그들이 그곳으로 갔을 때는 이미 아무도 없었고 숫자가 적힌 계산기만 남아 있었다.코난은 자신에게 남긴 메시지라 생각하고 암호를 해독하려 하지만 어려움을 겪는다.강에서 놀던 어린이 탐정단은 어떤 남자가 건너편 건물에서 억지로 라이플을 쏘는 모습을 목격한다.그래도 고생 끝에 겨우 저격 장소로 추정되는 곳을 찾아 범인이 나타나기를 기다리는데...
모리 탐정 사무소에 한 여고생이 찾아와 행방이 묘연한 아버지를 찾아 달라고 의뢰한다.한편 집에 돌아온 란은 사무소를 주시하는 수상한 남자를 발견하는데..우연히 경마장에서 그녀의 아버지를 찾아 의뢰가 잘 해결된 것처럼 보였는데 다음 날 그녀의 아버지가 목을 맨 채 발견된다.경찰은 그가 자살한 것이 아니라 거구의 남자에게 살해됐을 것이라고 한다.
아유미는 공원 앞에 있었던 차 트렁크에 숨었다가 잠들었다고 한다.탐정 놀이를 하던 어린이 탐정단은 아무리 찾아도 아유미가 보이지 않자 탐정 배지로 그녀에게 연락한다.그런데 그 차의 트렁크에서 거금의 돈과 톱, 그리고 여자아이의 머리가 발견된다.어린이 탐정단은 여아 연쇄 유괴 살인범으로 추정되는 일당의 차에 탄 아유미를 구하러 가는데...
한편 아소 케이지가 남긴 악보를 찾기 위해 창고에 간 코난 일행은 그곳에서 목을 매 자살한 시신을 발견하는데...다음 날 경찰이 참고인을 조사하고 있을 때 또다시 월광이 울려 퍼지고 방송실에서 촌장이 살해된 채 발견된다.촌장이 죽은 자리에는 피로 쓴 악보가 있었는데, 코난은 범인이 남긴 암호라 생각하고 의미를 알아내려 애쓴다.
그런데 의뢰인은 12년 전 가족을 살해하고 분신자살한 피아니스트라고 한다.한창 그를 기다리고 있을 때, 피아노 방에서 월광이 울려 퍼지더니 촌장 선거 후보자 한 명이 살해된 채 발견된다.일단 코고로는 촌장에게 이야기를 들어 보기 위해 마을 회관에 간다.아소 케이지란 자에게 의뢰를 받은 코고로는 츠키카게섬으로 향한다.그리고 피해자가 쓰러져 있었던 피아노에서 수상한 악보가 나오는데...
일단 란과 코난은 그녀의 집에 가 보았는데, 그곳에는 몇 가지 미심쩍은 점을 발견한다.무언가 심상치 않은 일이 생겼다는 것을 알아차린 코난은 음성 변조기를 이용해 신이치의 목소리로 그녀에게 전화한다.모리 탐정 사무소에 신이치의 여자 친구라 주장하는 여학생이 와서 신이치를 찾아 달라고 의뢰한다.그런데 그때 란이 신이치가 집 안에 있다는 사실을 눈치채는데...
우시고메의 사인은 청산가리에 의한 독사였다. 감식 결과를 들은 산고의 동생 요코미조 주고 형사는 자살로 단정 짓는다. 그러나 코난은 수사 결과에 의문을 가진다. 같은 동아리 부원 중 한 명이 한 말이 계속 마음에 걸린다. 바로 그때, 무언가 번뜩인 코난이 동아리 부원들에게 쓰레기를 받아 와 펼친다. 그리고 이내 의미심장한 웃음을 짓는데...
코난과 아가사 박사, 하이바라, 어린이 탐정단이 함께 조개잡이를 하러 갔다. 그곳에서 조개를 못 캐서 한숨을 쉰다고 생각한 한 청년, 우시고메에게 말을 걸었다가 조개 애호가 모임 사람들과 알게 된다. 인사를 나누고 각자 일행끼리 움직이다가 갯벌에서 누군가 놓고 간 갈고리 하나를 발견한다. 그 갈고리가 우시고메의 것이란 걸 알고 전해 주러 간 어린이 탐정단은 시신으로 발견된 우시고메를 보고 매우 놀라는데.
코난과 어린이 탐정단이 있던 근처 공사 현장에서 철골이 낙하하는 사고가 발생한다. 마침 바로 아래로 지나가던 한 남성이 가까스로 철골을 피했으나 정신을 잃고 만다. 코난들은 타카기 형사를 불러 남성의 신원 확인차 가방을 살펴보니 그가 마나카 다이지로라는 걸 알았다. 그러나 의식이 돌아온 마나카는 자신의 이름조차 기억하지 못했다. 그때 코난은 마나카가 기억을 잃은 척 거짓말하는 것 같다며 의심하는데.
코난과 어린이 탐정단은 ‘가면 야이바' 촬영 현장에 구경하러 간 곳에서 스턴트맨 리키이시 켄고와 감독 후카마치 신지가 의견 차이로 말다툼하는 것을 본다. 그러다 돌연 리키이시가 끌고 올라간 차가 옥상 난간에서 추락해 즉사한다. 후카마치는 리키이시가 스턴트 연기를 보여 주겠다며 멋대로 행동한 거라고 하지만 코난은 사건 현장과 카메라 녹화 영상을 보고 교묘하게 계획된 살인이라고 판단하는데.
