Sasuke macht sich trotz des Verbots auf den Weg zu Orochimaru. Seine Freunde und sein Mentor versuchen ihn abzuhalten, doch vergebens. Naruto und die anderen haben kurz darauf ein Krisengespräch – sollen sie Sasuke auf seiner gefährlichen Reise folgen?
Iruka läuft durch das zerstörte Konoha und erinnert sich an die Vergangenheit, als er Narutos Lehrer wurde. Damals hatte er sich vom Hokage dazu überreden lassen, sich um Naruto zu kümmern. Ohne einen verantwortungsbewussten Ausbilder liefe der Junge Gefahr, von der Ninja-Akademie geworfen zu werden. Iruka ist überhaupt nicht begeistert davon, doch er will Naruto nicht dessen Zukunft verbauen und darum stimmt er zu. Er hat allerdings keine Ahnung, wie er mit den diversen Streichen des Jungen umgehen soll und versucht es mit einer ganz ungewöhnlichen Herangehensweise. Parallel dazu sind drei Ninjas auf dem Weg nach Konoha. Gibt es etwa neuen Ärger…?
Nagato wendet mit letzter Kraft das Jutsu der Wiedergeburt an und so werden alle Verstorbenen aus Konoha wieder zum Leben erweckt. Kakashi hatte in der anderen Welt ein Gespräch mit seinem Vater, wohingegen sich Fukasaku, als er wieder erwacht, an nichts erinnern kann. In Konoha bricht großer Jubel aus und Naruto wird als Held gefeiert. Iruka denkt an viele Begebenheiten mit ihm zurück und während Konoha jubelt, nimmt Konan ihre toten Freunde Nagato und Yahiko mit und verspricht Naruto, sich von Akatsuki abzuwenden. Konoha scheint endgültig gerettet.
Kabuto erinnert sich an seine Zeit im Waisenhaus, als er Orochimaru kennengelernt hat und später den ANBU Ne beigetreten ist, um das finanziell bedrohte Waisenhaus zu retten. Jahre später wird er von einer Frau angegriffen und tötet sie. Erst als es zu spät ist bemerkt er, dass es sich um seine Ersatzmutter handelte, die ebenfalls eine Mission für die Ne ausführen sollte.
Itachi und Sasuke stehen weiterhin von Angesicht zu Angesicht mit Kabuto. Er möchte Sasuke auf seine Seite ziehen, indem versucht ihm klarzumachen, wie ähnlich sie eigentlich sind. Und auch in Itachis Leben sieht Kabuto eine Menge Parallelen zu seinem eigenen. Beide waren Spione für Konoha, beide opferten sich für ihr Dorf und wurden zum Dank verachtet und beschimpft.
Naruto ist hin und hergerissen von seinen Gefühlen, seit Sasuke ihm gesagt hat, dass er ihn als seinen besten Freund betrachtet – doch warum will er ihn dann so hart bekämpfen? Und dass Sasuke nicht zögert, alles zu geben, merkt Naruto nur zu genau – er begreift nur nicht, warum das so ist, doch irgendwann kann er nicht mehr anders. Er muss ebenfalls alles geben und so aktiviert er das Chakra des Neunschwänzigen Fuchses in sich. Derweil hat Kakashi erfahren, dass Sasuke in seiner Abwesenheit verschwunden ist und Tsunade niemand anderen hatte, als das Team von Shikamaru, um sich auf die Suche nach ihm zu machen. Kakashi beauftragt Pakkun, mit seinen Hunden auszuschwärmen, und die Spur von Naruto und Sasuke aufzunehmen.
Sasuke denkt an seine Kindheit zurück und daran, wie er erfahren hat, dass es eine weitere Variation des Sharingan gibt. Um es zu erlangen, muss man einen Freund besiegen, bzw. ihn verraten. Sasuke plant, in seinem Kampf gegen Naruto dieses besondere Sharingan zu erlangen…
Das Team Yamato erreicht den Feuertempel, und Naruto muss feststellen, dass Sora's Verhalten ihm gegenüber immer provozierender wird. Nun ist Naruto auch nicht auf den Mund gefallen und will beweisen, dass auch er in der Lage ist ‚auszuteilen‘. Es kommt zu verschiedenen Auseinandersetzungen, in denen es ihm gelingt, sich Respekt zu verschaffen. Am Ende verlässt Sora den Feuertempel. Naruto folgt ihm und stellt ihn zur Rede…
Yamato ist mit Sakura, Naruto und Sai sind auf dem Weg zum Feuertempel. Sie wollen sich an einem bestimmten Wegzeichen mit Mönchen treffen, von denen sie um Hilfe gebeten wurden. Denn in letzter Zeit wurden immer wieder geheime Gräber ausgeraubt, in denen verdiente Shinobi ihre letzte Ruhe fanden. Da die Zeit verstreicht, machen sich Yamato und Sakura auf den Weg, um die Mönche zu suchen. Naruto und Sai sollen zurück bleiben. Aber Naruto hält sich nicht daran. Er läuft den beiden hinterher, und kommt zu einem der geheimen Gräber…
Tsunade liest weiter: Es stellt sich heraus, dass der maskierte Mann kein geringer als Nejis Vater ist.
