Die Falle schnappt zu. Kakashi kann kann die Verräter zwar vertreiben, doch damit ist die Mission noch nicht beendet. Obito macht sich auf, den gefallenen Shinobi und damit die geheime Schriftrolle zu retten. Dabei lernen beide, Kakashi und er, viel über Teamarbeit. Etwas, was ihnen nun in der Gegenwart gegen Madara helfen wird.
Nachdem Kakashis Vater starb, stieg er schnell auf und schloss in sehr jungen Jahren die Ninja-Akademie ab. Er wurde ein richtiger Ninja, war jedoch nicht sehr beliebt bei den Anderen, wie es Obito zu Ohren kam. Kakashi wurde immer gleichgültiger und Rin sah, wie Obito ihn heimlich zu seinem Rivalen auserkor. Der Sandaime Hokage sah in Kakashi großes Potenzial, war jedoch nicht zufrieden mit Kakashis Sozialverhalten - Abhilfe sollte dort Minato Namikaze schaffen. Doch um ein Team zu bilden, bedarf es anderer Teammitglieder: Obito verspätete sich zur Abschlussfeier der Akademie, aber Rin war so lieb und brachte ihn auf die Bühne des leeren Saals und verlas dort sein Zertifikat. Obito war zu Tränen gerührt und freute sich schon auf seine Zukunft als Genin und wurde Teil des Team Yondaime. Anfangs erledigten sie einfache Missionen, um ihr Teamwork zu stärken, waren jedoch so erfolgreich, dass sie schnell eine C-Rank-Mission bekamen. Dort hatten sie den Auftrag, Minato lediglich zu begleiten und sich von einem Kampf fernzuhalten, was Obito jedoch nicht recht war. Als er dann noch den Gegnern gegenüber stand, stürzte er sich direkt in den Kampf, entgegen Minatos Anweisungen. Minato musste Obito retten, aber als die Gegner auch noch Kakashi und Rin verfolgten, änderte sich die Lage...
Während Sakura weiterhin Naruto behandelt, trifft Madara ein. Obito hält Zetsu fest in sich und will von Madara wissen, was er eigentlich für ihn ist. Madara erklärt, dass alle, die ihm folgen wollen, Madara sind. Bevor Obito zu ihm gehen kann, greifen Kakashi, Gaara und Minato an, werden jedoch zurückgeschlagen. Zum Glück greift Obito Madara an und kann Hachibi und Ichibi entfernen. Kakashi kann Naruto und Sakura wegteleportieren und schließt sich danach Obito an. Dieser erinnert sich an alte Zeiten.
Da er laut dem Kyubi die letzte Hoffnung ist Narutos Leben zu retten, eilen Sakura und Gaara zum vierten Hokage. In der Zwischenzeit setzt Karin mit Orochimaru und den anderen alles daran zu Sasuke vorzudringen, allerdings muss sie feststellen, dass sie nicht die einzige ist, die sich für Sasuke interessiert. Bei Kakashi und Minato (dem vierten Hokage) dauert derweil immer noch der Kampf gegen Kuro Zetsu an, der Obito in seiner Gewalt hat. Als Sakura und Gaara bei ihnen ankommen, versucht Minato seinen Teil des Kyubi in Narutos Körper zu versiegeln. Dabei gelingt es Kuro Zetsu allerdings den Kyubi an sich zu reißen. Kurz darauf taucht auch Madara am Ort des Geschehens auf.
Matsuri und ihr Team erkennen, dass sie die zweite Prüfung nicht schaffen werden – ihnen fehlt die zweite Schriftrolle. Ein Kampf mit Shira könnte das Problem lösen und Matsuri zeigen wo sie steht. In der Zwischenzeit unterhält sich Gaara mit Fugi, dem Anstifter der Unruhen. Er macht ihm deutlich, dass er sich verändert hat und für das Dorf nur das Beste will für das Dorf. Fugi erkennt seinen Fehler und entscheidet sich, die Zukunft der nächsten Generation anzuvertrauen. Aufgrund der Ereignisse, lässt Gaara die dritte Runde ausfallen und schickt alle Teilnehmer in ihre Dörfer zurück. Dort sollen die Kage entscheiden, wer aufsteigt und wer nicht.