사사모토 야스타로의 눈앞으로 큰 벽돌이 떨어진다. 두 동강이 난 벽돌에는 새빨간 글씨로 ‘카게'라고 적혀 있었다. 글자를 본 사사모토는 파랗게 질려 카미오 토시유키에게 얘기하고 둘은 모리 탐정 사무소로 향해 코고로에게 자기들을 지켜 달라고 한다. 코고로가 자초지종을 묻자 ‘히카게 테이이치'라는 옛 동창이 보내온 살인을 예고하는 소설대로 죽을지도 모른다고 하는데.
코난, 코고로, 란은 ‘포와로'에서 식사하다가 고민이 있어 보이는 포와로의 직원 에노모토 아즈사를 상담해 준다. 아즈사의 고민은 최근 문자를 주고받게 된 오사베 미츠루라는 5살 아이가 오늘 보낸 4통의 문자가 어딘가 의미심장하다는 것. 그중에서도 ‘저도 물고기처럼 그물에 걸려 죽는 걸까요?'라는 네 번째 문자로 일동은 미츠루가 지금 있는 곳을 추리하기 시작하는데.
코난과 란, 소노코가 신이치네 집을 청소하는데 젊은 여자가 쿠도 신이치를 찾는다. 여성의 정체는 바로 우에토 아야. 4년 전, 쿠도 유사쿠의 작품이 드라마로 만들어지면서 첫 주연을 맡아 신이치네 가족에게 인사하러 온 적이 있다고 한다. 아야는 자신과 친한 할머니를 찾으러 베이카가에 왔다가 신이치가 생각났고 그에게 할머니를 찾아 달라는 의뢰를 하러 왔다고 하는데.
코난과 어린이 탐정단, 그리고 코바야시 선생님은 취재를 위해 스기모리 마사토의 집을 방문했다가 숨진 스기모리를 발견한다. 집 안을 살펴보니 전화기로 튄 핏자국이 끊겨 있는 것을 보고 경찰이 음성 사서함에 남겨진 메시지 4건을 확인한다. 그리고 메시지를 남긴 용의자 세 명과 통화하게 된다. 통화 내용으로 코난이 알리바이를 조작한 사람을 간파하는데.
스기모리 마사토라는 자유 기고가가 어린이 탐정단의 담임인 코바야시 스미코를 찾아온다. 용건은 사건 해결에 도움을 주는 탐정단을 취재하는 것. 코바야시는 아이들의 허락을 받고 취재에 응하기로 한다. 이튿날, 연락하는 것을 깜박하고 스기모리의 집까지 찾아간 코바야시와 어린이 탐정단은 얼른 취재를 마치려는 마음으로 집으로 올라갔다가 사망한 스기모리를 발견하는데.
코난과 란은 반려견 놀이터가 생겼다는 얘길 듣고 베이카 공원에 간다. 거기서 아이리시 세터 무사시의 보호자인 츠츠미 부부와 골든 레트리버 쿨의 보호자 야기사와 부부와 만나 친해진다. 그런데 며칠 후, 무사시가 사람을 물어 죽였다는 소식을 듣는다. 한편, 츠츠미 부부의 옆집에 사는 나카타니 요리코가 무사시가 자기 시어머니를 본인과 착각해 물어 죽인 거라고 주장하는데.
코고로와 코난은 사인을 받기 위해 소설가 우메즈 오사무의 집을 방문한다. 그러나 먼저 와 있던 아들 타카시가 돈을 달라며 다투는 모습을 목격한다. 집으로 돌아가는 길, 선생님이 전화를 안 받아 걱정된다며 오사무의 집으로 향하던 비서 미카미와 마주치고 동행하게 된다. 문을 따고 들어간 그곳에는 독이 든 커피를 마시고 사망한 오사무가 있었다.
서둘러 집에 가 보니 코타는 납치당한 뒤였다. 코고로 일행은 마사시의 지인 중에 오늘 미팅에 참가하지 않은 세 사람을 납치 용의자로 보고 그들의 집을 방문해 보기로 한다. 그러나 별다른 수확 없이 다시 집으로 와서 범인을 추리하던 도중에 코타가 돌아온다. 그때 타카기 형사가 양말이 젖은 코타를 보고는 황급히 집을 나서는데...
코고로, 란, 코난은 저녁을 먹으러 나섰다가 치바 형사와 타카기 형사와 만난다. 치바와 타카기는 치바 친구, 에모토 마사시의 주선으로 미팅하러 나왔는데 마침 그 자리에서 마사시의 누나 아야의 친구로 유미와 사토 형사하고도 마주치고 만다. 사토와 타카기는 서로를 떨떠름해 했지만, 이내 아야의 사촌 코타가 겪은 이상한 얘기에 집중하는데...
여자 친구가 실종됐다는 말은 거짓말이었다. 사실은 연인인 미츠시 아츠시라는 남자가 교묘하게 자살로 위장해 여자 친구를 살해했다는 것을 코난이 간파한다. 그러나 아직 밀실 트릭이 풀리지 않아 고민하던 중, 에이스케가 손가락을 다쳐서 반창고를 붙이며 하는 말에 힌트를 얻는다. 그 즉시, 증거까지 확인한 코난이 코고로를 잠재워 사건의 진상을 밝히는데...