코고로, 란, 코난은 저녁을 먹으러 나섰다가 치바 형사와 타카기 형사와 만난다. 치바와 타카기는 치바 친구, 에모토 마사시의 주선으로 미팅하러 나왔는데 마침 그 자리에서 마사시의 누나 아야의 친구로 유미와 사토 형사하고도 마주치고 만다. 사토와 타카기는 서로를 떨떠름해 했지만, 이내 아야의 사촌 코타가 겪은 이상한 얘기에 집중하는데...
여자 친구가 실종됐다는 말은 거짓말이었다. 사실은 연인인 미츠시 아츠시라는 남자가 교묘하게 자살로 위장해 여자 친구를 살해했다는 것을 코난이 간파한다. 그러나 아직 밀실 트릭이 풀리지 않아 고민하던 중, 에이스케가 손가락을 다쳐서 반창고를 붙이며 하는 말에 힌트를 얻는다. 그 즉시, 증거까지 확인한 코난이 코고로를 잠재워 사건의 진상을 밝히는데...
미즈나시 레나와 닮은 혼도 에이스케라는 청년이 란네 반으로 전학을 왔다. 며칠 후, 코고로의 광팬이라 주장하는 에이스케가 코고로에게 인사하러 온다는 얘길 들은 코난이 아연실색하며 코고로에게 안 된다고 하지만, 이미 늦었다. 그러나 실제로 만난 그 청년이 굉장한 덜렁이라는 걸 알고 살짝 경계를 푼다. 그때, 자신의 여자 친구를 찾아 달라며 미스미 아츠시라는 남자가 탐정 사무소를 찾아오는데...
쇼코가 행방이 묘연해지기 전 들른 편의점에서 산 물건은 페트병에 든 과일 주스, 팩 우유, 휴대용 커터 칼이었다. 코난은 쇼코가 주방 용품 코너에 기웃거렸다는 편의점 점장의 말로 쇼코가 왜 가족과 떨어져 집에 남기로 했는지 간파한다. 곧장 현장으로 간 코난 일행은 거기서 혈흔과 교통사고가 벌어진 흔적을 발견하는데...
미츠히코가 어릴 때부터 알고 지낸 4학년 아메미야 쇼코가 등교하던 도중 사라졌다. 원래는 할아버지 장례식으로 결석할 예정이었지만, 쇼코 본인이 등교하겠다고 한 날이었다. 이와 비슷하게 교통사고로 휴직하게 된 사람 대신에 히라야마 선생님이 새로 부임하게 된다. 코난과 하이바라는 교통사고란 말에 히라야마가 검은 조직과 한패가 아닐까 하고 의심한다. 한편, 쇼코의 행방을 쫓던 도중 등굣길에 편의점에 들렀다는 걸 알게 되는데...
방과 후, 하교하려던 란은 신발장에서 러브레터를 발견한다. 내일 약속 장소로 나와 달라는 내용에 란이 못 가겠다고 하자 소노코가 대신 거절해 주겠다고 하는데 코난이 나타난다. 자초지종을 들은 코난은 안절부절못하고. 그러던 중 경관과 이야기를 나누는 한 여성을 발견하고 얘기를 들어보기로 한다. 알고 보니 유리코라는 그 여성은 란과 소노코가 다니는 학교의 졸업생이었다. 유리코가 상담하길, 최근에 누군가 집에 침입한 흔적이 보인다는데...
암호를 풀고 검은 조직을 추적한 코난 일행은 그들의 암살 계획을 수포로 돌린다. 그러나 진은 이에 개의치 않고 2차 암살 장소로 베인 B를 지목하며 다시 한번 DJ의 암살을 꾀한다. 이에 조디와 FBI 동료들은 코난의 도움을 받아 검은 조직을 계속 추적하기로 하지만 의문에 싸인 베인 B가 암시하는 장소를 찾는 것이 우선인데...
검은 조직의 암살 타깃 DJ가 도몬 야스테루라는 걸 알아낸 코난. 그의 사무소로 전화해 일정을 확인하려고 했지만 실패하고 저격 장소인 에디 P가 어딘지 골몰히 생각하다가 조디의 '이중인격자'라는 말에 힌트를 얻어 저격 장소가 하이도 공원임을 알아차리는데...
레나가 자동차로 이동하자, 코난은 아가사 박사에게 서둘러 도움을 요청한다. 하이바라 모르게 오라는 코난의 당부에도 불구하고 하이바라까지 미행에 합세한다. 코난 일행은 검은 조직의 일원들이 만나는 주차장 근처까지 들키지 않고 미행하는데 성공하고 도청기 너머로 들리는 익숙한 자동차 엔진 소리에 코난은 그 자동차의 주인이 누구인지 단번에 알아차리는데...
코난과 헤이지는 젊었을 적의 한다, 호시카와, 히메미야의 사진을 보고 무언가를 눈치채고 란과 카즈하는 정전되기 전과 후로 꽃병의 그림자가 미묘하게 달랐다는 걸 떠올린다. 외부에서 침입한 범인의 범행이라고 잠정 결론이 난 뒤 창문을 닫으려 한 그때, 코난과 헤이지는 창문에 비친 자신들의 모습을 보고 범인과 범인이 쓴 트릭을 알아차리는데...
