Nell'emozionante apertura di stagione, i membri superstiti di Mutant X emergono da un'esplosione mortale per incontrare Lexa, che li fa iniziare a mettere in discussione i presupposti fondamentali del loro mondo.
Shalimar accetta con riluttanza di contattare il suo estraneo padre quando la squadra scopre che la sua azienda è coinvolta in test genetici e manipolazione.
La squadra aiuta l'equipaggio di una stazione di ricerca oceanica minacciata da una creatura preistorica precedentemente ritenuta estinta.
Shalimar si mette nei guai quando la squadra incontra un mutante dell'era della guerra fredda con la capacità di alterare la realtà e distruggere la mente delle persone.
La squadra è sulle tracce di un mutante piromane che sta causando il caos, mentre Shalimar è costretta a mettere da parte la sua paura del fuoco per salvare Emma.
Un misterioso tribunale dichiara Adam colpevole di aver cercato di dominare il mondo con i suoi super-mutanti e lo condanna a morte, spingendo il resto della squadra in missione per salvarlo.
Un mutante disincarnato si impossessa dei corpi di varie persone e si mette alla ricerca di coloro che gli hanno fatto questo. Uno di loro è un medico che piace a Shalimar.
La squadra parte per salvare Brennan, che è rimasto intrappolato in una città invisibile e rischia l'esecuzione per un crimine che non ha commesso.
Un aereo militare viene abbattuto dietro le linee nemiche, spingendo la squadra a fare un tentativo disperato di recuperare l'arma segreta del governo nascosta a bordo.
Ashlocke è alla disperata ricerca di una cura per la sua condizione mortale e si infiltra nel Santuario per ricattare Adam affinché si impossessi dell'antidoto.
La squadra si dirige nella natura selvaggia per rintracciare una bestia assassina che sta prendendo di mira gli escursionisti.
La squadra lotta per disarmare un colonnello militare che ha minacciato di scatenare un olocausto nucleare.
In un disperato tentativo di salvare la propria vita, Ashlocke fa rivivere un antico alchimista egiziano che rappresenta una minaccia letale per la squadra Mutant X.
Mutant X incontra una nuova fazione di Nuovi Mutanti chiamata Strand, guidata dal primo e potente mutante Gabriel Ashlocke.
Emma si riunisce con un vecchio amico che possiede poteri di teletrasporto. La riunione diventa però pericolosa quando Michelle cerca di consegnare Emma alla GSA.
Una giovane Nuova Mutante dal passato di Adam si presenta, cercando vendetta per la morte di suo padre.
Jesse viene coinvolto in una missione mortale sotto copertura dal suo padre estraniato, che lavora contro Eckhart.
Un vecchio amico di Brennan attira lui ed Emma in una trappola. Emma finisce per dividersi in due entità separate, una buona e una cattiva.
Una Nuova Mutante con il potere dell'invisibilità sta lavorando sia contro Eckhart che contro Adam, nonostante sia stata coinvolta con Adam in passato.
Un ragazzo che sta sviluppando nuove abilità mutanti è stato rapito e la squadra accetta di trovarlo per sua madre. Più tardi vengono a sapere che è stata lei a far rapire il figlio.