Das Duell zwischen Yugi und dem Pharao geht dem Ende zu. Obwohl sie sich näher standen als zwei Brüder, müssen sie voneinander Abschied zu nehmen.
Noch immer behält der Pharao im Duell gegen seinen Freunde Yugi die Oberhand. Yugi versucht mit einer neuen Strategie den Pharao zu besiegen.
Das Duell zwischen den Freunden Yugi und Pharao Atem geht weiter. Dabei setzt der Pharao seine drei ägyptischen Götterkarten ein.
Das letzte finale Duell zwischen den Kontrahenten Yugi und Atem hat begonnen. Falls Yugi gewinnt, kann er beweisen, dass er ein starker Kämpfer ist.
Gemeinsam konnten die Freunde Bakura sowie Zorc besiegen. Es ist die Zeit gekommen für einen letzten großen Kampf zwischen Yugi und Pharao Atem.
Auch mit der Unterstützung des Pharao, sind Seto und Kaiba nicht in der Lage Zorc zu besiegen. Lediglich Yugi hat als einziger noch die Möglichkeit.
Nachdem Mahad das Duell verloren hat, gelingt es Bakura den Millenniumsring an sich zu reißen und somit seinem Diabound mehr Macht zu verleihen.
Um Bakura und seinen hinterhältigen Attacken Einhalt zu gebieten, schwört Mahad ihm das Handwerk zu legen.
Bakura gelingt es vor dem Pharao zu flüchten. Dem Pharao wird bewusst, dass es nicht die letzte Begegnung mit Bakura gewesen sein wird.
Der Bandenchef Bakura dringt in den Palast des Pharao ein. Seine Absicht dahinter ist, die Wächter der sieben Millenniumsgegenstände zu überwältigen.
Yugi und seine Freunde reisen in das Land der Pharaonen. In Ägypten angekommen, beabsichtigt der Pharao sein Gedächtnis zu reaktivieren.
Der böse Geist im Inneren des Millenniumrings schließt sich mit Bakura zusammen mit dem Ziel das ultimative Spiel der Schatten zu erschaffen.
Vor 40 Jahren entdeckte Yugis Großvater das Millenniumspuzzle. Da wusste Yugis Großvater nicht, wieviel Unheil dieses Artefakt mit sich bringen würde.
Weevil gewinnt mit Hilfe seiner Insektenkarte gegen Rex Raptor. Pegasus entführt Yugi in eine andere Dimension und erreicht trotz seines magischen Millenniumsauges nur ein Unentschieden gegen Yugi. Um ihn zu einem weiterem Duell zu zwingen entführt Pegasus die Seele von Yugis Großvater.
Bei einem brutalen Monsterduell zwischen Yugis Großvater und dem Geschäftsmann Kaiba, um die Karte des ‚Weißen Drachen mit dem eiskalten Blick‘ stirbt der Alte. Der Junge schwört Rache und verwandelt sich mit Hilfe der Macht des Millennium-Puzzles in den Kämpfer Yami Yugi. Bei einer erneuten Auseinandersetzung mit Kaiba hat dieser das Nachsehen: Yami Yugi hat Exodia, das unbesiegbare Supermonster heraufbeschworen.
The Securities examine Yusei's body for confirmation of his Mark of the Dragon. Meanwhile, Jack has learned of the legend of the Crimson Dragon and forces himself to obey Goodwin and hosts a Turbo Duel between him and Hunter Pace, who wants a rematch with him.
Disgusted by Tanner speaking ill of Yanagi's cards and stomping on them, Yusei Duels Tanner using Yanagi's Deck, in order to teach him that no card is truly unneeded (in the dub he wanted to teach him what respect really means).
Yusei Fudo has been caught by the Sector Security and sent to the Facility. In the paddy wagon, he meets a man called Tenzen Yanagi whom he befriends. The former Pro Duelist, Bolt Tanner, meets Yusei there. Tanner challenges Yusei, who is unable to Duel since he doesn't have a Deck. As a result, Yanagi Duels in his place.
Yusei continues his Turbo Duel with Jack after Jack has managed to Summon both their aces "Red Dragon Archfiend" and "Stardust Dragon". Yusei is able to gain control of "Stardust Dragon" with "Harmonia Mirror". But unknown to them, the summoning of the two dragons trigger an event that will change their lives forever.
Yusei finally manages to meet Jack in New Domino. Here, they hold a Turbo Duel with Yusei's "Stardust Dragon" on the line. Yusei is determine to have his card back and get his revenge on his former friend.