코난과 아가사 박사, 하이바라, 어린이 탐정단이 함께 조개잡이를 하러 갔다. 그곳에서 조개를 못 캐서 한숨을 쉰다고 생각한 한 청년, 우시고메에게 말을 걸었다가 조개 애호가 모임 사람들과 알게 된다. 인사를 나누고 각자 일행끼리 움직이다가 갯벌에서 누군가 놓고 간 갈고리 하나를 발견한다. 그 갈고리가 우시고메의 것이란 걸 알고 전해 주러 간 어린이 탐정단은 시신으로 발견된 우시고메를 보고 매우 놀라는데.
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코고로의 스승이자 전설의 명탐정이라 불리는 헤이하치로가 탐정 사무소에 찾아온다. 코난과 란은 그가 코고로를 찾자 협박문을 조사해 달라고 의뢰한 극장으로 안내한다. 그런데 극장에서 한창 연습이 진행되던 도중 갑자기 주연 배우가 사망한다. 경찰의 조사 결과 사망 원인은 청산가리였다. 그 이후 범인을 밝혀내기 위해 용의자를 조사하던 코고로는 떨어지는 무대막을 피하다가 다쳐서 병원에 실려 가는데...
우연히 길에서 친구를 만난 코고로는 밤마다 집에서 이상한 소리가 난다는 이야기를 듣고 원인을 조사하러 간다. 그런데 그날 밤 그가 사는 아파트 앞에서 한 남성이 누군가에게 살해된 채 발견된다. 경찰은 그와 함께 술을 마셨던 같은 대학의 친구들을 용의자로 의심한다. 한편 코난은 살해 현장의 벽에서 수상한 혈흔을 발견하고 무언가를 눈치채는데...
코난은 우연히 아이가 유괴되어 협박을 받는 듯한 한 남성을 발견한다. 범인에게 의심받지 않도록 몰래 남성에게 접근한 코난는 일행은 그를 돕기로 한다. 다음 날 남성은 아이와 잠깐 통화할 수 있었는데 그때 아이가 게가 잔뜩 있고 고래가 물을 내뿜는다는 말을 했다고 한다. 코고로 일행은 게와 고래가 있는 곳을 찾아다니지만 아무리 찾아도 그런 곳은 보이지 않았는데...
코난 일행은 코고로의 지인 테라오카의 집을 방문하는데 한창 대화를 나누고 있을 때 한 조직폭력배가 테라오카에게 전화해 살인을 고백한다. 테라오카와 모리가 그자를 만나러 떠난 뒤 두 사람이 걱정된 코난과 란도 그들을 뒤쫓아 간다. 그런데 코난과 란이 도착했을 때 총소리가 울려 퍼지고 전화했던 자가 총에 맞아 사망한다. 테라오카는 상대와 실랑이를 벌이다가 총이 잘못 발사됐다고 했지만 코난은 사고가 아니라고 생각하는데...
어린이 탐정단은 아가사 박사와 함께 고메라의 영화 촬영장을 방문한다. 그런데 아이들이 소품을 구경하고 있을 때 마츠이라는 배우가 고메라의 인형 탈을 입은 자에게 공격당한다. 그 뒤 그자는 세트장에서 프로듀서를 살해한 뒤 도주한다. 아이들은 그자가 남긴 발자국을 따라 옥상으로 갔지만 그곳에서는 아무도 없었는데...
어린이 탐정단은 첫 심부름 대회에 참가하는 아이들의 기록 담당을 맡는다. 그중에서 히로시라는 아이를 맡게 되었는데, 뒤따라가던 도중에 히로시를 놓치고 만다. 흔적을 쫓아간 그들은 폐건물에서 나오는 히로시를 발견한다. 그런데 그 이후 히로시의 주변에서 알 수 없는 사고들이 벌어진다. 그리고 잠깐 놓친 사이에 히로시가 장난감만 남긴 채 사라져 버리는데...
갑작스럽게 전정이 된 가운데 누군가가 송곳으로 후지사와를 공격하는데 이를 눈치챈 코난과 핫토리 덕분에 그는 간신히 치명상을 피한다. 코고로는 죽은 척하며 숨어 있었던 펜션 사장의 짓이라고 의심하지만 핫토리는 그 자리에 있었던 범인의 짓이라고 확신한다. 한편 핫토리는 어린애답지 않게 제대로 된 추리를 펼치는 코난의 정체를 의심하는데...
셜록 홈즈 마니아 투어에 참가한 코난 일행은 한 펜션에 도착한다. 펜션의 사장은 테스트를 통과한 사람만 주홍색 연구의 초판본이 걸린 퀴즈에 참가할 수 있다고 이야기한다. 참가자들은 테스트를 통과하기 위해 열심히 문제를 풀었지만 아무리 기다려도 사장은 나타나지 않았다. 그렇게 새벽까지 사장을 기다리던 코난 일행은 차와 함께 절벽 밑으로 떨어지는 그를 목격하는데...
이른 아침에 조깅을 하던 코난 일행은 큰 굉음과 비명을 듣고 골목길로 달려간다. 그들은 그곳에서 떨어진 철골에 맞아 사망한 청소 회사의 직원을 발견한다. 경찰의 조사 결과, 철골은 청소 회사 옆의 폐건물 옥상에서 떨어졌다고 한다. 코난은 청소 회사의 사장을 의심하지만 그는 사건이 발생한 시각에 완벽한 알리바이가 있는데...