호시카와, 란, 카즈하가 2층 복도 끝에서 히메미야의 시신을 본다. 마사카게의 방에서 경찰에 신고하는 호시카와를 뒤따라간 코난은 창문이 열려 있는 걸 발견한다. 시신 옆에 있는 자료 창고는 누군가에 의해 어질러져 있었다. 자료 창고에는 미스터 마사카게의 오리지널 마술이 적힌 노트가 있다고 한다. 헤이지는 범인이 노트를 훔친 후에 자신의 모습을 본 히메미야를 죽이고 달아났다고 추리하는데...
코난, 란, 헤이지, 카즈하는 함께 호시카와 도고의 마술 쇼를 보러 간다. 수조 탈출 마술 때 오해하고 무대로 난입한 란과 카즈하가 호시카와에게 사과하기 위해 대기실에 들른다. 그때 그와 한다, 히메미야가 10년 전 갑자기 자취를 감춘 미스터 마사카게의 제자라는 걸 알게 된다. 이에 한다가 코난 일행을 마사카게의 집으로 초대한다. 저녁 준비를 끝내고 히메미야를 데리러 간 호시카와, 란, 카즈하. 갑작스레 정전됐다가 불이 켜진 그곳에 히메미야가 숨진 채 발견되는데...
새벽 5시, 조깅 중인 히로마츠 히로시가 길 위에서 머리에 피를 흘리며 쓰러져 있는 사람을 발견하고 119에 신고한다. 그런데 구급차가 오지를 않자 직접 소방서로 찾아간다. 그로부터 얼마 후, 사건 현장에서 사쿠라다 형사가 최초 발견자를 찾는 와중에 히로마츠가 구급차를 타고 나타난다. 사쿠라다는 굳이 소방서까지 가서 구급차를 끌고 온 히로마츠를 범인으로 의심하는데...
비서 겸 유언 집행자인 시계에게 들은 힌트를 바탕으로 수수께끼를 풀던 코난은 북쪽 천사의 탑에서 흑수정을 발견한다. 그때, 시계가 유리코를 억지로 끌고 나가고 코난들은 지하로 떨어진다. 북쪽 천사의 탑에서 동관으로 향하기로 한 코난과 아이들은 미노타우로스의 미궁처럼 실타래를 풀어 길을 찾아 나가며 결국 밖으로 나오게 되는데...
마츠나카 유리코라는 학생이 어린이 탐정단에 의뢰하러 왔다. 듣자 하니, 증조부이자 성난 황소라 불렸던 투자가, 이세가와 고조가 죽기 전 비서인 '시계'에게 유언을 남겼다는데 그 유언에 담긴 수수께끼를 푼 자만 재산을 상속받을 수 있다고 한다. 수수께끼를 푸는 제한 시간은 24시간. 상속 순위가 높은 사람부터 도전하는 방식으로 유리코가 17번째 도전자라고 하는데...
사토를 비롯한 형사들은 아토무라가 투신자살을 했다고 결론지으며 경찰서로 돌아가려고 한다. 그러는 동안 어린이 탐정단은 질문으로 시간을 벌며 코난이 트릭을 재현할 수 있도록 도와준다. 순간이동 트릭을 설명한 코난에게 네코타가 이의를 제기하지만, 이에 코난도 지지 않고 조목조목 반박해 나간다. 그제야 비로소 타카기가 범인이 보석 가게에서 자신을 보고 웃은 이유를 의심하는데...
코난과 하이바라, 그리고 어린이 탐정단은 하굣길에 우연히 타카기 형사와 마주치고 타카기 형사를 따라서 보석 가게에 들어갔다가 강도와 맞닥뜨린다. 강도는 현장에서 달아나 옥상으로 올라가고 뒤쫓아간 코난 일행이 말릴 틈도 없이 투신하여 이삿짐센터 차 위로 떨어져 사망한다. 한편, 코난은 강도가 투신할 때 한 치의 망설임도 없이 뛰어내린 것에 대해 단순한 자살 사건이 아니라고 의심하는데...
코고로의 의뢰인 카리야 토모코가 숨진 채 발견된다. 메구레는 이번 사건이 12년 전에 있었던 어떤 사건과 유사하다는 느낌을 받는다. 알고 보니, 12년 전, 당시 사건의 유력 용의자가 카리야 집안의 삼남 카리야 에이스케였다. 이와 함께 사건 전에 찾았던 토모코의 휴대폰이 현장에서 없어진 것으로 보아 메구레는 다이사쿠, 츠구타카, 시게히데 중에 범인이 있다고 추측하는데...
의뢰인 카리야 토모코가 집 안에서 사라진 자신의 휴대폰을 찾아 달라며 의뢰했다. 대신 조건은 '가족들과 함께 올 것', 코고로는 토모코의 동창인 척하며 카리야 다이사쿠, 츠구타카, 시게히데의 방을 돌아다니면서 집 안 어딘가에 있을 휴대폰을 찾는다. 그때, 들려오는 초인종 소리에 가사도우미가 나갔지만, 아무도 없다. 듣자니 카리야 집안은 얼마 전부터 초인종을 누르고 도망가는 장난에 시달리고 있다는데...
코난과 코고로는 산책하다가 경관 키노시타와 화과자 집 '유즈키'의 사장 아이카와 에츠코가 다투는 걸 우연히 보게 된다. 사정을 들어 보니, 2시간 전인 오전 9시에 에츠코가 한 건물에서 도망가듯 뛰쳐나온 수상한 남자를 봤다고 했다. 신고를 받은 키노시타가 집 안을 살피니 여성의 시신이 발견되고 키노시타는 그녀를 두고 자살이라 주장하고 아이카와는 타살이라고 주장하는데...