Der Superroboter NUTS wird aus Amerika importiert, um die Überwachung der Übermenschen zu verschärfen. Das Auftauchen eines Superroboters indes, der von normalen Menschen gesteuert wird und übermenschliche Kräfte entfaltet, verändert das Image der Übermenschen entscheidend.
Die Abteilung Übermensch soll nach einem Soldaten fahnden, der aus einer US-Militärbasis geflohen ist. Jiro, der den militärischen Einsatz von Übermenschen als unethisch kritisiert, versucht gemeinsam mit Raito, diesen Soldaten - Jonathan - in seine Heimat zurückzubringen.
In einem Eisberg in der Antarktis wird ein Körper gefunden, der sich als derjenige der Kage Koma entpuppt, die in der Edo-Periode als Schwertkämpfer Eisenmaske gegen das Böse kämpfte. Nach ihrer Wiedererweckung versucht sie, Jiro Hitoyoshi zu töten, über den ihr von der Teito-Agentur gesagt wurde, dass er der Drahtzieher des Bösen sei.
Der verwitwete Angestellte Ichiyu Wakamura, der mit seiner kleinen Tochter Yuko zusammenlebt, verwandelt sich im Angesicht des Todes in den Übermenschen Menschenmann. Ichiyu entschließt sich, seine Aktivitäten als Übermensch fortzusetzen, als er sieht, wie begeistert seine Tochter von dem Auftritt eines Übermenschen ist, der für die Gerechtigkeit kämpft.
Um die als Menschenhasserin bekannte Yokai-Dämonin Devira aufzusuchen, macht sich Emi auf, in die Tiefe des Untergrunds hinabzusteigen. Währenddessen taucht Deviro, Deviras Bruder, in Shinjuku auf und beginnt mit poetischen Wörtern, die Herzen der Passanten zu manipulieren.
Eines Tages taucht ein anderer Zorro in der Stadt auf. Diego und Bernard finden heraus, dass unter der Maske ein eigensinniges Mädchen namens Alicia steckt. Sie ist eine Meisterin in der Fechtkunst und will durch ihr Auftreten als Zorro darauf aufmerksam machen, wie gut sie ist. Als sie eines Tages gegen Vandalen der Indies Trading Company kämpft, nimmt man sie gefangen.
Als es tagelang regnet, muss der Landbesitzer Don Lucas mit vielen Helfern – auch Diego ist dabei - Dämme bauen, um seine Ernte zu schützen. Ausgerechnet jetzt kommt ein Fremder in die Stadt, der Don Lucas einen alten Schuldschein unter die Nase hält und auf sofortige Bezahlung drängt. Don Lucas, der momentan kein Geld wegen der Überschwemmungen hat, kann die Rechnung nicht begleichen.
Extrem motiviert treten die Rebellen zum Testspiel gegen die stärkere Mannschaft der Misushima Mittelschule an. Anfangs läuft alles rund, bis Midori immer häufiger im Alleingang das Spiel gewinnen will. Um das Blatt zu wenden, schlägt Mila vor, gemeinsam mit Midori eine Angriffsdoppelspitze zu bilden. Mit diesem taktischen Trick verwirren die Mädels den Gegner und gewinnen das Match.
Die Rebellen müssen sich auf einen neuen Trainer einstellen. Herr Hongo nimmt die Mädchen gleich so hart ran, dass einige von ihnen das Handtuch werfen. Um sie bei der Stange zu halten, macht der neue Coach einen Vorschlag. Ein Testspiel gegen ein anderes Team soll entscheiden, ob er die Mannschaft weiter trainiert. Falls die Rebellen das Match gewinnen, tritt er von seinem Amt zurück.
Mila bekommt eine neue Mitschülerin. Midori spielt super Volleyball und ist deshalb ein Gewinn für die Mannschaft. Doch kaum ist Midori eingetreten, will sie auch schon Mannschaftskapitän werden. Um ihr Ziel zu erreichen, verbreitet sie gemeine Lügen über Mila. Midori schafft es, die Mädels gegen ihre Konkurrentin aufzubringen. Nur Kashiwagi und Katsuragi halten zu Mila.
