란과 코난은 상점가에서 장을 보다가 우연히 귀가하던 니시무라 사치코와 만난다. 니시무라는 일전에 란이 학생 수첩을 잃어버렸을 때 수첩을 주워서 가져다준 사람이다. 반가움도 잠시, 다음날 니시무라가 싸늘한 주검으로 발견된다. 탐문 수사로 니시무라가 살해당하기 전날 남자 친구로 추정되는 인물과 같이 있었다는 게 밝혀지고 경찰들도 정황상 남자 친구가 범인이라고 확신하고 있는데...
괴도 키드가 많은 사람들 앞에서 공중을 걷는 모습을 선보이자, 코난과 나카모리 경부는 서둘러 주변을 살폈지만 아무런 속임수도 발견하지 못한다. 다음 날 코난 일행은 옥상에서 키드가 나타나길 기다리다가 그가 남긴 듯한 흔적을 발견한다. 그 뒤에 코난은 나카모리 경부에게 또 다른 단서까지 얻으며 점점 진실과 가까워지는데...
코난 일행은 우연히 귀국한 지로키치와 마주쳤는데, 그는 괴도 키드가 관심을 보일 만한 보석을 구하기 위해 전 세계를 돌고 왔다고 한다. 지로키치는 구해 온 대양의 기적 ‘블루 원더'를 걸고 괴도 키드에게 도전장을 던지고, 괴도 키드도 그 도전을 받아들인다. 키드가 미리 살펴보러 오겠다고 한 날이 되자 코난은 걸어서 오겠다는 예고를 떠올리며 그를 기다린다. 그런데 괴도 키드는 놀랍게도 땅이 아니라 공중에 나타났고, 심지어 공중을 걷기도 하는데...
사건을 수사하던 경찰은 어젯밤 후나키와 언쟁을 벌였다는 마스부치를 찾아가 사정을 물었다. 한편, 코난은 후나키의 시신이 있던 장소를 조사하다가 미츠히코와 겐타가 배낚시를 하다가 주워 올린 것을 보고 범인과 살해 방법을 알아차린다. 배스 낚시 대회에서 우승한 마스부치, 준우승한 아유카와. 코난은 소노코를 잠재워 박수갈채를 받으며 퇴장하려는 두 사람을 불러 세우고 추리 쇼를 시작하는데...
소노코의 초대로 배스 낚시 대회에 참가하게 된 란과 코난, 그리고 어린이 탐정단은 그곳에서 우승 후보인 아유카와 사오리와 마스부치 타쿠야와 알게 된다. 대회 첫날 밤, 코난은 우연히 자유 기고가인 후나키 토시히코와 마스부치가 큰 소리로 언쟁을 벌이는 모습을 지켜보다 자리를 뜬다. 대회 둘째 날, 란과 소노코는 전날에 한 마리도 못 잡은 코난과 어린이 탐정단을 보러 가는 도중에 쓰러져 죽어 있는 후나키를 발견하게 되는데...
코난과 어린이 탐정단은 유령으로 나타난 '오토자와 마미'에 대해 조사하다가 민박집의 주인장, 나가쿠라 이와오가 칼에 찔리는 모습을 목격한다. 나가쿠라를 해치려고 한 중요 참고인으로 품행이 불량한 카와지가 경찰에 연행된다. 한편, 진범이 따로 있다고 생각한 코난은 열흘 전에 나가쿠라의 집과 오토자와의 집을 통째로 바꿔 옮겼다는 얘기를 듣는다. 이에 코난은 현재는 폐가가 된 오토자와의 집으로 향하는데...
코난과 어린이 탐정단은 코고로와 란과 함께 어느 작은 마을에 관광하러 간다. 이 마을은 반년 전부터 어린아이의 유령이 나온다는 소문이 자자한 곳이었다. 코난 일행이 묵는 민박집의 주인 부부와 인사를 나누고 저녁 식사를 한다. 식사 후에 코난은 겐타, 미츠히코, 아유미와 함께 유령의 존재를 확인하기 위해 산책을 나서고, 아유미는 길을 걷다가 또래로 보이는 소녀가 우는 모습을 보고 쫓아가는데...
숫자 ‘5'와 비슷한 마크는 이내 자동차의 엠블럼이라는 것을 알게 된 어린이 탐정단과 사토, 타카기 형사.괴한이 떨어뜨린 소지품은 혈흔이 묻은 자동차 열쇠였다. 곧이어 경찰이 수배를 내려, 알리바이가 없고 자동차 열쇠를 잃어버린 세 명의 용의자가 베이카 경찰서 앞으로 모였다. 아유미는 진하게 선팅된 차 안에서 용의자를 가려 보려 하지만 마음처럼 잘 안 되는데...
비가 오는 하굣길. 아유미는 집에 가는 길에 우비를 모자를 눌러쓰고 우비를 입은 남자와 부딪친다. 그 남자는 아유미와 부딪쳤을 때 떨어뜨린 무언가를 황급히 집어 들고 도망쳤다. 도망친 남자는 놀랍게도 묻지 마 테러를 일으키는 괴한이었다. 아유미는 괴한의 얼굴은 못 봤으나 아유미의 손에 숫자 ‘5'와 비슷한 마크가 찍혀 있었다. 그리고 그 마크는 겐타의 엉덩이에도 찍혀 있었는데...
