드디어 찾아온 작별의 날, 지우와 친구들은 공항에서 언젠가 반드시 재회할 것을 맹세한다. 그러던중 비행기 탑승시간이 다가오고, 데덴네가 도망치고 만다. 아직 어린 데덴네는 모두와 헤어지는 것이 싫은 듯한데… 그런 데덴네에게 유리카가 해준 말은?
미끄래곤과 헤어지기 위해 습지대로 향하는 지우와 친구들. 습지대에서 돌아오는 길, 플레어단 사건으로 맹위를 떨친 폭주하는 덩굴과 만난다. 놀란 지우는 지우개굴닌자의 도움으로 그들을 물리치지만 난데없이 그곳에 크세로시키가 나타난다! 그리고 허를 찔린 시트론이 마인드컨트롤을 당하는데…!?
피카츄 포획 작전을 짜던 로켓단 앞에 나타난 수수께끼의 인물 마담X와 칼라마네로. 갑자기 칼라마네로에게서 뿜어져 나온 빛 때문에 로사와 로이가 세뇌 당해 버린다. 간신히 도망친 나옹은 지우와 친구들에게 도움을 요청한다. 그러던 중 칼라마네로가 다시 나타나고 피카츄 마저 세뇌를 시켜 버린다. 계속해서 세뇌되어 가는 친구들. 과연 지우는 이 위기를 극복할 수 있을까!? 그리고 마담X와 칼라마네로의 목적은 과연 무엇일까!?
고목내마을에 들른 지우와 친구들은 코를 심하게 골며 자고 있는 잠만보를 발견한다. 이 잠만보를 깨울 방법은 단 한 가지 침울한 왕이 부는 '포켓몬피리'가 필요한 듯 하다. 하지만 그 피리는 파르팽 궁전의 제멋대로인 성격의 공주에게 빼앗겨 버렸다고 한다. 지우와 친구들은 그 피리를 되찾기 위해 파르팽 궁전의 공주가 있는 곳으로 향한다. 피리를 돌려 달라고 부탁하자 공주가 피리를 돌려주기 위해 제시한 놀라운 조건은 과연…?
여행 도중 특훈을 하고 있었던 지우와 개구마르는 그 곳에서 닌자 트레이너 삼평과 개구마르의 진화형인 포켓몬 개굴반장을 만나게 된다. 지우는 삼평과 포켓몬 시합을 하게 되지만 도리어 지고 만다. 하지만 이 시합에서 상대한 개굴반장의 '전광석화'를 개구마르에게 배우게 하고 싶다며 삼평에게 '기술의 비법'을 배우기로 한다. 이렇게 해서 지우와 개구마르는 삼평 개굴반장과 함께 혹독한 수행을 시작하게 된다. 개구마르는 '전광석화'를 배울 수 있을까!?
포켓몬센터에서 휴식을 취하고 있었던 지우와 친구들. 마침 그 자리에 있던 여자아이와 유리카의 가방이 바뀌고 만다. 두 사람은 가방에 각각 유리카는 데덴네 여자아이는 피츄를 넣어 두었다. 지우와 친구들은 여자아이가 머리에 빨간색의 큰 리본을 달고 있었다는 정보만 가지고 데덴네와 피츄의 트레이너를 찾아 보기로 한다. 과연 유리카는 데덴네를 찾을 수 있을까!?
먹보인 도치마론은 세레나가 만든 마카롱을 전부 먹어 버린다. 그런 과식으로 인해 도치마론은 배가 퉁퉁해져 버린다. 지우와 친구들은 식후의 운동을 겸하여 포켓몬 시합을 하게 되는데. 배가 무거워진 도치마론은 움직임이 둔해져서 개구마르에게뿐만 아니라 데덴네에게까지도 지게 된다. 체육관 관장으로서 위기감을 느낀 시트론은 도치마론을 위해 엑서사이즈 기어를 발명하여 도치마론에게 운동을 시키려고 하는데 어느샌가 도치마론이 사라져 버린다. 도치마론은 도대체 어디로 가버린 걸까......?
