사람들은 폭발이 발생한 이후에 자취를 감춘 둘째 아들을 의심하지만 코난은 뭔가 마음에 걸리는데...그런데 그날 저녁 홋타 회장의 방에서 큰 폭발음이 들리고 홋타 회장이 사망한 채 발견된다.차가 고장 나 난처해하는 홋타 회장을 발견한 코고로 일행은 그를 별장으로 데려다줬다가 생일 파티에 초대받는다.
그가 정신을 차린 곳은 낡은 집의 2층이었데, 그곳에는 코난을 납치한 여자뿐만 아니라 가면을 쓴 남자도 함께 있었다.코난은 검은 조직의 사내들과 한패인 듯한 그녀의 손에서 도망쳤다가 다시 붙잡혀 정신을 잃고 만다.내일 거래 상대를 죽일 거라는 그들의 대화를 들은 코난은 살인을 막기 위해 거래 장소를 알아낼 단서를 모으는데...어느 날 갑자기 코난의 엄마라고 주장하는 사람이 탐정 사무소에 찾아와 코난을 데려간다.
그때 슈코 학원의 투수 카지와 그의 어머니가 서로 자신이 우승기를 찢었다고 주장하는데...코난 일행은 슈코 학원과 베이카 고등학교의 야구 경기를 응원하러 갔는데 경기 도중에 누군가가 이사장실에 있는 우승기를 난도질하는 사건이 발생한다.얼핏 보기에는 외부인의 범행처럼 보였지만, 현장을 살펴보던 코난은 내부인의 범행이란 증거를 찾아낸다.
코고로는 한 남자를 3일 동안 미행하고 거액의 의뢰비를 받아 기뻐했는데 때 뉴스에서 그 남자가 축제의 장작더미에서 시신으로 발견됐다는 소식을 듣는다.한편 코고로가 피해자를 미행하며 찍은 사진을 보던 코난은 무언가 이상한 점을 발견하는데...코고로는 자신에게 미행을 의뢰한 아베를 의심하지만, 그에게는 완벽한 알리바이가 있었다.
탐정 사무소에 노리코라는 여성이 찾아와 어떤 남자를 찾아 달라고 의뢰한다.그런데 일주일 뒤 우연히 상복을 입고 어딘가로 가는 노리코를 발견한다.노리코를 뒤쫓아가던 코난은 그녀의 지인을 만나 자세한 사정을 듣게 되는데...수상한 태도가 마음에 걸렸던 코난은 그녀의 집에 찾아가 이야기를 나눠 보지만, 별다른 수확은 얻지 못한다.
그런데 그날 요코와 같은 아파트 주민이 살해된 채 발견된다.하지만 수상한 낌새를 느낀 코난은 범행 현장 주변을 조사하는데...사와키 치과의 의사 요코는 예약이 다 차서 진료 시간 이후에 아유미의 젖니를 뽑아 주기로 한다.경찰은 최초 발견자였던 요코를 의심하는데 사망 추정 시각에 그녀와 같이 있었다는 아유미의 증언 덕분에 혐의를 벗는다.
그러다 숲에서 삽을 들고 있는 수상한 자들과 마주쳤는데 어째서인지 그들도 비슷하게 생긴 지도를 가지고 있었다.아가사 박사에게 낡은 지도를 받은 어린이 탐정단은 보물을 찾기 위해 길을 나선다.그 이후 수많은 난관을 헤치고 드디어 마지막 장소에 다다른 어린이 탐정단은 마지막 암호에서 벽에 부딪히는데...
그런데 그사이에 카페의 화장실에서 한 여성이 칼에 찔려 살해된 채 발견된다.경찰은 외부인의 범행이라 의심하지만, 코난은 살해 현장을 살펴보고 내부인의 범행이라 확신하는데...그러자 란은 코난을 돌려보내기 위해 케이크를 사러 잠시 자리를 비운다.신이치와 데이트를 한다며 외출하는 란을 수상하게 여긴 코난은 그녀를 따라 카페에 간다.
코난은 생방송을 진행하던 사회자를 의심하지만 그에게는 스튜디오에서 범행 현장까지 왕복할 시간이 없었다.코난은 미로 같은 방송국을 돌아다니며 범행이 가능한 경로를 조사하는데...코고로는 한 생방송에 출연하는데, 생방송이 진행되던 시각에 방송국에서 살인 사건이 발생한다.방송국의 프로듀서가 회의실에서 총을 맞아 사망한 채 발견된 것이다.
그 뒤 코고로 일행은 그 호텔에서 식사를 하고 귀가했는데 그 사이에 타츠미의 아내가 자택에서 누군가에게 살해된 채 발견된다.코고로는 5성 호텔에 사무실을 둔 유명 변호사 타츠미에게 아내의 불륜 조사 의뢰를 받고 그의 사무실을 방문한다.경찰은 불륜 상대를 의심하지만, 타츠미 변호사가 수상했던 코난은 그의 사무실이 있는 호텔을 조사하는데...
