Jesse si innamora di un hacker di computer che Eckhart vuole "ingaggiare" per corrompere i canali di notizie del computer pubblico contro i Nuovi Mutanti... e a vantaggio della GSA.
Eckhart cerca un mutante in grado di assorbire energia, con il quale Brennan si lega sentimentalmente.
Molti dei misteri che circondano Mutant X vengono rivelati quando Lexa e Jesse vengono catturati dal Dominio, e la squadra, insieme ad Adam, va a salvarli.
Brennan combatte con un Guardiano della Profezia per fermare il piano del defunto mutante Ashlocke dall'oltretomba di dominare il mondo.
Mutant X deve impedire a uno scienziato di clonare le donne per usarle come schiave nel suo ultra-esclusivo club per uomini.
Quando la vita di Jesse è in bilico, Brennan deve connettersi con lui e condurlo attraverso i ricordi passati che hanno condiviso per salvargli la vita.
Scoprendo che la loro compagna di squadra Lexa è il soggetto di un esperimento segreto che la sta controllando, la squadra Mutant X dà la caccia al medico responsabile.
Brennan è costretto a tornare al suo passato criminale quando Mutant X scopre che il suo vecchio partner è coinvolto nel furto di segreti del Dominio.
Mutant X rintraccia uno scienziato disonesto mentre Shalimar si separa dalla squadra per aiutare Adam a salvare lo scienziato - e scoprire il vero cattivo.
Mentre la squadra di Mutant X combatte per recuperare una formula nascosta in una collezione di opere d'arte, Shalimar riceve informazioni vitali da una fonte misteriosa.
La squadra Mutant X viene coinvolta per aiutare una base militare che è stata infettata da una malattia mortale.
La squadra Mutant X deve fermare l'asta di una sostanza altamente letale che un certo numero di famigerati terroristi internazionali sono in lizza per acquisire.
Shalimar accetta con riluttanza di contattare il suo estraneo padre quando la squadra scopre che la sua azienda è coinvolta in test genetici e manipolazione.
La squadra aiuta l'equipaggio di una stazione di ricerca oceanica minacciata da una creatura preistorica precedentemente ritenuta estinta.
Shalimar si mette nei guai quando la squadra incontra un mutante dell'era della guerra fredda con la capacità di alterare la realtà e distruggere la mente delle persone.
La squadra lotta per contenere i poteri mutanti fuori controllo di Brennan quando mette in pericolo la missione per proteggere la figlia di un senatore.
La squadra è sulle tracce di un mutante piromane che sta causando il caos, mentre Shalimar è costretta a mettere da parte la sua paura del fuoco per salvare Emma.
La squadra interviene per proteggere un testimone principale dell'accusa la cui vita è stata minacciata prima del processo.
Durante un lavoro, Shalimar viene ferita e viene aiutata da un'altra mutante feral, Nikki, che conosceva ed era stata quasi scelta per la squadra. Mentre Shalimar si riprende, lei si offre di sostituirla.
Un mutante disincarnato si impossessa dei corpi di varie persone e si mette alla ricerca di coloro che gli hanno fatto questo. Uno di loro è un medico che piace a Shalimar.