코고로가 의뢰를 받고 미행하던 히토미 쇼이치로가 베이카 호텔에서 추락사한다. 그와 같은 시각, 쇼이치로의 쌍둥이 동생인 타케히코도 자택에서 누군가에게 살해당한 채 발견된다. 우연이라고 볼 수밖에 없는 사건에 코난은 작위적인 느낌을 받는다. 한편, 타니자키라는 또 다른 남성이 사건과 관련이 있다는 것을 안 코난은 사건 경위를 곱씹다가 마침내 진상을 알아내는데...
의뢰인의 요청으로 히토미 쇼이치로를 미행 중이던 모리 코고로. 히토미가 미나미자토 카오루라는 여성을 덮치려다 실패하고 도주하던 도중에 베이카 호텔에서 떨어져 추락사한다. 그와 같은 시간, 쇼이치로의 쌍둥이 동생인 타케히코도 자택에서 숨진 채 발견된다. 경찰은 타케히코의 죽음을 강도에 의한 살인이며 두 사건은 관련 없는 우연한 사건으로 보지만, 코난은 동시에 발생한 사건이 작위적이라 느끼는데...
아파트 단지 내의 화단에서 노파가 시신으로 발견된다. '대형 폐기물' 스티커가 붙어 있는 냉장고 아래로 한쪽 손을 넣은 채로 사망하였다. 주변에는 산산조각이 난 한 화분이 있고 하늘에는 까마귀들이 날고 있다. 사건을 조사하러 출동한 경찰은 정황상 베란다에 매달려 있던 화분이 까마귀들이 장난치다가 떨어져서 사망했다고 하지만, 코난은 어딘가 미심쩍은데...
코난이 란에게 부탁을 받고 테이탄 고등학교의 유령 소동을 조사하던 중, 운동장에 갑자기 2년 전에 사망한 호사카 히데아키의 책상이 나타난다. 코난은 입구에서 교문까지 향하는 운동장에 발자국이 남아 있지 않다는 점에서 유령 소동의 범인이 아직 교내에 있다고 생각하고 있다. 마침내 범인을 특정한 코난은 마취 침을 쏴 소노코를 재우고 범인이 쓴 트릭과 사건의 진상을 밝히는데...
란의 부탁으로 테이탄 고등학교의 유령 소동을 조사하러 온 코난. 호사카와 관련한 괴담을 조사하던 중, 운동장에 난데없이 2년 전에 사망한 호사카 히데유키의 책상이 나타난다. 거기다 책상 위에는 원한의 글귀가 적혀 있고 비가 내려 질척거리는 땅에는 책상을 옮긴 사람의 발자국이 없다. 그때 갑자기 코난 일행의 이야기를 엿듣던 미술부 부원의 모노베 마사오가 호사카의 저주라고 소리치며 공포에 떠는데...
겐타가 코난, 미츠히코, 아유미에게 보여 주고 싶은 게 있다며 함께 펫 숍으로 향했으나 가게가 닫혀 있었다. 그런데 셔터는 잠겨 있지 않았다. 그때 ‘니노미야'라는 청년이 나타나 셔터를 열고 같이 안으로 들어가게 된다. 가게를 둘러보던 중 장수풍뎅이 한 마리가 기어 나온다. 이를 의심스럽게 여겨 방으로 들어간 코난이 거기서 남자의 시신을 발견하는데...
트로피컬 마린 랜드에서의 연인다운 시간을 보내야 할 데이트가 마약 거래 수사로 바뀌고 만 타카기 형사와 사토 형사. 놀이공원 폐장을 앞둔 5시 반, 마침내 코난 일행은 운반책을 발견한다. 운반책과 마약상이 접촉하는 순간을 노리던 사토와 타카기. 사토는 타카기에게 코난과 어린이 탐정단을 맡기고 마약 밀매상 야쿠라 아사키치를 체포하기 위해 접근하지만, 야쿠라는 잽싸게 사토에게 권총을 겨누고 한 발의 총성이 들리는데...
코고로와 소노코가 참석한 핼러윈 파티가 한창 무르익어 가던 도중, 갑자기 파티의 주최자가 석궁에 맞아 살해되는 사건이 발생하고 만다.흉기에 악마 카드가 꽂혀 있혀서 악마 카드를 지닌 코고로네 팀 사람들이 유력한 용의자로 떠오른다.한편 하이바라는 아라이데와 함께 병원에 가기로 하고 그를 기다리고 있었다.하지만 그녀를 데리러 온 사람은 아리이데가 아니라 조디였는데...
코고로는 'Vermouth'라는 사람이 보낸 핼러윈 파티 초대장을 받는다.그는 괴물을 무서워하는 란 대신 소노코와 유령선 파티에 참석하기로 한다.신이치 앞으로도 같은 편지가 왔고, 내용을 확인한 코난은 검은 조직의 '베르무트'가 보냈다는 사실과자신들의 정체가 들켰다는 사실을 깨닫는다.하이바라는 파티에 가려는 코난을 말렸지만, 그는 하이바라를 잠재우면서까지 파티에 참석하려 한다.
