플레어단의 습격을 겨우 물리친 지우와 친구들. 유리카는 배틀 도중에 행방불명이 된 “아이”에 대한 걱정으로 안절부절인 듯한데… 다 함께 끝의 동굴 주변을 찾아보지만, 실수로 독개굴을 화나게 하여, 파르빗이 부상을 당했다! 게다가 파르빗의 부상을 자신의 잘못이라 생각한 유리카가 보여준 행동은!?
이설시티로 향하는 도중, 끝의 동굴에 들르게 된 지우와 친구들. 동굴로 들어가서보니 말랑이가 어디론가 사라져버렸다! 당황하여 말랑이를 찾는 지우와 친구들. 동굴 내부에서 말랑이를 찾아다녔지만, 말랑이를 아예 잃어버린 것 같다!! 그때 갑자기, 플레어단이 나타나 말랑이가 사라진 주변을 공격하기 시작하는데…
세레나가 또다시 트라이포카론에 도전한다! 이번 무대부터는 이브이도 참가하여, 연기실력도 늘었는데! 하지만 정작 주인공인 이브이는 첫 무대를 앞두고 조금은 긴장한 듯한 모습. 세레나는 테르나, 판짱과 함께 이브이를 격려해주어, 팀원들의 결속력은 한 층 더 단단해지는데... 그리고 무대에 오르는 날, 이브이는 과연 첫 무대에서 첫 승리를 할 수 있을까!?
납치된 두령을 구하기 위해 의문의 닌자군단을 쫓는 지우와 삼평 일행. 적의 보스인 영우는 삼평의 형인 일평과 일대일 승부를 하고자 지우 일행 앞에 자객을 보내온다. 치열한 배틀을 하던 중, 지우의 개굴반장에게 변화가… 그리고 지우의 몸에도 신기한 현상이…!!
이설시티를 향해 여행을 계속하고 있는 지우와 침구들은 삼평과 개굴닌자를 다시 만났다.삼평은 닌자마을에서 열리는 축제에 초대한다고 했다. 처음으로 방문하는 닌자마을에서 삼평의 형인 일평과 이평, 그리고 닌자마을 사람들을 만난 지우 일행. 그런데 갑자기, 의문의 닌자군단이 닌자마을을 습격하여 닌자마을의 두령이 납치 당하는데…
여행을 하고 있는 지우와 친구들이 점심식사를 하려고 하는 도중 그 모습을 보고 있던 두 마리의 판짱이라는 포켓몬이 나타나 지우와 친구들의 식사를 전부 먹어 치운다. 그러는 사이에 로켓단이 나타나 지우와 친구들의 포켓몬을 한꺼번에 잡아 도망가 버리게 된다. 이번이야말로 훌륭하게 작전에 성공한 로켓단이었지만 사소한 싸움을 하는 바람에 기구가 폭발하고 피카츄와 포켓몬들은 모두 뿔뿔이 흩어지게 된다. 어떻게든 피카츄와 포켓몬들은 한곳에 모이게 되지만 나옹은 기구에서 떨어지면서 부란다라는 포켓몬에게 충돌하여 부란다를 화나게 만드는데…
삼채시티로 향하던 지우와 친구들은 플라타느 연구소에 들르게 된다. 한편 플라타느박사와 메가진화에 관한 데이터를 노리고 있던 로켓단은 플라타느박사를 납치하고 플라타느박사를 구하려고 했던 유리카와 세레나도 함께 끌려가게 된다. 기지를 발휘한 세레나는 끌려가는 도중에 마카롱을 떨어뜨리고 그 마카롱을 발견한 먹보 도치마론과 지우와 친구들은 마카롱을 따라 로켓단이 있는 곳으로 가게 된다.
미르시티로 돌아온 지우와 친구들은 시트론과 유리카의 아버지인 리모네를 만나게 된다 그곳에서 지우는 시트론이 미르체육관의 체육관 관장이라는 사실을 알게 되고 동시에 시트론이 발명한 시트로이드에게 미르체육관을 빼앗겼다는 사실을 알게 된다. 지우와 친구들은 시트로이드로부터 체육관을 되찾기 위해 미르체육관에 잠입하여 시트로이드와의 포켓몬 시합에 도전한다.
