스기모리 마사토라는 자유 기고가가 어린이 탐정단의 담임인 코바야시 스미코를 찾아온다. 용건은 사건 해결에 도움을 주는 탐정단을 취재하는 것. 코바야시는 아이들의 허락을 받고 취재에 응하기로 한다. 이튿날, 연락하는 것을 깜박하고 스기모리의 집까지 찾아간 코바야시와 어린이 탐정단은 얼른 취재를 마치려는 마음으로 집으로 올라갔다가 사망한 스기모리를 발견하는데.
코난과 란은 반려견 놀이터가 생겼다는 얘길 듣고 베이카 공원에 간다. 거기서 아이리시 세터 무사시의 보호자인 츠츠미 부부와 골든 레트리버 쿨의 보호자 야기사와 부부와 만나 친해진다. 그런데 며칠 후, 무사시가 사람을 물어 죽였다는 소식을 듣는다. 한편, 츠츠미 부부의 옆집에 사는 나카타니 요리코가 무사시가 자기 시어머니를 본인과 착각해 물어 죽인 거라고 주장하는데.
코고로와 코난은 사인을 받기 위해 소설가 우메즈 오사무의 집을 방문한다. 그러나 먼저 와 있던 아들 타카시가 돈을 달라며 다투는 모습을 목격한다. 집으로 돌아가는 길, 선생님이 전화를 안 받아 걱정된다며 오사무의 집으로 향하던 비서 미카미와 마주치고 동행하게 된다. 문을 따고 들어간 그곳에는 독이 든 커피를 마시고 사망한 오사무가 있었다.
코난과 어린이 탐정단은 마츠우라 하이츠라는 주택 건물 옆의 올리브 나무에서 애벌레를 구경하다가 근처에 사건이 있었다는 얘기를 듣고 현장으로 향한다. 범행 시각에 현장을 지나갔던 택시 운전기사는 범인으로 보이는 남성과 부딪혀 엉덩방아를 찧은 소년에게 정신이 팔려 범인의 얼굴을 못 봤다고 진술한다. 그 소년은 흰 야구 모자를 쓰고 있었고 마침 코난들이 다니는 테이탄 초등학교 학생이었는데...
아가사 박사의 첫사랑을 찾기 위해 엽서에 적힌 암호를 풀기로 한 코난과 어린이 탐정단. 암호를 푸는 데 난항을 겪는 코난들이 두 사람의 재회를 포기하려던 그때, 아가사가 40년 전 일을 떠올린다. 코난은 그 이야기를 토대로 암호를 풀어나가고, 마침내 만남의 장소를 알아낸다. 서둘러 간 그곳에는 모자를 쓴 한 여성이 서 있는데...
아가사 박사가 잃어버린 우편물을 찾던 코난과 어린이 탐정단은 어린아이 글씨가 적힌 엽서를 발견한다. 그건 아가사가 40년 전에 알았던 여자아이에게 온 편지였다. 엽서에는 10년 후 11월 24일에 추억의 장소에서 만나자고 쓰여 있었다. 만약 못 만나면 10년마다 그 자리에서 기다리겠다는 내용도 덧붙였다. 그리고 우연히 오늘이 바로 그 약속한 날이었는데...
경찰은 와니부치 살해 용의자로 이시토비 카즈야, 후지에 타케히코, 에즈미 에이코, 후쿠마 료스케를 지목했다. 알리바이를 역으로 조사해 보니 에이코와 료스케가 서로를 위해 허위 진술을 했다는 걸 알게 되었고 후지에는 알리바이가 확실했다. 용의자는 이시토비, 한 명으로 좁혀졌다고 생각했지만 그가 사건 당일 범행 시각에 뺑소니 사고를 일으켰다는 게 발각되며 모든 용의자가 와니부치 살해 혐의에서 벗어나게 되는데...
