Unter der Altstadt von Central City erstrecken sich die Ruinen einer riesigen Stadt. In einem der Gebäude treffen Hohenheim des Lichts und Dante aufeinander. Die beiden sind seit 400 Jahren karmisch miteinander verstrickt, seit dem Tag, an dem ihnen endlich jenes Experiment glückte.
In Resembool, wo Ed und Al sich verstecken, taucht ein Mensch auf, mit dessen Erscheinen sie nie und nimmer gerechnet hätten. Es ist Hohenheim, der Vater der beiden, der vor über zehn Jahren das Haus verlassen hatte und spurlos verschwunden war.
Die Bewohner Reols sind verwirrt, denn sie haben ihren Anführer verloren. Archers Truppe nutzt die Verwirrung aus und marschiert in die Stadt ein. Währenddessen will Scar versuchen, den Stein der Weisen zu komplettieren.
Jugendliche, deren übermenschliche Fähigkeiten erwacht sind, erheben sich gegen Krieg, gegen Amerikaner und Staatsgewalt. Als bekannt wird, dass auf den Ogasawara-Inseln - von den USA und Japan autorisiert - Versuche mit Übermenschen durchgeführt worden waren, erheben sich die Studenten und veranstalten eine Großdemonstration in Shinjuku - mit dem Ziel einer Revolution.
In Sapporo wurden Ärzte und Krankenschwestern ermordet. Im Zuge der Ermittlungen des Strange Power Risk Management Offices stellt sich heraus, dass in dem Krankenhaus Versuche mit Übermenschen durchgeführt worden waren. Was war das Motiv des Hauptverdächtigen, Dämonenschwert Claude?
Gleichzeitig mit der Rückgabe der Ogasawara-Inseln legt das moderne U-Boot der US-Marine, die Antales, in Yokosuka an. Im Hafen haben sich Studenten bei einem Konzert versammelt. Die im Publikum befindlichen extremistischen Übermenschen beginnen mit ihren Protesten, als ein Übermensch, der sich Dämonenschwert Claude nennt, in Aktion tritt: Mit einem Schwert spaltet er das U-Boot.
Infernal Queen - eine fanatische Organisation, die alle, die sie dem Bösen zuordnen, gnadenlos umbringt. Ihr überlegenes IQ-Schiff fliegt nach Japan, um ihre eigenmächtig ausgesprochenen Todesurteile zu vollstrecken. Da der Anführer dieser Organisation genauso aussieht wie Hyoma, meldet sich der maskierte Einheitsanführer des Sicherheitsbüros, Shakko, bei der Abteilung Übermensch.
Die 6-köpfige Familie um Hausfrau Sanae Hatakeyama lebt im Gebäude des Antiquitätenladens "Morinoya". Sanaes Ehemann Minoru wurde im Krieg von den Amerikanern als 1. japanischer Kriegsgefangener festgenommen und ist seit fast 30 Jahren nicht mehr zurückgekehrt. Die Hatakeyamas wirken wie eine normale Familie, doch überleben sie den von einer Chemiefabrik verursachten Großbrand unbeschadet.
Das von Yumihiko Otonashi angeführte Detektiv-Team BL lehnt eine Registrierung als Übermenschen ab. Mit dem mächtigen Roboter Gigander Seven auf seiner Seite geht das Team Fällen nach, bis Yumihiko eines Tages eine Diebstahlsankündigung zugetragen wird: Der bösartige Übermensch Luziferauge kündigt an, die "Halbmondkanone" des Übermenschen Regenbogenritter zu stehlen.
Übermensch Judas alias Hikaru Misumi, einst ein Mitglied der Diamantenfresser, einer Bande, die sich auf bewaffnete Raubüberfälle spezialisiert hat, wird von dem menschlichen Satelliten Earth-chan besiegt - und gelobt Besserung. Nachdem Hikari aus der Haft entlassen und in der Abteilung Übermensch registriert wird, beschließt er, fortan für die Belange von anderen Jugendlichen einzutreten.
Die populäre Comedy-Band "Mountain Horses" tritt im Juni des Shinka-Jahres 41 als Vorgruppe der "Gruppe der Vier" in der Budokan-Konzerthalle in Tokyo auf. Mit Beginn des Auftritts des Hauptakts erklingt eine Musik, welche eine geradezu befreiende Wirkung auf die jugendlichen Zuhörer hat. Die Frage stellt sich, ob die Gruppe der Vier übermenschliche Kräfte besitzt.
Nachdem die USA Weltraummonster als Abschreckungswaffen einsetzen, folgen andere Länder diesem Beispiel. Die Frage stellt sich, ob die nicht kontrollierbaren Monster auch friedlich genutzt werden können. Vor dem Hintergrund der skeptischen Einstellung der Bevölkerung gegenüber den Monstern erhalten die Gegner der militärischen Nutzung von Monstern immer größeren Zulauf.
McCray, ein alter Schulfreund von Diego, kommt nach San Tasco, weil er ein Buch über Zorro schreiben will. Zuerst befragt er die Arme, doch schnell erkennt er, dass diese der „bösen Seite“ angehört. Bald findet er heraus, dass Diego hinter der Maske steckt. Als Diego aber ins Gefängnis geworfen wird, weil die Armee in ihm Zorro vermutet, hilft McCray seinem Freund.
Eine junge Magierin kommt mit ihren Großvater in die Stadt. Gemeinsam legen sie einen Auftritt im örtlichen Kasino hin. Bei einem der Tricks scheint sich der alte Mann in Luft aufzulösen, doch offensichtlich ist er tatsächlich verschwunden. Die Magierin ist verzweifelt. Am nächsten Morgen stellt sich heraus, dass jemand das Kasino bestohlen hat.
Diego trifft Teo, einen alten Schulfreund aus Spanien, der den Auftrag hat, hier in Mexiko Zorro zu finden und zu töten, auch wenn er es eigentlich gar nicht will. Als Diego herausfindet, dass Teo gekommen ist, um Zorro zu töten, findet Teo heraus, dass es sich bei Diego um Zorro handelt. Teo fordert von Diego, nie wieder als Zorro aufzutreten, damit er ihn nicht töten muss.
Ein Fremder kommt in die Stadt und stellt sich als Emilio Esparada vor, der Sohn des spanischen Herzogs. Lolita glaubt, dass Emilio in Wahrheit Zorro sei und freut sich, als Emilio Interesse an ihr zeigt. Kurz darauf wird Lolita gekidnappt und Emilio bietet an, das Lösegeld, das Don Carlos und Don Alejandro de la Vega gesammelt haben, den Kidnappern zu übergeben.
Nach einer langen Reise auf hoher See erreicht Columbus endlich seine Heimat. Er und seine Leute werden freudig empfangen.
Nachdem die Seeleute einen Fort auf der Insel errichtet haben, macht sich Columbus auf den Weg zurück nach Spanien.
Die Suche nach Gold geht weiter: Columbus und seine Crew bereisen Insel für Insel.
Columbus kann eine bevorstehende Revolte seiner Matrosen verhindern. Nach anstrengenden Tagen auf hoher See stoßen sie endlich auf eine Insel.