È giunto il momento di padroneggiare nuove regole e mostri che il Torneo di Battle City abbia inizio! Nel primo duello del torneo, Yugi sfida il Cacciatore Raro a riconquistare il Drago Nero Occhi Rossi di Joey.
Joey viene messo alle strette da dei Cacciatori Rari che lo costringono a un duello dove se perde, loro ottengono il suo Drago Nero Occhi Rossi! Joey tartassa i nemici con la sua armata, ma eliminare i punti vita non è l'unica via per la vittoria...
Per affrontare il futuro, Yugi deve guardare al passato! Yugi scopre di essere stato un faraone che ha salvato il mondo 5000 anni fa, e ora deve farlo di nuovo! Kaiba mette alla prova i poteri nascosti di Obelisk contro Drago Definitivo Occhi Blu!
Lo spirito del Puzzle del Millennio si rende conto che i suoi ricordi sono svaniti, ma Téa lo aiuterà a scoprire i misteri del suo passato! Ma la loro ricerca viene interrotta dal duellante ballerino Johnny Steps e dai suoi mostri musicali del rock!
L'origine di Duel Monsters è stata rivelata! Usando la magia della Collana del Millennio, lo storico egiziano Ishizu Ishtar mostra a Kaiba come si giocava a Duel Monsters millenni fa sotto forma di Gioco delle Ombre!
Yugi crolla sotto l'enorme potenza del Gioco delle Ombre. I suoi amici cercano disperatamente di incoraggiarlo, ma le loro voci non possono penetrare la sfera dell'oscurità. Le possibilità di vittoria di Yugi scivolano via, così come la sua vita!
Yugi riesce a contrastare le capacità mentali di Pegasus: passa avanti e indietro tra i suoi due spiriti separati e distrugge il mondo dei cartoni di Pegasus, ma il duello è solo iniziato. Il prossimo livello del Gioco delle Ombre sta per cominciare!
Pegasus punisce Yugi con lo stesso Mazzo Toon e capacità mentali che ha usato contro Kaiba. Quando Pegasus rivolta i mostri di Yugi contro di lui, Yugi perde la volontà di lottare. Riuscirà Pegasus a catturare l'anima di Yugi, come ha fatto con Kaiba?
Yugi si prepara per la battaglia finale contro Pegasus per liberare le anime del nonno, di Kaiba e Mokuba. Tristan e Bakura entrano nel castello in cerca dei fratelli Kaiba, ma in questo momento cruciale, Bakura sta forse ritornando a essere cattivo?
Yugi rimane scioccato quando Joey usa la carta Stregone del Tempo contro di lui, la stessa carta che regalò a Joey in segno di amicizia!
Con il suo orgoglio di duellante in gioco, Joey sfida Yugi per il diritto di affrontare Pegasus.
Dopo che il mazzo Slot Machine di Bandito Keith costringe Joey a difendersi, Joey imita la strategia di Keith per metallizzare il suo Drago Nero Occhi Rossi! Sarà vittoria assicurata, o il disonesto Bandito Keith ha un'altra carta nella manica?
Joey cerca disperatamente la carta d'ingresso per la battaglia finale, senza rendersi conto che gliel'ha rubata Bandito Keith. Mentre trova difficoltà ad accettare la cecità della sorella, una nuova amicizia si rivela utile!
Mai si è ripresa dalla sconfitta con Joey ed è diventata una duellante migliore. E Yugi ha imparato qualcosa dopo aver perso con Kaiba, o la sconfitta emotiva è ancora un peso sul suo cuore? La risposta è nelle carte!
Sotto il pesante sguardo di Pegasus, Yugi si vede distratto dal suo duello con Mai. Dopo degli errori tattici e aver dato a Mai un enorme vantaggio con il suo Draghetto delle Arpie, Yugi troverà la concentrazione o soccomberà sotto la pressione?
La notte prima della battaglia finale c'è un gran fermento! Yugi giura di spodestare Pegasus per il bene di suo nonno. Tristan guida una spedizione per scoprire i segreti di Pegasus.
Kaiba è indifeso contro il mazzo Toon World di Pegasus e la sua capacità di leggere nel pensiero. Alla fine del duello, Pegasus imprigiona l'anima di Kaiba in una carta, proprio come con nonno e Mokuba! Yugi ne ha abbastanza!
Yugi e i suoi amici entrano nel castello dove scoprono Kaiba che sta per duellare con Pegasus nel tentativo di riconquistare l'anima di Mokuba! Il potere dell'Occhio del Millennio dà a Pegasus l'abilità di leggere il pensiero degli altri.
Avendo perso i suoi gettoni contro Kaiba e l'unica opportunità di salvare il nonno, Yugi si trova in stato di shock. Riuscirà Téa a rianimare Yugi sconfiggendo Mai per i sui gettoni stellari in più e mostrare a Yugi il cuore del duellante?
Yugi cerca una strategia per sconfiggere Drago Definitivo Occhi Blu, ma deve decidere se conquistare la vittoria o risparmiare la vita di Kaiba. Il cuore di Yugi è diviso in due!