Levantándose de los escombros de su antigua base, el Dr. Eggman revela su nuevo acorazado, el Fuerte de los Huevos, y ataca la Plaza de la Estación. Sonic se enfrenta a su némesis una vez más en X-Tornado.
Donkey Kong encuentra un plátano dorado dentro del templo de Inka Dinka Doo y se lo da a Candy, pero el plátano contiene una maldición que causa estragos para quien lo guarde y trae mala suerte a la isla.
Sonic decide llevar a su nueva amiga Helen a recoger flores en lugar de asistir a la fiesta del presidente a la que fue invitado. ¡El ayudante del presidente responde enviando una unidad militar para capturar a Sonic!
Cuando el rey K. Rool y sus compinches incriminaron a Donkey Kong por haber hecho algo malo con sus amigos, funcionó incluso mejor de lo que esperaban Cranky destierra a Donkey Kong a las Montañas Blancas, y Diddy lo reemplaza para convertirse en el futuro gobernante.
Sonic salva a Tails y Chris de E-51 mientras Eggman se lleva la Chaos Emerald. En la base de Eggman, Knuckles aparece y ayuda a Rouge a colocar explosivos, ¡pero terminan atrapados!
Donkey Kong, Diddy y Funky encuentran un mapa y pronto, todos quieren obtener el tesoro implícito. Todos se embarcan en una búsqueda del tesoro y luchan por conseguirlo.
Tails y Chris descubren la tercera Chaos Emerald en un campo y vuelan hacia ella en el X-Tornado, ¡pero Eggman y E-51 los alcanzan y los atrapan! Mientras tanto, Rouge y Topaz lanzan un ataque contra la base de Eggman.
Kaptain Skurvy y su tripulación invaden la isla Kongo Bongo y mantienen a Donkey Kong y Diddy en su barco e intentan robar el coco de cristal.
El presidente planta una esmeralda falsa para tratar de atraer a Sonic, pero Rouge muerde el anzuelo en su lugar. Ella termina siendo contratada por el Gobierno para buscar dentro de la base de Eggman con otro agente, Topaz. Su búsqueda iba bien, ¡hasta que se encontraron con el E-70!
Cranky crea una poción juvenil, para que él mismo pueda cuidar del Coco de Cristal. Donkey Kong lo bebe accidentalmente, lo que lo convierte en un bebé simio.
