그녀는 최근 누군가에게 감시당하고 있다며 그 일의 조사를 의뢰한다.인기 최고의 아이돌 오키노 요코가 탐정 사무소에 방문한다.코고로 일행은 요코와 함께 그녀의 집으로 향하는데,그들은 요코의 집에서 칼에 찔려 죽은 남자의 시신을 발견한다.한편 코난은 현장에서 누군가의 귀걸이를 발견하는데...경찰은 집주인인 요코와 며칠 전까지 여벌 열쇠를 가지고 있었던 매니저를 의심한다.
그 뒤 정보를 얻기 위해 모리 탐정 사무소에 간 코난은 코고로를 따라 딸이 유괴됐다는 집으로 간다.검은 옷을 입은 남자가 먹인 약 때문에 정신을 잃었다가 깨어난 신이치는 어째서인지 어린아이가 되어 있었다.그때 갑작스럽게 란과 맞닥트리자 그는 자신을 에도가와 코난이라 소개한다.그런데 범인을 목격한 집사의 증언이 어딘가 좀 수상한데...신이치는 아가사 박사를 찾아가 자초지종을 설명하는데,
그곳에서 두 사람은 대학 친구끼리 온 일행과 검은 옷을 입은 수상한 자들과 제트 코스터를 타게 된다.신이치는 이번 일은 사고가 아니라 살인 사건이라고 하는데...그런데 달리는 제트 코스터에서 한 남자가 목이 절단되어 사망한다.고등학생 탐정으로 이름을 날리는 신이치는 소꿉친구 란과 함께 트로피컬 랜드에 간다.
코난과, 아가사 박사, 하이바라, 어린이 탐정단은 영화 ‘스타 블레이드 6'의 시사회를 보러 간다. 입장 전, 프리랜서 사진사인 타테이 분고와 알게 되고 영화 얘길 하면서 친해진다. 그러던 중, 그의 친구 나루카와가 불러내서 잠깐 다녀올 테니 자리를 맡아 달라며 가방을 놓고 간 타테이. 코난이 타테이의 가방을 살펴보니 3년 전에 한 스타 블레이드 5의 시사회 표가 두 장이 발견한다. 심지어 표 한 장은 피로 얼룩져 있는데...
연쇄 살인강도에게 목숨을 위협당하는 신랑 신부를 대신해 그들과 생김새가 닮은 타카기와 유미가 대역을 서며 식장 상황과 하객을 살피고 있다. 그때 대역을 선 타카기와 유미에게 접근한 세 사람. 신부 마스도 레이가 말하길, 생긴 것만으로는 자신이 아는 그 사람이 맞는지 확신하기가 어렵다고 하는데. 그들은 한 가지 공통점이 있었는데, 바로 한쪽 손의 손가락을 다치거나 한 손을 내내 주머니에 꽂는 등 왼손을 가리고 있다는 점이었다. 연쇄 살인강도의 증거로 지문밖에 없었던 터라 경찰은 이 세 사람을 용의자로 지목하는데.
코고로와 란, 코난은 결혼식에 참석했다가 예식장 복도에서 턱시도를 입은 타카기와 마주친다. 그런 타카기 뒤로는 웨딩드레스를 입은 유미가 서 있다. 어떻게 된 사정인지 알 수 없었던 코고로 일행은 크게 당황한다. 그때 메구레 경부가 나타나 자초지종을 설명한다. 연쇄 살인강도에게 목숨을 위협당하는 신랑 신부를 대신해 그들과 생김새가 닮은 타카기와 유미가 대역을 서며 식장 상황과 하객을 살피고 있다고 한다. 대역을 선 타카기와 유미에게 접근해 인사한 세 사람. 그들이 수상해 신부 마스에게 얼굴을 확인해 보자고 하는데
서둘러 집에 가 보니 코타는 납치당한 뒤였다. 코고로 일행은 마사시의 지인 중에 오늘 미팅에 참가하지 않은 세 사람을 납치 용의자로 보고 그들의 집을 방문해 보기로 한다. 그러나 별다른 수확 없이 다시 집으로 와서 범인을 추리하던 도중에 코타가 돌아온다. 그때 타카기 형사가 양말이 젖은 코타를 보고는 황급히 집을 나서는데...
코고로, 란, 코난은 저녁을 먹으러 나섰다가 치바 형사와 타카기 형사와 만난다. 치바와 타카기는 치바 친구, 에모토 마사시의 주선으로 미팅하러 나왔는데 마침 그 자리에서 마사시의 누나 아야의 친구로 유미와 사토 형사하고도 마주치고 만다. 사토와 타카기는 서로를 떨떠름해 했지만, 이내 아야의 사촌 코타가 겪은 이상한 얘기에 집중하는데...
여자 친구가 실종됐다는 말은 거짓말이었다. 사실은 연인인 미츠시 아츠시라는 남자가 교묘하게 자살로 위장해 여자 친구를 살해했다는 것을 코난이 간파한다. 그러나 아직 밀실 트릭이 풀리지 않아 고민하던 중, 에이스케가 손가락을 다쳐서 반창고를 붙이며 하는 말에 힌트를 얻는다. 그 즉시, 증거까지 확인한 코난이 코고로를 잠재워 사건의 진상을 밝히는데...
미즈나시 레나와 닮은 혼도 에이스케라는 청년이 란네 반으로 전학을 왔다. 며칠 후, 코고로의 광팬이라 주장하는 에이스케가 코고로에게 인사하러 온다는 얘길 들은 코난이 아연실색하며 코고로에게 안 된다고 하지만, 이미 늦었다. 그러나 실제로 만난 그 청년이 굉장한 덜렁이라는 걸 알고 살짝 경계를 푼다. 그때, 자신의 여자 친구를 찾아 달라며 미스미 아츠시라는 남자가 탐정 사무소를 찾아오는데...
