Esteban est monté à bord de l'Esperanza. Il fait alors la connaissance de Zia, une jeune inca, capable de lire les quipus. Mais les enfants sont rapidement découverts.
Barcelone, 1532, Esteban, 12 ans, apprend qu'il est un enfant trouvé en mer par un certain Mendoza. A la suite de la mort du père Rodriguez, son tuteur, il décide de partir à la recherche de ses origines.
Philippidès, amnésique après un coup des rats, oublie qui a gagné Marathon. La panique gagne le poulailler, mais Carmen lui fait revivre le piège pour retrouver sa mémoire. Philippidès repart annoncer la victoire. Puis un cochon manipulateur prend le pouvoir, s'allie aux rats, mais Carmen mène la résistance !
Les enfants découvrent une légende médiévale et jouent aux chevaliers. Une dispute éclate entre Messire Godefroy (Blaise) et le Fou de la Reine (RNS), menaçant un duel. Lulu, la Reine, essaie de les réconcilier. Par ailleurs, Lulu, connue pour ne pas garder les secrets, doit cette fois garder celui que lui confient les belettes : RNS est amoureux d'elle.
Grabouillon décore un gâteau avec des bonbons et s'enfuit, Pétunia s'inquiète. Bagout fait un feu interdit, et Grabouillon le propage par accident, mais une pluie les sauve. En hiver, Grabouillon perd son téléphone dans la neige, qu'il retrouve grâce à la sonnerie. Une expérience ratée avec de la pâte à sel envahit la cuisine.
Coda s'écrase sur le toit d'un hôpital et tombe sous le charme d'une infirmière. Pour échapper à un médecin jaloux, il sème le chaos. Lors d'un pique-nique, il suit un écureuil à deux têtes jusque dans une centrale nucléaire. Il embarque ensuite clandestinement dans une fusée vers la station spatiale. Au cinéma, il rencontre un pingouin malchanceux et décide de l'aider.
Lulu et ses amis trouvent une boule de cristal dans l'atelier de Brico et croient qu'elle donne au castor le pouvoir de se dédoubler. Ils veulent l'essayer. Lulu rêve que Rien-Ne-Sert et Frou-Frou sont amoureux, puis entend leur rendez-vous secret. Jalouse, elle convainc Blaise d'agir. Mais ils surprennent les deux en train de réparer une bêtise.
C'est l'élection des Miss Zoo : Autruche, Grue, Cigogne. L'Autruche a la tête verte, sa laque remplacée par de la peinture. Qui est responsable ? Sherlock, lui, a les cheveux roses à cause d'un shampoing raté. L'éléphant, arroseur des voisins, voit sa trompe bouchée par deux bananes. Hermine est agacée par le désordre de Sherlock, qui ne retrouve plus rien.
Le soleil ne se lève plus et Pitikok est accusé d'incompétence. La révolte gronde au poulailler, poussée par Bang Coq. Carmen part chercher l'astre disparu et découvre une montgolfière en forme de soleil ! Plus tard, un âne braillard rejoint le poulailler. Rejeté puis héroïque face aux rats, il révèle sa vraie identité : Pinocchio !
Les Moonsliders sont en crise : l'ours Bipol, bloqué du côté « mécontent » de son masque, empêche la fabrication de glaces. Marcus, enrhumé et grognon, doit l'affronter avec l'aide d'Ephi et Gratrok pour gagner un fragment de miroir. Puis, Marcus cache sa peur du bobsleigh, mettant la mission et ses amitiés en danger face à Vipkrad.
Bagout trouve un cerf-volant que Grabouillon veut attraper, mais il s'envole sur le toit. Après des péripéties, Grabouillon tombe dans les orties. Ils essaient une tyrolienne, puis gonflent une piscine qui explose. Privés de télé, ils récupèrent un poste, mais Bagout, en voulant brancher l'électricité, est interrompu par une guêpe.
L'Otarie, grand tricheur, se fait voler ses mises en caviar lors d'une soirée avec Pélican et Tortue. Qui est le coupable et comment ? Pendant ce temps, Hermine teste un nouvel appareil, DAVE, qui s'avère inutile. L'Oiseau de Paradis découvre son dernier portrait barbouillé. Suspects : Marabout, Caméléon ou Hyène. Sherlock oublie l'anniversaire d'Hermine.
De pirate à roi Arthur, de Chicago à la banquise, Coda vit mille vies ! Il sauve un marin, enflamme un pirate, arrache Excalibur avant de suivre Arthur à Camelot, croise Al Capone en quête d'alcool pour sa soucoupe, et finit avalé par une baleine en Arctique. Rien ne l'arrête… sauf peut-être la malchance. Survivra-t-il à ce voyage à travers les âges ?
Lulu et ses amis trouvent un œuf abandonné. Après avoir cherché ses parents sans succès, ils décident de s'en occuper à tour de rôle. Mais lorsque Belotte et Rebelotte doivent le garder, l'œuf disparaît.Chante-Faux, le jeune rossignol, s'entend très bien avec Lulu. Ils deviennent de bons amis ce qui rend Rien-Ne-Sert jaloux. Une dispute éclate entre lui et Lulu. Comment vont-ils se réconcilier ?
Marcus réussit à prendre le fragment dans la tour maudite, mais l'ennemi s'empare de son épée Alkalone. Pour la sauver, il doit s'allier à l'ennemi, ce qui inquiète Ephi et Gratrok. Ensuite, Marcus doit lever la malédiction des mines de Chocobongo, infestées d'escargots-zombis détestés, avec l'aide de ses amis.
Enlevés par Marie-Antoinette, Carmélito et Bélino sont prisonniers au Hameau de la Reine. Grâce à sa catapoulte, Carmen les libère avec tous les animaux ! Plus tard, Carmélito, rejeté pour son chant, rencontre Mozart. Ensemble, ils réparent un clavecin et perfectionnent le chant du petit coq. Un concert héroïque repousse même les rats voleurs d'œufs !
Grabouillon défie Bagout dans une course folle avec la Taupe, l'Abeille et le Hibou. Son cousin Gonzague arrive et réconcilie les amis en chantant. Malgré les conseils, Grabouillon cherche une source en plein soleil et fait un malaise. Jaloux que Bagout dorme dans sa niche, il détruit son igloo, puis le sauve des décombres.
Lulu, la tortue intrépide, explore la nature avec ses amis : Rien-Ne-Sert, Belotte, Rebelotte, Frou-Frou, Blaise et Ni-Oui. Ensemble, ils vivent des aventures, découvrent la nature et apprennent la vie en communauté. Le vieux Hibou Qui-Sait-Tout rejoint la bande pour leur ouvrir un nouveau terrain de jeu : la lecture dans son arbre-bibliothèque.
Coda échoue sur une île où une pierre magique, source d'énergie, le transforme en lapin, écureuil, éléphant… Mais il pourrait bien provoquer la disparition de l'Atlantide. Dans une ville rongée par le crime, il bidouille un automate devenu incontrôlable. À la fourrière, il galère pour récupérer sa soucoupe. À Rhodes, le colosse de bronze cache sa nouvelle soucoupe.
Les enfants trouvent une carte au trésor dans la classe. Ils décident de partir à sa recherche. Très vite cela devient une vrai compétition entre deux équipes : l'une menée par Lulu, l'autre par Rien-Ne-Sert...Lulu entraîne ses copains dans une sortie nocturne pour observer les étoiles, mais les copains font tout pour rentrer chez eux au plus vite, au grand dam de Lulu.