Ed und Al kehren wegen einer Auto-mail-Reparatur nach Resembool zurück, und zwar mit Major Armstrong als Geleitschutz. Auf dem Zettel, den Ed von Marcoh heimlich zugesteckt bekam, ist der Ort notiert, an dem Forschungsunterlagen über den Stein der Weisen versteckt sein sollen: Im ersten Nebengebäude der Zentralbibliothek. Endlich haben Ed und Al einen Hinweis erhalten.
Ein Jahr nach Kurohs Verschwinden suchen Kuroh und Neko fieberhaft nach ihm. Sie treffen auf Anna und Rikio aus dem roten Clan und werden Zeugen, wie Anna vom grünen Clan entführt wird. Die Beiden helfen den verstreuten Mitgliedern des roten Clans, das kleine Mädchen zu retten und hoffen bei dieser Mission, Informationen zu Shiros Aufenthaltsort zu bekommen.
Am Ende des 18. Jahrhunderts gehörte Kalifornien den Spaniern. Die kalifornische Bevölkerung wurde von der spanischen Armee tyrannisiert und von den Soldaten aufs Grausamste ausgebeutet. Die Menschen konnten nichts dagegen tun. Es blieb der Traum von Freiheit. Doch wer würde diesen Traum wahr werden lassen? Auf dem Seeweg nähert sich ein Freund der Gerechtigkeit dem Festland...
Das Spiel, zu dem sie von Chlammy herausgefordert wurden, war kein gewöhnliches Schach. Shiro die Anfangs behauptet hatte, dass Schach wie ein einfaches Tic-Tac-Toe-Spiel sei und sie daher nicht verlieren könnten, wird von Chlammy relativ schnell geschlagen. Bevor „Blank“ das Spiel verliert, übernimmt Sora die Kontrolle.
Chlammy Zell ist das Mädchen, das beim Turnier um die Wahl des nächsten Königs von Elkia mit schier überwältigendem Glück gewonnen hat und nun in die nächste Runde vorgerückt ist. Noch dazu wurde auch Steph von ihr besiegt und hat somit die Qualifikation, der nächste König zu werden, verloren...
Sora und Shiro haben sich wegen Teto in die andere Welt begeben, in der Gewalt und Kriege verboten sind und alles durch Sieg oder Niederlage in Spielen entschieden wird. Jedes Spiel wird gemäß der „Zehn Gebote“ bestritten, die von Teto festgelegt wurden. Von den 16 Rassen (die „Exceed“), die in der anderen Welt leben, ist die schwächste die menschliche Rasse namens „Imanity“.
Sie sind „NEET“ („Not in Education, Employment or Training“) und „Hikikomori“ („Menschen, die sich in ihrem Zimmer einschließen und den Kontakt zur Gesellschaft auf ein Minimum reduzieren“), also junge Menschen, die die Schule bzw. Ausbildung verweigern und sich am Rande der japanischen Gesellschaft befinden…
Nagisa hat endlich ihren Schulabschluss geschafft und arbeitet jetzt in einem Café. Um Nagisa in ihrer Arbeitsuniform zu sehen, schleichen Akio und Tomoya heimlich in das Café. Nagisa erhält eine Nachricht, die ihr Leben auf einen Schlag verändert.
Tomoya möchte um Nagisas Hand anhalten. Dafür muss er sich in einem Baseballmatch gegen Akio beweisen. Akio ist ein erfahrener Spieler und somit ein harter Gegner. Für ein gemeinsames Leben mit seiner Liebsten, muss Tomoya alles geben!
Tomoya soll in eine andere Firma versetzt werden, wo er mehr verdienen kann. Davon ist Tomoya zunächst nicht begeistert, hatte er doch gehofft, in seiner jetzigen Firma Karriere machen zu können. Sein Chef kann ihn in einem Gespräch überzeugen, bis plötzlich ein ehemaliger Kollege seines Vaters anruft...
Zu Kotomis Geburtstag gelingt es, den Garten wieder herzurichten. Kotomi geht wieder in die Schule, wo sie auf einen ehemaligen Kollegen ihrer Eltern trifft, der eine Überraschung für sie hat...
Tomoya und Kotomi kennen sich noch von früher. Als sie ihm erzählt, dass ihre Eltern vor Jahren gestorben sind, will er ihr helfen. Dabei kommt die eine oder andere Erinnerung ans Licht...
Die Gruppe um Kotomi wächst. Kyou, Ryou, Nagisa und Tomoya verbringen immer mehr Zeit mit ihr. Alles scheint gut, doch das ändert sich, als sich am nächsten Tag ein Bus überschlägt.
Kotomi hat sich eine Geige ausgeliehen. Doch sobald sie zu spielen anfängt, zerbrechen Scheiben und allen schmerzen die Ohren. Trotzdem organisiert Kyou ein kleines Konzert für sie.
Tomoya beschließt, Kotomi zu helfen. Sie ist zurückgezogen und braucht Freunde. In der Schule fragen sie so viele Schüler, wie sie können. Doch plötzlich jemanden Geige spielen. Kotomi ist sprachlos.
Eine Hochzeit steht vor der Tür. Nagisa, Tomoya und Fuko verbringen die Nacht in der Schule und feiern eine Feier zu Ehren der Hochzeit. Doch als sie am nächsten Tag aufwachen, ist etwas anders.
An der Nautischen Akademie werden diejenigen ausgewählt, die an zukünftigen Seeexpeditionen teilnehmen dürfen.
In Lissabon trifft Columbus seinen Bruder Bartholomeo wieder, der dort als Kartograf sein Geld verdient.
Columbus überlebt den schweren Schiffsbruch und erreicht das Dorf von Lagos, wo er Zuflucht in einem Mönchskloster findet.
Lee und seine Freunde müssen bei einem Campingtrip beweisen, dass sie auch in der Wildnis überleben können. Diesen Sommer ist Sensei Guy für den täglichen Frühsport mit Radiobegleitung verantwortlich. Da aber alle bis auf Lee, Neji und Tenten von seiner impulsiven Art überfordert sind, lässt sich keiner blicken.