Nachdem Matsuri Neji und seinem Team erzählt hat, in welcher Gefahr sich Gaara befindet, eilen sie ihm zur Hilfe. Am Ort des Geschehens angekommen, müssen sie feststellen, dass Hoichi nicht nur versucht an Gaaras Biju zu kommen, sondern dass er das gleiche auch bei Fu versucht. Zusammen mit Kegon und Yoro, die inzwischen auch am Ort des Geschehens angekommen sind, starten Matsuri, Lee und Tenten einen Angriff auf Hoichi, um ihn abzulenken, während Neji und Tenten versuchen Gaara und Fu zu befreien. Der Plan gelingt und Hoichi fällt seinem eigenen Jutsu zum Opfer.
Kaum ist der Sandsturm vorbeigezogen, werden Gaara und Matsuris Team von Hoichi angegriffen, der es auf Gaaras Biju abgesehen hat. Matsuri kann aber mit ihrem Team fliehen und versucht Hilfe zu holen. In der Zwischenzeit wird Fu auf den Angriff aufmerksam und versucht Gaara aus Hoichis Fängen zu befreien. Dabei gerät sie allerdings selbst in Hoichis Versiegelungsjutsu, was diesem die Chance gibt gleich beide Biju zu versiegeln. Matsuri, die inzwischen erschöpft in der Wüste zusammengebrochen ist, wird von Neji und seinem Team gefunden und erzählt ihnen was vorgefallen ist.
Während der zweiten Runde der Chunin-Prüfung bringt ein gewaltiger Sandsturm die Teilnehmer in Gefahr. Sofort wird die Prüfung unterbrochen und alles daran gesetzt die Teilnehmer in Sicherheit zu bringen. Auch Gaara eilt in die Wüste, um zu helfen. Da der Sandsturm allerdings Teil eines Plans der Verschwörer ist, spielt er ihnen damit ungewollt in die Karten.
Nach einem kurzen mentalen Schlagabtausch, gelingt es Ino Choji aus Sayas Jutsu zu befreien. Als dieser Saya angreift stellt sich heraus, dass sie eigentlich nur eine Marionette war. Zur selben Zeit will Jiraiya Naruto beibringen, wie er das Chakra des Kyubi unter Kontrolle bringen kann. Das endet allerdings für beide im Krankenhaus. Als Inos Team noch einmal von Saya und ihren Leuten angegriffen wird, werden sie und Choji vergiftet. Jetzt liegt es an Sakura ihre Teamkameraden zu beschützen und den Feind in die Flucht zu schlagen
Im Traum ist Tsunade weiterhin in Jiraiyas Buch vertieft. Naruto und Neji stehen immer noch dem maskierten Mann gegenüber, der wissen will, ob Konoha-Nin gute Menschen sind.
Tsunade träumt immer noch und liest weiter Jiraiyas Buch. Naruto und Neji treffen auf den Mann, der für das Verschwinden der Konoha-Jonin verantwortlich ist.