쇼코가 행방이 묘연해지기 전 들른 편의점에서 산 물건은 페트병에 든 과일 주스, 팩 우유, 휴대용 커터 칼이었다. 코난은 쇼코가 주방 용품 코너에 기웃거렸다는 편의점 점장의 말로 쇼코가 왜 가족과 떨어져 집에 남기로 했는지 간파한다. 곧장 현장으로 간 코난 일행은 거기서 혈흔과 교통사고가 벌어진 흔적을 발견하는데...
미츠히코가 어릴 때부터 알고 지낸 4학년 아메미야 쇼코가 등교하던 도중 사라졌다. 원래는 할아버지 장례식으로 결석할 예정이었지만, 쇼코 본인이 등교하겠다고 한 날이었다. 이와 비슷하게 교통사고로 휴직하게 된 사람 대신에 히라야마 선생님이 새로 부임하게 된다. 코난과 하이바라는 교통사고란 말에 히라야마가 검은 조직과 한패가 아닐까 하고 의심한다. 한편, 쇼코의 행방을 쫓던 도중 등굣길에 편의점에 들렀다는 걸 알게 되는데...
방과 후, 하교하려던 란은 신발장에서 러브레터를 발견한다. 내일 약속 장소로 나와 달라는 내용에 란이 못 가겠다고 하자 소노코가 대신 거절해 주겠다고 하는데 코난이 나타난다. 자초지종을 들은 코난은 안절부절못하고. 그러던 중 경관과 이야기를 나누는 한 여성을 발견하고 얘기를 들어보기로 한다. 알고 보니 유리코라는 그 여성은 란과 소노코가 다니는 학교의 졸업생이었다. 유리코가 상담하길, 최근에 누군가 집에 침입한 흔적이 보인다는데...
암호를 풀고 검은 조직을 추적한 코난 일행은 그들의 암살 계획을 수포로 돌린다. 그러나 진은 이에 개의치 않고 2차 암살 장소로 베인 B를 지목하며 다시 한번 DJ의 암살을 꾀한다. 이에 조디와 FBI 동료들은 코난의 도움을 받아 검은 조직을 계속 추적하기로 하지만 의문에 싸인 베인 B가 암시하는 장소를 찾는 것이 우선인데...
검은 조직의 암살 타깃 DJ가 도몬 야스테루라는 걸 알아낸 코난. 그의 사무소로 전화해 일정을 확인하려고 했지만 실패하고 저격 장소인 에디 P가 어딘지 골몰히 생각하다가 조디의 '이중인격자'라는 말에 힌트를 얻어 저격 장소가 하이도 공원임을 알아차리는데...
레나가 자동차로 이동하자, 코난은 아가사 박사에게 서둘러 도움을 요청한다. 하이바라 모르게 오라는 코난의 당부에도 불구하고 하이바라까지 미행에 합세한다. 코난 일행은 검은 조직의 일원들이 만나는 주차장 근처까지 들키지 않고 미행하는데 성공하고 도청기 너머로 들리는 익숙한 자동차 엔진 소리에 코난은 그 자동차의 주인이 누구인지 단번에 알아차리는데...
하룻밤 묵으면서 다음 날 범인을 잡은 코고로 일행은 서로 인사하고 헤어진다. 집으로 가는 길에 코난은 갑작스럽게 난 레나의 구두 소리로 도청기를 회수하지 않고 온 것을 깨닫고 온 길을 다시 돌아간다. 그때 코난은 낯익은 멜로디를 듣고 그 자리에 얼어붙는다. 그 멜로디는 바로 검은 조직 보스의 메일 주소인 '일곱 살 아이'였는데...
오키노 요코의 방송에 출연한 모리 코고로는 요코의 소개로 아나운서인 미즈나시 레나와 알게 된다. 레나가 최근 초인종을 누르는 장난을 치는 범인 잡고 싶다며 코고로에게 상담한 결과, 코고로, 란, 코난이 레나 집을 방문한다. 코난은 만일을 대비해 도청기 기능이 되는 발신기를 넣은 껌을 문 쪽 벽에 붙여 놓는데...
코고로는 코난을 데리고 의상 대여점에 갔다가 가장 파티 옷을 입은 패션모델 나카무라 요코와 그 일행과 만났다. 얘기를 나누던 중, 파티를 주최하는 편집장인 우메다가 사진과 함께 문자를 보낸다. 우메다의 연락을 받고 출발한 그들은 자택에서 죽어 있는 우메다를 발견하고 신고한다. 그들이 경찰 심문 때, 입을 모아 수상하다고 한 남자를 잡아 수색해 보니 주머니에서 우메다가 아끼던 귀중품이 나오는데...
코난과 어린이 탐정단은 마츠우라 하이츠라는 주택 건물 옆의 올리브 나무에서 애벌레를 구경하다가 근처에 사건이 있었다는 얘기를 듣고 현장으로 향한다. 범행 시각에 현장을 지나갔던 택시 운전기사는 범인으로 보이는 남성과 부딪혀 엉덩방아를 찧은 소년에게 정신이 팔려 범인의 얼굴을 못 봤다고 진술한다. 그 소년은 흰 야구 모자를 쓰고 있었고 마침 코난들이 다니는 테이탄 초등학교 학생이었는데...