Das erste Spiel gegen die Volleyballmannschaft mit Spielführerin Katsuragi steht an. Bereits nach wenigen Minuten sieht es schlecht aus für Mila und ihre Mitspielerinnen. Doch dank eines taktischen Tricks gelingt es Mila das Spiel zu drehen. Milas Mannschaft gewinnt und Katsuragi macht ein verblüffendes Angebot: Sie schlägt vor, die beiden Mannschaften zusammen zu legen.
Mila und ihre Freundinnen trainieren verbissen für das bevorstehende Volleyballmatch. Bald sind erste Verluste zu beklagen. Als die Volleyballerinnen das Gerücht in die Welt setzen, dass Mila von ihrer ehemaligen Schule geflogen ist, wollen ihnen die Rebellen eine Abreibung verpassen. Doch Mila greift vermittelnd ein.
Die 12-jährige Mila Ayuhara kommt neu an die Fujimi Junior Highschool. Schnell schließt sich das Mädchen den „Rebellen“ an – einer Gruppe Schülerinnen, die Schwierigkeiten hat, sich unterzuordnen. Das absolute Feindbild der Rebellen ist die Schul-Volleyballmannschaft. Bei einer hitzigen Auseinandersetzung fordert Mila die Volleyballerinnen zu einem Spiel heraus.
Das große Sportfest in Konoha findet statt und Lee will unbedingt gewinnen. Dabei sind so geniale Disziplinen wie von jemandem etwas leihen und das Highlight, der Reiterkampf. Lee hat Schwierigkeiten damit, Sensei Guys Worten zu folgen: Hab Selbstvertrauen, dann gewinnst du garantiert. Am Ende muss Lee einsehen, dass er ohne die Unterstützung seiner Freunde nicht gewinnen kann.
Da Konohamaru glaubt, dass eine schwierige Prüfung im Nahkampf bevorsteht, bittet er Lee ihn im Taijutsu zu unterrichten. Wie sich herausstellt ist diese Prüfung allerdings eine Vorsorgeuntersuchung, bei welcher sie unter anderem auch eine Chakraprobe abgeben müssen. Als Diebe dieses Chakra stehlen wollen, kann Konohamaru unter Beweis stellen, was sein Training wert war.
Sensei Guy wird als Triebtäter beschuldigt. Obwohl er den Fall leicht aufklären könnte, überlässt er es Lee, damit er dem Geheimnis eines neuen Angriffs auf die Spur kommt. Danach ist Lee sehr beeindruckt von Sensei Kakashi. Er wendet sich von Sensei Guy ab, um Kakashi nachzueifern. Doch bei einer Mission geht etwas schief und Lee muss erkennen, dass Sensei Guys Weg für ihn der richtige ist.
Lee hat es satt immer gegen Neji den Kürzeren zu ziehen. Also macht er mit Naruto ein Spezialtraining, um Neji in einer Woche zu besiegen. Das Ergebnis kann sich sehen lassen, auch wenn Neji immer noch die coolere Unterwäsche trägt. Danach versucht Tenten aus Lee und Neji echte Gentlemen zu machen. Doch vergebens. Schließlich begreift sie, dass sie keine dämlichen Kerle braucht. Oder doch?
Lee ist in Sakura verknallt. Doch wie soll er ihr Herz gewinnen? Tenten gibt ihm ein paar Tipps, die er direkt in die Tat umsetzen will. In der zweiten Hälfte schlägt Tenten vor, einen klassischen Liebesbrief zu schreiben. Gesagt getan, doch nun muss Sakura ihn auch noch lesen. Aber was ist das? Sie scheint einen Brief von einem anderen bekommen zu haben.
Mii bittet Lee darum sie und ihre Familie vor einer Bande zu beschützen. Allerdings muss sie schon bald feststellen, dass Lee nicht der Held ist, den sie sich vorgestellt hat… In der nächsten Mission müssen sie für eine reiche Dame einen ganz besonderen Baumkuchen beschaffen. Da Naruto aber mit demselben Auftrag unterwegs ist, entbrennt schon bald ein Wettkampf um den letzten Kuchen.
Ed ist fest entschlossen, gegen die Homunkuli zu kämpfen. Und so wendet er sich an Izumi, um von ihr etwas zu bekommen, mit dem er Wrath bekämpfen kann. Währenddessen begibt sich der alleine zurückgebliebene Al an einen Ort, an dem er alles über die richtige Gebrauchsweise des Steins der Weisen zu erfahren hofft: zum Versteck Shou Tuckers.