Die Großoffensive der Armee gegen die subversiven Elemente im Devil's Nest geht weiter. Während Archers Soldaten Greeds Chimären eine nach der anderen erschießen, wird Greed immer mehr in die Ecke getrieben: Verraten von Kimbly und Tucker wird er auch noch von Lust und Gluttony angegriffen.
Im Haus von Dante (Izumis alter Lehrmeisterin) wird Al von Greeds Chimärentruppe angegriffen und verschleppt. Sie bringen ihn in ihre Operationsbasis, die Kneipe „Devil's Nest“ außerhalb der Stadt, wo Greed den gefangenen Al nach dem Geheimnis des ewigen Lebens ausfragt.
Wrath heißt der Junge, der nun Eds verlorene Gliedmaßen – den rechten Arm und das linke Bein – sein Eigen nennt. Er ist ein Homunkulus, der bei Izumis vor längerer Zeit missglückten menschlichen Transmutation geboren wurde. Weil Wrath ein Mensch werden möchte, greift er Ed an, um ihn auch noch die restlichen Teile seines Körpers abzunehmen.
Der rätselhafte Junge mit dem Ouroboros-Zeichen ist der Auslöser für eine Konfrontation zwischen Kimbly, den Elric-Brüdern und Izumi im South Hauptquartier. Währenddessen führt Roy auf Befehl des Generalmarschalls seine Truppen zum Slum bei Kishua, um Scar festzunehmen.
Ed, Al und Winry erreichen Rush Valley, das Mekka der Auto-mail-Produktion. Beim Anblick all der Auto-mail-Werkstätten in der Stadt gerät Winry ganz außer sich vor Freude. Beim Auto-mail-Armdrück-Wettbewerb, Rush Valleys Hauptattraktion, lernen die drei das Mädchen Paninya kennen, die in der Stadt lebt und statt eines Arms und beider Beine Prothesen trägt.
Nachdem Ed und Al im fünften Forschungsinstitut die Wahrheit über den Stein der Weisen erfahren haben, gehen sie auf die Suche einer anderen Methode, um ihre ursprüngliche Körper zurückzuerhalten. Um eine solche Möglichkeit ausfindig zu machen, beschließen sie, Central City zu verlassen.
Besessen von dem quälenden Verdacht, dass seine Erinnerungen und seine Seele künstlich erzeugt wurden, läuft Al von Ed und Winry davon. Wie versteinert steht er an einer Straßenecke und lernt dort die Ishbarier-Kinder Rick und Leo kennen. Die beiden Brüder bringen Al zu einem geheimen Ishbarier-Lager, wo ihn eine Wiederbegegnung erwartet, mit der er nicht gerechnet hätte…
Ed erwacht schwer verwundet auf einem Krankenhausbett aus seiner Ohnmacht. Als Rüstung liegt ebenfalls halb zerstört in der Zimmerecke. Eds Gedanken kreisen nur um eines: Er war so nahe dran, den Stein der Weisen zu bekommen – und doch konnte er sich nicht überwinden, den letzten Schritt zu machen. Auch Al plagen nach seinem Kampf gegen Nr. 66 noch immer Zweifel an seiner eigenen Identität.
Dr. Marcoh ist ein ehemaliger Staatsalchemist, der Forschungen über den Stein der Weisen betrieben hatte und während des Ishbar-Bügerkriegs desertierte. Ed und Al besuchen ihn im Dorf Haidoo, in dem er jetzt als Arzt arbeitet. Ed bedrängt ihn, ihm seine alten Forschungsunterlagen zu zeigen.
Ed und Al sind zum East Hauptquartier gekommen, um an der Begutachtung der Qualifikation der Staatsalchemisten teilzunehmen. Ed versucht, Mustang mehr Infos zu den in Zenotaim gehörten Gerüchten über Dr. Marcoh zu entlocken, doch der Oberst hält sich bedeckt. Dann hat Ed eine Idee: Er fordert Mustang zu einem Scheingefecht auf, um an die begehrten Informationen zu gelangen.
Russel und Fletcher haben sich den Namen „Elric“ angeeignet und setzen ihre Forschungen über den Stein der Weisen fort. Mugwar befiehlt Russel, mittels einer bestimmen Methode den Stein der Weisen aus dem „roten Wasser“ zu synthetisieren. Doch da es den Brüdern nicht gelingt, werden sie in einen Kerker gesperrt.
