연쇄 살인강도에게 목숨을 위협당하는 신랑 신부를 대신해 그들과 생김새가 닮은 타카기와 유미가 대역을 서며 식장 상황과 하객을 살피고 있다. 그때 대역을 선 타카기와 유미에게 접근한 세 사람. 신부 마스도 레이가 말하길, 생긴 것만으로는 자신이 아는 그 사람이 맞는지 확신하기가 어렵다고 하는데. 그들은 한 가지 공통점이 있었는데, 바로 한쪽 손의 손가락을 다치거나 한 손을 내내 주머니에 꽂는 등 왼손을 가리고 있다는 점이었다. 연쇄 살인강도의 증거로 지문밖에 없었던 터라 경찰은 이 세 사람을 용의자로 지목하는데.
코고로와 란, 코난은 결혼식에 참석했다가 예식장 복도에서 턱시도를 입은 타카기와 마주친다. 그런 타카기 뒤로는 웨딩드레스를 입은 유미가 서 있다. 어떻게 된 사정인지 알 수 없었던 코고로 일행은 크게 당황한다. 그때 메구레 경부가 나타나 자초지종을 설명한다. 연쇄 살인강도에게 목숨을 위협당하는 신랑 신부를 대신해 그들과 생김새가 닮은 타카기와 유미가 대역을 서며 식장 상황과 하객을 살피고 있다고 한다. 대역을 선 타카기와 유미에게 접근해 인사한 세 사람. 그들이 수상해 신부 마스에게 얼굴을 확인해 보자고 하는데
밴드 돌쿠스의 멤버 호나미 린코가 밀실에서 사망한 채 발견된다. 야마무라 형사는 자살을 위장한 밀실 살인으로 보고 수사를 시작 나머지 멤버를 신문한다. 코난은 뒤뜰의 새집을 다시 확인하며 저택을 보고 나뭇가지에 가려 2층 창문 밖에 안 보인다는 걸 알고는 범인을 간파한다. 한편 그날 저녁, 누군가 비밀 통로로 린코의 방 책장에 접근하는데...
코난과 란, 소노코, 에이스케는 소노코네 별장을 가려고 했지만, 다리가 무너져 갈 수가 없어진다. 고민하던 코난 일행은 근처 별장에 부탁해 전화를 빌릴 수 있게 된다. 잠시 머물면서 별장에 관한 얘기를 듣는다. 별장을 매입한 밴드 돌쿠스 멤버가 자신들이 헐값에 별장을 샀는데 이 별장엔 마물이 씌었고 그로 인해 흉흉한 사건까지 있었다고 하는데...
우시고메의 사인은 청산가리에 의한 독사였다. 감식 결과를 들은 산고의 동생 요코미조 주고 형사는 자살로 단정 짓는다. 그러나 코난은 수사 결과에 의문을 가진다. 같은 동아리 부원 중 한 명이 한 말이 계속 마음에 걸린다. 바로 그때, 무언가 번뜩인 코난이 동아리 부원들에게 쓰레기를 받아 와 펼친다. 그리고 이내 의미심장한 웃음을 짓는데...
코난과 아가사 박사, 하이바라, 어린이 탐정단이 함께 조개잡이를 하러 갔다. 그곳에서 조개를 못 캐서 한숨을 쉰다고 생각한 한 청년, 우시고메에게 말을 걸었다가 조개 애호가 모임 사람들과 알게 된다. 인사를 나누고 각자 일행끼리 움직이다가 갯벌에서 누군가 놓고 간 갈고리 하나를 발견한다. 그 갈고리가 우시고메의 것이란 걸 알고 전해 주러 간 어린이 탐정단은 시신으로 발견된 우시고메를 보고 매우 놀라는데.
쇼코가 행방이 묘연해지기 전 들른 편의점에서 산 물건은 페트병에 든 과일 주스, 팩 우유, 휴대용 커터 칼이었다. 코난은 쇼코가 주방 용품 코너에 기웃거렸다는 편의점 점장의 말로 쇼코가 왜 가족과 떨어져 집에 남기로 했는지 간파한다. 곧장 현장으로 간 코난 일행은 거기서 혈흔과 교통사고가 벌어진 흔적을 발견하는데...
미츠히코가 어릴 때부터 알고 지낸 4학년 아메미야 쇼코가 등교하던 도중 사라졌다. 원래는 할아버지 장례식으로 결석할 예정이었지만, 쇼코 본인이 등교하겠다고 한 날이었다. 이와 비슷하게 교통사고로 휴직하게 된 사람 대신에 히라야마 선생님이 새로 부임하게 된다. 코난과 하이바라는 교통사고란 말에 히라야마가 검은 조직과 한패가 아닐까 하고 의심한다. 한편, 쇼코의 행방을 쫓던 도중 등굣길에 편의점에 들렀다는 걸 알게 되는데...
방과 후, 하교하려던 란은 신발장에서 러브레터를 발견한다. 내일 약속 장소로 나와 달라는 내용에 란이 못 가겠다고 하자 소노코가 대신 거절해 주겠다고 하는데 코난이 나타난다. 자초지종을 들은 코난은 안절부절못하고. 그러던 중 경관과 이야기를 나누는 한 여성을 발견하고 얘기를 들어보기로 한다. 알고 보니 유리코라는 그 여성은 란과 소노코가 다니는 학교의 졸업생이었다. 유리코가 상담하길, 최근에 누군가 집에 침입한 흔적이 보인다는데...