유령선에서는 신이치로 분장한 이가 정체를 드러내며 사건의 전말이 밝혀지고 항구에서는 코난을 구하기 위해 하이바라가 나타나며 상황은 또다시 새로운 국면을 맞이하게 된다. 베르무트는 하이바라의 정체가 자신이 찾던 셰리임을 알고 총을 겨누고, 하이바라는 자신을 죽이는 대신 모두를 살려 달라고 베르무트에게 청한다. 그때 조디의 자동차에 숨어 있던 누군가가 달려 나와 하이바라를 구하기 위해 몸을 던지는데...
사실 그의 정체는 아라이데로 변장한 베르무트였다.조디는 아버지를 죽인 원수인 베르무트가 남긴 말을 되뇌며 줄곧 그녀를 쫓았다고 한다.조디가 베르무트와 대화를 나누던 도중, 그녀는 베르무트의 동료가 쏜 총에 맞아 쓰러진다.조디는 FBI 동료들을 잠복시킨 항구로 그녀를 유인했다고 생각했지만,계획을 미리 알았던 베르무트가 이미 돌려보낸 뒤였다.결국 조디가 위험에 처하자 하이바라로 변장했던 코난이 정체를 드러내며 상황을 역전시킨다.
돛대에 올라선 투명 인간의 정체는 바로 신이치였다.코고로는 신이치에게 미라로 분장한 스태프가 후쿠우라를 살해한 범인이라고 주장하지만,신이치는 스태프가 죄를 뒤집어썼을 뿐이고 진짜 범인은 따로 있다고 하며 증거를 보여 준다.처음에는 부정하던 범인도 명백한 증거 앞에서 더는 부인하지 못하고 죄를 인정한다.한편 조디를 뒤쫓던 아라이데는 항구에 도착한 뒤 드디어 대화를 나눌 기회를 잡는다.하지만 조디는 상대가 진짜 아라이데가 아니라는 사실을 간파하는데...
이 와서 수사를 진행했고 정원에서 흉기로 사용된 권총, 탄피, 그을린 흔적이 있는 수건이 발견된다.에리와 유키코는 적극적으로 수사에 참여하면서 진상을 파헤친다. 한편 사정 청취를 해도 유력한 용의자가 나오지 않은 상황에서코난은 피해자의 어떤 행동이 마음에 걸리는데...
코고로는 부잣집 사모님에게 거액의 보수를 받기로 하고 의뢰를 받는다.하지만 손쉽게 해결할 거라고 생각한 사건은 어려움에 빠졌고,생각 없이 돈을 흥청망청 써 버려서 코고로는 큰 빚을 질 위기에 처하고 만다.키사키는 남편 대신 사건을 해결하기 위해 의뢰인의 집을 찾아가서 조사한다. 그러던 와중에 코난의 엄마인 유키코가 갑자기 그 집에 나타났는데...
한편 정신을 차린 란과 소노코가 잠깐 자리를 비운 사이에 잠들어 있었던 아사미가 자취를 감추고 마는데...그동안 코난은 화재 현장을 살펴보며 범인의 정체를 알아내려 하지만 모든 용의자의 알리바이가 완벽해서 어려움을 겪는다.불길을 헤치고 아사미를 구한 란은 정신을 잃고 병원에 실려 간다.
그날 밤 아사미가 일찍 잠드는 바람에 그녀의 대학 선배들과 란 일행만 노래방에 갔는데 몇 시간 뒤 아사미 혼자 남은 별장에서 불길이 피어오르는데...신이치네 집에 청소를 하러 간 란과 소노코는 우연히 신이치의 첫사랑이라는 아사미 선배를 만나게 된다.그러다 그녀의 생일 파티에 초대된 란 일행은 주말에 별장을 방문한다.
그 뒤 코난은 우연히 이치카와의 장녀를 발견하고 뒤따라갔다가 그녀가 와인에 약물을 주입하는 모습을 목격한다.그런데 그 모습을 지켜보던 그때 누군가가 코난을 기절시키고 지하실에 가두는데...그는 오늘 친족 모임에서 자신의 딸들이 무슨 짓을 꾸미나 감시해 달라고 한다.코고로 일행은 이치카와 회장의 의뢰를 받고 그의 집을 방문한다.
그런데 유언이 담긴 테이프를 들으려는 순간 어딘가에서 화살이 날아온다.다음 날 유언을 발표하기 위해 변호사가 찾아와서 모두가 한자리에 모인다.코난 덕분에 요시후사는 가까스로 화살을 피했지만 누군가가 그를 노리고 미리 석궁을 설치해 뒀다는 것이 밝혀진다.그때 코난은 소란 속에서 이상한 말을 한 사람을 의심하는데...
유키코는 코난을 데리고 어린 시절 소꿉친구인 히로미의 집을 방문한다.그녀는 지난달에 돌아가신 아버지의 유언 발표를 들으러 브라질에서 온 작은아버지가 본인이 맞는지 조사해 달라고 부탁한다.그런데 그날 밤 마당에 있던 우물에서 히로미의 새어머니가 누군가에게 살해된 채 발견되는데...
지하실을 살펴보던 코고로는 역시 모토야스가 자살했다고 생각하지만 코난은 수상한 정황을 발견하고 제자 중 범인이 있으리라 추측한다.그런데 그의 다잉 메시지는 의미를 알 수 없는 숫자와 기호로 되어 있었는데...그러던 중 코난은 모토야스의 카드를 통해 그가 남겨 둔 다잉 메시지를 발견한다.