Kaiba sucht auf einer Insel in einem Tunnel nach seinem Bruder Mokuba. Derweil erschaffen die Gebrüder Para und Dox das Dreifachmonster, Kraft von Donner, Wasser und Wind. Es sieht fast so aus, dass Joey und Yugi verlieren.
Die Gebrüder Para und Dox fordern Joey und Yugi zu einem Duell in einem unterirdischem Labyrinth heraus. Dabei erweist sich Joey als ausgezeichneter Teampartner. Es scheint fast, als wenn die beiden gewinnen können.
Joey scheint das Spiel gegen Bonz zu verlieren. Da tauchen seine Freunde auf. Yugi gibt ihm den entscheidenden Hinweis auf eine Karte, die den Angriffs- und Verteidigungsmodus umkehrt. So gewinnt Joey doch noch das Duell.
Bonz, Sid und Zigor folgen bedingungslos ihrem Boss Keith. Die drei Gauner sind auf der Suche nach Opfern für ein Duell. Sie entführen Joey und zwingen ihn zu einer Runde Duel Monsters auf einem Friedhofsfeld. Joey glaubt sich überlegen und tappt blind in eine Falle.
Joey gerät mit Kaiba in einen Streit und fordert ihn zu einer Partie Duel Monsters heraus. Kaiba nimmt unter der Bedingung an, dass sie mit seinem neuen Duell-Disk-System den Kampf bestreiten. Er lässt Joey nicht die geringste Chance.
Nachdem Yugi die erste Runde gewonnen hat, versucht er, Panik mit seinen eigenen Waffen zu schlagen. Der Gegner zieht sich immer mehr in die Verteidigung zurück.
Yugi und Co. eilen Mai zu Hilfe, da Panik sie bei einen Spiel reingelegt hatte. Yami-Yugi fordert den fiesen Panik heraus und verlangt die Sternchips von Mai zurück. Aber nur mit einer List kann er in der dritten Runde punkten.
Yami-Yugi spielt mit dem bösen Bakura im Reich der Finsternis um die Seelen von Yugis Freunden. Bakuras oberstes Ziel ist es, Yugis Millenniumspuzzle zu gewinnen, um die Macht zu besitzen. Als er zum vernichtenden Schlag ausholen will, gelingt Yami-Yugi ein Gegenschlag.
Das Duell zwischen Rex und Joey wird fortgesetzt. Joey glaubt mit Schlangendrache die stärkste Karte von Rex zerstört zu haben. Doch da spielt dieser den Schwarzen Rotaugendrachen. Mit einer List will Rex ihm den Zauberer der Zeit abluchsen. Ob ihm das gelingt?
Mai ist sauer über ihre Niederlage gegen Joey. Sie verspricht Rex Reptor, ein Duell mit ihm zu bestreiten. Einzige Voraussetzung: Erst muss er gegen Joey antreten und ihn besiegen. Joey nimmt die Herausforderung von Rex an.
Kaiba mischt sich durch seinen Computer ins Duell zwischen Yugi und Kaibas Geist ein. Erfolgreich gelingt es ihm zwei Mal, Yugi vor der Vernichtung zu retten.
Nachdem Pegasus' Schergen sicher sind, dass Kaiba tot ist, setzt Pegasus einen von ihm kreierten Geist Kaibas ein, um mit Yugi zu kämpfen. Doch dieser besitzt Kaibas Deck, inklusive der fast unbesiegbaren Karte, Weißer Drache mit dem eiskalten Blick. Und während dessen bricht der wahre Kaiba mit Hilfe seines Computers in Pegasus' Großrechner ein, um Yugi bei seinem Duell zu unterstützen.
The Duel between Yuma and Trey comes to an end as in order to stop "Atlandis", Trey cooperates with Yuma in order to bring Astral back. Once that occurs, the power of ZEXAL is used once more in order to Summon "ZW - Phoenix Bow" and defeat "Atlandis".
Due to Trey's power, Yuma forgets all about "Kattobing" and ends up forced into a corner. However Kazuma, helps Yuma continue the fierce Duel against Trey by using the power of the "Numbers" and Emperor's Key to break Trey's spell. Lastly Astral's last hope helps Yuma make a comeback by using "Utopia".
Using new powers given to him by Vetrix, Trey is able to break Yuma and Astral's combination. After capturing Astral, Trey makes Yuma forget about "kattobingu" leading him into further trouble as this makes the latter unable to see Astral or Emperor's Key.
After watching the quick Duel between Yuma against Shark, Trey visits Yuma's house in order to learn more about him. He finds a picture of Yuma's parents, and starts thinking about how his family used to be. He becomes very upset and cries, then runs out of Yuma's house. Yuma goes after him, but then Trey gives him a map, and leaves.
The third day of the preliminaries begins with Yuma looking for one more Heart Piece. Meanwhile, Nistro who wants to defeat Yuma and Astral, enters the tournament along with Dextra. Consequently while collecting Heart Pieces, Nistro challenges Nelson Andrews.
Yuma finds himself in conflict about the "Number" cards, knowing that both Kite and Astral have their reasons for obtaining them. However upon learning that his father is still alive, Yuma tries to leave in search for him. Roku appears to help Yuma with his situation.
Due to the terror of Trey and Quattro's strategy, Kite and Yuma are pushed into a corner. However at the edge of defeat, Hart's feelings awaken a new power inside Kite. With it, he Summons the monster created by the powerful bonds between them, "Neo Galaxy-Eyes Photon Dragon".
The Tag Duel of Yuma and Kite against Quattro and Trey begins! Kite duels essentially on his own, even to the extent of hurting all of his opponents, including Yuma. However, Yuma on his part, defends himself and Kite from Trey and Quattro's damaging combination. Furthermore, even with "Galaxy-Eyes Photon Dragon" being Summoned, it falls victim to Quattro and Trey's trap.