Après l'invasion de New York, April, Casey et les tortues trouvent refuge dans la maison de campagne de la famille O'Neil. Trois mois ont passé et Leonardo est toujours inconscient.
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Lors d'un grand nettoyage dans la maison de campagne, April et les tortues découvrent un vaisseau Krang caché dans la cave. La mère d'April y était conservée en hibernation.
Raphael organise une partie de cache-cache dans la forêt pour que Mikey et Donnie apprivoisent leur nouvel environnement. Mais ils tombent nez-à-nez avec une créature légendaire, le Big Foot.
Après l'invasion de New York, April, Casey et les tortues trouvent refuge dans la maison de campagne de la famille O'Neil. Trois mois ont passé et Leonardo est toujours inconscient.
Suite du premier épisode. Léo se bat contre les acolytes de Shredder et affronte successivement les Footbots, Tiger Claw et Fishface. Puis Shredder porte le dernier coup et fendille sa carapace. Le père d'April est « krang-formé ».
Les tortues n'ont toujours pas retrouvé Karaï. L'inquiétude atteint son paroxysme lorsque Splinter leur annonce que l'invasion des Krangs est imminente. Dans la ville, April et Irma sont poursuivies par des Footbots.
En voulant trouver une source d'énergie pour sa Tortue Mécha, Donnie ouvre un portail vers la dimension X. Il capte alors un message de Leatherhead, qui est prisonnier des Krangs. Celui-ci l'informe que les Krangs ont perfectionné le mutagène.
Pendant qu'ils cherchent Karaï, les tortues croisent les Dragons Pourpres qui paraissent beaucoup plus forts qu'à l'accoutumée. En effet, un mystérieux esprit sorti d'une dague les a dotés de pouvoirs. L'un maîtrise la foudre l'autre, le tonnerre.
Karai est enfermée dans les prisons de Shredder. Les tortues la font évader et la ramènent au repaire. Splinter lui explique l'histoire de la guerre entre le Clan des Foot et la famille Hamato.
Les Krangs testent une nouvelle machine pour envahir la Terre, qui consiste à permuter les cerveaux. Ils pourront ainsi manœuvrer les leaders terriens et parvenir à leurs fins.
Steranko, un obscur marchand d'armes borgne, est à la recherche d'un objet qui viendra compléter sa collection d'armures. Il s'agit du « Kuro Kabuto », le casque de Shredder.
Changement de propriétaire chez Antonio, le roi des pizzas. Le nouveau chef est un mutant, à tête de pizza. Tous les clients qui consomment ses créations sont changés en zombies, destinés à finir roulés en calzone dans l'estomac du mutant.
Shredder confie à Tiger Claw la mission de détruire les tortues. Karai doit leur tendre un piège. Elle réussit à convaincre April qu'elle est du côté des tortues.
Raph trouve que son partenaire Casey n'est pas à la hauteur. De mystérieux justiciers éliminent les Krangs : il s'agit de Slash, l'ex-tortue Spike de Raph et du Tritonateur.
Shredder met sa menace à exécution et fait exploser le collier de mutagène de Baxter Stockman, toujours incapable de lui fournir une armée de mutants digne de ce nom. Stockman mute en mouche et devient Stockman la mouche.
Les quatre frères se passionnent pour un jeu de rôles, et décident de se déguiser pour faire une partie « grandeur nature » dans les égoûts.
Tandis que les tortues combattent Karaï et les Foot, Leonardo tente de révéler à Karaï la vraie identité de son père, mais en vain. La terre tremble, et elle en profite pour s'éclipser.
Leonardo a survécu à l'explosion du dernier étage du TCRI, mais n'a pu empêcher le passage du Technodrome par le portail. L'immense vaisseau en forme de sphère sème la terreur sur la ville, en tirant à vue et enlevant des humains...
Les Krangs s'apprêtent à lancer la phase finale de l'invasion de la Terre. Ils préparent l'arrivée du Technodrome depuis la dimension X, qui se fera par le portail.
April reçoit un message codé. Pendant que ses frères dorment, Donatello tente de le déchiffrer. C'est Kirby O'Neil, le père d'April, qui appelle à l'aide...
Leonardo, Raphael et Donatello deviennent les esclaves d'une guêpe mutante. Leur sort dépend de leur frère Michelangelo.
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