코난 일행은 여행을 갔다가 집으로 가는 열차로 갈아타기 위해 하나노마치역에서 내렸는데 그곳에 정차한 다른 열차에서 시신이 발견된다. 피해자는 심부전으로 사망한 것처럼 보였으나 그의 팔에 살해된 흔적이 있었다. 코난은 어젯밤 그와 싸웠다는 다테를 의심하지만 그는 다른 열차를 타고 있었다는 완벽한 알리바이가 있는데...
만텐도의 신작 게임 발표회에 간 코난은 그곳에서 검은 옷을 입은 사내들의 동료 데킬라를 발견한다. 드디어 진과 워커의 근거지를 찾을 단서를 잡은 코난은 데킬라의 뒤를 밟는다. 그런데 데킬라가 들어간 화장실이 폭발하며 그가 사망하고 만다. 코난은 폭발 현장에서 발견된 가방을 보고 살인 사건이라 확신하는데...
코난 일행은 산책을 하다가 여성의 비명을 듣고 한 아파트로 달려간다. 그리고 그 아파트의 베란다에서 누군가에게 살해된 남성을 발견한다. 경찰의 조사 결과 사건 당일 아파트를 드나든 사람이 세 사람뿐이었고 그들에게는 충분한 살해 동기가 있었다. 한편 용의자들의 증언을 생각하며 난간의 흠집을 보던 코난은 무언가를 알아차리는데...
코고로는 골프 연습을 하기 위해 골프 연습장을 방문한다. 이른 아침이라 손님은 코고로 일행과 상품 개발부 사람들뿐이었다. 그런데 연습 중에 갑자기 큰 폭발이 일어나 상품 개발부의 부장이 그 자리에서 사망한다. 경찰은 같은 부서의 직원 중 폭발 당시 현장에 없었던 과장을 범인으로 의심한다. 하지만 어딘가 석연치 않았던 코난은 현장을 다시 살펴보는데...
독후감을 쓰기 위해 도서관에 간 어린이 탐정단은 직원이 행방불명됐다는 이야기를 듣고 몰래 도서관에 남아 그를 찾기로 한다. 그런데 아이들은 책장을 살펴보다가 책등이 없는 수상한 책들을 발견하고 놀라운 비밀을 알게 된다. 한편 시신을 찾는 아이들을 조용히 뒤쫓는 자가 있었는데...
코난이 한창 열에 시달리고 있을 때 핫토리는 범인이 사용한 트릭과 범인을 밝혀낸다. 핫토리가 결정적인 증거까지 내밀자 범인으로 지목된 자도 순순히 자신의 범행을 인정한다. 그런데 그때 신이치가 나타나 핫토리의 추리가 틀렸다고 반박한다. 그리고 신이치는 범인의 진짜 목적과 트릭을 설명하는데...
코난은 우연히 길에서 오오키다 사장의 심장약을 주워 주고 감사 인사를 받는다. 그런데 다음 날 메구레 경부에게 그가 심장 발작으로 죽었다는 연락을 받고 그의 집으로 향한다. 오오키다 사장은 자동으로 쾌적한 온도를 유지하는 최첨단 집에 살고 있었는데 어째서인지 그의 시신은 땀으로 젖어 있었다. 이를 이상하게 여긴 코난은 증거를 찾고자 용의자의 집을 방문하는데...
코난 일행은 사카구치 변호사의 집을 지나가다가 비명을 듣고 황급히 그쪽으로 달려간다. 그들은 그곳에서 사망한 타케시를 발견하는데 함께 있었던 친구의 말을 따르면 사카구치 씨의 반려견 존이 갑자기 그를 공격했다고 한다. 코난과 코고로는 사카구치가 전화로 존에게 공격 명령을 내렸을 거라고 의심하지만 증거를 찾지 못하는데...
란과 같은 반 친구 나오코가 누군가에게 납치된다. 납치범은 몸값을 받기 위해 그녀를 거래 현장에 데리고 나왔다가 경찰의 존재를 눈치채고 차를 몰고 도주한다. 납치범은 도주 중에 브레이크도 밟지 않은 채 강으로 돌진했는데 강에서 끌어올린 차에서는 범인과 나오코의 시신이 발견되지 않는다. 나오코가 아직 살아 있다고 믿은 부친은 코고로에게 딸을 찾아 달라고 의뢰한다. 한편 코난은 현장 근처를 조사하다가 수상한 보트를 발견하는데...
코난 일행이 육교를 올라가고 있을 때 한 여성이 정신을 잃으며 그들 위로 쓰러진다. 그들은 급히 그 여성을 병원으로 데려갔는데 그녀는 기억을 잃어 자신의 이름만 아는 상태였다. 코고로는 그녀의 기억을 되찾아 주려 하지만, 신원을 파악할 수 있는 소지품이 없어서 어려움을 겪는다. 다행히도 코난이 중요한 단서를 알아차린 덕분에 그들은 그녀가 잡은 호텔을 알아낸다. 그런데 그 호텔 앞에서 정체불명의 남자가 그들을 향해 차를 몰고 돌진하는데...
어린이 탐정단은 악령이 나온다는 소문이 있는 유령 저택을 탐험하러 간다. 그런데 저택을 돌아다니던 도중 화장실에 다녀오겠다던 미츠히코가 비명과 함께 사라진다. 게다가 코난이 미츠히코를 찾으러 간 사이 겐타마저 모습을 감추고 말았다. 그렇게 홀로 남겨진 아유미를 향해 누군가가 다가오는데...
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