아야를 위해 사건을 해결하기로 한 란과 소노코.란이 추리에 애먹는 와중에 신이치에게 전화가 온다.란이 신이치에게 사건을 설명하고 자신이 나름대로 생각한 추리를 들려준다.신이치에게 약간의 도움을 받아 당당히 범인을 잡고 아야카를 위기에서 구한 란.그 길로 조디의 집에서 송별회 파티를 즐긴다.취한 조디를 두고 잠시 화장실에 간 란은 거울 뒤 수납장에서 수많은 도촬 사진을 발견하는데...
조디의 퇴직 소식을 들은 란과 소노코는 조디의 집에서 송별회를 열기로 한다.송별회 때 먹을 음식을 사기 위해 란과 소노코의 친구인 아야가 일하는 편의점으로 향한다.편의점에 도착해서 본 것은 점장님에게 호되게 혼이 나고 있는 아야였다.아야가 일할 때만 편의점 상품이 없어진다는 이유에서였다.이에 란과 소노코는 아야를 위해 자신들이 사건을 해결해 보기로 하는데...
디자인 회사 사장이 독살된 이 사건이 검은 조직의 음모라고 생각하는 장미와 코난, 경찰은 피해자가 혹시 외부에서 독을 몸에 묻혀서 들어오지 않았을까 의심하는데... 코난은 화장실 물을 아껴 쓰라는 사장의 잔소리가 심했다는 얘기를 듣고, 화장실 변기 물탱크 안에 무언가 숨겨져 있을 거라 생각한다. 사건을 해결하고 숨겨진 물건을 찾기로 한 코난은 박사님의 목소리를 빌어 추리를 시작한다. 범인은 사무실의 직원인 이 동희. 20년 전 독립했던 자신을 방해한 사장에게 오랫동안 앙심을 품어 왔지만, 우연히 만난 장미 언니의 순수한 얼굴을 보는 순간 나쁜 마음이 사라졌었다. 20년이 지난 다음 다시 독립하겠다고 사장에게 말하자 사장은 다시 이 동희의 기를 꺾었고 화가 난 이 동희는 결국 계획했던 대로 사장을 해치고만 것이다. 사건 해결 후 장미의 언니가 숨긴 물건을 찾아가지고 돌아오는 코난 일행. 그것은 검은 조직에 대한 정보가 아닌 장미의 엄마가 죽기 전에 장미에게 남긴 사랑의 메시지였다.
장미의 감기가 거의 낫자 브라운 박사는 아이들을 데리고 장미의 아버지와 친구 사이인 디자인 회사 사장을 찾아간다. 혹시라도 검은 조직에 대한 정보를 얻을 수 있지 않을까 기대하며 사무실에 도착한 세 사람. 그러나 사장은 이미 30년 전에 연락이 끊어진 친구에 대해 아는 것이 없다. 사무실 직원들은 20년 전 딸과 아내를 데리고 사무실을 방문했던 장미의 아버지를 기억하고 있었다. 그리고 놀라운 사실은 장미의 언니가 얼마 전에 그 사무실에 들러 화장실을 빌려 쓰고 갔다는 것. 장미와 코난은 장미의 언니가 화장실에 무언가를 숨겼을 거라 확신하고 화장실 안을 뒤져보지만 배탈 난 사장님이 문을 두드리는 바람에 중간에 밖으로 나온다. 점심 식사 거리로 사온 햄버거를 다 함께 먹는 사무실 직원들. 그런데 사장이 갑자기 괴로워하며 쓰러진다. 사인은 독살. 골롬보와 경관들이 출동하여 수사를 시작하지만 수수께끼는 좀처럼 풀리지 않는다. 코난과 장미는 검은 조직의 사람들이 사장을 독살하지 않았을까 의심한다.
경찰의 수사가 시작되고, 포르쉐 일행인 세 사람이 유력한 용의자로 지목된다. 세 사람 모두 쇼핑을 하러 갔다가 주차장으로 다시 돌아와서 각자의 차에는 손대지 않았다. 코난은 범인이 어떤 방법으로 피해자의 목을 졸랐으며, 그 흉기를 어떻게 없앴는지 연구해 본다. 포르쉐의 내부를 찍은 사진을 본 코난은 수수께끼의 힌트를 얻게 되는데... 한편 현장이 봉쇄되는 바람에 병원에 갈 수 없게 된 장미의 상태는 점점 더 심해지는데... 코난은 장미를 무사히 탈출시키기 위해서라도 빨리 사건을 해결해야 한다고 생각한다. 보라에게 마취총을 쏴서 잠재워 놓고 추리를 시작하는 코난. 범인은 파워 윈도 기능이 달린 신형 포르쉐의 주인인 김 태경 아줌마. 얼마 전 자기의 남동생을 사고로 죽게 만든 피해자에게 복수하기 위해 일부러 포르쉐를 사고 골프를 치러 다니면서 범행을 계획했다고 한다.