Angelockt durch ein Gerücht über den Stein der Weißen begeben sich Ed und Al nach Zenotaim. Mit dieser Stadt, die einst durch das dort geschürfte Gold zu Prunk und Wohlstand gekommen war, geht es jedoch seit einiger Zeit nur noch bergab. Nun setzten die Bewohner ihre letzte Hoffnung auf den Stein der Weisen, über den ein gewisser Mugwar forscht.
Ein Waisenhaus in Fukuoka hat Ikki, Stella und auch die Schülersprecher eingeladen. Dies ist der Ort, an dem Tōka aufgewachsen ist. Ihr ist es wichtig, ihre Kraft für die Kinder einzusetzen. Doch etwa zum gleichen Zeitpunkt trifft ein Mitglied der „Weltorganisation der Mage Knights – Japanische Landesvereinigung“ eine beunruhigende Entscheidung.
Im Auftrag der Schulleiterin werden Ikki und Stella zum Trainingscamp nach Okutama geschickt. Stella freut sich, da sie allein mit Ikki eine Reise unternehmen kann. Doch anstatt trainiert zu werden, sollen sie den Schülersprechern beim Putzen helfen. Zwar hat sie es geschafft, mit Ikki alleine zu sein, aber er bemerkt auch, dass mit Stella irgendetwas nicht stimmt.
Victorique und Kujo erkunden das "Dorf der grauen Wölfe", in dem ihre Mutter lebte, auf der Suche nach Hinweisen, um ihre Unschuld zu beweisen, aber Victorique wird enttäuscht, als sie die Wahrheit und die Zahlen aufdeckt, dass ihr die Mittel fehlen, um ihren Namen reinzuwaschen. Um die Sache noch komplizierter zu machen, werden zwei der Touristen, unter seltsamen Umständen getötet.
Kurz nachdem er einen Artikel über eine von Kujo mitgebrachte Zeitung gelesen hat, flieht Victorique aus der Akademie und macht sich mit ihm auf den Weg in die kleine Stadt Horovitz. Dort angekommen, erklärt sie ihm, dass ihre Mutter, Cordelia Gallo, fälschlicherweise des Mordes beschuldigt wurde, und sie weigert sich, nach Hause zurückzukehren, bevor sie ihre Unschuld beweist.
Kujo rätselt immer noch über Avril und kann nicht verstehen, was ihn an ihrem Charakter stört. Er bittet Victorique, ihm ein Buch zu besorgen, in der Hoffnung, dass es ihm einen Hinweis auf Avrils Geheimnis geben würde. Stattdessen wird Kujo bewusstlos geschlagen und das Buch verschwindet. Victorique offenbart Kujo, dass der Avril Bradley in Wirklichkeit ein Betrüger ist.
Kujo wird zum Verdächtigen eines bizarren Mordes, bei dem er Zeuge wird, wie der Kopf eines Bikers davonfliegt. Victorique gelingt es, seinen Namen schnell reinzuwaschen und Grevil zum wahren Täter zu führen. Später an der Schule wird Kujo Avril Bradley vorgestellt, einer schönen Schülerin aus England, die trotz der Schulgerüchte bald seine Freundin wird. Doch etwas stimmt nicht mit ihr...
Nachdem sie die Ereignisse auf dem Schiff zusammen mit Kujo überlebt hat, deckt Victorique die Wahrheit hinter dem, was dort passiert ist, und über einen ähnlichen Vorfall, der sich zehn Jahre zuvor ereignet hat, auf. Ihre deduktive Argumentation erstaunt ihr Publikum, als sie die Gründe für beide Vorfälle aufdeckt.
Im fiktiven europäischen Land Sauville hat die japanische Austauschstudentin Kazuya Kujo eine schicksalhafte Begegnung mit Victorique de Blois, einem mysteriösen und intelligenten Mädchen, das leicht einen Mordfall lösen könnte, wenn es von der Polizei mit den Details des Verbrechens gefüttert wird. Kujo wird von Victoriques puppenartigem Aussehen und überraschendem Witz überwältigt.