라이징 볼트태클즈는 식재료 구매를 위해 어느 섬에 도착하게 된다. 동료들이 장을 보러 간 사이 비행선에 남은 리코는 도트에게 도시락을 주러 갔다가 타르링 방송의 배경 음악을 듣고 타르링을 좋아한다는 공통점을 발견하게 되는데..
드디어 팔데아지방에 도착한 라이징 볼트태클즈. 리코는 프리드 로드와 함께 집으로 가지만 아버지 알렉스는 계속 집에 있었으면 좋겠다는 속마음을 내비친다. 이제 막 시작한 리코의 모험은 여기서 끝나게 되는 것일까?!
검은 레쿠쟈에 대한 정보를 얻기 위해 예술가인 콜사를 찾아온 리코와 로드. 두 사람은 그곳에서 챔피언 랭크 트레이너 네모와 만나게 된다. 네모와 함께 콜사를 방문하지만 콜사는 슬럼프에 빠져 체육관도 폐쇄 중인 상태였는데…
검은 레쿠쟈의 단서를 찾기 위해 올리르바의 숲을 찾아갔지만 그 숲은 얼마 전에 일어난 산불로 인해 황폐해져 있었다. 리코 일행은 바싹 마른 우파를 만나 치료해 주려고 하지만 숲의 포켓몬들은 그것을 오해하고 공격해 오는데…
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
차근차근 복구가 진행되는 미르시티. 세레나는 플레어단 사건으로 지친 사람들의 마음을 달래주기 위해 트라이포카론의 스페셜 이벤트를 계획한다. 앞으로의 여행에 대해 고민하고 있던 세레나는 자신의 퍼포먼스를 보고 웃음짓는 사람들을 보고, 지우와 포켓몬 배틀을 하게 되면서 결단을 내리게 되는데…
플레어단 사건도 일단락되고, 조금씩 복구되기 시작한 칼로스지방. 시트론도 체육관의 복구와 시트로이드의 수리에 매우 바쁘다. 드디어 미르체육관이 다시 문을 열기 하루 전날, 한 소년이 체육관으로 찾아온다. 그는 이전에 시트로이드와의 배틀에 도전했지만 패하고, 재도전을 위해 찾아 온 것. 그의 도전을 받아들일지 망설이는 시트론인데…
가라르광산으로 검은 레쿠쟈를 찾으러 가던 리코 일행은 갑자기 내리는 비를 피하려 오두막으로 들어간다. 그곳에서 기운이 없는 몸지브림을 발견하게 되고, 리코는 치료를 위해 비행선으로 데리고 돌아가게 되는데…
검은 레쿠쟈에 대한 정보를 얻기 위해 엔진스타디움에 간 리코와 로드는 체육관 트레이너 연습생 연두의 안내로 관장인 순무를 만나게 된다. 순무는 대답 대신 레쿠쟈를 잡으려면 배틀 실력을 향상시켜야 한다며 트레이닝을 시키기 시작하는데…
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
플레어단의 계획을 막기 위해, 시트론들은 개별행동으로 나선다. 한편, 50%폼이 되어 폭주하는 Z2와 대치중인 말랑이를 쫓는 유리카. 하지만, 그곳에도 플레어단의 마수가! Z2에 이어서 말랑이도 플레어단에 의해서 조종되려 하고 있었다. 또한, 플라드리는 지우와 개굴닌자에게 관심을 보이고...?
갑자기 나타난 거대한 식물의 습격으로 인하여, 미르시티는 괴멸상태로 되어버린다. 지우와 친구들은 사건의 진상을 알기 위해 프리즘타워로 향하지만, 플레어단의 기습으로 인해, 지우가 잡혀간다! 그리고, 플라드리는 전세계를 향해 자신의 야망을 선언한다!
격투가 계속되는 지우와 알랭의 칼로스리그 결승전!! 일진일퇴의 배틀은 경기장 전체를 뜨겁게 하고 있다. 그리고, 드디어 결착의 순간, 과연 칼로스리그 우승이라는 영광을 손에 넣는 것은 지우인가? 알랭인가? 한편, 결승전의 뒷편에서는 플레어단이..?