한창 그를 기다리고 있을 때, 피아노 방에서 월광이 울려 퍼지더니 촌장 선거 후보자 한 명이 살해된 채 발견된다.아소 케이지란 자에게 의뢰를 받은 코고로는 츠키카게섬으로 향한다.그리고 피해자가 쓰러져 있었던 피아노에서 수상한 악보가 나오는데...그런데 의뢰인은 12년 전 가족을 살해하고 분신자살한 피아니스트라고 한다.일단 코고로는 촌장에게 이야기를 들어 보기 위해 마을 회관에 간다.
일단 란과 코난은 그녀의 집에 가 보았는데, 그곳에는 몇 가지 미심쩍은 점을 발견한다.무언가 심상치 않은 일이 생겼다는 것을 알아차린 코난은 음성 변조기를 이용해 신이치의 목소리로 그녀에게 전화한다.모리 탐정 사무소에 신이치의 여자 친구라 주장하는 여학생이 와서 신이치를 찾아 달라고 의뢰한다.그런데 그때 란이 신이치가 집 안에 있다는 사실을 눈치채는데...
코난 일행은 밤에 갑옷이 혼자 움직인다는 소문이 도는 미술관을 방문한다.CCTV를 확인해 보니 전시되어 있던 갑옷이 움직여 오너를 살해하는 장면과 오너가 죽기 전에 무언가를 종이에 적는 모습이 찍혔다.그런데 그곳에서 작품을 관람하던 도중 지옥의 관에서 잔혹하게 살해된 미술관의 오너를 발견한다.그 종이에는 미술관 직원의 이름이 적혀 있었는데...
한편 코난이 아이답지 않게 행동하는 모습을 본 란은 그가 신이치라고 의심하는데...코고로 일행은 자세한 상황을 파악하기 위해 그가 일하는 병원으로 가서 담당했던 환자의 진료 기록을 확인하기로 한다.오가와 의사는 매달 장난감과 돈을 보내는 사람의 정체를 밝혀 달라고 코고로에게 의뢰한다.
코고로의 친구 결혼식에 가기 위해 기차를 탄 코난 일행.그런데 코난은 그곳에서 우연히 검은 조직의 사내들을 발견하고 그들의 뒤를 쫓는다.하지만 다른 사람이라는 것을 확인한 그때,코난은 그들이 누군가에게 폭탄이 든 가방을 넘겼다는 사실을 알아낸다.코난은 폭탄이 든 가방을 가지고 있는 사람을 찾기 위해 열차 안을 분주히 뛰어다니는데...
한편 수상한 남자들이 보물을 찾는 어린이 탐정단의 뒤를 은밀히 쫓는데...그 종이가 암호로 된 보물 지도라 믿은 아이들은 보물을 찾으러 나선다.하지만 좀처럼 암호가 풀리지 않아 어려움을 겪는다.미술관에 간 어린이 탐정단은 우연히 수상한 그림이 그려져 있는 종이를 줍는다.그러던 그때 암호를 바라보던 코난이 무언가를 알아차린다.
인기 최고의 아이돌 오키노 요코가 탐정 사무소에 방문한다.경찰은 집주인인 요코와 며칠 전까지 여벌 열쇠를 가지고 있었던 매니저를 의심한다.코고로 일행은 요코와 함께 그녀의 집으로 향하는데,그들은 요코의 집에서 칼에 찔려 죽은 남자의 시신을 발견한다.한편 코난은 현장에서 누군가의 귀걸이를 발견하는데...그녀는 최근 누군가에게 감시당하고 있다며 그 일의 조사를 의뢰한다.
신이치는 아가사 박사를 찾아가 자초지종을 설명하는데,그때 갑작스럽게 란과 맞닥트리자 그는 자신을 에도가와 코난이라 소개한다.그런데 범인을 목격한 집사의 증언이 어딘가 좀 수상한데...검은 옷을 입은 남자가 먹인 약 때문에 정신을 잃었다가 깨어난 신이치는 어째서인지 어린아이가 되어 있었다.그 뒤 정보를 얻기 위해 모리 탐정 사무소에 간 코난은 코고로를 따라 딸이 유괴됐다는 집으로 간다.
고등학생 탐정으로 이름을 날리는 신이치는 소꿉친구 란과 함께 트로피컬 랜드에 간다.신이치는 이번 일은 사고가 아니라 살인 사건이라고 하는데...그곳에서 두 사람은 대학 친구끼리 온 일행과 검은 옷을 입은 수상한 자들과 제트 코스터를 타게 된다.그런데 달리는 제트 코스터에서 한 남자가 목이 절단되어 사망한다.
코난과, 아가사 박사, 하이바라, 어린이 탐정단은 영화 ‘스타 블레이드 6'의 시사회를 보러 간다. 입장 전, 프리랜서 사진사인 타테이 분고와 알게 되고 영화 얘길 하면서 친해진다. 그러던 중, 그의 친구 나루카와가 불러내서 잠깐 다녀올 테니 자리를 맡아 달라며 가방을 놓고 간 타테이. 코난이 타테이의 가방을 살펴보니 3년 전에 한 스타 블레이드 5의 시사회 표가 두 장이 발견한다. 심지어 표 한 장은 피로 얼룩져 있는데...