Naruto steht nach wie vor Nagato gegenüber, doch anstatt gegeneinander zu kämpfen, setzen sie ihre Unterhaltung fort. Sie sind beide Schüler desselben Lehrers und trotzdem haben sie sich völlig unterschiedlich entwickelt. Naruto glaubt weiterhin fest an die Ideale, die Jiraiya ihm vermittelt hat, während Nagato sehr frühzeitig nicht mehr geglaubt hat, dass sie in der Realität umsetzbar seien. Doch Naruto gelingt es, seinen Gegener davon zu überzeugen, dass Frieden auch ohne vorherige große Zerstörung möglich ist. Daran glaubt er so fest, dass er nicht aufgeben wird, bis er sein Ziel erreicht hat. Nagato ist von diesem Idealismus wahrlich beeindruckt und vollbringt eine fast unglaubliche Wiedergutmachung für seine Taten…
Pain, alias Nagato, erzählt Naruto seine Lebensgeschichte. Es sind einige Parallelen zu erkennen. Auch Nagatos Eltern mussten sterben, als er noch sehr klein war. Er hat sich alleine durchschlagen müssen und plötzlich Freunde gefunden – Konan und Yahiko, der ein gewisses Vorbild für Nagato wird. Nagato und Yahiko erkennen schnell, dass es auf der Welt kaum Frieden gibt, doch sie machen es sich zu ihrem Ziel, dauerhaften Frieden zu erreichen. Doch dazu müssen sie erst einmal große und mächtige Ninjas werden. Und so macht sich das Trio auf die Suche nach den drei legendären Sannin um von ihnen unterrichtet zu werden. Jiraiya nimmt sich ihrer an, doch nach der Ausbildung geraten die Drei erst Recht in Gefahr…
Itachi und Sasuke versuchen Kabuto zu töten, doch der schlägt sich, bestehend aus den Resten von Orochimaru, wacker und ist stärker als je zuvor. Itachi und Sasuke haben sich früher häufig gestritten, doch jetzt müssen die beiden Brüder über sich hinauswachsen, wenn sie eine Chance gegen Kabuto haben wollen.
Die fünf Kage glauben immer noch, dass sie Madara mit der Kraft des Willens besiegen können, die Hashirama ihnen hinterlassen hat, aber Madara zweifelt daran. Erst als Tsunade ihm erklärt, wie ihr Arztninjutsu entstanden ist, und dass darauf die Arztninja-Gesetze basieren, wird er stutzig. Vor allem hatte er noch nie etwas von Tsunades Jutsu der Zellteilung gehört.
Der Kampf zwischen Naruto und Sasuke ist noch lange nicht entschieden. Sasuke hat immer noch die Oberhand und denkt dabei an seine Kindheit zurück, an sein zwiespältiges Verhältnis zu seinem Bruder Itachi, der immer besser war als er und der Stolz des Vaters. Doch jetzt fallen ihm auch Dinge ein, die seine Mutter ihm mal gesagt hat und dass der Schulterschluss zwischen seinem Vater und seinem Bruder wohl doch nicht so eng war, wie er sich immer eingebildet hat…
Naruto hat Sasuke nun endlich eingeholt, doch der weigert sich, ihn nach Konoha zu begleiten. Es kommt zum Kampf zwischen den beiden, wobei sowohl Sasuke als auch Naruto überrascht feststellen, dass Sasuke über unglaubliche Kräfte verfügt. Sasuke denkt darüber hinaus auch an seine Vergangenheit, seine Kindheit, die geprägt war von dem zwiespältigen Verhältnis zu seinem Bruder Itachi, den er einerseits bewundert hat, aber andererseits auch nicht mochte, weil er ihm ständig überlegen war.
Naruto trainiert wie ein Besessener, um die Form und die Eigenschaften seines Chakras verändern zu können. Er erfährt, dass Asumas Chakra auch zum Windelement gehört und erhofft sich wertvolle Tipps von ihm – die er auch bekommt, aber nur unter der Bedingung, dass er das nächsten Essen im Grillhaus für Asumas Team bezahlt. Währenddessen erfährt Tsunade, das ein Dorf an der Grenze des Feuerreiches überfallen worden ist und das macht ihr Sorgen, da sie nicht weiß, ob das eine Aktion von Akatsuki ist…
Tsunade entlässt Kakashi aus dem Krankenhaus. Zum Einen, weil er wieder gesund ist, aber zum Anderen auch, weil Naruto sich als nerviger Dauergast im Nebenbett einquartiert hat, um bloß nicht zu verpassen, wann Kakashi geht, denn mit dem will er unbedingt trainieren. Es geht darum, dass lernen soll, die Form und die Eigenschaft seines Chakras zu verändern. Dafür muss er erstmal rausfinden, zu welchem Element sein Chakra überhaupt gehört und Kakashi verzweifelt ein bisschen, weil Naruto sich ziemlich blöd anstellt. Nichtsdestotrotz finden sie heraus, dass Narutos Chakra-Element der Wind ist…
Im Kampf zwischen Team 7 und Hidan wird Naruto verflucht und bekommt einen Schattendoppelgänger.