암호를 풀고 검은 조직을 추적한 코난 일행은 그들의 암살 계획을 수포로 돌린다. 그러나 진은 이에 개의치 않고 2차 암살 장소로 베인 B를 지목하며 다시 한번 DJ의 암살을 꾀한다. 이에 조디와 FBI 동료들은 코난의 도움을 받아 검은 조직을 계속 추적하기로 하지만 의문에 싸인 베인 B가 암시하는 장소를 찾는 것이 우선인데...
검은 조직의 암살 타깃 DJ가 도몬 야스테루라는 걸 알아낸 코난. 그의 사무소로 전화해 일정을 확인하려고 했지만 실패하고 저격 장소인 에디 P가 어딘지 골몰히 생각하다가 조디의 '이중인격자'라는 말에 힌트를 얻어 저격 장소가 하이도 공원임을 알아차리는데...
레나가 자동차로 이동하자, 코난은 아가사 박사에게 서둘러 도움을 요청한다. 하이바라 모르게 오라는 코난의 당부에도 불구하고 하이바라까지 미행에 합세한다. 코난 일행은 검은 조직의 일원들이 만나는 주차장 근처까지 들키지 않고 미행하는데 성공하고 도청기 너머로 들리는 익숙한 자동차 엔진 소리에 코난은 그 자동차의 주인이 누구인지 단번에 알아차리는데...
하룻밤 묵으면서 다음 날 범인을 잡은 코고로 일행은 서로 인사하고 헤어진다. 집으로 가는 길에 코난은 갑작스럽게 난 레나의 구두 소리로 도청기를 회수하지 않고 온 것을 깨닫고 온 길을 다시 돌아간다. 그때 코난은 낯익은 멜로디를 듣고 그 자리에 얼어붙는다. 그 멜로디는 바로 검은 조직 보스의 메일 주소인 '일곱 살 아이'였는데...
오키노 요코의 방송에 출연한 모리 코고로는 요코의 소개로 아나운서인 미즈나시 레나와 알게 된다. 레나가 최근 초인종을 누르는 장난을 치는 범인 잡고 싶다며 코고로에게 상담한 결과, 코고로, 란, 코난이 레나 집을 방문한다. 코난은 만일을 대비해 도청기 기능이 되는 발신기를 넣은 껌을 문 쪽 벽에 붙여 놓는데...
코고로는 코난을 데리고 의상 대여점에 갔다가 가장 파티 옷을 입은 패션모델 나카무라 요코와 그 일행과 만났다. 얘기를 나누던 중, 파티를 주최하는 편집장인 우메다가 사진과 함께 문자를 보낸다. 우메다의 연락을 받고 출발한 그들은 자택에서 죽어 있는 우메다를 발견하고 신고한다. 그들이 경찰 심문 때, 입을 모아 수상하다고 한 남자를 잡아 수색해 보니 주머니에서 우메다가 아끼던 귀중품이 나오는데...
코난과 어린이 탐정단은 마츠우라 하이츠라는 주택 건물 옆의 올리브 나무에서 애벌레를 구경하다가 근처에 사건이 있었다는 얘기를 듣고 현장으로 향한다. 범행 시각에 현장을 지나갔던 택시 운전기사는 범인으로 보이는 남성과 부딪혀 엉덩방아를 찧은 소년에게 정신이 팔려 범인의 얼굴을 못 봤다고 진술한다. 그 소년은 흰 야구 모자를 쓰고 있었고 마침 코난들이 다니는 테이탄 초등학교 학생이었는데...
아가사 박사의 첫사랑을 찾기 위해 엽서에 적힌 암호를 풀기로 한 코난과 어린이 탐정단. 암호를 푸는 데 난항을 겪는 코난들이 두 사람의 재회를 포기하려던 그때, 아가사가 40년 전 일을 떠올린다. 코난은 그 이야기를 토대로 암호를 풀어나가고, 마침내 만남의 장소를 알아낸다. 서둘러 간 그곳에는 모자를 쓴 한 여성이 서 있는데...
아가사 박사가 잃어버린 우편물을 찾던 코난과 어린이 탐정단은 어린아이 글씨가 적힌 엽서를 발견한다. 그건 아가사가 40년 전에 알았던 여자아이에게 온 편지였다. 엽서에는 10년 후 11월 24일에 추억의 장소에서 만나자고 쓰여 있었다. 만약 못 만나면 10년마다 그 자리에서 기다리겠다는 내용도 덧붙였다. 그리고 우연히 오늘이 바로 그 약속한 날이었는데...
경찰은 와니부치 살해 용의자로 이시토비 카즈야, 후지에 타케히코, 에즈미 에이코, 후쿠마 료스케를 지목했다. 알리바이를 역으로 조사해 보니 에이코와 료스케가 서로를 위해 허위 진술을 했다는 걸 알게 되었고 후지에는 알리바이가 확실했다. 용의자는 이시토비, 한 명으로 좁혀졌다고 생각했지만 그가 사건 당일 범행 시각에 뺑소니 사고를 일으켰다는 게 발각되며 모든 용의자가 와니부치 살해 혐의에서 벗어나게 되는데...
코고로, 코난, 란은 이즈모타이샤를 방문했다가 여관집 딸인 에즈미 에이코와 만난다. 에이코는 조만간 와니부치라는 남자와 좋아하지 않는데도 거절할 수 없는 사정이 있어 결혼하게 된다고 고백한다. 다음 날, 코난 일행은 차 안에서 경찰차를 보고 따라갔다가 에이코의 약혼자인 와니부치가 갖고 있던 비싼 검이 도난당한 것과 동시에 그가 살해당했다는 이야기를 듣는데...