rätselhafte Junge mit dem Ouroboros-Zeichen ist der Auslöser für eine Konfrontation zwischen Kimbly, den Elric-Brüdern und Izumi im South Hauptquartier. Währenddessen führt Roy auf Befehl des Generalmarschalls seine Truppen zum Slum bei Kishua, um Scar festzunehmen.
Izumi nimmt den Jungen von der Insel mit nach Hause. Der hat an seiner rechten Schulter eine Narbe, die auffallend an die Wunde erinnert, die Ed damals beim Probetraining durch den Fuchsbiss erlitten hatte. Doch auf Eds Nachfrage hin weicht der Junge nur aus...
Ed und Al erinnern sich auf der Yok an ihren damals begangenen großen Fehler und bereuen ihn. Dennoch beschließen sie, weiter auf ihren Weg voranzuschreiten, um alles Verlorene zurückzuholen. Doch plötzlich erscheint am Waldrand die Gestalt eines rätselhaften Jungen, der Alchemie nutzt…
„Manchmal muss man innehalten und über sein Leben nachdenken. Die beiden brauchen das jetzt.“ Izumi bringt Ed und Al noch einmal zur Insel Yok, wo die Brüder einige Jahre zuvor ihr Probetraining absolviert hatten. Auf der Insel gibt es immer noch viele Spuren von damals und die dadurch in ihnen aufsteigende Erinnerungen bringen sie erneut über sich selbst ins Grübeln.
Ed und Al geraten in Rush Valley in die Fänge der Person, die sie am meisten fürchten: Izumi Curtis, ihre Alchemie-Lehrmeisterin. Diese ist äußerst aufgebracht darüber, dass Ed ein Staatsalchemist und somit ein Lakai der Armee geworden ist, und schleppt die beiden Brüder mit nach Dublith. Währenddessen erhält im East-Hauptquartier Oberst Mustang seinen Versetzungsbefehl nach Central City.
Ed, Al und Winry erreichen Rush Valley, das Mekka der Auto-mail-Produktion. Beim Anblick all der Auto-mail-Werkstätten in der Stadt gerät Winry ganz außer sich vor Freude. Beim Auto-mail-Armdrück-Wettbewerb, Rush Valleys Hauptattraktion, lernen die drei das Mädchen Paninya kennen, die in der Stadt lebt und statt eines Arms und beider Beine Prothesen trägt.
Nachdem Ed und Al im fünften Forschungsinstitut die Wahrheit über den Stein der Weisen erfahren haben, gehen sie auf die Suche einer anderen Methode, um ihre ursprüngliche Körper zurückzuerhalten. Um eine solche Möglichkeit ausfindig zu machen, beschließen sie, Central City zu verlassen.
Besessen von dem quälenden Verdacht, dass seine Erinnerungen und seine Seele künstlich erzeugt wurden, läuft Al von Ed und Winry davon. Wie versteinert steht er an einer Straßenecke und lernt dort die Ishbarier-Kinder Rick und Leo kennen. Die beiden Brüder bringen Al zu einem geheimen Ishbarier-Lager, wo ihn eine Wiederbegegnung erwartet, mit der er nicht gerechnet hätte…
Ed erwacht schwer verwundet auf einem Krankenhausbett aus seiner Ohnmacht. Als Rüstung liegt ebenfalls halb zerstört in der Zimmerecke. Eds Gedanken kreisen nur um eines: Er war so nahe dran, den Stein der Weisen zu bekommen – und doch konnte er sich nicht überwinden, den letzten Schritt zu machen. Auch Al plagen nach seinem Kampf gegen Nr. 66 noch immer Zweifel an seiner eigenen Identität.
Jugendliche, deren übermenschliche Fähigkeiten erwacht sind, erheben sich gegen Krieg, gegen Amerikaner und Staatsgewalt. Als bekannt wird, dass auf den Ogasawara-Inseln - von den USA und Japan autorisiert - Versuche mit Übermenschen durchgeführt worden waren, erheben sich die Studenten und veranstalten eine Großdemonstration in Shinjuku - mit dem Ziel einer Revolution.
In Sapporo wurden Ärzte und Krankenschwestern ermordet. Im Zuge der Ermittlungen des Strange Power Risk Management Offices stellt sich heraus, dass in dem Krankenhaus Versuche mit Übermenschen durchgeführt worden waren. Was war das Motiv des Hauptverdächtigen, Dämonenschwert Claude?