Tsunade ist in ihrem Traum an der Stelle des Buchs angekommen, an der das Kyuubi aus Narutos Siegel bricht. Jiraiya muss es schnell erneuern.
Tsunades Traum hält weiter an. Naruto wurde vom maskierten Mann paralysiert.
Im Traum ist Tsunade weiterhin in Jiraiyas Buch vertieft. Naruto und Neji stehen immer noch dem maskierten Mann gegenüber, der wissen will, ob Konoha-Nin gute Menschen sind.
Tsunade träumt immer noch und liest weiter Jiraiyas Buch. Naruto und Neji treffen auf den Mann, der für das Verschwinden der Konoha-Jonin verantwortlich ist.
Konohamaru trainiert angestrengt weiter, um Naruto aufzuholen. Dieser bleibt zwar stärker, ist aber beeindruckt von Konohamarus Fortschritt. So unterrichtet Naruto ihn weiter. Zwischendurch muss Naruto auf Trainingsreise und als das Dorf von Pain angegriffen wird, kommt Konohamarus große Stunde
Nach drei Jahren Training mit Jiraiya, kehrt Naruto endlich nach Konohagakure zurück. Dort wird er auch gleich von Sakura, Moegi, Udon und Konohamaru empfangen. Letzterer war so frei Narutos Bude rechtzeitig auf Vordermann zu bringen und hofft im Gegenzug darauf, dass Naruto ihm ein neues Jutsu beibringt. Naruto zeigt ihm dann auch das Rasengan. Da er aber einige wichtige Missionen zu bestreiten hat, muss Konohamaru zu sehen wie er ohne ihn klarkommt. Mit Hilfe seiner Freunde und des einen oder anderen Sexy Jutsu macht er aber große Fortschritte.
Naruto und Sasuke sind die Widergeburten von Hagoromos Söhnen, Ashra und Indra. Ihre Aufgabe ist nun klar, Madara aufhalten. Bevor sie eingreifen können, gibt Guy alles was er hat. Sogar sein letzter Angriff, der seinen sicheren Tod bedeutet, ist nicht stark genug, um Madara zu besiegen. Doch da erscheint endlich Naruto auf dem Schlachtfeld und kann Guy vor Madara retten.
Nachdem Guy das letzte der acht inneren Tore geöffnet und damit sein Leben aufs Spiel gesetzt hat, startet er eine Angriffskombination, die er Abendelefant (Sekizu) nennt. Leider übersteht Madara diesen Angriff. In der Zwischenzeit erwacht Naruto in einer Art Zwischenwelt und trifft dort auf den Rikudo Sennin. Nachdem dieser ihm davon erzählt hat, wie seine Mutter Kaguya die Chakra-Frucht vom Gottesbaum stahl und wie es dazu kam, dass seine Söhne Indra und Ashra zu Feinden wurden, eröffnet er Naruto, dass Ashra in ihm wiedergeboren wurde
Bevor Guy zum Angriff auf Madara übergeht erinnert er sich an seine Kindheit und so erfahren wir, wie es seinem Vater Dai gelungen ist ihn zu dem Shinobi zu machen, der er heute ist: durch harte Arbeit und einen Rivalen fürs Leben namens Kakashi. Schließlich lernt er von ihm auch die Technik der Acht inneren Tore. Wieder in der Gegenwart öffnet Guy das letzte der Tore, das Tor des Todes und der Kampf gegen Madara beginnt.
Orochimaru, Karin, Suigetsu und Juugo erreichen Sasuke, der zu bereits von Kabuto behandelt wird. Auf dem anderen Ende des Schlachtfeldes steht Gai Madara gegenüber. Da nur Senjutsu und Taijutsu gegen Madara wirken und Minato wegen seines verlorenen Arms keine Fingerzechen formen kann, ist Guy die letzte Hoffnung. Guy öffnet das siebte Tor und entschließt sich kurz darauf, das letzte Tor, das Tor des Todes zu öffnen. In einer Rückblende wird der 5-jährige Guy von seinem Vater Dai motiviert, stets hart an sich zu arbeiten.