어떤 마을을 지나가던 지우와 친구들은 세레나의 가이드북에서근처에 카리스마 트리머가 있다는 사실을 알게 된다. 세레나가 카리스마 트리머를 꼭 만나보겠다며 기대에 부풀어 있을 때 우연히 카리스마 트리머의 제자인 제시카와 만나게 되고 제시카의 트리미앙이 제시카를 인정해주지 않아 트리밍을 받아주지 않는다는 고민을 듣게 된다. 그러는 가운데 그곳에 또 한 사람 카리스마 트리머라는 로사리가 나타나 푸호꼬에게 트리밍을 해주겠다고 하고 세레나는 푸호꼬를 맡기게 되지만 로사리 일당의 진짜 정체는......!?
칼로스지방의 친숙한 스포츠인 뿔카노레이스의 경기장이 있는 스미르마을에 도착한 지우와 친구들은 여경으로부터 뿔카노레이스에 참가할 수 있는 것을 전해 듣고 지우도 뿔카노레이스에 참가할 것을 결심하게 된다. 뿔카노레이서인 엄마에게 뿔카노레이스를 배운 세레나는 지우의 코치를 하게 된다. 뿔카노를 타는 방법을 터득한 지우는 드디어 뿔카노레이스에 도전하지만 도중에 로켓단이 설치한 함정 때문에 레이스가 엉망이 되어 버린다.
리코와 로드, 머독은 엔진시티에서 도트가 부탁한 솜사탕을 구하기 위해 배틀카페에 들른다. 그곳에서 그들은 머독의 옛 파티시에 동료인 미첼을 만나게 되는데…
배틀 도중에 하늘을 나는 캡의 모습을 본 리코와 로드는 캡에 대해 궁금해하고 프리드에게 직접 물어보게 된다. 끈질긴 요구에 프리드는 캡과의 만남과 라이징 볼트태클즈를 결성하게 된 비화를 알려주는데…
티격태격하는 뜨아거와 찌리비 때문에 고민하던 로드는 배틀을 통해 둘의 사이를 개선하려고 한다. 그러던 와중, 난기류를 통해 찌리비의 새로운 기술에 대해 알게 되면서 찌리비, 뜨아거와 함께 캡에게 대항할 특훈을 시작하게 되는데…
리코의 잃어버린 펜던트를 되찾기 위해 항구를 수색하던 도트는 꾸왁스를 따라 화물선에 올라타고, 익스플로러즈의 멤버인 스피넬의 공격을 받는다. 리코와 로드, 그리고 도트는 힘을 합쳐 스피넬에게 맞서는데...
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
여행을 계속하고 있는 지우와 친구들은 어느 숲 속에서 야영을 하게 되었다. 한 밤중에 피카츄와 나옹이 잠에서 깨어보니 그 곳에는 진화한 포켓몬과 진화 전의 지우 일행의 포켓몬이 있었다! 심지어 나옹과 같이 사람의 언어로 이야기 하고 있었다! 영문을 모른 채 어리둥절해 하는 피카츄와 나옹. 그런데 그 때,말랑이가 나타나 도와주겠다며 말을 하는데…
칼로스리그에 도전하기 위해 마지막 체육관이 있는 이설시티로 여행을 계속하고 있는 지우와 친구들. 그러던 어느 날, 한 마리의 레오꼬가 화염레오 무리들로부터 벗어나 독립하는 모습을 보게 된다. 작지만 훌륭한 화염레오가 되기 위해 열심히 노력하는 레오꼬의 모습을 보고 감동하는 지우와 친구들. 그런데, 그런 레오꼬를 바라보는 어두운 그림자가 있었는데…
포켓몬마스터를 목표로 여행을 하고 있는 지우와 파트너인 피카츄는 칼로스지방에 도착했다. 팬지의 여동생이 체육관 관장을 맡고 있는 체육관에 가고 싶다고 지우는 팬지에게 부탁을 해 보지만 공교롭게도 부재중이라고 했다. 그래서 지우가 한 행동은...?
드디어 향전체육관 배틀! 이번 체육관 도전은 2대 2 더블배틀! 호흡이 잘 맞는 2마리의 냐오닉스를 사용하는 체육관관장 고지카를 상대로 지우는 개굴반장과 파이어로 2마리로 맞선다! 냐오닉스의 "미래예지"때문에 고전하는 개굴반장과 파이어로. 지우가 세운 작전은?!
세레나의 트라이포카론 도전을 무사히 마치고 드디어 지우의 향전체육관 도전이다! 체육관을 향하던 중, 향전시티의 상징인 해시계 근처를 지나가던 일행은 수수께끼 여성에게 습격을 받는 플라타느 박사와 조수들을 목격한다. 도와주던 지우와 친구들에게 수수께끼의 여성은 칼로스를 위해서다, 라고 돌연 배틀을 걸어온다!