Más allá de la oscuridad

Una mañana, Tokio-3 se ve afectada por un apagón inesperado y todas las funciones urbanas cesan por completo. Gendo y Fuyutsuki consideran que el apagón es un sabotaje por parte de un extraño y luchan por mantener MAGI y el Central Dogma. Entonces, el Noveno Ángel ataca. Shinji y los demás sienten el peligro inminente y se dirigen hacia el cuartel general de NERV. Allí se encuentran con los EVA que Gendo ha iniciado manualmente.