코고로, 코난, 란은 이즈모타이샤를 방문했다가 여관집 딸인 에즈미 에이코와 만난다. 에이코는 조만간 와니부치라는 남자와 좋아하지 않는데도 거절할 수 없는 사정이 있어 결혼하게 된다고 고백한다. 다음 날, 코난 일행은 차 안에서 경찰차를 보고 따라갔다가 에이코의 약혼자인 와니부치가 갖고 있던 비싼 검이 도난당한 것과 동시에 그가 살해당했다는 이야기를 듣는데...
코난, 하이바라, 어린이 탐정단은 아유미가 발견한 새로 지은 집을 구경하러 간다. 며칠 후, 노부부가 집을 계약했다는 소식에 코난은 의아해한다. 그 집이 노부부가 살기에는 계단이 급해 살기가 불편하기 때문이었다. 신경이 쓰인 코난은 그 집을 다시 방문했다가 노부부와 마주쳤는데 그때 또다시 뭔가 미심쩍은 느낌이 든다. 그날 저녁, 노부부가 다락방에서 망원 카메라로 탐정 사무소의 코난을 훔쳐보며 사진을 찍으며 수상한 미소를 짓는데...
13년 전, 9월 26일에 세키구치가 일하던 회사의 사장이 실종됐다는 게 밝혀지고, 세키구치는 실종 사건을 계기로 사장 자리에 앉게 되었다고 한다. 그리고 갑자기 합류한 세키구치와 함께 여행하다가 9월 29일에 아츠히로의 배가 침몰했다는 사실을 알게 된다. 코난은 란이 똑같은 잠옷을 가져왔다는 말에 힌트를 얻어 범인과 범행 수법을 알아차리는데...
코고로는 쿠니토모 가문의 집사, 아카츠카 켄조에게 악령의 저주를 풀어달라는 의뢰를 받고 코난, 란과 함께 저택으로 향한다. 집사의 말로는 수상한 카드가 온 후부터 주변에서 기묘한 일이 일어났는데 전부 ‘4일'에 벌어졌다고 한다. 그날 밤, 코고로 일행은 이전 사건들을 되짚어 보다가 모두 불길한 날인 ‘불멸일'에 일어났다는 사실을 깨닫는다. 게다가 바로 다음 날 역시 문제의 ‘4일'인 '불멸일'이었는데...
코고로는 쿠니토모 가문의 집사, 아카츠카 켄조에게 악령의 저주를 풀어달라는 의뢰를 받고 코난, 란과 함께 저택으로 향한다. 집사의 말로는 수상한 카드가 온 후부터 주변에서 기묘한 일이 일어났는데 전부 ‘4일'에 벌어졌다고 한다. 그날 밤, 코고로 일행은 이전 사건들을 되짚어 보다가 모두 불길한 날인 ‘불멸일'에 일어났다는 사실을 깨닫는다. 게다가 바로 다음 날 역시 문제의 ‘4일'인 '불멸일'이었는데...
코난과 하이바라, 어린이 탐정단은 C반의 콘노 유카라는 아이의 집으로 잉꼬를 보러 간다. 그런데 아무도 없어야 할 집에서 자신을 유카 어머니의 친구라고 소개하는 사카구치 신야가 나온다. 유카는 어째선지 사카구치에게 쌀쌀맞은 태도를 보인다. 유카는 잉꼬 '치치'를 소개하면서 아침에 봤던 모습과 미묘하게 다르다고 설명한다. 이에 미츠히코, 겐타, 아유미가 사카구치를 의심하는데...
모리 코고로를 찾아온 드라마 '명탐정 마구레' 제작 PD 이노우에 쿄코. 이노우에는 실제 겪은 사건에 대해 각본가들과 얘기를 나눠 줄 수 있냐고 제안한다. 제안을 수락한 코고로는 코난과 함께 방송국으로 갔다. 약속 시각이 되기를 기다리던 중, 이노우에한테 각본가 중 한 명인 야가미가 독을 탄 커피를 마시고 사망했다는 전화가 온다. 경찰은 커피를 타서 온 막내 각본가 코다를 의심하지만, 그에게는 혐의점이 없어 보이는데...