장미가 감기에 걸려 앓아눕자 코난은 병문안을 간다. 일요일이라 동네 병원이 모두 문을 닫아서 박사님과 코난은 어쩔 수 없이 장미를 차에 태우고 시내 백화점 안에 있는 병원을 찾아간다. 진료 차례를 기다리는 동안 요기라도 하기로 한 코난 일행은 지하 주차장에서 포르쉐 자동차가 나란히 주차되어 있는 것을 본다. 장미는 혹시 진의 차가 아닌가 불안해 하지만 그것은 포르쉐 동호회 회원들의 차였다. 곧 한 대의 포르쉐가 더 들어와 4대가 된다. 동호회 사람들은 술에 취해 자는 한 회원을 차에 남겨 두고 셋이서만 쇼핑을 하러 백화점으로 올라간다. 장미를 차에 남겨 두고 식당가로 간 코난과 박사님은 거기서 보라와 미란, 조디 선생님을 만난다. 맛집을 소개하는 텔레비전 카메라에 자신의 모습이 찍힌 것을 안 코난은 불안한 생각이 들어 서둘러 장미에게 가본다. 그때 동호회 일행 중 한 명의 비명 소리가 들린다. 차에서 자고 있던 사람이 교살당한 것이다. 코난은 박사님에게 장미를 데리고 밖으로 나가라고 하지만, 사건 현장은 이미 통제되었다. 장미를 병원으로 데려 가려면 코난이 빨리 사건을 해결해야 한다.
경찰이 출동하고 수사가 시작된다. 용의자는 범행 현장인 아파트의 비상 열쇠를 가지고 있었던 현상소 직원 세 명이다. 그 중에서도 피해자 바로 옆에서 자고 있던 홍 재만이 유력한 용의자로 지목되는데... 현장에 있던 비디오카메라에 사건 당시의 상황이 찍히긴 했지만 검은 화면에 소리만 나올 뿐이다. 그런데 범인의 인기척이 전혀 녹음되지 않았다는 점이 이상하다. 그리고 피해자의 웃옷 단추가 사라지고 보이지 않는데... 코난은 범인이 누군지 눈치 채고 골롬보 반장과 함께 범인을 가려내기 위한 연극을 꾸민다. 경찰들이 철수하고 다시 현장에 나타난 범인은 현상소 직원인 나 기철. 소중한 작품의 필름을 망친 피해자의 실수를 용서하지 못하고 범행까지 저지르게 된 것이다. 어두운 방에서도 물건에 부딪히지 않도록 형광 테이프로 미리 표시를 해두었던 것이 인기척 없이 범행이 가능했던 이유였다.
코난 엄마는 가면 사나이 극장판의 첫 시사회에 아이들을 데리고 간다. 도착한 곳은 어느 영화 현상소인데, 시사회 준비가 끝날 때까지 현상소의 여기저기를 구경하기로 한다. 약속한 시사회 시간이 되었지만 준비가 지연되서 밤 11시에나 상영이 가능하다는 소식이 코난 엄마는 난처해한다. 비행기 시간에 맞출 수가 없고 아이들을 늦게까지 집에 돌려보내지 않을 수도 없기 때문이다. 현상소 직원인 홍 재만은 자신의 아파트로 아이들을 데러가 잠깐 재우고 영화를 본 다음 차로 집까지 데려다 주겠다는 제안을 한다. 그 말에 코난 엄마는 안심하고 아이들을 맡기고 공항으로 간다. 그런데 홍 재만의 아파트는 영화 작업을 하느라 정신없이 어질러놓은 상태였다. 그날 밤, 잠시 눈을 붙이기로 한 아이들과 현상소 직원들. 갑자기 비명소리가 들려서 모두들 거실로 달려 나가본다. 소파에서 자고 있던 영업부장 최 근석이 흉기에 찔린 채 숨져 있었다.
이 와서 수사를 진행했고 정원에서 흉기로 사용된 권총, 탄피, 그을린 흔적이 있는 수건이 발견된다.에리와 유키코는 적극적으로 수사에 참여하면서 진상을 파헤친다. 한편 사정 청취를 해도 유력한 용의자가 나오지 않은 상황에서코난은 피해자의 어떤 행동이 마음에 걸리는데...
코고로는 부잣집 사모님에게 거액의 보수를 받기로 하고 의뢰를 받는다.하지만 손쉽게 해결할 거라고 생각한 사건은 어려움에 빠졌고,생각 없이 돈을 흥청망청 써 버려서 코고로는 큰 빚을 질 위기에 처하고 만다.키사키는 남편 대신 사건을 해결하기 위해 의뢰인의 집을 찾아가서 조사한다. 그러던 와중에 코난의 엄마인 유키코가 갑자기 그 집에 나타났는데...
그동안 코난은 화재 현장을 살펴보며 범인의 정체를 알아내려 하지만 모든 용의자의 알리바이가 완벽해서 어려움을 겪는다.한편 정신을 차린 란과 소노코가 잠깐 자리를 비운 사이에 잠들어 있었던 아사미가 자취를 감추고 마는데...불길을 헤치고 아사미를 구한 란은 정신을 잃고 병원에 실려 간다.