코난은 렌게가 꾸민 납치극임을 간파하고 란과 타마노스케와 함께 영상이 촬영된 창고로 급히 가 봤으나, 렌게는 이미 사라져 버리고 없었다. 그녀가 납치극의 공범이었던 자에 의해 정말로 유괴당한 것이라 추리한 코난은 어린이 탐정단의 도움을 받아 타마노스케와 렌게를 찾아다니기 시작하고 란은 극장에서 렌게의 대역으로 연극 무대에 오른다. 한편, 범인의 지시로 돈을 옮기던 카타오카 한시로의 비서 오오누키가 범인의 습격을 받고 쓰러진다. 코난은 그의 행동을 수상히 여겨 근방의 CCTV를 모두 돌려보고 범인의 단서를 잡는데...
이토 타마노스케가 이끄는 순회 극단이 다시 한번 코난이 사는 동네를 찾았다. 극단의 특별 공연에 출연하게 된 어린이 탐정단. 연습 도중에 카타오카 렌게의 부친이 들이닥쳐 렌게를 데려가고자 한다. 가지 않겠다고 버티는 렌게에게 단장인 타마노스케는 일단 집으로 갔다가 허락을 받고 다시 오라고 하지만, 그녀는 돌아오지 않았다. 이에 란과 코난은 타마노스케를 따라 렌게를 데리러 그녀의 집으로 찾아갔으나 렌게는 유괴된 상태로 범인이 몸값으로 거액을 요구하는 협박장을 보내왔는데...
코난과 헤이지는 젊었을 적의 한다, 호시카와, 히메미야의 사진을 보고 무언가를 눈치채고 란과 카즈하는 정전되기 전과 후로 꽃병의 그림자가 미묘하게 달랐다는 걸 떠올린다. 외부에서 침입한 범인의 범행이라고 잠정 결론이 난 뒤 창문을 닫으려 한 그때, 코난과 헤이지는 창문에 비친 자신들의 모습을 보고 범인과 범인이 쓴 트릭을 알아차리는데...
호시카와, 란, 카즈하가 2층 복도 끝에서 히메미야의 시신을 본다. 마사카게의 방에서 경찰에 신고하는 호시카와를 뒤따라간 코난은 창문이 열려 있는 걸 발견한다. 시신 옆에 있는 자료 창고는 누군가에 의해 어질러져 있었다. 자료 창고에는 미스터 마사카게의 오리지널 마술이 적힌 노트가 있다고 한다. 헤이지는 범인이 노트를 훔친 후에 자신의 모습을 본 히메미야를 죽이고 달아났다고 추리하는데...
음악가 집안의 당주, 시타라 쵸이치로의 손녀인 하스키의 의뢰를 받아 코고로와 코난, 란은 시타라 가문의 저택을 방문한다. 그런데 저택 별관에서 발생한 화재로 쵸이치로의 막냇동생이자 지휘자인 겐자부로가 사망한다. 코난은 30년 전에 사망한 차남 단지로, 2년 연속으로 사망한 겐자부로의 아내 에미와 쵸이치로의 아들 후루토, 마지막으로 사망한 겐자부로의 이니셜이 D, E, F, G의 알파벳순이라는 걸 알아차리고 살인 사건임을 의심하는데...
코고로는 의뢰 내용을 들으러 코난과 란을 데리고 음악가 집안으로 유명한 시타라 가문의 저택을 방문한다. 마침 그날은 당주 쵸이치로의 생일이었다. 당주의 손녀이자, 의뢰인인 시타라 하스키는 최근 2년간 연속으로 쵸이치로의 생일에 사람이 죽었다고 얘기한다. 아무래도 시타라 가문 삼 형제의 차남인 단지로가 30년 전에 장남 쵸이치로에게 선물한 바이올린과 연관이 있는 듯한데...